조심-2026-부-0061 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2002년 7월 설립되어 제주특별자치도 제주시 OOO에서 종합병원을 운영하며 보건업 및 사회복지서비스업을 영위하는 의료법인(비영리법인)으로서, 결손금 누적으로 의료기기 등 유무형자산의 감가상각비를 거의 계상하지 아니하였다가 2017년에 외부회계감사를 받으면서 기업회계 기준에 따른 감가상각누계액을 재무제표에 반영하기 위해 2016년까지 미인식한 감가상각비를 재계산하여 2017사업연도 대차대조표의 이익잉여금에 반영하고, 해당 감가상각비에 대한 감가상각 시부인계산 결과에 따라 발생한 한도초과액을 아래 <표1>과 같이 세무조정하였다.

<표1> 청구법인의 2017사업연도 감가상각 한도초과액 세무조정 내역

○○○

나. OO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.4.7.∼2025.6.25. 기간 동안 청구법인에 대한 비정기 세무조사(조사대상 사업연도 : 2020〜2023년)를 실시한 결과, 청구법인이 2017년에 유보처리한 감가상각부인액 누계 OOO원을 2020〜2024사업연도에 손금산입(추인)한 것에 대하여, 청구법인이 상각부인액을 시인부족액이 발생한 2018사업연도부터 손금으로 추인하지 아니하고 임의로 손금산입 시기를 이 월하여 아래 <표2>와 같이 2020〜2023사업연도에 과다하게 손금산입한 것으로 보아 이를 손금불산입하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2025.8.12. 청구법인에게 2020〜2023사업연도 법인세 합계 OOO원(2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원, 2022사업연도분 OOO원, 2023사업연도분 OOO원) 을 경정․고지하였다.

<표2> 세무조사 결과에 따른 청구법인의 과다추인액

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.7. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

정률법 적용 시 상각범위액 산정에 있어서 시인부족액이 발생한 사업연도에 손금에 산입하지 않은 상각부인액을 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액으로 보아 차감할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법

제23조【감가상각비의 손금불산입】① 내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산(이하 이 조에서 “감가상각자산”이라 한다)에 대한 감가상각비를 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위에서 그 계상한 감가상각비를 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

(2) 법인세법 시행령

제26조【상각범위액의 계산】① 법 제23조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 개별 감가상각자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 “상각범위액”이라 한다)을 말한다.

1. 건축물과 무형자산(제3호 및 제6호부터 제9호까지의 자산은 제외한다): 정액법

2. 건축물 외의 유형자산(제4호의 광업용 유형자산은 제외한다): 정률법 또는 정액법

② 제1항 각 호에 따른 상각방법은 다음과 같다.

1. 정액법：당해 감가상각자산의 취득가액(제72조의 규정에 의한 취득가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 균등하게 되는 상각방법

2. 정률법: 해당 감가상각자산의 취득가액에서 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액[법 제27조의2 제1항에 따른 업무용승용차(이하 “업무용승용차”라 한다)의 경우에는 같은 조 제2항 및 제3항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다]을 공제한 잔액(이하 “미상각잔액”이라 한다)에 해당 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 체감되는 상각방법

제28조【내용연수와 상각률】① 감가상각자산의 내용연수와 해당 내용연수에 따른 상각률은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 재정경제부령으로 정하는 시험연구용자산과 제24조 제1항 제2호가목부터 라목까지의 규정에 따른 무형자산: 재정경제부령으로 정하는 내용연수와 그에 따른 재정경제부령으로 정하는 상각방법별 상각률(이하 “상각률”이라 한다)

2. 제1호 외의 감가상각자산(제24조 제1항 제2호 바목부터 차목까지의 규정에 따른 무형자산은 제외한다): 구조 또는 자산별ㆍ업종별로 기준내용연수에 그 기준내용연수의 100분의 25를 가감하여 재정경제부령으로 정하는 내용연수범위(이하 “내용연수범위”라 한다) 안에서 법인이 선택하여 납세지 관할 세무서장에게 신고한 내용연수(이하 “신고내용연수”라 한다)와 그에 따른 상각률. 다만, 제3항 각 호의 신고기한 내에 신고를 하지 않은 경우에는 기준내용연수와 그에 따른 상각률로 한다.

