조심-2026-중-0271 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 미국법인으로, 2024.4.12. 청구법인이 보유한 특허 206개를 A 주식회사(이하 “A”라 한다)에게 사용할 수 있도록 하는 내용의 라이선스 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였고, A는 쟁점계약에 따라 2024년 5월 청구법인에게 특허권 사용 대가로 OOO원(미화 OOO달러)을 지급하면서 법인세 OOO원을 원천징수하여 납부하였다.

나. 청구법인은 2025.7.2. 처분청에 청구법인이 A에 사용권을 부여한 특허 206개 중 국내에 등록된 특허는 2개에 불과하므로, 국내에 미등록된 특허 204개에 대한 대가는 국내원천소득에 해당하지 않는바, 정당한 원천징수세액은 OOO원이므로(OOO) 원천징수된 2024사업연도 법인세 중 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.8.28. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.25. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

국내 미등록 특허권 사용료의 국내원천소득 여부

나. 관련 법률 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 미국법인으로, 2024.4.12. A와 쟁점계약을 체결하였고, A는 쟁점계약에 따라 2024년 5월 청구법인에게 특허권 사용 대가로 OOO원(미화 OOO달러)을 지급하면서 법인세 OOO원을 원천징수하여 납부하였다.

(나) 청구법인은 2025.7.2. 처분청에 청구법인이 A에 사용권을 부여한 특허 206개 중 국내에 등록된 특허는 2개에 불과하므로, 국내에 미등록된 특허 204개에 대한 대가는 국내원천소득에 해당하지 않는바, 정당한 원천징수세액은 OOO원이므로(OOO) 원천징수된 2024사업연도 법인세 중 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.8.28. 이를 거부하였다.

(다) 기획재정부가 발간한 2008년 및 2019년 간추린 개정세법에 따르면, 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된「법인세법」제93조 제9호 및 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된「법인세법」제93조 제8호의 개정 내용 및 개정이유를 아래 <표1> 및 <표2>와 같이 밝히고 있다.

<표1> 2008년 간추린 개정세법

13. 특허권 등의 사용료에 대한 국내원천소득 범위 개선

[ 소득세법 §119(11), 법인세법 §93(9)]

종 전

개 정

ㅇ 저작권‧특허권‧상표권‧디자인권‧노하우 등 사용료의 국내원천소득 판정기준

- 지급지 또는 사용지

- 조세조약상 ‘사용지’를 채택(미국ㆍ태국)하는 경우 사용지

․ 사용지 개념 중 국내에 등록되지 않은 특허권은 국내에서 사용한 것으로 볼 수 없어 국외원천소득에 해당(대법원2005두8641)

- 등록을 요하는 특허권 등 * 사용료의 사용지 판정기준 보완

* 특허권‧상표권‧디자인권‧실용

신안권

․국내 등록유무에 불구하고 국내에서 사실상 사용하는 경우 사용지를 국내로 보아 국내원천소득으로 과세

(1) 개정내용

(2) 개정이유

□ 대법원 판례에 따라 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용대가에 대하여 과세할 수 없는 문제점을 입법적으로 보완

※ OECD모델 조세조약에서도 사용료는 공인등록기관 등록여부에 상관없이 권리를 사용․사용할 권리에 대한 지급금을 의미 (주석서12-8)

(3) 적용시기 및 적용례

ㅇ 이 법 시행이후 최초로 소득이 발생하는 분부터 적용

<표2> 2019년 간추린 개정세법

1. 국내 미등록 특허 사용대가의 국내원천소득 과세체계 개선

① 국내원천 사용료소득 중 국내 미등록 특허 사용대가의 과세체계 변경

( 소득세법 §119, 법인세법 §93)

종 전

개 정

□ 국내원천 사용료소득

ㅇ(과세대상) 다음의 권리․자산․정보의 국내 사용․지급․양도 대가

- 학술․예술상의 저작물의 저작권, 특허권 등 및 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리

- 산업상․상업상․과학상의 지식․경험에 관한 정보 또는 노하우

- (원천 판단의 특례) 국외에서 등록된 권리(특허권 등)가 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우 국내 사용으로 간주

□ 국내 미등록 특허 사용대가의 과세체계 변경

⌉ | | | | | | | | (좌동) | | | | | | | ⌋

- 사용지(사용지) 기준 조세조약 상 사용료의 정의에 포함되는 ‘기타 이와 유사한 재산․권리’

․ 국내 미등록 특허권 등에 포함된 제조방법․기술․정보 등이 국내에서 제조․생산 등에 사용될 것

(1) 개정내용

(2) 개정이유

ㅇ 국외 등록 특허의 침해 보상대가에 대한 과세권 확보

(3) 적용시기 및 적용례

ㅇ 2020.1.1. 이후 지급하는 소득분부터 적용

(라) 대법원 2025.9.18. 선고 2021두59908 판결의 주요 내용은 <표3>과 같다.

