조심-2025-전-4389 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 주식회사 A의 대표이사이자 발행주식의 40%를 보유한 주주로, 주식회사 A가 주식회사 B(2008.9.10. 설립, 이하 “체납법인”이라 한다)에게 2019.9.25. 흡수 합병되면서 청구인의 주식회사 A의 지분율(40%)에 따라 체납법인의 발행주식 16,000주(지분율 40%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하게 되었다.

<표1> 체납법인의 2019사업연도 주식변동상황명세

(단위 : 주, %)

주주명 | 기 초 | 기 말 | 주식수 | 지분율 | 주식수 | 지분율 | 청구인 | - | - | 16,000 | 40 | ○○○ | - | - | 12,000 | 30 | 체납법인 | - | - | 12,000 | 30 | ㈜A | 40,000 | 100 | - | -

나. 처분청은 체납법인이 2019사업연도 법인세 OOO원(이하 “쟁점체납액”이라 한다)을 체납하자 「국세기본법」제39조 제2호에 따라 2025.7.31. 「상법」상 의결권이 없는 체납법인의 자기주식 보유분(발행주식 12,000주)을 제외하여 재안분한 청구인의 체납법인 지분율(57.14%)에 따라 청구인을 체납법인의 과점주주에 해당하는 것으로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고, 쟁점체납액 중 위 지분율(57.14%)에 상당하는 체납액 OOO원에 대하여 납부고지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.27. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지를 한 처분의 당부

② 체납법인의 가산세 체납에 대하여 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지한 처분의 경우 청구인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 있으므로 이를 취소하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 청구인은 체납법인과의 합병 전 완전모법인인 주식회사 A의 대표이사이자 주식회사 A의 발행주식 중 40%를 보유 중인 주주였고, 2019.9.25. 체납법인의 주식회사 A에 대한 흡수합병으로 인해 쟁점주식을 취득하였으며, 2019년 중 체납법인으로부터 급여(OOO원) 및 상여금(OOO원)을 지급받은 사실이 확인된다.

(2) 청구인은 체납법인의 내부 결재라인상 주요 결재권자가 아닌 참조 결재자에 불과하므로 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사한 사실이 없다고 주장하면서 체납법인의 내부 결재권자 세부내역을 제출하였고, 체납법인의 쟁점체납액에 대한 체납 당시 청구인이 주식회사 C의 대표이사로 재직 중(2019.5.2. 중임 등기)이었던 상태로 체납법인의 업무에 관여할 여력이 없었다고 주장하면서 주식회사 C(본점 소재지 : 서울특별시 강남구OOO)의 법인등기사항전부증명서를 제출하였다.

(3) 청구인은 2026.2.24. 조세심판관회의에 참석하여 다음과 같은 추가주장을 하였다.

(가) 조세법규는 엄격하게 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않고(대법원 2002. 10. 25. 선고 2001두1253 판결, 같은 뜻임), 특히 제2차 납세의무와 같이 주된 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적 납세의무를 부과하는 경우에는 과점주주에 대한 조세형평이나 재산권 보장을 도외시해서는 아니되며, 실질적 조세법률주의의 원칙에 비추어 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주의 범위를 적절하게 제한하여야 할 것이다(대법원 2004.10.27. 선고 2003두1165 판결, 같은 뜻임).

(나) 「국세기본법」제39조는 본문에서 ‘법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다’고 하여 과점주주에 해당하는지 여부를 판단하는 요건을 규정하고 있고, 단서로 ‘다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액(제3호 단서의 경우 그 부족한 금액과 과점조합원 간에 정한 손익분배비율을 곱한 금액으로 한다)을 한도로 한다’고 하여 과점주주에 해당하는 자를 전제로 그가 부담할 책임의 한도를 의결권이 없는 주식을 제외하여 산정하도록 그 기준을 규정하고 있다.

(다) 처분청은 체납법인의 자기주식을 제외하여 청구인의 체납법인 지분율을 산정한 후 청구인이 체납법인의 지분 100분의 50을 초과한 과점주주에 해당하는 것으로 보아 이 건 처분을 하였는데, 「상법」제369조 제2항은 회사가 가진 자기주식은 의결권이 없다고 규정하고 있으나, 이는 단지 자기주식의 의결권 행사를 제한하는 것일 뿐, 자기주식 자체가 발행주식 총수에서 소멸하거나 제외된다는 의미가 아니고, 회사가 보유한 자기주식의 경우 일시적으로 보유하다가 언제든지 제3자에게 처분될 수 있는바, 이는 발행주식으로서의 지위가 유지된다고 할 것이므로, 「국세기본법」제39조 본문에서 명시적인 예외 규정이 없는 이상 자기주식 역시 원칙적으로 발행주식 총수에 포함되는 것으로 해석하여야 할 것이고, 조세법규의 엄격해석 원칙과 제2차 납세의무 보충성을 고려할 때 과점주주의 해당 여부를 규정한「국세기본법」제39조 본문에 명시적 규정이 없음에도 단서에 기재된 자기주식을 법인의 발행주식 총수에서 제외하여 과점주주 해당여부를 판단하는 것은 조세법률주의에 위배되는 것으로서 위법하다고 할 것이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 쟁점주식만을 보유하여 체납법인의 발행주식이 100분의 50을 초과하여 보유한 사실이 없고, 실제 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사한 사실이 없어 과점주주에 해당하지 않으므로, 쟁점체납액에 대하여 처분청이 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지한 이 건 처분이 위법․부당하다고 주장한다.

