조심-2026-인-0094 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2003.8.29. 인천광역시 서구 OOO 소재 대지 461.7㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 소유권이전등기를 하였고 2005.10.7. 그 위에 연면적 1,514.91㎡의 제2종근린생활시설(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 임대사업에 이용하다가, 2019.7.23. a 외 2명에게 쟁점토지와 쟁점건물을 합계 OOO원에 양도한 후 2019.9.30. 이에 대한 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

나. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고 자료를 처리하는 과정에서 쟁점토지의 매입가액을 신고가액 OOO원이 아닌 A(현 B가 C와 통합되기 이전의 법인으로, 이하 “D”라 한다)의 분양가액 OOO원과 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리가 매매되는 과정에서 누적된 프리미엄 합계 OOO원의 총 합계 OOO원으로 산정하는 등 취득가액을 경정하여, 2025.4.8. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.24. 이의신청을 거쳐, 2025.11.11. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적) 청구인의 쟁점토지의 실지취득가액(매입가액)을 쟁점매매계약서상 금액(OOO원)으로 볼 수 있는지 여부

② (예비적) 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 이 건 과세처분의 세부내역은 아래 <표4>와 같다. 참고로, 청구인은 양도소득세 신고 당시 쟁점건물의 취득가액을 기준시가에 의한 환산취득가액인 OOO원으로 하였고, 이에 대하여 처분청은 쟁점건물에 대한 환산취득가액을 감가상각누계액 OOO원만큼 감액하였으나, 이에 대해서는 양측간 다툼이 없다.

<표4> 이 건 과세처분의 세부내역

(단위 : 원, %)

OOO

(나) 처분청은 쟁점토지(취득권리 포함)가 ‘D → c → e → 청구인’ 순으로 매매되었다고 보고, c(OOO원)과 e(OOO원)의 각 양도차익의 합계액 OOO원을 누적된 프리미엄으로 보아 청구인의 쟁점토지 취득가액에 산입하였는데, 이 과정에서 인정된 자료들의 주요 내용은 다음과 같다.

1) D는 2002.3.6. c과 쟁점토지에 대한 용지매매계약을 체결하였는데, 해당 계약서에는 아래 <그림1>과 같이 쟁점토지의 매매대금이 OOO원으로 기재되어 있고, ‘c(을)이 쟁점토지(목적용지)를 D(갑)의 동의 없이 타인에게 양도하는 때에는 D(갑)이 이 계약을 해제할 수 있다’는 내용이 기재되어 있다.

<그림1> 2002.3.6.자 D와 c 간 용지매매계약서

OOO

2) c은 2002.5.2. e과 쟁점토지에 대한 권리의무승계 계약을 체결하였는데, 해당 계약서에는 아래 <그림2>와 같이 D 인천지사장의 날인이 있고, 거래가격은 달리 기재되어 있지 않다. 다만, c이 2002.7.8. 아래 <표5>와 같이 한 양도소득세 신고에 의하면 c은 쟁점토지의 취득가액을 OOO원으로, 양도가액을 OOO원으로 하여, 양도차익을 OOO원으로 산정한 것으로 나타난다.

<그림2> 2002.5.2.자 c과 e 간 권리의무승계계약서

OOO

<표5> c의 2002.7.8.자 양도소득세 신고 내용

OOO

3) e은 2003.8.21. 청구인과 쟁점토지에 대한 권리의무승계계약을 체결하였는데, 해당 계약서에는 아래 <그림3>과 같이 D 인천지사장의 날인이 있고, 거래가격은 달리 기재되어 있지 않다. 다만, e은 2003.8.30. 아래 <표6>과 같이 한 양도소득세 신고에 의하면, 양도자산을 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리로 하고, 그 취득가액은 OOO원으로, 양도가액은 OOO원으로 하여, 양도차익은 OOO원으로 산정한 것으로 나타난다.

<그림3> 2003.8.21.자 e과 백건수 간 권리의무승계계약서

OOO

<표6> e의 2003.8.30.자 양도소득세 신고 내용

OOO

(다) 한편, 아래 <그림4>와 같은 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점토지의 소유권은 2003.8.29. D에서 청구인에게 직접 이전된 것으로 나타난다

<그림4> 쟁점토지의 등기사항전부증명서

OOO

(라) D(OOO)의 2025.7.7.자 분양사실확인원 및 토지대금 납부확인서는 아래 <그림5>와 같은데, 이에 의하면 쟁점토지에 대한 분양계약이 2002.3.6. 체결되어 2003.8.25. 분양대금 OOO원이 완납되었고, 매수인은 청구인, 그 명의변경일은 2003.8.22.인 것으로 나타난다.