제32조【상각부인액 등의 처리】① 법 제23조 제5항에 따라 법인이 상각범위액을 초과해 손금에 산입하지 않는 금액(이하 이 조에서 “상각부인액”이라 한다)은 그 후의 사업연도에 해당 법인이 손비로 계상한 감가상각비가 상각범위액에 미달하는 경우에 그 미달하는 금액(이하 이 조에서 “시인부족액”이라 한다)을 한도로 손금에 산입한다. 이 경우 법인이 감가상각비를 손비로 계상하지 않은 경우에도 상각범위액을 한도로 그 상각부인액을 손금에 산입한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제15조【내용연수와 상각률】②영 제28조 제1항 제1호에서 “재정경제부령으로 정하는 내용연수”란 별표 2 및 별표 3에 규정된 내용연수를 말하고, 같은 호에서 “재정경제부령으로 정하는 상각방법별 상각률”이란 별표4에 규정된 상각률을 말한다.

[별표4] 감가상각자산의 상각률표

내용연수 | 정액법에 의한 상각률 | 정률법에 의한 상각률 | 년 | 할분리 | 할분리 | 2 | 500 | 777 | 3 | 333 | 632 | 4 | 250 | 528 | 5 | 200 | 451 | … | … | …

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 사업자 기본현황은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 청구법인의 사업자 기본현황

○○○

(2) 조사청의 조사결과종결보고서에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인은 1981년에 A 신경외과로 시작하여 2002년에 OOO재단(공익법인)을 설립하고, 2013년에 A 일가가 제주특별자치도 제주시 OOO 부지를 출연하고 건물을 신축하여 ‘B’이라는 상호의 종합병원을 운영하고 있는 의료법인이다.

(나) 조사청은 청구법인에 대하여 2025.4.7.부터 2025.6.25.까지 청구법인의 2020〜2023사업연도 법인통합조사를 실시하여, 청구법인이 2017사업연도에 발생(유보)한 의료기기 등 감가상각부인액 OOO원을 시인부족액이 발생하는 2018사업연도부터 손금산입(추인)하여야 함에도 2020사업연도부터 손금산입하였다고 보아, 2020〜2023사업연도(조사대상기간)의 적정한 상각범위액을 산정하여 과다손금추인액을 위 <표2>와 같이 계산하고 손금불산입(유보)한 것으로 나타난다.

(다) 조사청은 조사결과 아래 <표4>와 같은 내용을 적출하여, 청구법인의 2020〜2023사업연도 법인세 OOO원 및 원천세 OOO원에 대한 과세자료를 처분청에 통보한 것으로 나타난다.

<표4> 조사적출내용

○○○

(3) 처분청이 청구법인에게 2020〜2023사업연도 법인세를 경정·고지한 내역은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 청구법인의 2020〜2023사업연도 법인세 경정·고지 내역

○○○

(4) 처분청이 청구법인의 2017사업연도 감가상각부인액의 손금 추인 한도인 연도별 시인부족액을 재계산한 내역은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 처분청의 청구법인의 감가상각 시인부족액 계산내역

○○○

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점규정 ②가 강제규정이 아니라 납세자에게 손금산입을 허용하는 규정이므로 청구법인이 2018〜2019사업연도에 추인하지 않은 상각부인액을 쟁점규정①의 “이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액”으로 볼 수 없다고 주장하나,

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등)인바,

쟁점규정②는 상각부인액은 그 후의 사업연도에 시인부족액을 한도로 손금에 산입하고, 법인이 감가상각비를 손비로 계상하지 않은 경우에도 상각범위액을 한도로 그 상각부인액을 손금에 산입한다고 규정하고 있으므로, 청구법인이 2018〜2019사업연도에 결손 등을 이유로 감가상각비를 손금으로 추인하지 않았다 하더라도 상각범위액을 한도로 그 상각부인액을 손금에 산입하여야 하고, 2020사업연도 이후에는 그 손금추인액을 “이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액”으로 보아 상각범위액을 산정하여야 한다고 보이는 점, 일부 사업연도의 부과제척기간이 경과하였다 하더라도 먼저 부과제척기간을 고려하지 아니한 상태에서 세법에 따라 정당하게 신고하여야 할 각 사업연도별 손익을 재계산하고 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도분에 대해서는 재계산된(오류가 없는) 손익을 당해 사업연도의 손익으로 보는 것이 ｢국세기본법｣에서 부과제척기간을 둔 취지에 비추어 합리적이라고 보이는 점(국심 2005서2639, 2006.8.31., 같은 뜻임) 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.