조심-2025-전-3987 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인 F은 2014.6.30. E 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)를 인수하여 2014.7.9.～2017.7.9. 기간 동안 대표자로 재직하였고, 2017.7.10. 이후에는 청구인 F의 자녀인 G가 쟁점법인의 대표자로 재직 중이며, 2014.6.30.～2022.4.13. 기간 동안의 쟁점법인의 주식변동 내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점법인의 주식변동 내역

○○○

나. 대구지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.2.17.∼2025.4.17. 기간 동안 쟁점법인의 주주들에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 쟁점법인의 주식(이하 “쟁점주식”이라 한다) 전부의 실제 소유자는 청구인 F이고, 청구인 F이 2014.6.30. 청구인 H․I․D․J에게 쟁점주식을 명의신탁하였으며, 이후 양도거래를 가장하여 2016.12.13. 청구인 K, 2017.7.1. 청구인 L, 2018.11.7. 청구인 I, 2020.3.31. 청구인 D․A, 2022.4.13. 청구인 B․C의 명의로 재차 명의신탁한 것으로 보아, 2025.4.25. 청구인들에게 세무조사 결과통지를 한 후, 처분청들에게 과세자료를 통보하였고, 처분청들은 2025.7.16.～2025.7.30. 기간 동안 <별지1>과 같이 청구인들에게 증여세를 결정․고지하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2025.9.15. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 부외부채 및 회수불가능 채권 등을 반영하여 쟁점주식의 가액을 다시 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

② 일부 청구인들에 대하여는 주식을 명의신탁한 것이 아니라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인 F은 2014.6.3. 본인이 기존에 운영하던 R 주식회사와 S이 운영하던 주식회사 T(쟁점법인의 변경 전 명칭)의 주식 및 경영권을 교환하는 내용의 ‘주식교환 및 경영권 양수도 계약’을 체결하였다.

(나) 쟁점법인은 폐기물 처리명령 미이행(위반일자 : 2017.9.22.)을 이유로 경상북도 OOO시장으로부터 3개월(2018.5.1.～2018.7.31.)의 영업정지 처분을 받았고, 폐기물 처리명령(2차) 미이행(위반일자 : 2018.5.14.)을 이유로 6개월(2018.9.20.～2019.3.19.)의 영업정지처분을 받았다.

(다) 경상북도 OOO시장은 2019.7.29. 쟁점법인에게 방치폐기물 처리이행보증보험 계약갱신 명령 미이행을 이유로 허가취소 처분을 하였고, 쟁점법인은 이에 불복하여 소송을 제기하여 2021년 8월 허가취소 처분이 취소되었다.

(라) 청구인들이 제출한 쟁점법인의 연도별 폐기물 처리내역은 <표7>과 같고, 청구인들은 쟁점법인이 2016～2024년 기간 동안 OOO톤의 폐기물을 처리하였고, 처리비용은 OOO원이 소요되었다고 주장하면서 경상북도 OOO시장에게 발송한 폐기물 배출 및 처리실적보고 자료를 제출하였다.

<표7> 쟁점법인의 연도별 방치 폐기물 처리내역

○○○

<그림1> 청구인이 제출한 폐기물 배출 및 처리 실적보고 자료 일부

○○○

(마) 쟁점법인은 경상북도 OOO시장의 각 영업정지 처분에 불복하여 2018.4.25. 행정심판을 청구하였고, 위 심판청구에 대한 경상북도행정심판위원회의 재결서에 기재된 주요 내용은 아래 <표8>과 같다.

<표8> 경상북도행정심판위원회(경북행심 2018-121, 2018.5.28.) 재결 주요 내용

○○○

(바) 쟁점법인은 경상북도 OOO시장의 2019.7.29.자 허가취소 처분에 불복하여 소송을 제기하였고, 해당 소송의 소장에 기재된 주요 내용은 아래 <표9>와 같다.

<표9> 쟁점법인의 소장에 기재된 주요 내용

○○○

(사) 청구인들은 쟁점법인 사업장 내 폐기물이 지속적으로 감소하였다고 주장하면서, 아래 <그림2>와 같이 쟁점법인 사업장의 위성사진을 제출하였다.

