조심-2025-중-2096 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 ‘a’이라는 상호로 부동산 개발 및 공급업을 영위하는 개인사업자로, 경기도 수원시 권선구 OOO외 21필지 소재 대지 및 잡종지 등 합계 34,219㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2021.12.14. b 주식회사에 OOO원에 양도한 후, 2022.6.17. 「소득세법」 제64조 에 따른 부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례를 적용하여 2021년 귀속 종합소득세를 신고하였다.

나. 청구인은 2022년에 세무법인 OOO에 지급한 쟁점토지의 중개수수료 OOO원 중 OOO원(이하 “쟁점수수료”라 한다) 및 OOO에 지급한 위약금 OOO원(이하 “쟁점위약금”이라 하고, 쟁점수수료와 함께 “쟁점금액”이라 한다)을 2021년 귀속 필요경비로 세무조정하였으나, 위 세액 계산의 특례 적용 시 필요경비에서 누락한 사실을 확인하고 2022.11.4. 처분청에 필요경비로 공제해 달라는 경정청구를 하였으며,

이에 처분청은 쟁점금액은 소개비 등의 필요경비에 해당하지 않는 것으로 보아 이를 거부하였고, 청구인은 2023.1.18. 이의신청(이하 “쟁점이의신청”이라 한다)을 제기하였으며, 2023.3.9. 중부지방국세청장은 쟁점금액은 「소득세법」 제97조 에 따른 필요경비로 인정하는 것이 타당하다고 판단하였다.

다. 이후 청구인은 2024.2.16. 쟁점토지를 무단 점유한 점유자에게 지급한 퇴거비용 등을 필요경비로 인정해 달라는 경정청구를 제기하였고, 이에 처분청은 청구인의 경정청구를 검토하는 과정에서 쟁점금액은 2021년 귀속 필요경비가 아닌 것으로 보아, 이를 부인하는 등 2024.8.7. 청구인에게 2021년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.11.1. 이의신청을 거쳐 2025.4.12. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점금액이 2021년 귀속 필요경비에 해당하므로 이를 부인한 이 건 종합소득세 부과 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 (2020.12.22. 법률 제17650호로 일부 개정된 것)

제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

제66조(이의신청) ① 이의신청은 대통령령으로 정하는 바에 따라 불복의 사유를 갖추어 해당 처분을 하였거나 하였어야 할 세무서장에게 하거나 세무서장을 거쳐 관할 지방국세청장에게 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 관할 지방국세청장에게 하여야 하며, 세무서장에게 한 이의신청은 관할 지방국세청장에게 한 것으로 본다.

1. 지방국세청장의 조사에 따라 과세처분을 한 경우

2. 세무서장에게 제81조의15에 따른 과세전적부심사를 청구한 경우

④ 제1항 및 제2항에 따라 이의신청을 받은 세무서장과 지방국세청장은 각각 국세심사위원회의 심의를 거쳐 결정하여야 한다.

⑥ 이의신청에 관하여는 제61조 제1항ㆍ제3항 및 제4항, 제62조 제2항, 제63조, 제63조의2, 제64조 제1항 단서 및 같은 조 제3항, 제65조제1항 및 제3항부터 제6항까지, 제65조의2 및 제65조의3을 준용한다.

(2) 소득세법 (2020.12.29. 법률 제17757호로 일부 개정된 것)

제27조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

제39조(총수입금액 및 필요경비의 귀속연도 등) ① 거주자의 각 과세기간 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다.

⑤ 거주자가 각 과세기간의 소득금액을 계산할 때 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 대하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우 외에는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

⑥ 제1항의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도, 제2항에 따른 취득가액의 계산, 제3항 및 제4항에 따른 자산·부채의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제64조(부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례) ① 대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하 "부동산매매업"이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 "부동산매매업자"라 한다)로서 종합소득금액에 제104조 제1항 제1호(분양권에 한정한다)·제8호·제10호 또는 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 매매차익(이하 이 조에서 "주택등매매차익"이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다.

1. 종합소득 산출세액

2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액

가. 주택등매매차익에 제104조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액

나. 종합소득과세표준에서 주택등매매차익의 해당 과세기간 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액

제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

나. 지상권

다. 전세권과 등기된 부동산임차권

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산

제55조 제1항에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60)

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지

10. 미등기양도자산

양도소득 과세표준의 100분의 70

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

(3) 소득세법 시행령 (2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부 개정된 것)

제55조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.

1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련한 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)

2. 부동산의 양도 당시의 장부가액(건물건설업과 부동산 개발 및 공급업의 경우만 해당한다). 이 경우 사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용한 것에 대해서는 해당 사업자가 당초에 취득한 때의 제89조를 준용하여 계산한 취득가액을 그 장부가액으로 한다.

28. 제1호부터 제27호까지의 경비와 유사한 성질의 것으로서 해당 총수입금액에 대응하는 경비

제163조(양도자산의 필요경비) ⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

다. 공증비용, 인지대 및 소개비

라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 부친으로부터 쟁점토지 및 쟁점 외 토지의 지분 4분의 1을 증여받은 후 주소지를 소재지로 하여 부동산개발 공급업으로 사업자등록 하였고, 위 쟁점토지 등을 2021.11.26. 매수인 b 주식회사에게 총 OOO원(청구인 지분 OOO원)에 양도하였다.

