조심-2026-전-1091 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 A(주)(이하 “A”라 한다)에서 근무하던 중 2018.2.1. 퇴사 후, 2018.6.1. E이라는 상호로 OOO 도소매업의 사업자등록을 하였고, FTA-TRQ를 통해 OOO의 원재료인 OOO를 무관세로 수입하여 A에 판매하였다.

<참고> TRQ(Tariff Rate Quota : 관세할당) 개요

□ 제도 개요

○ 관세할당은 수입국이 특정 품목에 대해 일정 물량까지는 낮은 세율의 관세를 적용하고, 이를 초과하는 물량에 대해서는 고율의 관세를 부과하는 이중관세제도임

□ OOO 관련 TRQ 제도 운영

○ 수입업체가 OOO를 FTA 체결국으로부터 수입할 경우 0%의 관세율을 적용하고(FTA-TRQ, 할당량 연간 OOO톤 내외), 그 외 WTO 가입국으로부터 수입할 경우 30%의 관세율을 적용하며, 그 외 국가로부터 수입하는 물량에 대하여는 269%의 관세율 적용

○ OOO의 FTA-TRQ 할당량 배분은 OOO에서 담당하고 있고, 사업자별 신청량에 비례하여 OOO 수입 물량을 사업자에게 할당함

나. A는 2017～2023년 기간 동안 청구인의 사업장인 E을 포함한 총 6개 업체가 OOO의 FTA-TRQ 물량을 배정받아 무관세로 수입한 OOO를 위 업체들로부터 매입(이하 “쟁점거래”라 한다)하였고, 6개 업체에 매입대금으로 총 OOO원을 지급하였다(청구인으로부터 매입한 금액은 OOO원임).

다. 관세청은 쟁점거래와 관련하여 A가 무관세 적용 대상인 OOO 물량을 추가로 확보하고자 청구인과 같은 퇴직자 등의 명의로 서류상 회사를 설립한 후, 무관세 적용 대상 OOO를 추가로 신청하는 방식으로 OOO원 상당의 관세를 포탈한 것으로 보아 A 등을 검찰에 고발조치 하였다.

라. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.7.24.∼2025.11.21. 기간 동안 청구인에 대한 부가가치세 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 A에게 국내에서 OOO를 판매하며 발급한 매출세금계산서와 이와 관련한 해상․육상 운송업체 및 관세법인, 세관으로부터 수취한 매입세금계산서가 가공세금계산서에 해당하는 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2026.1.5. 청구인에게 <별지1>과 같이 2018년 제2기～2023년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정․고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2026.1.15. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인이 쟁점거래와 관련하여 수취․발급한 세금계산서가 가공세금계산서에 해당하는 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

② 청구인이 발급한 당초 세금계산서와 수정세금계산서 모두에 대하여 가산세를 부과한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : <별지2> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 처분청은 청구인이 OOO 수입업체를 운영하고 있는 F(G)과 통화를 하면서 쟁점거래를 누가 주도했는지 여부 등과 관련하여 말을 맞추었다는 의견과 관련하여 아래 <그림1>과 같이 녹취록을 제출하였다.

<그림1> 청구인과 F 간 녹취록(2023.5.22.)

○○○

(나) 처분청은 F이 H(I)가 모종의 사유로 OOO 거래를 못하게 되자, ‘그 업체(I․H)를 그만두고 우리(청구인 및 F)가 들어가게 된 것이다’라고 언급하였다는 의견과 관련하여 아래 <그림2>와 같이 녹취록을 제출하였다.

<그림2> 청구인과 F 간 녹취록(2023.5.22.)

○○○

(다) 처분청은 청구인에 앞서 쟁점거래를 진행하던 H가 A와 협의하에 쟁점거래를 진행한 것이라는 처분청 의견과 관련하여 <그림3>, <그림4>와 같이 청구인에 대한 세관 신문조서 및 H의 사업자등록 첨부서류를 제출하였다.