(나) 우선 쟁점체납액의 경우 「국세기본법」제21조 제2항 제1호 및 제11호에 따라 2020.12.22. 개정된 「국세기본법」제39조 규정의 시행일(2021.1.1.) 이전에 그 납세의무가 성립된 이상, 구 「국세기본법」제39조에 따라 과점주주의 해당여부를 판단하여야 할 것인데, 구「국세기본법」제39조 단서 조항은 ‘제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제2호는 ‘주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)’라고 규정하고 있는데, 체납법인의 발행주식 총수 중 「상법」제369조 제2항에 따라 의결권이 없는 주식인 체납법인이 보유한 자기주식 12,000주를 제외하면 쟁점주식을 보유하고 있는 청구인의 체납법인의 지분율이 100분의 50을 초과한 것으로 나타난다.

(다) 한편, 구 「국세기본법」 제39조 제2호 는 제2차 납세의무를 지우는 과점주주 요건을 ‘주주들의 소유주식의 합계가 50%를 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사한 자’로만 규정하고 있는데, ‘주식에 대한 실질적인 권리 행사’는 반드시 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것을 요구하는 것은 아니고, 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다고 할 것이며(대법원 2004.10.15. 선고 2003두8418 판결, 같은 뜻임), 주주명부에 적법하게 주주로 기재되어 있는 자는 특별한 사정이 없는 한 회사에 대한 관계에서 주식에 관한 의결권 등 주주권을 행사할 수 있다고 할 것인바(대법원 2017.3.23. 선고 2015다248342 판결, 같은 뜻임), 청구인은 2019년 쟁점주식을 취득하여 체납법인의 주주로 등재된 사실이 체납법인의 2019사업연도 주식변동상황명세서 등을 통해 확인되는 반면, 청구인이 체납법인의 주주로서 권리를 행사하는데 제약이 있었다고 볼만한 사정이 확인되지 않는 이상 위 규정에 따른 과점주주에 해당한다고 할 것이다.

(라) 따라서 청구인이 쟁점체납액에 대한 체납법인의 과점주주에 해당하지 않는다는 주장은 인정하기 어려운 것으로 판단된다.

(5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 체납법인의 쟁점체납액 체납과 관련하여 청구인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 있으므로, 쟁점체납액 중 가산세 부분에 대하여 청구인을 제2차 납세의무자로 지정․납부고지한 처분이 위법․부당하다고 주장하나, 구 「국세기본법」 제39조 규정은 법인의 재산으로 그 법인이 납부할 국세 및 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 과점주주 등이 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다고 규정하고 있는바, 위 규정의 ‘국세’에는 가산세도 포함된다고 할 것이고, 달리 체납법인의 제2차 납세의무자인 청구인에 대해 그 가산세 부담을 제외할 사정은 보이지 않는 점 등에 비추어 청구인의 위 주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(6) 따라서 처분청이 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 쟁점체납액 중 청구인 지분율에 상당하는 금액에 대하여 제2차 납세의무자로 지정한 후 청구인에게 납부고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제065조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것)

제21조(납세의무의 성립시기) ① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다.

② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 소득세·법인세 : 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때를 말한다.

11. 가산세 : 다음 각 목의 구분에 따른 시기. 다만, 나목과 다목의 경우 제39조를 적용할 때에는 이 법 및 세법에 따른 납부기한(이하 "법정납부기한"이라 한다)이 경과하는 때로 한다.

가. 제47조의2에 따른 무신고가산세 및 제47조의3에 따른 과소신고·초과환급신고가산세 : 법정신고기한이 경과하는 때

나. 제47조의4 제1항 제1호·제2호에 따른 납부지연가산세 및 제47조의5 제1항 제2호에 따른 원천징수납부 등 불성실가산세 : 법정납부기한 경과 후 1일마다 그 날이 경과하는 때

제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세( 「인지세법」 제8조제1항 에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납세고지일부터 납세고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 것)

제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

※ 부칙

제2조(출자자의 제2차 납세의무에 관한 적용례) 제39조의 개정규정은 이 법 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

(3) 국세기본법 시행령

제18조의2(짜고 한 거짓 계약으로 추정되는 계약의 특수관계인의 범위) 법 제35조 제6항 각 호 외의 부분 후단에서 “특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 납세자와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 친족관계

2. 경제적 연관관계

3. 경영지배관계 중 제1조의2 제3항 제1호 가목 및 같은 항 제2호 가목 및 나목의 관계. 이 경우 같은 조 제4항을 적용할 때 같은 항 제1호 가목 및 제2호 나목 중 “100분의 30”은 “100분의 50”으로 본다.

제20조(출자자의 제2차 납세의무의 적용 범위) ② 법 제39조 제2호에서 “특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 주주 또는 법 제39조 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원과 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

(4) 법인세법

제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

제64조(납부) ① 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 산출세액에서 다음 각 호의 법인세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제60조에 따른 신고기한까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

(5) 상법

제369조(의결권) ① 의결권은 1주마다 1개로 한다.

② 회사가 가진 자기주식은 의결권이 없다.