조심-2025-부-3101 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2005.12.30. 설립되어 경영자문 및 경영컨설팅 서비스업을 영위하는 법인(A 지분율 70%, B 지분율 30%)으로 청구법인의 최대주주인 A 및 B와 특수관계인 C(이하 합하여 “쟁점법인 기존주주”라 한다)이 지분 100%를 보유한 D 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)가 2023.10.12. 실시한 제3자 배정 유상증자(이하 “쟁점유상증자”라 한다)에 단독으로 참여하여 쟁점법인의 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 가액 OOO원에 인수하여 이를 취득하였다.

나. ○○ 지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점주식의 1주당 가액을 산정함에 있어 쟁점법인의 순자산가액에서 차감한 유동성 파생상품부채(이하 “쟁점부채”라 한다) 합계 OOO원이 평가기준일(2023.10.12.) 당시 쟁점법인의 지급의무가 확정되지 않은 채무에 해당하는 것으로 보아 이를 쟁점법인의 순자산가액에 가산하여 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)상 보충적 평가방법에 따라 평가기준일 당시 쟁점법인 발행주식의 1주당 가액을 재산정하고, 쟁점법인 기존주주가 쟁점법인으로 하여금 특수관계에 있는 청구법인에게 주주 배정 방식이 아닌 제3자 배정 방식으로 쟁점유상증자를 실시하도록 결의하여 청구법인이 쟁점주식을 처분청 시가 대비 저가로 취득한 것으로 보아 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여야 한다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 이에 따라 처분청은 상증법 시행령 제29조 제2항에 따라 쟁점유상증자로 청구법인이 분여받은 이익을 OOO원으로 산정한 후 이를 익금산입하여 2025.6.20. 청구법인에게 2023사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.11. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점주식에 대하여 상증법상 보충적 평가방법(순자산가치 기준)에 따라 시가를 산정함에 있어 평가기준일 당시 쟁점부채가 지급의무가 확정된 채무로서 순자산가액 산정 시 자산가액에서 차감되는 부채에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인은 쟁점법인의 기존주주 중 A 및 B가 지분율 100%를 보유한 법인으로, 2018.12.3. 청구법인의 건설 사업부분을 인적 분할한 뒤 해당 사업부분은 쟁점법인에 흡수합병되었고, 청구법인도 상호를 주식회사 OOO에서 현재 법인명으로 변경하였다.

(나) 쟁점법인은 쟁점법인의 기존주주가 100% 지분을 보유하고 있다가 2023.10.12. 쟁점법인 이사회를 개최하여 쟁점유상증자를 결정하였고, 쟁점법인이 자산 총액 중 주식 및 출가지분가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인에 해당하여 상증법 시행령 제54조 제4항 제5호의 규정에 따라 쟁점법인의 순자산가치로 평가한 1주당 가액 OOO원을 기준으로 쟁점주식의 1주당 가액을 산정한 후, 청구법인이 쟁점유상증자에 따른 신주인수대금을 납입하여 2023.10.12. 쟁점주식을 취득하였다.

<표1> 쟁점유상증자 관련 이사회 회의록

○○○

<표2> 쟁점유상증자 전후 쟁점법인 주주구성 내역

○○○

(다) 쟁점부채와 관련된 사실관계는 다음과 같다.

1) 청구법인은 2016.11.25. 투자자와 쟁점주주간 계약을 체결하여 대상회사 발행주식을 각각 취득하였다.

<표3> 쟁점주주간 계약

○○○

2) 청구법인, 쟁점법인 및 투자자는 2019.4.12. 쟁점주주간 계약에 대하여 1차 변경합의를 체결하여 쟁점주주간 계약에 당사자에 쟁점법인을 추가하고, 투자자의 쟁점주주간 계약 제8조에 따른 매수청구권 행사 상대방을 쟁점법인으로 변경하였다.

<표4> 쟁점주주간 계약 1차 변경합의서

○○○

3) 청구법인, 쟁점법인 및 투자자는 2020.2.4. 쟁점주주간 계약에 대하여 2차 변경합의를 체결하여 쟁점주주간 계약의 당사자들의 합의로 대상회사의 기업공개기한을 연장(1년) 가능하도록 합의하였다.

