조심-2025-서-1839 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 피상속인 a(청구인의 아버지)으로부터 1995.8.20. 경기도 김포시 OOO㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 상속을 원인으로 취득하였고, 2006.9.29. 경기도 김포시장으로부터 쟁점부동산 중 일부(23.729㎡)를 야구연습장 부지 조성을 목적으로 산지전용변경허가를 받아 2006.8.1.부터 2009.3.9.까지 체육용지개발사업(이하 “쟁점개발사업”이라 한다)를 시행하였다.

나. 청구인은 쟁점부동산이 2019.11.25. OOO일반사업단지계획승인고시(경기도 고시 제OOO호)에 의하여 산업단지로 지정되어 2020.7.22. 주식회사 B에 수용(양도)됨에 따라 2020.8.19. 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 쟁점개 발사업의 감정평가액 OOO원(이하 “쟁점감정평가액”이라 한다) 을 필요경비로 하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가, 2021.2.15. 감정평가수수료 OOO원과 쟁점감정평가액을 필요경비에서 제외하여 양도소득세를 수정신고·납부하였다.

다. 한편, 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.1.18.부터 2024.2.16.까지 쟁점부동산에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점부동산의 지목을 임야에서 체육용지로 변경하면서 청구인의 모친 b이 2006.4.17.부터 2009.6.12.까지 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)에 공사대금 합계 OOO원을 지급한 사실을 확인하였고, 해당 공사대금을 쟁점부동산의 자본적지출액으로 인정하여 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급함과 동시에 청구인이 b으로부터 위 공사대금을 증여받은 것으로 보아 관할세무서에 과세자료를 통보하였다.

라. 이후 청구인은 2024.11.19. 쟁점감정평가액을 필요경비로 인정하거나 쟁점개발사업에 대한 개발부담금 부과시 산정한 개발비용 OOO원(이하 “쟁점개발비용”이라 한다)을 쟁점부동산 양도에 따른 자본적 지출액으로 인정하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.1.8. 쟁점감정평가액 또는 쟁점개발비용은 「소득세법」 제97조 및 같은 법 시행령 제163조에서 규정하는 자본적지출액으로 인정되지 않는다고 보아 이를 거부하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.19. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적) 쟁점감정평가액 또는 쟁점개발비용을 쟁점부동산의 필요경비로 인정하여 달라는 청구주장의 당부

② (예비적) 금융거래내역에서 확인되는 쟁점금액 및 법정부담금, 산지전용부담금을 필요경비로 인정하여 달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액( 「지적재조사에 관한 특별법」 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

(2) 소득세법 시행령

제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

2의2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)

3의2. 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)

3의3. 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

(3) 소득세법 시행규칙

제79조(양도자산의 필요경비 계산 등) ① 영 제163조 제3항 제4호에서 “기획재정부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

1. 「하천법」ㆍ「댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률」 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액

5. 사방사업에 소요된 비용

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 2024.11.19. 쟁점감정평가액 또는 쟁점개발비용을 자본적지출액으로 인정하여 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 이를 거부하였는바, 처분청의 검토내용은 다음과 같다.

<경정청구 검토서>

○○○

(나) 청구인은 개발부담금 신고·납부를 위하여 C에 쟁점개발사업에 대한 개발비용 산정을 의뢰하여, 2009년 5월경 위 연구소에서 작성한 조사연구보고서를 경기도 김포시청에 제출하였다.

1) 청구인이 필요경비의 증빙으로 제시한 위 조사연구보고서에 따르면, 총공사원가는 OOO원이고 그 구성은 공사비 OOO원, 조사설계비 OOO원, 일반관리비 OOO원, 기타경비 OOO원으로 되어 있으며, 그 중 공사비는 재료비 OOO원, 노무비 OOO원과 경비 OOO원으로 구성되어 있다.

2) 그 주요 부분의 계산근거를 보면 재료비 OOO원은 설계도면과 정부표준품셈을 적용하여 재료의 원단위를 산정한 후 구입실적단가나 물가자료의 단가를 적용하여 산출하였고, 노무비 중 직접노무비 OOO원은 정부표준품셈의 노무공수를 적용하여 산출된 노무원단위에 정부노임단가를 곱하여 계산하였으며, 간접노무비 OOO원 및 위 일반관리비는 회계예규에 따른 요율을 적용하였고, 조사설계비는 엔지니어링기술진흥법의 사업대가 기준에 따른 요율을 적용하여 산출한 것으로 추계방식으로 산정되었다.