<그림5> D의 2025.7.7.자 분양사실확인원 및 토지대금 납부확인서

OOO

(마) 청구인은 이 건 양도소득세 신고 당시 첨부서류 중 하나로 아래 <그림6>과 같은 2003.8.27.자 등록세 영수증을 제출하였는데, 영수증 상 과세표준액은 OOO원으로 기재되어 있다.

<그림6> 청구인의 2023.8.27.자 등록세 영수증

OOO

(바) 그 밖에 청구인이 제출한 증빙자료들의 주요 내용은 다음과 같다.

1) 청구인은 이 건 이의신청 과정에서 아래 <그림7>과 같은 d와 b 간 2003.6.21.자 부동산매매계약서를 새로 제출하였는데, D의 양도 동의가 표시되어 있는 권리의무승계계약서 등이 제출되었다는 등의 사정은 확인되지 않는다. 한편, 특약사항에 ‘매수인(b)은 매도인(d)의 비과세 처리에 적극 협조한다’는 내용이 기재되어 있는데, 처분청이 확인한 바에 의하면 국세청 통합전산망(NTIS)상 d가 쟁점토지와 관련하여 양도소득세를 신고한 내역은 확인되지 않고, b의 주민등록번호 중 끝에서 두 번째 숫자에 오류가 있는 것으로 나타난다.

<그림7> d와 b 간 2003.6.21.자 부동산매매계약서

OOO

2) 쟁점매매계약서는 아래 <그림8>과 같은데, 계약서에는 계약당사자의 지위가 양도인․양수인이 아니라 임대인․임차인으로 기재되어 있고, 양수인도 청구인이 아닌 배우자 f로 기재되어 있다. 이에 대하여 처분청은 b의 주민등록번호 중 끝에서 두 번째 숫자에 오류가 있고, 하단 광고의 이삿짐 전문업체 “E”(대표전화 OOO) 상호의 업체 중 인천에 소재한 업체 3곳 모두 2004년 이후에 개업한 것으로 확인되며, 청구인은 양도소득세 신고 당시 취득중개수수료 OOO원을 취득가액에 산입하였으나, 계약서에는 중개업자가 미기재되어 있을 뿐만 아니라, D의 동의 여부를 알 수 있는 권리의무승계계약서 등은 달리 제출되지 않았고, 국세청 통합전산망(NTIS)상 b이 양도소득세를 신고한 내역도 확인되지 않는다고 설명하고 있다.

<그림8> 쟁점매매계약서

OOO

참고로, 청구인이 이 건 심판청구과정에서 재제출한 쟁점매매계약서를 보면, 아래 <그림9>와 같이 매매대금란에 한글로 “금 OOO원정”이 기재된 것으로 보인다.

<그림9> 재제출된 쟁점매매계약서

OOO

3) 청구인은 쟁점토지의 실제 매입가액이 OOO원임을 입증하는 금융증빙자료라고 설명하면서 아래 <그림10>과 같은 자료들을 제출하였다.

<그림10> 청구인이 제출한 금융증빙자료

OOO

4) 청구인은 그간 아래 <그림11>과 같은 표준합계잔액시산표를 근거로 종합소득세 신고(임대사업)를 이행하였고, 해당 시산표에 의하면 쟁점토지의 가액이 OOO원으로 기재되어 있는바, 이를 근거로 쟁점토지의 매입가액을 OOO원으로 인정하여야 한다고 주장하고 있다.