<표5> 쟁점주주간 계약 2차 변경합의서

○○○

4) 청구법인, 쟁점법인 및 투자자는 2021.11.8. 대상회사에 대한 기업공개기한을 1년 연장하기로 합의하고, 쟁점주주간 계약 제8.1조에 따른 투자자의 매수청구권의 개시시점도 1년 연장하기로 합의하였다.

<표6> 합의서

○○○

5) 투자자는 2022.12.15. 쟁점법인에게 쟁점주주간 계약 제8.1조에 따른 대상회사 발행주식에 대한 매수청구권을 행사하겠다는 의사를 통지를 하였고, 2022.12.16. 청구법인, 쟁점법인 및 투자자는 투자자가 쟁점주주간 계약 제8.1조에 따른 매수청구권을 2023.12.16. 행사하고, 쟁점법인이 매매대금에 상당하는 금액의 쟁점법인 기존주주가 보유한 쟁점법인 발행주식을 투자자에게 담보로 제공하기로 합의(쟁점합의)하였다.

<표7> 매수청구권 행사 예정 통지

○○○

<표8> 매수청구권 행사 합의서(쟁점합의)

○○○

6) 투자자 및 쟁점법인 기존주주 중 C은 2023.3.15. 위 <표8> 기재의 쟁점합의에 따라 C이 보유한 쟁점법인 발행주식에 대하여 투자자를 근질권자로 하는 주식근질권설정계약을 체결하였다.

<표9> 주식근질권설정계약

○○○

7) 쟁점법인은 투자자로부터 2023.12.15. 쟁점주주간 계약 제8.1조에 따른 매수청구권 행사 통지서(매수청구권 행사일자 2023.12.16.)를 송달받았고, <표8> 기재의 쟁점합의상 매매대금을 2024.1.16. 투자자에게 지급하였으며, 대상회사의 발행주식 OOO주를 취득하였다.

8) 쟁점부채와 관련한 쟁점법인의 회계처리 및 세무조정 내역은 아래 <표10>과 같고, 2022∼2023사업연도 쟁점법인 감사보고서상 쟁점부채 관련 내용은 아래 <표11>과 같다.

<표10> 쟁점부채 관련 회계처리 및 세무조정 내역

○○○

<표11> 쟁점법인 감사보고서상 쟁점부채 관련 내용

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 평가기준일 당시 쟁점법인이 쟁점부채에 대한 지급의무가 확정된 이상 이를 상증법상 보충적 평가방법에 따라 비상장주식의 쟁점주식의 1주당 가액을 산정함에 있어 쟁점법인의 순자산가액 산정시 차감하여야 할 부채에 해당한다고 주장하나,

비상장주식의 가액을 평가하기 위하여 순자산가액을 산정함에 있어 자산가액에서 공제되는 부채는 그 산정 당시 당해 회사가 종국적으로 부담하여 이행하여야 할 것이 확실하다고 인정되는 채무를 뜻한다고 할 것이고(대법원 2003.5.13. 선고 2002두12458 판결), 평가기준일 당시 금전 지급 부담 및 가능성이 실제 존재하였더라도 종국적으로 부담․이행이 확실한 채무로 단정되지 않으면 이를 확정된 채무라고 단정하기는 어렵다고 할 것인바(대법원 2016.5.12. 선고 2015두60167 판결, 같은 뜻임), 쟁점주주간 계약 제8.2조에 따르면 투자자가 매수청구권을 행사하기 위해 매수청구통지를 발송하여 매수의무자에게 도달하는 경우 투자자와 매수의무자 사이에 대상주식에 대한 매매계약이 체결된 것으로 간주하도록 규정하고 있고, 투자자가 쟁점합의에 따라 매수청구권을 행사한다는 매수청구통지를 대상주식 매수의무자인 쟁점법인에게 발송하여 이를 2023.12.15. 송달받은 것으로 확인되므로, 이에 따라 투자자와 쟁점법인 사이에 대상주식에 대한 매매계약이 체결되게 되었는바, 쟁점주식 평가기준일(2023.10.12.) 당시 쟁점부채를 종국적으로 쟁점법인이 부담하여 이행할 것이 확정된 채무로 보기는 어려운 점,

