조심-2025-중-1774 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 주식회사 A(이하 “체납법인” 또는 “A“라 한다)는 부동산컨설팅 등의 부동산업 운영을 목적으로 2011.11.10. OOO을 사업장소재지로 하여 설립된 후, 2016.8.12. 직권 폐업된 법인으로, 청구인은 체납법인 설립 시 대표이사 등재 및 주주로 참여하여 체납법인의 주식 5,100주(지분율 51%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 소유하고 있다가 2013.3.11. 대표이사를 사임하였고, 이후 법인등기사항증명서상 대표이사로 취임한 A에게 2013.5.13. 쟁점주식을 모두 양도 하였다는 내용의 양도소득세 및 증권거래세 신고서를 2013.5.16. 처분청에 제출하였다.

나. 처분청은 2021년경 체납법인이 2015사업연도에 양도한 토지가 「법인세법」 제55조의2 등에 따른 비사업용토지로서, 체납법인이 이에 대한 법인세 등을 신고․납부하지 않은 것으로 보아, 2021.1.11. 체납법인에게 2015사업연도 법인세 OOO원을 결정·고지하였는데, 체납법인은 이를 납부하지 아니하였다.

다. 처분청은 체납법인의 위 법인세 납세의무 성립일(2015.12.31.) 현재 A이 「국세기본법」 제39조 등에 따른 과점주주에 해당된다고 보아, 2021.5.18. 제2차 납세의무자로 지정하고 A의 지분비율(51%)에 상당하는 법인세 OOO원에 대한 납부고지를 하였다.

라. A은 2024.7.8. 처분청의 위 제2차 납세의무자 지정․납부고지의 부당함을 주장하며 고충민원을 신청하였고, 처분청은 납세자보호위원회의 심의․의결을 거쳐 A의 주장이 이유 있는 것으로 보아 A에 대한 제2차 납세의무자 지정을 취소한 후, 2024.8.22. 청구인을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하여 청구인의 지분비율(51%)에 상당하는 법인세(가산세 포함) OOO원에 대한 납부고지를 하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2024.11.14. 이의신청을 거쳐 2025.3.24. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하여 관련 체납세액을 납부고지한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것)

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

(2) 국세징수법

제7조(제2차 납세의무자 등에 대한 납부고지) ① 관할 세무서장은 납세자의 체납액을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서 “제2차 납세의무자등”이라 한다)로부터 징수하는 경우 징수하려는 체납액의 과세기간, 세목, 세액, 산출 근거, 납부하여야 할 기한(납부고지를 하는 날부터 30일 이내의 범위로 정한다), 납부장소, 제2차 납세의무자등으로부터 징수할 금액, 그 산출 근거, 그 밖에 필요한 사항을 적은 납부고지서를 제2차 납세의무자등에게 발급하여야 한다.

1. 제2차 납세의무자

② 관할 세무서장은 제1항에 따라 제2차 납세의무자등에게 납부고지서를 발급하는 경우 납세자에게 그 사실을 통지하여야 하고, 물적납세의무를 부담하는 자로부터 납세자의 체납액을 징수하는 경우 물적납세의무를 부담하는 자의 주소 또는 거소(居所)를 관할하는 세무서장에게도 그 사실을 통지하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 주식등변동상황명세서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 처분청이 제출한 체납법인의 주식등변동상황명세서를 보면, 체납법인의 주주현황은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 체납법인 주주현황

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(나) 체납법인의 사업자등록증상 대표자 변경이력은 아래 <표2>와 같고, 법인등기사항증명서상 임원에 관한 사항 등은 아래 <표3>과 같다.

<표2> 체납법인 대표자 변경이력

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<표3> 체납법인 법인등기사항증명서

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(다) 청구인은 2013.5.16. A에게 쟁점주식 전부를 양도하였다는 내용의 양도소득세 및 증권거래세 신고서를 관할 세무서장에게 제출하였는데, 세부내용은 아래 <표4>․<표5>와 같다.

<표4> 양도소득세 신고내용

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<표5> 증권거래세 신고내용

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(라) 처 분청은 당초 체납법인의 국세 체납액에 대하여 납세의무 성립일 현재 A을 체납법인의 과점주주로 보아, 2021.5.18. 제2차 납세의무자로 지정하고 출자지분에 대한 체납액 상당액을 납부고지하였다가, A이 2024.7.8. 제기한 고충민원 신청의 인용 결정으로 A의 제2차 납세의무자 지정을 취소한 후, 2024.8.13. 청구인을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 청구인의 출자지분에 대한 체납액 상당액을 납부고지하였는데, 세부내용은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 체납법인의 체납세액 등

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(마) 국세청의 국세통합전산망에서 확인되는 청구인과 A의 소득발생 내용은 아래 <표7>과 같다.

