조심-2025-서-3677 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2014.1.8. 설립되어 OOO에서 정보통신공사업을 영위하는 법인이다.

청구법인은 2021년 제1기∼제2기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 A(이하 “쟁점매입처”이라 한다)로부터 4매, 공급가액 합계 OOO원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다) 및 OOO로부터 공급가액 OOO원의 매입세금계산서를 수취한 뒤, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2021년 제1기∼제2기 과세기간의 부가가치세를, 그 공급가액을 손금에 산입하여 2021사업연도 법인세를 각각 신고하였다.

<표1> 청구법인의 세금계산서 수취 내역

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나. 계양세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2022.3.10.∼2022.8.8. 및 2023.2.2.∼2023.3.24. 기간 동안 각각 쟁점매입처 및 OOO에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서 및 OOO로부터 수수한 세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2023.11.27. 청구법인에게 2021년 제1기∼제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2021사업연도 법인세 OOO원을 경정‧고지하였으며, 공급대가에 상당하는 OOO원을 대표이사 A에 대한 상여로 소득처분하여 2021년 귀속 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.1. 심판청구를 제기하였고, 그에 대하여 우리 원은 2025.4.9. ① OOO와의 거래분에 대한 심판청구를 기각하고, ② 쟁점매입처와의 거래분(쟁점세금계산서)에 대하여는 실제 전선 등의 매입이 있었는지를 재조사하라는 결정(조심 2024소4623로, 이하 해당 심판청구 사건을 “선행심판청구”라고 하고, 그에 대한 우리 원의 결정을 “선행심판결정”이라 한다)을 하였다.

라. 이에 따라 처분청은 2025.5.26.∼2025.5.30. 기간 동안 현장확인을 실시한 결과, 청구법인이 쟁점매입처로부터 재화를 공급받았다고 보기 어렵다는 이유로 2025.6.9. 청구법인에게 당초 처분을 유지하기로 하는 내용의 재조사결과를 통지하였다.

마. 이에 따라 청구법인은 2025.8.22. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

재조사결정에 따라 처분청이 재조사를 실시한 후 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 종전 처분을 유지한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 부가가치세법

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의해 아래의 내용이 확인된다.

(가) 청구법인과 쟁점매입처의 사업자등록내용은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 사업자등록내용

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(나) 처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 경정내용은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 처분청의 부가가치세 경정내용

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(다) 쟁점세금계산서의 기재사항은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 쟁점세금계산서의 내용

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(라) 쟁점매입처에 대한 조사청(계양세무서장)의 조사종결보고서 주요내용은 아래와 같다.

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(마) 쟁점매입처가 제기한 심판청구에 대한 우리 원의 결정(조심 2023인8013, 2024.9.9.)은 아래와 같다.

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(바) 선행심판청구에서 실물거래에 관해 청구법인이 제시한 자료는 아래와 같다.

1) 청구법인이 제시한 창고사진 : 청구법인은 아래 사진은 ㈜B(청구법인 대표자 A의 배우자가 그 대표자임)의 창고로, 청구법인이 함께 사용한다고 주장하였다.

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2) 쟁점매입처의 대표자 B이 2023년 10월 작성한 사실확인서[구체적인 내용은 ㈜C에 관한 것임]에는, 자신이 2020년 9월 개업 후 거래처 확보를 위해 저렴한 가격의 전선을 보관하고 있다고 거래처들에게 문자메시지를 전송하고 전단지를 배포하였고, ㈜C와의 거래대금은 법인통장으로 받았으며, ㈜C에게 발행한 세금계산서는 전액 실물거래에 따른 것이고, 거래대금을 돌려준 사실이 없으며, 거래대금을 수취하면 즉시 현금출금하거나 대표자 개인통장으로 가지급금 명목으로 이체하여 무자료 매입처에 현금이나 개인계좌로 이체한 사실이 있다는 등의 내용이 기재되어 있다.

3) 쟁점매입처의 담당(C)과 주고받았다는 카카오톡 대화는 아래와 같다.

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4) 쟁점매입처가 청구법인에게 발급한 아래의 거래명세표에는 품목, 수량, 단가, 공급가액, 세액이 기재되어 있고, 그 내용은 쟁점세금계산서의 기재내용과 동일한 것으로 나타난다.

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5) 매입대금에 대한 OOO은행 이체확인증에는 청구법인이 쟁점매입처에게 쟁점세금계산서상 거래내역과 동일한 날짜에 동일한 금액을 송금한 내용이 기재되어 있다.

6) 외상매입금 거래처원장에는 쟁점세금계산서상 거래와 같은 내용이 기재되어 있다.

(사) 청구법인에 대한 우리 원의 선행심판결정(재조사결정, 조심 2024소4623, 2025.4.9.)의 주요내용은 아래와 같다.

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(아) 재조사에 따른 청구법인의 추가 제출서류 및 처분청의 현장확인 결과는 아래와 같다.

1) 재조사결정에 따른 현장확인에서 청구법인은 쟁점세금계산서상 매입이 매출액으로 계상되었는지에 대한 검토를 위해 외상매출금 계정별원장 및 견적서를 처분청에 제출하였고, 이에 대하여 처분청은 개별 매입 원재료별 공사현장 투입 여부를 검증할 수 있는 원재료 수불부 등의 자료가 없어 쟁점세금계산서상 매입이 청구법인의 매출액에 반영되었는지 여부가 확인되지 않는다는 의견이다.

2) 재조사결정에 따른 처분청의 현장확인(2025.5.26.∼2025.5.30.) 결과보고서의 주요내용은 아래와 같다.

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(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 처분이 재조사결정의 기속력에 반한다거나, 쟁점거래가 정상거래이거나 아니면 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당한다고 주장하나, 처분청은 재조사결정에 따라 2025.5.26.∼2025.5.30. 기간 동안 현장확인을 실시하여 청구법인이 제출한 공사견적서 등을 통해 해당 물품이 실제 공사현장에 투입되었는지 검토하였으나, 제출된 자료만으로는 그러한 사실을 확인하기 어려웠고, 청구법인은 원재료의 입출고를 확인할 수 있는 근거자료를 제시하지 못하였던 것으로 보이므로, 이 건 처분이 재조사결정의 기속력에 반한다고 보기 어려운 점, 세무조사 착수 당시에 쟁점매입처의 사업장은 사무실 기기 없이 비어 있었고, 매출품목인 전선 등의 매입에 관한 증빙을 제시하지 못하여 자료상으로 조사되어 고발된 점, 쟁점매입처가 정상거래를 주장하며 제기한 심판청구에서 우리 원은 쟁점매입처가 매매대금 수령 이후 현금으로 인출하거나 대표자 B의 계좌로 재이체한 사정 등을 이유로 2020년 제2기∼2021년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 실물거래 없이 청구법인 등의 매출처에 사실과 다른 세금계산서를 발행한 것으로 보아 심판청구를 기각결정(조심 2023인8013, 2024.9.9.)한 점, 청구법인이 제시한 자료만으로는 쟁점세금계산서상 거래가 정상거래라거나 청구법인이 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.