<표3> 대법원 2025.9.18. 선고 2021두59908 판결 주요 내용

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

청구법인은 국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서의 제조ㆍ판매 등에 사실상 사용되었는지 여부를 과세관청이 입증하지 아니하였는바, 이 건 처분은 위법하다고 주장한다.

그러나, 한․미 조세조약 제6조 제3항에서 “사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다”고 규정하고 있는데, 이는 소득의 원천지국 판단기준을 사용지로 정한 것일 뿐 그 사용지의 판정기준은 제시하고 있지 아니하 므로 그에 대한 판단은 국내 세법에 따르는 것이 타당한 점,

2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 「법인세법」 제93조 제9호 에서 “해당 특허권 등이 국외에서 등록이 되었고, 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다”고 규정하고 있었고, 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 「법인세법」 제93조 제8호 에서도 “특허권 등이 국내에서 등록되지 아니하였으나 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득은 외국법인의 국내원천소득에 해당한다”고 명확히 규정하고 있는 점,

A 는 생산에 관한 주요 의사결정이 이루어지는 국내 본점을 거점으로 하여 쟁점계약을 체결하고 사용료를 국내원천소득으로 보아 원천징수를 이행하였는바, 쟁점계약에 따른 이 건 특허기술이 국내에서 사실상 사용되고 있는 것으로 추정되는 점,

A가 국내에서 제품을 제조․판매하는데 있어 이 건 특허기술을 사실상 사용하지 않았다면 이에 대한 사용대가를 국내에서 지급할 이유가 없어 보이는 점,

쟁점계약에 따른 이 건 특허기술이 국외에서 사용되었는지 여부, 국내․외를 구분하여 사용한 근거 등에 대해서는 그 입증의 용이성 및 증거 소지 측면에서 청구법인이 입증해야 할 것으로 보이나, 청구법인은 이를 뒷받침할 근거자료 등을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법률 등

(1) 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약

제6조 소득의 원천

(3) 제14조(사용료) (4)항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조 (5)항에 규정된 것 이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.

제14조 사용료

(4) 본 조에서 사용되는 “사용료”라 함은 다음의 것을 의미한다.

(a) 문학. 예술. 과학작품의 저작권 또는 영화필름. 라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권․특허․의장․신안․도면․비밀공정 또는 비밀공식․상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리․지식․경험․기능(기술)․선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한 함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금

(b) 그러한 재산 또는 권리(선박 또는 항공기는 제외됨)의 매각․교환 또는 기타의 처분에서 발생한 소득 중에서 동 매각․교환 또는 기타의 유상처분으로 취득된 금액이 그러한 재산 또는 권리의 생산성․사용 또는 처분에 상응하는 부분. 사용료에는 광산․채석장 또는 기타 자연자원의 운용에 관련하여 지급되는 사용료․임차료 또는 기타의 금액은 포함되지 아니한다.

(2) 법인세법

제93조(외국법인의 국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

8. 국내원천 사용료소득 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리ㆍ자산 또는 정보(이하 이 호에서 “권리등”이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 이 경우 제4호에 따른 산업상ㆍ상업상ㆍ과학상의 기계ㆍ설비ㆍ장치 등을 임대함으로써 발생하는 소득을 조세조약에서 사용료소득으로 구분하는 경우 그 사용대가를 포함한다.

가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(工程), 라디오ㆍ텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리

나. 산업상ㆍ상업상ㆍ과학상의 지식ㆍ경험에 관한 정보 또는 노하우

다. 사용지(使用地)를 기준으로 국내원천소득 해당 여부를 규정하는 조세조약(이하 이 조에서 “사용지 기준 조세조약”이라 한다)에서 사용료의 정의에 포함되는 그 밖에 이와 유사한 재산 또는 권리[특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 그 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 조에서 “특허권등”이라 한다)가 국내에서 등록되지 아니하였으나 그에 포함된 제조방법ㆍ기술ㆍ정보 등이 국내에서의 제조ㆍ생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 것을 말한다]