(다) 경기도 김포시장은 2009.6.5. 청구인에게 쟁점개발사업 시행에 따른 개발부담금 부과통지를 하였고, 쟁점개발비용 산정근거는 다음과 같다.

<표1> 쟁점개발비용

(단위 : 백만원)

○○○

1) 개발부담금은 「개발이익환수에 관한 법률」 규정에 따라 부과되는 것으로 같은 법 제11조(개발비용의 산정) 및 같은 법 시행령 제12조(개발비용의 산정)에서 개발이익에서 공제되는 개발비용이란 납부의무자가 제시한 비용산출 내역서와 실지 자금을 지급한 증빙서류에 의하되, 납부의무자가 제시한 금액의 사실 여부를 확인하고

제3항에 따른 금액을 산출할 때, 해당 개발사업의 내용ㆍ성질 등이 특수하여 그 확인 또는 금액 산출이 곤란한 경우에는 개발비용산정기관에 그 확인 또는 금액 산출을 의뢰할 수 있다고 규정하고 있다.

2) 경기도 김포시장은 2019.5.27. 청구인이 신청한 “야구장 조성에 관한 개발비용 심의 결정 경위” 행정정보공개 청구에 대하여, “쟁점개발사업에 대한 개발부담금 통지서에 기재된 개발비용은 「개발이익 환수에 관한 법률 시행령」 제12조 제5항 에 의거 해당 개발사업의 내용ㆍ성질 등이 특수하여 그 확인 또는 금액 산출이 곤란한 경우에 해당하여 개발비용 산정기관의 확인 또는 산출된 개발비용임”인 것으로 회신(김포시청 토지정보과-OOO, 2019.5.28.)하였다.

3) 청구인은 2019.5.10. 경기도 김포시장에게 쟁점개발비용에 대하여 청구인이 제출한 근거 서류 및 사본, 검토조서 사본을 요구하는 정보공개청구를 하였으나, 경기도 김포시장은 2019.5.16. 「공공기록물 관리에 관한 법률」에 따라 보존 연한 경과로 폐기된 사항이므로 확인이 불가하다는 내용의 “정보공개청구에 대한 부존재 회신(개발비용산출명세서)”을 통지하였다.

(라) 청구인이 감정평가업체에 의뢰한 소급하여 산정된 쟁점감정평가액 산정 근거는 다음과 같다.

1) OOO는 쟁점부동산의 야구장 조성공사에 대한 소급 감정평가(기준시점 : 2009.3.9., 작성일 : 2019.7.5.)를 실시하여 자본적 지출액을 OOO원(쟁점감정평가액)으로 평가하였다.

2) 위 쟁점감정평가액의 산정 근거는 2009년 당시 작성된 ‘개발비용 산정보고서’를 바탕으로 작성된 것으로 재료비 산정은 의뢰인이 제시한 자료에 근거하여 정부표준품셈을 적용하였고, 노무비 및 기타 경비의 산정 또한 정부표준품셈을 적용, 일반관리비 및 이윤은 일정 요율을 곱하여 계산한 것으로 실지 지급된 경비를 근거로 하여 산출한 것이 아닌 추계방식으로 산정되었다.

(마) 청구인은 2005.4.20.부터 2005.5.30.까지 쟁점부동산 외 토지(경기도 김포시 OOO 소재)를 양도하였고, 2005.6.27. 인천광역시 강화군 OOO 토지 및 건물을 취득(OOO)하였다.

<표2> 부동산 취득 및 양도내역

(단위 : 원)

○○○

(바) 조사청이 쟁점금액(OOO원)과 관련하여 청구인이 제출한 증빙을 토대로 검토한 내용은 다음과 같은데, 조사청은 경정청구 당시 인정되지 아니한 2007.8.2. A에 지급한 OOO원, 2009.2.26. 대한지적공사에 지급한 OOO원 합계 OOO원과 2007.7.23. 청구인의 법정대리인 b이 납부한 대체 산림자원조성비 OOO원 및 법정부담금 OOO원 합계 OOO원 이 쟁점부동산의 자본적지출액에 해당한다고 검토하였다.

<표3> 금융거래내역 등 검토내용

(단위 : 원)

○○○

1) 1번∼8번 : 세무조사시 필요경비 인정하여 기환급 결정되었다.

2) 10번∼11번 : 1번∼9번 주식회사 A 입금증과 동일 건의 세금계산서로 별도의 필요경비이므로 불인정 대상이다.

