반도체 시설투자 세액공제율은? 임시투자세액공제는 아직 되나요?

결론

• •국가전략기술사업화시설(반도체 포함)의 추가공제율은 시설 종류와 무관하게 "당기 투자액 − 직전 3년 연평균 투자액"의 100분의 10이며, 추가공제액은 기본공제금액의 2배를 한도로 합니다(조특법 §24①2호나목). 종전의 '추가공제 3%(국가전략기술 4%)'는 2024-12-31 개정 전 옛 세율로, 2025-01-01 이후 개시하는 과세연도 투자분부터는 쓰지 않습니다.
• •임시투자세액공제(조특법 §24①3호)는 2023·2024·2025년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자한 금액에만 적용되는 한시 규정이므로, 2026년(1.1~12.31) 사업연도 투자분에는 적용되지 않습니다. 다만 2025.12.31.이 사업연도 중에 포함되는 법인(예: 2025.4.1~2026.3.31 사업연도)은 그 사업연도 투자분까지는 제3호를 선택 적용할 수 있습니다.

근거

• •조특법 §24①2호가목2)·3) — 국가전략기술사업화시설·연구개발시설에 2029.12.31.까지 투자 시 기본공제율은 중소기업 25%, 중소기업 졸업 후 3년 이내 유예기업 20%, 그 외 15%이고, 반도체 분야는 각각 30% / 25% / 20%입니다.
• •조특법 §24①2호나목 — "그 초과하는 금액의 100분의 10에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다". 자산 종류별 차등(국가전략기술 4% 등)은 현행 조문에 없습니다.
• •적용시기: 개정 제20617호 부칙 제5조 제3항 — 제24조 제1항 제2호 나목 개정규정은 2025-01-01 이후 개시하는 과세연도에 투자하는 경우부터 적용. '3%(국가전략기술 4%)'는 개정 전 자료입니다.
• •조특법 §24①3호(임시투자세액공제) — 가목은 1) 2023.12.31.이 속하는 과세연도, 2) 2024.12.31.이 속하는 과세연도, 3) 2025.12.31.이 속하는 과세연도만 열거하고 있고, 나목(추가공제)도 "가목1)부터 3)까지에 따른 각 과세연도"에 한정됩니다. 2026.12.31.이 속하는 과세연도는 열거되어 있지 않아 적용 대상이 아닙니다.
• •참고로 임시투자세액공제의 추가공제율도 초과투자액의 10%·기본공제액 2배 한도로 제2호와 동일하며, 국가전략기술사업화시설·반도체 시설의 기본공제율은 제2호가목2)·3)의 율을 그대로 준용하므로(§24①3호가목3)나)·다)), 국가전략기술 투자에 관한 한 2025년에도 제2호와 제3호의 공제액에 실질적 차이가 거의 없습니다.
• •선택 적용: §24① 후단 — 제2호와 제3호를 동시에 적용받을 수 있는 경우 납세의무자의 선택에 따라 하나만 적용합니다(현행 조문).
• •사후관리·한도: 최저한세 적용 대상(§132①3호에 제24조 열거), 미공제액은 다음 과세연도 개시일부터 10년 이월공제(§144①).

계산 예시(2026 사업연도, 12월 결산 대기업, 반도체 국가전략기술사업화시설)

가정: 2026년 투자액 1,000억원, 직전 3년 연평균 투자액 600억원, 반도체 분야 국가전략기술사업화시설(대기업 = 가)·나) 외).

(직전 3년 연평균 투자금액이 없으면 추가공제 금액은 없는 것으로 봅니다 — 시행령 §21⑨, 6.)

유의

• •국가전략기술사업화시설의 기본공제율 적용은 연구개발세액공제기술심의위원회 심의를 거쳐 기획재정부장관·산업통상부장관이 공동 인정한 시설일 것을 요하며(시행령 §21④2호가목·3호), 인정 전이라도 인정을 조건으로 세액공제를 신청할 수 있습니다(시행령 §21⑬ 후단).
• •겸용시설(국가전략기술 외 다른 제품 생산에도 사용)은 투자완료일이 속하는 과세연도의 다음 3개 과세연도 종료일까지 국가전략기술 제품 생산비율이 50% 이하이면 다른 목적 전용으로 보아 우대공제분과 일반시설 공제액의 차액 + 이자상당가산액을 추징합니다(시행령 §21⑩2호·⑪2호).
• •직전 3년 연평균 투자금액 산정 시, 국가전략기술사업화시설 추가공제 계산에는 2021.7.1. 이후 위원회 심의로 인정받은 시설 투자분만 포함된다는 해석이 있습니다(질의회신 서면-2023-법규법인-2757과는 별개 건, 회신일자 2024-11-05 질의회신 서면-2023-법규법인-3395). 다만 해당 예규는 개정 전 조문을 전제로 한 것이므로 율(4%)이 아닌 '연평균 투자금액 범위' 판단 부분만 참고하시기 바랍니다.
• •추가 확인 필요: ① 귀사의 사업연도 개시일(비12월 결산이면 2025.12.31. 포함 여부에 따라 제3호 선택 가능), ② 해당 시설이 시행규칙 별표상 반도체 분야 국가전략기술사업화시설에 해당하는지(별표 원문은 근거에서 확인되지 않음), ③ 중소기업 졸업 유예 해당 여부(시행령 §21⑮의 3년/5년·7년 구분).
• •세율·기한은 근거 조문의 현행 기준(2026-02-27 시행령 개정 반영)이며, 매년 세법개정이 잦은 영역이므로 신고 시점의 최신 개정 확인을 권합니다.

관련 쟁점

• •2025.12.31.이 속하는 사업연도에 대해 제2호(통합)와 제3호(임시) 중 어느 쪽이 유리한지 — 국가전략기술 외 일반자산이 섞여 있으면 제3호 기본공제율(대기업 1%·중견 7%·중소 12%)이 유리할 수 있음.
• •최저한세로 공제받지 못한 금액의 10년 이월공제 관리 및 이월분 우선공제 순서(§144②).
• •겸용시설 생산량 실적자료 작성·보관 및 마지막 과세연도 신고 시 제출 의무(시행령 §21⑭) 이행 여부 점검.