종부세 공동명의 1주택자 특례, 유리한가요?

결론 — 특례를 신청하지 않는 것(부부 각자 9억원씩 인별 공제)이 유리합니다. 개략 계산으로 미신청 시 부부 합계 종부세 600,000원(농특세 포함 720,000원), 특례 신청 시 1,932,000원(농특세 포함 2,318,400원)으로, 특례를 신청하면 약 133만원을 더 부담합니다. 보유기간이 5년 미만이어서 장기보유 세액공제(0%)를 못 받고 고령자 공제 30%만 적용되는 것이 결정적입니다.

근거

1. •선택 구조 — 종합부동산세법 제10조의2 제1항·제3항: 부부 공동 1주택자는 신청에 의해 지분율이 높은 자(같으면 합의로 정한 자)를 단독 납세의무자로 하여 1세대 1주택자로 보아 제8조 과세표준·제9조 세율·세액을 계산합니다. 신청하지 않으면 제7조 제1항에 따라 인별 과세가 원칙이며, 부부 각자 제8조 제1항 제3호의 9억원을 공제받습니다(부부 1주택 세대라도 세대 단위가 아니라 인별 공제라는 취지: 심사-종부-2020-0004).
2. •공제액 — 종부세법 제8조 제1항: 1세대 1주택자 12억원, 그 외 9억원.
3. •공정시장가액비율 — 주택분 60%(종부세법 제8조 제1항, 시행령 제2조의4 제1항; 2022년 이후 현행).
4. •세율 — 종부세법 제9조 제1항 제1호(2주택 이하): 3억원 이하 0.5%, 3억 초과 6억 이하 150만원 + 초과분 0.7%.
5. •세액공제 — 제9조 제6항(고령자): 만 65세 이상 70세 미만 30%(68세 → 30%). 제9조 제8항(장기보유): 5년 이상부터 공제(5~10년 20%)이므로 보유 3년은 0%. 제9조 제5항의 합산한도 80% 범위 내이나 여기서는 합계 30%.
6. •농어촌특별세 — 종부세 납부세액의 20%(농어촌특별세법 제5조 제1항 제8호, 제3조 제6호). 질문에서 무시하라 하셨으나 참고로 병기했습니다.

계산 (2024년 귀속, 재산세 중복분 공제·세부담상한 무시)

→ 본세 기준 차이 1,332,000원(A안 유리).

유의

• •갈림 변수는 세액공제율입니다. 이 사안(공시 20억·50:50)에서 두 안이 같아지는 공제율은 1 − 60만/276만 ≈ 78.3%입니다. 즉 고령자+장기보유 공제 합계가 약 78%를 넘어야(현행 조합상 만 70세 이상 40% + 15년 이상 50% = 80%, 합산한도 80% 적용) 특례가 근소하게 유리해집니다. 지금은 30%뿐이므로 불리하고, 5년 경과(+20% → 50%)·10년 경과(+40% → 70%)까지도 여전히 A안이 유리합니다. 보유 15년·70세 시점에 재판정하실 것을 권합니다.
• •공시가격 18억원 이하라면 A안은 세액이 0원이 되어 특례 검토 자체가 불필요합니다. 반대로 공시가격이 커질수록 12억 단일공제(B안)의 열위가 커져, 50:50 지분에서는 세액공제율이 매우 높지 않으면 대체로 A안이 유리한 구조입니다.
• •지분이 50:50이므로 특례 신청 시 공동명의 1주택자는 공동소유자 간 합의로 선택합니다(시행령상 지분율이 같은 경우 합의에 따른 자 — 시행령 제5조의2 제3항 인용 내용). 다만 이는 개정 전 조문 인용 자료이므로 현행 시행령 조번호는 원문 재확인을 권합니다.
• •신청기한: 해당 연도 9월 16일~9월 30일(법 제10조의2 제2항). 2024년분은 이미 기한이 지났으므로, 과거분을 바꾸려면 통상의 경정청구 절차를 검토해야 합니다(2024년분에 대한 사후 변경 가능성 자체는 근거에서 직접 확인되지 않음). 오늘(2026-09-16)은 2026년분 신청기간 초일이므로, 2026년분에 대해서는 위 비교로 미신청 유지가 타당합니다.
• •추가 확인 필요: ① 재산세 중복분 공제(종합부동산세법 제9조 제3항)를 반영하면 두 안의 절대금액은 줄지만 A·B의 우열 방향은 바뀌지 않습니다(A안은 인별 과세표준이 작아 공제액도 작음) — 정밀 세액이 필요하면 실제 부과 재산세액 확인. ② 세대원 중 다른 주택·다른 주택의 부속토지 보유 여부(있으면 특례 신청 자체가 제한될 수 있음). ③ 부부 모두 거주자인지(시행령상 특례 요건).

관련 쟁점

• •향후 보유 15년·만 70세 도달 시 특례 유불리 역전 시점의 재계산(합산한도 80% 적용).
• •지분율을 50:50에서 한쪽에 몰아주는 증여 시 종부세 효과 vs 증여세·취득세 부담 비교.
• •세부담 상한(법 제10조) 및 재산세 중복분 공제를 반영한 정밀 세액 재산출.