조심-2025-서-1309 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 1996.12.3. 설립된 부동산신탁업 등을 수행하는 부동산신탁회사로, 2019년부터 2023년까지 관리형 토지신탁 사업을 수행하면서 사업주체가 위탁자(부동산개발사업의 사업시행자)에서 수탁자인 청구법인으로 변경됨에 따라 위탁자(사업시행자)가 시공사 등과 체결한 공사도급 등(공사도급, 감리용역, 설계용역)에 대한 승계계약서(이하 “쟁점승계계약서”라 한다) 총 582건을 작성하였다.

나. 00지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.8.8.부터 2024. 10.17.까지 청구법인에 대하여 법인세 통합 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 작성한 쟁점승계계약서가 인지세 과세문서에 해당하는 것으로 보아 00세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2024.11.25. 아래 <표1>과 같이 2019년 9월～2023년 12월 기간분 인지세 합계 OOO원을 결정․고지하였다.

<표1> 인지세 과세처분 내역

(단위 : 건, 원)

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.14. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① (주위적 청구) 관리형 토지신탁계약에 따른 쟁점승계계약서가 인지세 과세대상 문서에 해당하는지 여부

② (예비적 청구) 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 인지세법

제1조(납세의무) ① 국내에서 재산에 관한 권리 등의 창설ㆍ이전 또는 변경에 관한 계약서나 이를 증명하는 그 밖의 문서를 작성하는 자는 이 법에 따라 그 문서에 대한 인지세를 납부할 의무가 있다.

② 2인 이상이 공동으로 문서를 작성하는 경우 그 작성자는 해당 문서에 대한 인지세를 연대(連帶)하여 납부할 의무가 있다.

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “증서”란 재산에 관한 권리의 창설ㆍ이전 또는 변경에 관한 계약서나 그 밖에 이를 증명할 목적으로 작성하는 문서를 말한다.

2. “통장”이란 하나의 문서로서 반복적인 거래 사실을 표시할 수 있도록 철한 문서를 말한다.

제3조(과세문서 및 세액) ①인지세를 납부하여야 할 문서(이하 “과세문서”라 한다) 및 세액은 다음과 같다.

과세문서

세액

1. 부동산․선박․항공기의 소유권 이전에 관한 증서

기재금액이 1천만원 초과 3천만원 이하인 경우 : 2만원

기재금액이 3천만원 초과 5천만원 이하인 경우 : 4만원

기재금액이 5천만원 초과 1억원 이하인 경우 : 7만원

기재금액이 1억원 초과 10억원 이하인 경우 : 15만원

기재금액이 10억원 초과하는 경우 : 35만원

3. 도급 또는 위임에 관한 증서 중 법률에 따라 작성하는 문서로서 대통령령으로 정하는 것

제1호에 규정된 세액

② 제1항 각 호의 과세문서는 통장의 경우 1권마다, 통장 외의 과세문서의 경우 1통마다 해당 인지세를 납부하여야 한다.

③ 제1항 각 호의 과세문서에는 「전자문서 및 전자거래 기본법」 제2조 에 따른 전자문서( 「주식ㆍ사채 등의 전자등록에 관한 법률」 제2조 제1호 나목에 따른 사채로서 같은 법 제59조 각 호의 요건을 모두 갖추고 전자등록된 것 등 대통령령으로 정하는 전자문서는 제외하며, 이하 “과세대상 전자문서”라 한다)를 포함한다.

④ 제1항 각 호의 과세문서에 대해서는 명칭이 무엇이든 그 실질적인 내용에 따라 이를 적용한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 과세문서의 판단 및 구분에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 인지세법 시행령

제2조의3(도급 및 위임 문서의 범위) 법 제3조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 「건설산업기본법」 제22조 에 따라 작성하는 도급문서

(3) 건설산업기본법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “건설용역업”이란 건설공사에 관한 조사, 설계, 감리, 사업관리, 유지관리 등 건설공사와 관련된 용역(이하 “건설용역”이라 한다)을 하는 업(業)을 말한다.

4. “건설공사”란 토목공사, 건축공사, 산업설비공사, 조경공사, 환경시설공사, 그 밖에 명칭과 관계없이 시설물을 설치ㆍ유지ㆍ보수하는공사(시설물을 설치하기 위한 부지조성공사를 포함한다) 및 기계설비나 그 밖의 구조물의 설치 및 해체공사 등을 말한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 공사는 포함하지 아니한다.

가. 「전기공사업법」에 따른 전기공사

나. 「정보통신공사업법」에 따른 정보통신공사

다. 「소방시설공사업법」에 따른 소방시설공사

라. 「국가유산수리 등에 관한 법률」에 따른 국가유산 수리공사

제22조(건설공사에 관한 도급계약의 원칙) ① 건설공사에 관한 도급계약(하도급계약을 포함한다. 이하 같다)의 당사자는 대등한 입장에서 합의에 따라 공정하게 계약을 체결하고 신의를 지켜 성실하게 계약을 이행하여야 한다.

