조심-2026-구-0744 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 1991.5.16. 청구인의 부친으로부터 OOO 대지 260.6m 2 (이하 “쟁점토지”라 한다)를 증여받은 후, 1998.7.10. 쟁점토지 지상에 근린생활시설용 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하였다.

나. 청구인은 2020.9.14. OOO (이하 “이 건 종중”이라 한다)으로부터 쟁점건물의 매매대금(OOO원)을 지급받은 후 2020.11.30. 처분청에 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였고, 이후 2021.1.15. 쟁점토지의 매매대금(OOO원)을 지급받은 후 2021.3.31. 처분청에 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

다. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.4.8.∼2025.4.25. 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점토지는 쟁점건물의 부속토지로, 동일한 매수인에게 쟁점토지와 쟁점건물이 일괄 양도된 것으로 보아야 한다는 내용을 처분청에 통지하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액을 합산(OOO원)한 후 이를 기준시가로 안분하여 양도차익을 산정하여 2025.10.24. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.17. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 과세기간을 달리하여 이 건 종중에게 양도한 쟁점건물과 쟁점토지를 사실상 일괄 양도한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 국세기본법 시행령

제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

3. 「소득세법 시행령」 제118조의5 제1항 에 따라 실손의료보험금(같은 영 제216조의3 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 지급받은 것을 말한다)을 의료비에서 제외할 때에 실손의료보험금 지급의 원인이 되는 의료비를 지출한 과세기간과 해당 보험금을 지급받은 과세기간이 달라 해당 보험금을 지급받은 후 의료비를 지출한 과세기간에 대한 소득세를 수정신고하는 경우(해당 보험금을 지급받은 과세기간에 대한 종합소득 과세표준 확정신고기한까지 수정신고하는 경우로 한정한다)

(3) 소득세법

제5조(과세기간) ① 소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다.

제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득(이하 생략)

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.(이하 생략)

(4) 소득세법 시행령

제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

제166조(양도차익의 산정 등) ③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 가액에 따른다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점토지는 1991.5.15. 증여를 원인으로 1991.5.16. 청구인 명의로 소유권이전등기된 후 2020.12.11. 매매(거래가액 OOO원)를 원인으로 2021.1.5. 이 건 종중의 명의로 소유권이전등기되었고,

쟁점건물은 1998.7.10. 청구인 명의로 소유건보존등기된 후 2020.8.24. 매매(거래가액 OOO원)를 원인으로 2020.9.14. 이 건 종중의 명의로 소유권이전등기되었다.

(나) 매매계약서, 부동산거래계약신고필증 등을 살펴보면 청구인은 이 건 종중과 2020.8.24. 쟁점건물의 매매계약을 체결한 후, 2020.12.11. 쟁점토지의 매매계약을 체결하였고, 쟁점토지와 쟁점건물의 매매대금은 매매계약서상 약정한 지급시기, 지급금액과 동일(아래 <표2> 기재)하게 청구인에게 입금된 것으로 나타난다.

<표2> 매매대금의 지급내역

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(다) 청구인은 쟁점토지와 쟁점건물의 양도에 대하여 2020.11.30., 2021.3.31. 각각 2020년 귀속 양도소득세 OOO원 및 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

<표3> 청구인의 양도소득세 신고내역

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(라) 조사청은 처분청에 대한 종합감사를 실시한 후, 쟁점건물과 쟁점토지의 양도거래를 그 실질에 따라 하나의 연속된 거래로 보는 것이 타당하다는 내용을 통지하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점건물과 쟁점토지의 양도가액을 합산한 후 이를 기준시가로 안분계산한 가액과 매매계약서상 매매가액의 차이가 30% 이상인 경우에 해당하여, 기준시가로 안분한 가액으로 양도차익을 재산정한 후 2025.10.24. 청구인에게 이 건 양도소득세를 경정·고지하였다.

<표4> 양도소득세 경정결의서

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(마) 쟁점토지와 쟁점건물의 매매계약서상 공인중개사의 성명, 날인 등은 기재되어 있지 않다.

<쟁점토지 및 쟁점건물의 매매계약서>

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(바) 이 건 종중의 임시총회 회의록에 따르면, 이 건 종중은 2020.4.2. 쟁점토지에 대한 소유권 분쟁으로 쟁점건물을 먼저 취득하기로 결의하였고, 2020.9.5. 소유권 분쟁에도 불구하고 쟁점토지를 정상적인 거래방법으로 취득하기로 결의한 것으로 나타난다.

<이 건 종중의 임시총회 회의록 중 일부>

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(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 종중과의 소유권분쟁으로 인해 쟁점토지와 쟁점건물을 별도로 양도한 것으로, 처분청이 거래형식과 달리 이를 일괄 양도한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분이 부당하다고 주장하나,

「국세기 본법」 제14조 제3항에서 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 세법을 적용하도록 규정하고 있는바,

쟁점토지는 쟁점건물의 부속토지로, 청구인은 쟁점토지와 쟁점건물을 동일한 매수인인 이 건 종중에 양도하면서 2020.8.24. 쟁점건물의 매매계약을 체결한 후 같은 해인 2020.12.11. 쟁점토지의 매매계약을 체결하였으나, 쟁점토지의 잔금지급일을 2021.1.5.로 약정함에 따라 불과 5일의 차이로 과세시기가 달라진 점, 쟁점건물과 쟁점토지의 양도시점과 과세시기를 달리함에 따라 기본공제 및 세율구간의 적용, 취득가액 안분 등의 차이가 발생하여 결과적으로 납부세액의 차이가 발생한 점, 이 건 종중은 쟁점건물의 잔금지급일(2020.9.14.) 전인 2020.9.5.에 쟁점토지를 쟁점건물과 함께 매수하기로 의사결정한 것으로 나타나 청구인이 주장한 사유는 2020년 중에 해소된 것으로 확인되고, 이외 과세시기를 달리하여 거래한 객관적인 사정이나 합리적인 이유는 제기되지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 세무대리인의 안내에 따라 쟁점토지와 쟁점건물의 매매대금을 수령한 날로부터 2개월 내에 양도소득세를 신고 ․ 납부하였으므로 가산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하나,

세 법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의나 과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지․착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당되지 않는다 할 것인바(OOO),

청구인이 쟁점토지와 쟁점건물을 별도로 양도한 것으로 보아 양도소득의 귀속시기를 달리 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하여 이러한 사실만으로 청구인에게 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있다고 보기는 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.