<표7> 청구인과 A의 소득발생 내용

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(바) 청구인은 2012.7.2. 산100-16(임야 5,950㎡)을 주식회사 D로부터 OOO원에 매수한 후, 2013.5.23.(계약일 2013.4.15.) A에게 OOO원에 양도한 것으로 나타나고, A는 위 토지 매수 후, 분양사업(전원주택 등)을 진행하다가 필지 분할 등을 한 후 B을 포함한 제3자에게 양도한 것으로 나타난다.

(2) 한편, 청구인의 쟁점주식 양도 후 대금수수 여부 및 체납법인의 토지매각 대금의 입금처 및 사용처 등에 관한 사항은 양측 모두 관련 자료를 제출하지 아니하여 확인되지 아니한다.

(3) A은 2021.5.18. 처분청으로부터 체납법인의 과점주주라는 이유로 제2차 납세의무 지정 및 체납세액의 납부고지를 받은 이후 2024.7.8. 처분청에 이를 취소하여 달라는 고충민원을 신청하여 인용 결정을 받았는데, 결정서 등을 보면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 고충민원 신청서의 신청 이유를 보면, A은 청구인으로부터 주식을 양수한 사실이 없음에도 청구인이 무단으로 주식 매수인을 A으로 기재하여 양도소득세 신고서를 제출한 것으로 기재되어 있다.

(나) A은 2013년경에 평소 형․동생 사이로 알고 지내던 B이 본인이 입원해 있던 병원으로 찾아와서 당시 체납법인의 대표이사로 등재되어 있던 청구인을 대신하여 잠시 명의상 대표이사로 등재할 수 있도록 도와달라고 하여 이를 수락하였고, 대표이사 등재에 필요한 서류 및 인감도장을 B에게 건네주었으며, 이후 2023.3.12.⁓2013.11.29. 기간 동안 체납법인의 대표이사로 등재되었다고 주장하였다.

(다) A은 B을 상대로 제2차 납세의무와 관련된 부당이득금 반환(OOO원) 청구와 대여금(OOO원)에 관한 소(OOO)를 제기하였는데, 부당이득금 반환 부분은 패소하였고, 대여금에 관한 부분은 승소하였으며 위 소송은 2023.6.3. 확정되었다.

(라) A의 고충민원 제기 당시 A과 청구인은 아래 <표8>․<표9>와 같이 처분청에 확인서를 제출하였는데, 청구인은 A에게 쟁점주식을 양도한 사실이 없다는 내용의 확인서를 제출한 사실이 나타난다.

<표8> 청구인 확인서

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<표9> A 확인서

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(마) 처분청은 2024.8.12. A의 고충민원을 수용․결정하여 체납법인의 제2차 납세의무 관련 사항을 취소하고, 2024.8.22. 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 관련 체납세액에 대하여 납부고지를 하였다.

(4) 이 상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 2013년 5월경 쟁점주식을 A에게 양도한 사실을 부인하였고, 쟁점주식을 다른 사람에게 양도하였다는 사실을 입증할 만한 객관적인 자료를 제시하지 아니하여 청구인이 체납법인의 과점주주에 해당한다는 의견이나, 청구인은 체납법인의 대표이사로 재직하던 2012.7.2. OOO원에 매수한 산100-16 토지를 2013.5.23. 체납법인에게 양도하였고, 그 무렵 체납법인의 대표이사를 사임한 것으로 나타나며, 2013.5.16. 쟁점주식을 모두 양도한 것으로 양도소득세 및 증권거래세 신고서를 관할 세무서장에게 제출한 사실이 나타나는 점, 청구인이 2013년 5월 이후 체납법인으로부터 근로․배당소득 등을 지급받은 사실은 확인되지 아니하는 반면, 다른 사업장에서 직원으로 근무함에 따른 근로소득이 확인되는 점, 쟁점주식의 양수자였던 A은 체납법인의 감사로 재직하였던 B을 상대로 부당이득반환 등 소송을 제기하였다가 일부 패소(제2차 납세의무 관련) 판결을 받자, 처분청에 고충민원을 제기하여 인용 결정을 받았는데, 이러한 사실관계 및 관련 내용 등을 보면, 청구인이 A에게 쟁점주식을 양도하였는지, B이 실질주주 또는 경영자인지 여부가 불분명한 점은 있으나, 청구인이 체납법인의 대표이사직을 사임하고 쟁점주식을 양도한 2013년 5월 이후에는 체납법인의 경영에 관여하지 않았다거나 쟁점주식을 보유한 사실이 없다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 이 건 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지를 한 처분은 2013.5.13. 청구인이 쟁점주식을 양도한 경위, 양수인의 쟁점주식 취득 경위 및 쟁점주식의 실제 소유자 등을 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.