3) 12번, 17번∼18번, 20번∼21번 : 거래상대방의 인적사항, 거래의 원인이 확인 되지 않고, 그 외 쟁점개발사업에 실제로 지출되었다는 것을 뒷받침할 수 있는 계약서, 세금계산서, 영수증 등의 객관적인 자료가 없어 쟁점 부동산의 자본적지출액으로 불인정 대상이다.

4) 13번∼16번 : 청구인은 d에게 쟁점개발사업의 공동사업자(공사비 실무집행자)로서 공사비용을 지급한 것이라 하나, d은 개발사업 당시 인천 OOO에서 횟집을 운영하던 자로, b과 쟁점부동산에 대해 임대계약서를 작성하여 관련성이 있다는 것만 으로 해당 금원이 쟁점개발사업의 공사비로서 지급되었다고 인정할 증거가 없어 불인정 대상이다.

5) 22번 : 김포시청에 납부한 취·등록세로 최초 양도소득세 신고시 취득가액에 기반영되어 불인정 대상이다.

6) 9번, 19번 : 세무조사시 필요경비로 누락된 것으로 인정대상이다.

<표4> 법정부담금 및 대체산림자원조성비 검토내용

(단위 : 원)

○○○

(사) 2005년부터 2009년까지 청구인과 모친 b의 사업 내역은 다음과 같다.

1) 청구인은 2005.6.27. 인천광역시 강화군 OOO 토지 및 건물을 모친 b과 공동으로 취득(청구인 지분 6/10)하면서 상호를 ‘OOO’로 하여 공동사업자로 등록하였다.

2) b은 2007.4.20. 쟁점부동산을 사업장 소재지로 하여 스포츠용품 임대를 목적으로 사업자등록을 하였다.

<표5> 사업내역

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

「소득세법」 제97조 제1항 에 따르면, 양도가액에서 공제할 필요경비로 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 등을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제163조 제3항 제1호 및 제3호와 제67조 제2항의 자본적 지출액이라 함은 ‘양도자산의 내용연수를 연장시키거나 그 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 비용’이나 ‘용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’ 등으로 그 지출에 관한 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 것으로 규정하고 있다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대,

청구인은 쟁점감정평가액 또는 쟁점개발비용을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 「소득세법」 제97조 제1항 및 같은 법 시행령 제163조에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우 쟁점부동산의 필요경비로 산입할 수 있는데, 쟁점감정평가액 또는 쟁점개발비용은 실제 지출된 비용이 아닌 청구인이 개발부담금 부과금액 산정을 위해 평가기관에 의뢰한 “개발비용 산정보고서”를 바탕으로 정부표준품셈에 따라 추계방식으로 산정된 것으로 이를 쟁점부동산의 필요경비로 산입하기는 어려워 보이는 점, 「소득세법」은 양도가액에서 공제되는 자본적지출액에 관하여 추계조사의 방법을 규정하고 있지도 아니한 점 등에 비추어, 쟁점감정평가액 또는 쟁점개발비용을 쟁점부동산에 대한 필요경비로 인정하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점 ②에 대하여 살피건대,

청구인은 관련 금융거래내역에서 확인되는 쟁점금액을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비에 대한 입증책임은 납세자에게 있는바, 청구인의 모친 b(법정대리인)의 금융계좌에서 출금된 금원(쟁점금액)이 실제로 쟁점개발사업에 사용되었음이 구체적으로 입증되지 아니한 점(금융거래내역에는 수취인만 기재되어 있을 뿐, 쟁점개발사업에 실제로 지출되었음을 뒷받침할 만한 계약서, 영수증 등의 구체적·객관적 증빙이 확인되지 아니하고, 쟁점금액이 쟁점개발사업에 사용되었는지도 불분명한 점), 청구인이 제출한 쟁점개발사업과 관련한 일부 지출증빙은 조사청의 양도소득세 조사 시 필요경비로 이미 인정된 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 쟁점금액을 필요경비로 인정하여 달라는 청구주장도 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

다만, A에 지출한 비용 OOO원과 대한지적공사로부터 수취한 현금영수증 OOO원, 청구인의 법정대리인 b이 지출한 쟁점부동산의 법정부담금 OOO원 및 대체산림자원조성비 OOO원 합계 OOO원은 쟁점개발사업과 관련하여 지출한 사실이 확인되고, 처분청도 이를 쟁점부동산의 필요경비로 인정하고 있으므로 해당 금액(OOO원)을 쟁점부동산의 필요경비에 산입하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.