종부세 재산세액공제, 어떻게 계산하나요?

결론

주택분 종합부동산세에서 공제하는 재산세액은 종합부동산세법 제9조 제3항·제4항 → 같은 법 시행령 제4조의3 제1항의 계산식으로 산정하며, 구조는

주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액(지방세법 §112①1호) × [ (종부세 과세표준 × 지방세법 시행령 §109①2호의 재산세 공정시장가액비율) × 지방세법 §111①3호 표준세율 ] ÷ [ 주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ]

입니다. 1세대1주택자는 ① 과세표준 계산 시 12억원 공제(§8①), ② 분자에 들어가는 재산세 공정시장가액비율이 2026년 납세의무 성립분의 경우 43/44/45%(시행령 §109①2호 단서)라는 점이 일반 납세자(60%)와 다르고, 재산세액 공제는 고령자·장기보유 세액공제보다 먼저 차감합니다(§9⑤).

근거

1) 공제의 근거 조문

• •종합부동산세법 제9조 제3항 — "주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액…은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다." 괄호에서 ⓐ 지방세법 §111③의 조례 가감세율이 적용된 경우 그 가감세율로 계산된 세액, ⓑ 지방세법 §122의 세부담 상한이 적용된 경우 상한을 적용받은 세액을 기준으로 한다고 명시합니다.
• •같은 조 제4항이 구체적 계산방법을 대통령령에 위임 → 종합부동산세법 시행령 제4조의3 제1항의 계산식.
• •이중과세 조정이라는 제도 취지 자체는 판결문에서 "종합부동산세는 실질적으로 재산세 납세의무의 연장선상에 있고, 과세기준금액 초과 구간에서 재산세와 종부세가 이중으로 과세되는 부분이 필연적으로 발생하므로 이를 조정하기 위해 재산세액 공제제도를 도입"한 것으로 정리되어 있습니다.

2) 계산식 각 요소의 의미

• •세율은 §111①3호나목 표준세율(6천만 이하 0.1% … 3억 초과 570,000원+초과분 0.4%)을 씁니다. 분자·분모 모두 표준세율 기준이며, 지방세법 제111조의2의 1세대1주택 특례세율(3억 초과 420,000원+초과분 0.35%)을 분자·분모에 대입하는 것이 아닙니다.
• •다만 본체(A)는 "부과된 세액"이므로, 해당 주택이 시가표준액 9억원 이하로 §111의2 특례세율로 고지된 경우에는 그 특례세율로 실제 부과된 세액이 들어갑니다.
• •분자에 재산세 공정시장가액비율을 한 번 더 곱하는 현행 구조는, 대법원 2015. 6. 24. 선고 2012두7073 판결(구 시행령상 공제액은 '과세기준초과금액 × 두 공정시장가액비율 중 낮은 비율 × 재산세율'로 산정해야 한다는 취지) 이후 과다공제 문제를 정비하기 위해 2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 결과입니다.

3) 1세대1주택자에게 특유하게 작동하는 부분

• •과세표준 = (공시가격 합계 − 12억원) × 종부세 공정시장가액비율 60% (종부세법 §8①, 2023-01-01 시행).
• •분자의 재산세 공정시장가액비율: 2026년도 납세의무 성립분은 1세대1주택으로 인정되는 주택(시가표준액 9억원 초과 주택 포함)에 대해 3억 이하 43% / 3~6억 44% / 6억 초과 45%(지방세법 시행령 §109①2호 단서). 일반 60%보다 낮으므로 분자가 작아져 공제액도 줄어듭니다.
• •적용 순서: 재산세액 공제(§9③④) → 그 결과 산출세액에 고령자(§9⑥, 20/30/40%)·장기보유(§9⑧, 20/40/50%) 세액공제를 합계 80% 한도로 적용(§9⑤).

4) 숫자 예시 (가정: 2026년 과세기준일 현재 1세대1주택 단독명의, 공시가격=시가표준액 20억원, 조례 가감세율·감면 없음, 고령자·장기보유 공제 미해당)

1. •종부세 과세표준 = (20억 − 12억) × 60% = 4.8억원
2. •종부세 산출세액(2주택 이하 표) = 150만원 + (4.8억 − 3억) × 0.7% = 2,760,000원
3. •재산세 과세표준 = 20억 × 45% = 9억원 → 재산세(표준세율) = 570,000 + (9억 − 3억) × 0.4% = 2,970,000원 (= 본체 A이자 분모)
4. •분자 = (4.8억 × 45%) = 2.16억원에 표준세율 적용 → 195,000 + (2.16억 − 1.5억) × 0.25% = 360,000원
5. •공제할 재산세액 = 2,970,000 × (360,000 ÷ 2,970,000) = 360,000원
6. •재산세 공제 후 종부세 = 2,760,000 − 360,000 = 2,400,000원

즉 표준세율대로 재산세가 부과된 단일주택이라면 결과적으로 공제액 = 분자값이 됩니다(A와 분모가 같아 약분). 위 결정세액에는 별도로 농어촌특별세 20%(농특세법 §5①8호)가 부가됩니다.

유의

• •도시지역분 재산세(지방세법 §112①2호)와 지방교육세는 공제 대상이 아닙니다 — 계산식이 §112①1호만 인용하기 때문입니다.
• •1세대1주택 인정으로 주택별 재산세 공정시장가액비율이 서로 다른 경우(예: 주택 부속토지 보유 등으로 2채가 되는 경우), 분자의 비율은 감면 후 공시가격으로 가중평균한 비율로 계산한다는 과세관청 해석이 있습니다(질의회신 서면-2023-부동산-2107, 2024-06-17). 다만 해당 자료는 2023년도 비율(43/44/45%)을 전제로 한 것이므로 비율 수치는 현행 시행령 §109①2호(2026년도분) 값으로 대체해 적용해야 합니다.
• •주택분 재산세 세부담 상한은 지방세법 제122조 단서로 주택에 대해서는 적용하지 않되, 부칙(법률 제19230호, 2023-03-14) 제15조에 따라 개정규정 시행 전 주택 재산세가 과세된 주택은 2028년 12월 31일까지 종전 규정에 따릅니다. 상한이 적용된 해에는 §9③ 괄호에 따라 상한 적용 후 세액을 공제 기준으로 삼습니다.
• •나오는 구 세율표(6억 공제, 1천분의 12 등)와 구 공제율(10/20/30%, 한도 70%)은 개정 전 기준이며, 현행은 §8① 12억·§9① 현행 세율표·§9⑤ 한도 80%입니다.
• •추가 확인 필요: ① 해당 지자체 조례에 따른 재산세 세율 가감(§111③) 유무 — 있으면 본체 A가 달라집니다. ② 합산배제 임대주택·사원용주택 등 §8② 적용 여부. ③ 재산세 감면규정 준용(§6)으로 공시가격이 조정되는지.

관련 쟁점

• •부부 공동명의 1주택자가 §10의2 특례(1세대1주택자 의제)를 신청한 경우의 재산세액 공제 계산 및 12억 공제 + 고령자·장기보유 공제 방식과 각자 9억(합 18억) 방식의 유불리 비교.
• •종부세법 제10조 세부담 상한(총세액상당액 기준) 적용 시, 재산세액 공제 후 세액과의 적용 순서 및 상한 초과분 처리.
• •주택 부속토지만 보유·상속주택·지방저가주택(§8④, 시행령 §4의2)이 있는 경우 §9⑦·⑨의 안분 특례가 고령자·장기보유 공제 기초금액에 미치는 영향.