<그림11> 청구인이 제출한 표준합계잔액시산표

OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 보건대, 청구인은 ‘D - c - e – d – b – 청구인’ 순으로 쟁점토지(취득권리)가 매매되었고, 청구인이 b으로부터 쟁점토지(취득권리)를 OOO원에 매입한 사실이 쟁점매매계약서 및 각종 금융증빙자료에 의하여 확인되므로, 청구인의 쟁점토지 매입가액을 OOO원으로 보아야 한다고 주장하나, e이 d에게 쟁점토지(취득권리)를 양도한 것을 확인할 수 있는 증빙자료는 달리 제출되지 않았고, 쟁점매매계약서의 경우 그 계약당사자의 이름․지위가 청구인․양수인이 아니라 청구인의 배우자 f․임차인으로 되어 있고, 청구인의 양도소득세 신고 내용과 다르게 중개인이 기재되어 있지 않으며, 계약서 하단에 기재된 광고업체의 사업자등록 이력과 계약서 작성시기가 일치하지 않아 이를 신뢰하기 어려울 뿐만 아니라, d․b이 쟁점토지(취득권리)와 관련하여 양도소득세를 신고한 사실도 확인되지 않는 점, 청구인은 그간 쟁점토지의 장부가액 OOO원을 기준으로 종합소득세 신고를 하였고 이에 대하여 과세당국이 과세처분을 한 사실이 없었다는 것도 청구주장의 근거로 제시하나, 납세의무자가 작성․비치한 장부에 자산의 가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다거나 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다고 볼 수는 없고(서울고등법원 2015.6.23. 선고 OOO 판결, 같은 뜻임), 취득에 관한 증빙서류 등에 의하여 확인되는 경우에 한하여 장부가액을 실지거래가액으로 인정하는 것(조심 OOO, 2008.8.5.)인 점, 반면, D와 c 간 2002.3.6.자 용지매매계약서에는 ‘D가 쟁점토지를 OOO원에 c에게 최초 분양하고, h이 이를 지정용도 사용 전에 D의 동의 없이 타인에게 양도하였을 때에는 D가 해당 계약을 해제할 수 있다’는 내용이 기재되어 있고, 이에 따라 c이 2002.5.2. e과, e이 2003.8.21. 청구인과 차례로 쟁점토지에 대한 권리의무승계계약을 체결하면서 각 계약서에 ‘양수인이 2002.3.6.자 용지매매계약상 c의 일체의 권리의무를 그대로 승계한다’는 내용을 명시하는 한편 D 인천지사장의 도장도 날인하였으며, 이를 근거로 c과 e이 각자 양도소득세 신고․납부 의무를 이행한 것으로 확인될 뿐만 아니라, D OOO의 분양사실확인원․토지대금납부확인서 및 등록세 영수증에 의하면 2003.8.22. 쟁점토지에 대한 명의자(소유권자)가 청구인으로 변경되었고 2003.8.25. 대금 OOO원이 완납되었으며 청구인이 2023.8.27. 과세표준을 OOO원으로 하여 쟁점토지에 대한 등록세 등 합계 OOO원을 납부한 것으로 나타나는바, 그렇다면 결국 쟁점토지(취득권리)는 ‘D – c – e – 청구인’ 순으로 매매되었고 그 과정에서 청구인은 이를 분양가액 OOO원에 취득하였다고 볼 수 있는 점(다만 처분청은 c과 e이 신고한 양도차익을 누적된 프리미엄으로 보아 청구인의 쟁점토지 매입가액에 반영하였는데, 일련의 연쇄적 거래과정을 고려하면 이러한 양도소득금액 산정방식이 합리적이라고 볼 수 있고 청구인에게도 양도차익이 줄어드는 유리한 효과가 발생하였는바, 여기에 위법이 있다고 보기 어렵다) 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 보건대, 처 분청이 부과제척기간이 임박한 2025년 4월경에서야 이 건 과세처분을 함에 따라 가산세액이 과도하게 증가하였으므로 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 단순히 과세관청의 과세처분의 지연이라는 사정만으로는 납세의무자에게 정당한 이유가 있다거나 과세관청의 납부불성실가산세 부과처분이 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 수 없는 점(서울고등법원 2009.6.30. 선고 OOO 판결, 조심 OOO, 2020.11.24., 같은 뜻임) 등에 비추어, 위 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2026. 5. 20.

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본법

제48조 [가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 국세기본법 시행령

제28조 [가산세의 감면 등] ① 법 제48조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의·회신 등에 따라 신고·납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시·군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

(3) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 일부개정된 것)

제88조 [정의] 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. “실지거래가액”이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다.

제97조 [양도소득의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액( 「지적재조사에 관한 특별법」 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제114조 [양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지] ④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.