한편, 청구법인은 쟁점합의로 쟁점부채가 확정되었다고 주장하나, 쟁점합의 제1.2조상 쟁점합의에 따른 매수청구권 행사일(2023.12.16.)에 대상주식 매수의무자, 대상주식과 그 매매대금 및 소유권이전일을 확정한 매수청구통지가 쟁점법인에게 도달된 것으로 간주하기로 동의한 것으로 나타나므로, 쟁점주주간 계약 제8.2조에 따라 해당 일자에 쟁점법인과 투자자간 대상주식 매매계약이 체결되었다고 볼 수 있고, 쟁점법인의 감사보고서상 쟁점부채(파생상품) 관련 기재 내용도 이와 같은 것으로 보이는 등 청구법인의 위 주장을 인정하기는 어려운 점,

또한 청구법인은 쟁점합의에 따라 쟁점부채의 이행 담보를 위해 주식근질권설정계약을 체결한 이상 쟁점부채가 그 이행이 종국적으로 확정된 것이라고 주장하나, 근저당권이라고 함은 계속적인 거래관계로부터 발생하고 소멸하는 불특정다수의 장래채권을 결산기에 계산하여 잔존하는 채무를 일정한 한도액의 범위 내에서 담보하는 저당권이어서 거래가 종료하기까지 채권은 계속적으로 증감·변동되는 것인바(대법원 1996.6.14. 선고 95다53812 판결, 같은 뜻임), 쟁점부채의 이행을 담보하기 위해 2023.3.15.자 주식근저당권설정계약을 체결하였다고 하더라도 근질권 자체가 피담보채무의 확정 전 단계를 전제로 운용될 수 있는 이상 평가기준일 이전에 쟁점부채가 확정되었다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점부채를 쟁점법인의 순자산가액에 산입한 후 쟁점주식의 1주당 가액을 산정하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 법인세법

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제2조(정의) ⑤ 법 제2조 제12호에서 "경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 임원(제40조 제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 이 항, 제10조, 제19조, 제38조 및 제39조에서 같다)의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자( 「상법」 제401조의2 제1항 에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족( 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 에 따른 자를 말한다. 이하 같다)

2. 제50조 제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 "비소액주주등"이라 한다)와 그 친족

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족

가. 법인의 임원ㆍ직원 또는 비소액주주등의 직원(비소액주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)

나. 법인 또는 비소액주주등의 금전이나 그 밖의 자산에 의해 생계를 유지하는 자

4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항 에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항 에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

6. 해당 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인

7. 해당 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원

제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

8. 제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익

제71조(임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도) ⑥ 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 계약의 목적물을 인도하지 아니하고 목적물의 가액변동에 따른 차액을 금전으로 정산하는 파생상품의 거래로 인한 손익은 그 거래에서 정하는 대금결제일이 속하는 사업연도의 익금과 손금으로 한다.

제73조(평가대상 자산 및 부채의 범위) 법 제42조 제1항 제2호에서 “재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채”란 다음 각 호의 것을 말한다.

4. 제61조 제2항 제1호부터 제7호까지의 금융회사 등이 보유하는 통화 관련 파생상품 중 재정경제부령으로 정하는 통화선도, 통화스왑 및 환변동보험(이하 이 조 및 제76조에서 “통화선도등”이라 한다)

5. 제61조 제2항 제1호부터 제7호까지의 금융회사 등 외의 법인이 화폐성외화자산ㆍ부채의 환위험을 회피하기 위하여 보유하는 통화선도등

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등(소액주주등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)인 법인이 특수관계인인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우

나. 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채ㆍ신주인수권부사채 또는 교환사채 등을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)를 배정ㆍ인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제7항 에 따른 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우

8의2. 제8호 외의 경우로서 증자ㆍ감자, 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할, 「상속세 및 증여세법」 제40조 제1항 에 따른 전환사채등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 자본거래를 통해 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우. 다만, 제19조, 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등 중 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 발행하는 경우는 제외한다.

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2 제2항 에 따른 거래소(이하 “거래소”라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우(해당 주식이 「상속세 및 증여세법 시행령」 제53조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식인 경우는 제외한다)에는 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부