<쟁점토지 매매계약서(일부발췌)>

<표> 매매계약 내용(청구인 지분 기준)

(단위 : 원)

(2) 청구인은 쟁점금액이 소개비 등 필요경비에 해당하는 것으로 보아 2022.11.4. 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청의 거부처분에 대한 쟁점이의신청 결정문의 판단 부분은 아래와 같으며, 이 건 심판청구 시 쟁점금액이 필요경비에 해당한다는 사실에 대한 다툼은 없다.

<쟁점이의신청 결정문>

(3) 2022년 귀속 표준손익계산서에는 쟁점수수료와 동일한 금액이 지급수수료로 계상되어 있고, 이에 대해 처분청은 2022년 귀속으로 이미 기반영되어 환급을 받았다는 의견이고, 청구인은 쟁점토지가 아닌 쟁점 외 토지의 매매에 대한 별도 수수료라고 주장한다.

<2022년 귀속 표준손익계산서>

(4) 청구인과 세무법인 OOO간 2021년 11월에 체결한 업무 용역 계약서 및 청구인이 제출한 용역수수료의 산정 내역은 아래와 같다.

<업무 용역 계약서>

<용역수수료의 산정 내역>

(단위 : 원, 공급대가)

(5) 청구인 및 쟁점토지의 공동소유자들과 OOO 간 2020.10.8. 체결한 매각자문용역계약서의 주요 내용은 아래와 같다.

<매각자문용역계약서>

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「국세기본법」에 따른 불복청구에 대한 재결청의 결정은 관계 과세관청을 기속하고, 당해 과세관청은 청구를 인용하는 재결청의 결정에 어긋나는 처분을 할 수 없다는 재결의 효력에 따라 불복절차에서 시정된 과세처분을 동일한 사정 아래에서 동일한 이유에 기하여 동일한 내용의 처분으로 되풀이할 수는 없으나, 과세관청은 불복청구에 대한 결정이 이루어진 후에도 새로운 사실관계에 대한 법령에 따라 당해 과세표준과 세액을 경정할 수는 있는 것인바(조심 2011중3598, 2012.4.7., 같은 뜻임),

청구인은 이 건 처분은 쟁점이의신청 결정에 반하는 처분으로 「국세기본법」 제65조 를 위반하는 위법한 처분이라고 주장하나, 쟁점이의신청 결정은 쟁점금액이 쟁점토지를 양도하기 위해 직접 지출한 소개비에 해당하는지 여부에 관한 결정으로, 필요경비의 귀속시기에 대해서는 다툼이 없었던 것으로 보여 그에 대한 판단 또한 이루어지지 않았으므로, 쟁점이의신청 결정의 기속력은 필요경비의 인정 여부에 관해서만 미치는 것으로 보이는 점,

이 건 처분은 쟁점금액이 필요경비에는 해당하는 것이나, 그 귀속시기가 잘못된 것으로 보아 경정·고지한 처분으로서, 쟁점이의신청 결정과는 기본적 사실관계가 동일하지 아니한 사유를 바탕으로 이루어져 재결의 기속력에 저촉된다고 볼 수 없는 점,

또한 청구인은 설령, 이 건 처분이 재결의 기속력에 반하지 않는다고 하더라도 쟁점금액의 귀속시기는 2021년이라고도 주장하나, 「소득세법」 제39조 제1항 은 필요경비의 지급의무가 확정된 날이 속하는 과세기간을 그 필요경비의 귀속연도로 정하고 있는바,

청구인과 세무법인 OOO가 체결한 업무 용역 계약서에 따르면, 용역수수료의 지급 약정일은 “쟁점토지의 계약일과 제2차 중도금 지급일”이라고 명시되어 있는데, 세무법인 OOO는 쟁점토지의 매매계약일(2021.11.26.)에 OOO원의 세금계산서를 발급하였고, 제2차 중도금 지급일(2022.2.25.) 이후인 2022.5.31.에 세금계산서를 발급한 것으로 나타나, 쟁점수수료의 구체적인 급부를 하여야 할 원인이 되는 사실이 발생하여 존재하고 그에 대한 채무가 성립되며, 그 채무액을 합리적으로 산정할 수 있는 귀속연도는 2022년으로 보이는 점,

쟁점이의신청 전 청구인이 처분청에 제출한 경정청구서 및 소명자료에 따르면, 세무법인 OOO에 지출한 수수료 비용 OOO원 중 OOO원은 2021년 귀속 손익계산서의 지급수수료 계정에 기반영되어 있고, 쟁점수수료는 과세기간의 미도래로 2022년 귀속 종합소득세 신고 시 반영될 예정이라고 소명하였으며, 실제 2022년 귀속 손익계산서상에 지급수수료로 계상된 사실이 확인되는 점,

또한, 청구인 및 쟁점토지의 공동소유자들과 OOO 간 체결한 매각자문용역계약서에 따르면, ‘고객의 책임있는 매각의사 철회’에 따른 위약대금의 지급시기는 ‘용역계약종결일로부터 영업일 수 기준 5일 이내 지급’이라고 명시되어 있는바,

계약의 철회내지 해지에 따른 계약해지 시점이 2021년이라는 청구주장을 뒷받침하는 객관적·구체적인 입증자료가 없는 반면에, 쟁점위약금 에 대해 OOO은 2022.6.7.에 세금계산서를 발급하였고, 2022.7.1. 청구인은 쟁점위약금의 지급을 완료한 사실이 확인되므로, 청구인과 OOO간 체결한 용역계약은 2022년에 해지된 것으로 봄이 자연스러운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점금액의 귀속시기를 2022년으로 보아 청구인에게 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.