② 건설공사에 관한 도급계약의 당사자는 계약을 체결할 때 도급금액, 공사기간, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 계약서에 분명하게 적어야 하고, 서명 또는 기명날인한 계약서를 서로 주고받아 보관하여야 한다.

③ 국토교통부장관은 계약당사자가 대등한 입장에서 공정하게 계약을 체결하도록 하기 위하여 건설공사의 도급 및 건설사업관리위탁에 관한 표준계약서(하도급의 경우는 「하도급거래 공정화에 관한 법률」에 따라 공정거래위원회가 권장하는 건설공사표준하도급계약서를 포함한다. 이하 “표준계약서”라 한다)의 작성 및 사용을 권장하여야 한다.

④ 건설사업자는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 건설공사에 관한 사항을 건설공사대장에 적어야 한다.

⑤ 건설공사 도급계약의 내용이 당사자 일방에게 현저하게 불공정한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 부분에 한정하여 무효로 한다.

1. 계약체결 이후 설계변경, 경제상황의 변동에 따라 발생하는 계약금액의 변경을 상당한 이유 없이 인정하지 아니하거나 그 부담을 상대방에게 떠넘기는 경우

2. 계약체결 이후 공사내용의 변경에 따른 계약기간의 변경을 상당한 이유 없이 인정하지 아니하거나 그 부담을 상대방에게 떠넘기는 경우

3. 도급계약의 형태, 건설공사의 내용 등 관련된 모든 사정에 비추어 계약체결 당시 예상하기 어려운 내용에 대하여 상대방에게 책임을 떠넘기는 경우

4. 계약내용에 대하여 구체적인 정함이 없거나 당사자 간 이견이 있을 경우 계약내용을 일방의 의사에 따라 정함으로써 상대방의 정당한 이익을 침해한 경우

5. 계약불이행에 따른 당사자의 손해배상책임을 과도하게 경감하거나 가중하여 정함으로써 상대방의 정당한 이익을 침해한 경우

6. 「민법」 등 관계 법령에서 인정하고 있는 상대방의 권리를 상당한 이유 없이 배제하거나 제한하는 경우

⑥ 건설사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제4항에 따른 건설공사대장의 기재 사항을 발주자에게 통보하여야 한다.

⑦ 건설공사 도급계약의 당사자는 「고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 관한 법률」에 따른 보험료, 「국민연금법」에 따른 국민연금보험료, 「국민건강보험법」에 따른 건강보험료, 「노인장기요양보험법」에 따른 노인장기요양보험료 등 그 건설공사와 관련하여 건설사업자가 의무적으로 부담하여야 하는 비용의 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 건설공사의 도급금액 산출내역서(하도급금액 산출내역서를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)에 분명하게 적어야 한다. 이 경우 그 건설공사의 도급금액 산출내역서에 적힌 금액이 실제로 지출된 보험료 등보다 많은 경우에 그 정산에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑧ 둘 이상의 건설사업자가 공동으로 국가, 지방자치단체 또는 대통령령으로 정하는 공공기관 외의 자가 발주하는 공사를 도급받기로 발주자와 약정한 후 그 건설사업자 중에서 발주자에게 약정내용의 변경을 요청하는 경우에는 요청일 10일 전까지 그 사유를 다른 건설사업자에게 서면으로 통보하여야 한다.

(4) 건설산업기본법 시행령

제25조(공사도급계약의 내용) ①법 제22조 제2항에 따라 공사의 도급계약에 분명하게 적어야 할 사항은 다음 각 호와 같다.

1. 공사내용

2. 도급금액과 도급금액 중 임금에 해당하는 금액

3. 공사착수의 시기와 공사완성의 시기

4. 도급금액의 선급금이나 기성금의 지급에 관하여 약정을 한 경우에는 각각 그 지급의 시기ㆍ방법 및 금액

5. 공사의 중지, 계약의 해제나 천재ㆍ지변의 경우 발생하는 손해의 부담에 관한 사항

6. 설계변경ㆍ물가변동 등에 기인한 도급금액 또는 공사내용의 변경에 관한 사항

7. 법 제34조 제2항의 규정에 의한 하도급대금지급보증서의 교부에 관한 사항(하도급계약의 경우에 한한다)

8. 법 제35조 제1항의 규정에 의한 하도급대금의 직접지급사유와 그 절차

8의2. 법 제40조 제1항에 따른 건설기술인의 배치에 관한 계획

9. 「산업안전보건법」 제72조 에 따른 산업안전보건관리비의 지급에 관한 사항

10. 법 제87조 제1항의 규정에 의하여 건설근로자퇴직공제에 가입하여야 하는 건설공사인 경우에는 건설근로자퇴직공제가입에 소요되는 금액과 부담방법에 관한 사항

11. 「산업재해보상보험법」에 의한 산업재해보상보험료, 「고용보험법」에 의한 고용보험료 기타 당해 공사와 관련하여 법령에 의하여 부담하는 각종 부담금의 금액과 부담방법에 관한 사항