<그림3> 청구인에 대한 세관 신문조서 내용 일부

○○○

<그림4> H의 사업자등록 신청 첨부서류(사업계획서) 내용 일부

○○○

(라) 처분청은 청구인과 같은 형태로 쟁점거래를 진행하던 F은 A의 요청에 따라 쟁점거래를 진행한 것이라는 처분청 의견과 관련하여 <그림5>와 같이 F의 사업자등록 신청 첨부서류를 제출하였다.

<그림5> F의 사업자등록 신청 첨부서류(사업계획서) 내용 일부

○○○

(마) 처분청은 청구인이 스스로 사업을 영위하기 위함이 아니라, A의 관세포탈(원가절감)의 목적으로 A의 요청을 받고 사업자등록을 하며 OOO 수입 명의를 빌려준 것에 불과하다는 의견과 관련하여 <그림6>과 같이 청구인 심문조서를 제출하였다.

<그림6> 청구인에 대한 조사청 심문조서 내용 일부

○○○

(바) 처분청은 청구인의 OOO 수입 과정은 사실상 A 및 M가 주도하였고, 청구인의 역할은 거의 없었다는 의견과 관련하여 아래 <그림7>～<그림19>와 같이 검찰 피의자 신문조서, 조사청 심문조서 등을 제출하였다.

<그림7> 청구인에 대한 검찰 피의자 신문조서 내용 일부

○○○

<그림8> 청구인에 대한 조사청 심문조서 내용 일부

○○○

<그림9> 청구인에 대한 조사청 심문조서 내용 일부

○○○

<그림10> 청구인에 대한 조사청 심문조서 내용 일부

○○○

<그림11> 청구인에 대한 세관 신문조서 내용 일부

○○○

<그림12> 청구인에 대한 검찰 피의자 신문조서 내용 일부

○○○

<그림13> A 직원인 K이 2018.8.20. OOO 수출업체인 J에 발송한 메일내용 일부

○○○

<그림14> 청구인과 K이 주고받은 메시지 내용 일부

○○○

<그림15> 청구인에 대한 검찰 피의자 신문조서 내용 일부

○○○

<그림16> 청구인에 대한 검찰 피의자 신문조서 내용 일부

○○○

<그림17> 청구인에 대한 조사청 심문조서 내용 일부

○○○

<그림18> 청구인에 대한 검찰 피의자 신문조서 내용 일부

○○○

<그림19> 청구인에 대한 조사청 심문조서 내용 일부

○○○

(사) 처분청은 청구인이 OOO 수입과정에서 발생하는 환손실이나 A의 세관․검찰 조사 때문에 발생한 변호사 비용을 C㈜로부터 우회적으로 보전받았고, 환손실 및 변호사 비용을 보전받기 위해 E이 C㈜에 발급한 매출세금계산서를 가공세금계산서라고 시인하기도 하였다는 의견과 관련하여 아래와 같이 세금계산서 발행내역 및 검찰 피의자 신문조서, 조사청 심문조서 등을 제출하였다.

<표2> 청구인과 C㈜간 세금계산서 발급내용 일부

○○○

<그림20> 청구인에 대한 조사청 심문조서 내용 일부

○○○

<그림21> 청구인에 대한 검찰 피의자 신문조서 내용 일부

○○○

(아) 쟁점거래와 관련하여 검찰은 청구인 등이 「특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 등을 위반한 것으로 보아 기소하였고, 위 사건은 현재 서울북부지방법원에서 심리중이다(OOO).