12. 당해 공사에서 발생된 폐기물의 처리방법과 재활용에 관한 사항

13. 인도를 위한 검사 및 그 시기

14. 공사완성후의 도급금액의 지급시기

15. 계약이행지체의 경우 위약금ㆍ지연이자의 지급 등 손해배상에 관한 사항

16. 하자담보책임기간 및 담보방법

17. 분쟁발생시 분쟁의 해결방법에 관한 사항

18. 「건설근로자의 고용개선 등에 관한 법률」 제7조의2 에 따른 고용 관련 편의시설의 설치 등에 관한 사항

(5) 국세기본법

제47조의4(납부지연가산세) ⑨ 「인지세법」제8조 제1항에 따른 인지세(같은 법 제3조 제1항 제1호의 문서 중 부동산의 소유권 이전에 관한 증서에 대한 인지세는 제외한다)의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우(과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 납부하는 경우는 제외한다)에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.

1. 「인지세법」에 따른 법정납부기한이 지난 후 3개월 이내에 납부한 경우 : 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 100

2. 「인지세법」에 따른 법정납부기한이 지난 후 3개월 초과 6개월 이내에 납부한 경우 : 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 200

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(6) 국세기본법 시행령

제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 관리형 토지신탁계약에 관한 내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인이 제출한 관리형 토지신탁계약서는 아래 <표2>와 같고, 관리형 토지신탁계약의 특약사항(청구법인)에 관한 내용은 아래 <표3>과 같다.

<표2> 관리형 토지신탁계약서

○○○

<표3> 관리형 토지신탁 계약 특약사항

○○○

(2) 가산세 감면에 대하여 청구법인이 제시한 해석사례는 아래와 같다.

(가) 인지세법 기본통칙 1-1…5에 ‘상속인, 합병으로 존속하거나 신설되는 법인 또는 사업양수인이 피상속인・소멸법인 또는 사업양도인이 작성하여 사용하던 문서를 권리의무를 포괄적으로 승계하는 상속인 등의 명의로 명의변경하여 계속 사용하더라도 새로운 문서를 작성한 것으로 보지 아니한다’고 규정하고 있다.

(나) 국세청은 “분할신설법인 명의로 도급계약서를 변경하는 경우 인지세법 기본통칙 1-1…6의 규정을 준용하여 새로운 문서를 작성한 것으로 보지 아니한다”고 회신(소비세과-OOO, 2013.6.12.)하였다.

(다) 국세청은 “사업양수인이 사업양도인이 사용하던 상품권을 권리의무를 포괄적으로 승계하는 양수인의 명의로 변경하여 재발행하는 경우 새로운 문서를 작성한 것으로 보지 아니한다”고 회신(서면-2022-소비-OOO, 2020.1.23.)하였다.

(라) 국세청은 ‘위탁자와 신탁회사(수탁자) 등 간에 체결한 관리형 토지신탁 계약에 의해 사업주체가 변경됨에 따라 작성하는 공사도급계약 승계계약서는 도급계약의 계약당사자를 변경하기 위해 새로운 문서를 작성한 것이므로 「인지세법」제3조 제1항 제3호에 따른 과세문서에 해당하는 것’이라고 회신(서면-2022-소비-OOO, 2022.12.22.)하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점승계계약서는 「건설관리기본법」제22조에 따라 작성하는 도급문서가 아니고 위탁자로부터 권리․의무를 포괄적으로 승계받아 명의만 변경하여 작성한 것일 뿐이므로 인지세 과세대상 문서가 아니라고 주장하나,

청구법인이 제출한 관리형 토지신탁계약서 및 특약사항 등을 보면 위탁자․수탁자(신탁회사)․시공사 등이 계약의 당사자로서 각자가 수행하는 업무를 약정하면서 공사비를 포함한 공사도급과 그 범위 등에 대하여 정한 것으로 보이는바, 쟁점승계계약서는「건설산업기본법」제22조 및 같은 법 시행령에 따라 작성된 도급문서로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점승계계약서를 인지세 과세대상 문서로 보아 청구법인에게 이 건 인지세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 가할 수 없다 할 것(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻임)인바,

청구법인의 관리형 토지신탁계약의 특약사항 제14조 제2항에 따르면 청구법인에게 부과되는 제세공과금은 사업비 운영계좌에서 집행되므로 인지세를 위탁자의 비용으로 지급할 수 있는 청구법인의 입장에서는 쟁점승계계약서 작성에 따른 인지세를 납부하지 않을 이유가 없어 보이는 점, 국세청은 2022.12.22. 신탁회사의 질의에 대하여 ‘관리형 토지신탁에 의해 사업주체가 변경됨에 따라 위탁자와 신탁회사 등 간에 작성하는 공사도급계약 승계계약서는 계약당사자를 변경하기 위해 새로운 문서를 작성한 것’으로 해석하여 회신한 점, 위 국세청