(자) 처분청은 청구인이 발급한 세금계산서 중 당초 발급한 세금계산서를 감액하는 내용으로 발급한 세금계산서(<표3> 중 번호 2, 8, 9번 등)는 세금계산서불성실가산세 대상에서 제외하였고, 당초세금계산서(<표3> 중 1, 6, 7, 15번 등)는 세금계산서불성실가산세 대상으로 하여 청구인에게 가산세를 부과하였으며, 청구인은 2026.3.26. 조세심판관회의에 출석하여 가산세를 부과하더라도 수정세금계산서 발급 후 재발행된 세금계산서만이 가산세 대상이 될 뿐, 당초 세금계산서는 가산세 대상에서 제외되어야 한다는 취지로 주장하였다.

<표3> 청구인의 세금계산서 발급내역 일부(분량상 매출세금계산서 중 2019년 제1기 부가가치세 발급내역까지만 첨부하였음)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

청구인은 스스로의 사업상 이윤을 얻기 위해서 수입 쿼터를 신청하고, 무역을 수행하였으며, 환율 변동에 따른 위험을 부담하면서 사업을 해왔으므로, 청구인이 발급․수취한 세금계산서는 가공세금계산서에 해당하지 않는다고 주장한다.

그러나, 제출된 증빙에 따르면, 쟁점거래는 A가 FTA-TRQ 물량을 우회하여 배정받음으로써 관세를 회피하기 위해 고안된 거래형태인 것으로 보이는 점,

청구인의 OOO 수입 과정은 사실상 A 및 M가 주도하였던 것으로 보이고, 검찰 신문조서 등에 따르면 청구인도 A가 선적 일정 관리, 발주, 대금 지급 관리 등 주요 업무를 수행하였으며, OOO 수출자인 J과 가격 협상 등을 청구인이 진행하지 아니하였다고 인정하고 있는 점,

청구인 세관 신문조서에 따르면 청구인과 J간의 계약서는 A의 주도하에 작성된 것으로 보이고, 검찰 신문조서에 따르면 청구인은 실제 클레임 처리 비용을 청구인이 지출한 사실은 없으며, 계약상 환헷지 수수료를 청구할 수 있는 것으로 되어있는 것 같다고 진술한 바 있어 청구인이 쟁점거래와 관련하여 어떠한 위험을 부담한다고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

처분청은 청구인이 쟁점거래와 관련하여 발급한 세금계산서는 가공세금계산서에 해당하고, 실제 거래사실이 있는 정상적으로 발급된 세금계산서의 수정세금계산서가 아닌 당초 발급 시부터 실물거래 없이 가공으로 발행한 세금계산서에 대한 수정세금계산서는 세금계산서 불성실 가산세 대상에 해당한다는 의견이다.

그러나, 청구인이 발급한 세금계산서 중 당초 세금계산서를 취소하는 내용의 음(-)의 수정세금계산서를 발급한 후, 당초 세금계산서와 동일하거나 유사한 금액으로 다시 양(+)의 세금계산서를 발급하는 내용으로 발행된 내역이 상당하여 단순 기재사항 오류나 환율 적용 오류 등으로 세금계산서를 재발급하였다는 청구주장에 어느 정도 신빙성이 있는 점,

수정세금계산서는 당초의 세금계산서와 상관관계를 갖는 하나의 거래에 해당한다고 볼 수 있고, 단순 기재오류 등으로 재발급한 세금계산서에 대하여도 무한정으로 가산세 부과대상에 해당한다고 볼 경우 가산세 부담이 과도하게 높아질 수 있으며, 기재사항 오류 등을 바로잡고자 수정세금계산서의 발급을 허용하는 제도의 취지에도 맞지 않는 것으로 보이는 점 등에 비추어,

단순 기재사항 오류 등으로 당초 세금계산서를 취소하는 내용의 음(-)의 수정세금계산서를 발급한 후, 당초 세금계산서와 동일하거나 유사한 금액으로 다시 양(+)의 세금계산서를 발급한 경우를 재조사하여, 이에 해당하는 경우에는 당초 세금계산서를 가산세 대상에서 제외하도록 하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 부가가치세 경정․고지 내역

○○○

<별지2> 관련 법률

(1) 부가가치세법

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트