<그림2> 쟁점법인 사업장 위성사진(2015～2024년)

○○○

(아) 청구인들은 쟁점법인의 폐기물 처리 단가가 경상북도 OOO시장이 공고한 입찰가액보다 저렴하다는 청구주장과 관련하여 아래 <그림3>과 같이 OOO시 공고자료(OOO)를 제출하였다.

<그림3> 폐기물 처리 관련 OOO시 공고

○○○

(자) 청구인 F이 2014.6.3. S과 체결한 주식교환 및 경영권 양수도 계약서의 별첨자료로 ‘M&A 자산평가 부실자산현황’이라는 문서가 포함되어 있고, 위 문서에 포함된 내용은 아래 <그림4>와 같다.

<그림4> 주식교환 및 경영권 양수도 계약서 중 M&A 자산평가 부실자산현황 자료

○○○

(차) 청구인 F은 다른 청구인들에게 쟁점주식을 명의신탁하였음을 인정하는 내용의 확인서를 조사청에 제출하였고, 청구인 B은 쟁점주식 양수 거래에 전혀 관여한 사실이 없고, 주식 대금을 실제 납입한 사실이 없으며, 청구인 F의 부탁으로 쟁점주식의 명의를 대여하였다는 내용의 확인서를 조사청에 제출하였다.

(카) 청구인 F은 2025.11.27. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 행정심판재결서에 기재된 폐기물의 물량과 청구법인이 제출한 폐기물 처리 물량이 다른 이유는 경상북도 OOO시장이 폐기물의 실제 무게를 측정한 것이 아니라 폐기물의 부피 등에 근거하여 추정한 것에 불과하여 OOO시장이 폐기물처리명령을 내린 물량이 실제 무게는 아니었고, 쟁점법인은 당시 폐기물처리명령을 받은 상태여서 새로운 폐기물을 반입할 수 없었는바, 쟁점법인이 처리한 폐기물들은 모두 기존에 쟁점법인에 남아있던 폐기물이었다는 취지로 진술하였으며, 폐기물 처리비용과 관련한 세금계산서들을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 먼저 직권으로 청구인 A․B․C이 제기한 심판청구 및 청구인 D 2020.3.31. 증여분 증여세 OOO원에 대하여 제기한 심판청구 가 적법한지 여부에 대하여 살펴본다.

위의 심판청구와 관련하여 처분청들은 2018.12.31. 법률 제16102호로 개정된 「상속세 및 증여세법」 제4조의2 제2항 에 따라 청구인 F에게만 증여세를 경정․고지하였고, 위 청구인들에게 납부고지서를 고지한 내역이 없는바, 청구인 A․B․C이 제기한 심판청구 및 청구인 D 2020.3.31. 증여분 증여세 OOO원에 대하여 제기한 심판청구는 청구의 대상이 되는 처분이 없으므로 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 쟁점법인이 실제 폐기물을 처리한 것인지 여부를 확인하기 어려운 점 등을 근거로 이 건 처분은 적법하다는 의견이다.

그러나, 청구인들은 실제 폐기물을 처리하였다는 청구주장과 관련하여 경상북도 OOO시장에게 제출한 폐기물 배출 및 처리 실적보고 자료, 폐기물 처리 관련 세금계산서 등을 제출하였는바, 청구인 F의 쟁점법인 인수 당시부터 폐기물을 보유하고 있었고, 이에 대한 처리 의무가 있었다는 청구주장에 신빙성이 있는 것으로 보이는 점,

쟁점법인은 경상북도 OOO시장으로부터 폐기물처리명령을 받았는바, 새로운 폐기물을 반입할 수도 없었을 것으로 판단되므로 쟁점법인이 처리한 폐기물 물량이 청구인 F의 쟁점법인 인수 당시의 물량과 차이가 없었을 것으로 보이는 점 등에 비추어,

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

4. 제45조의2에 따라 재산을 증여받은 것으로 보는 경우

제45조의2(명의신탁재산의 증여 의제) ① 권리의 이전이나 그 행사에 등기등이 필요한 재산(토지와 건물은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 「국세기본법」 제14조 에도 불구하고 그 명의자로 등기등을 한 날(그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일이 속하는 해의 다음 해 말일의 다음 날을 말한다)에 그 재산의 가액(그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일을 기준으로 평가한 가액을 말한다)을 명의자가 실제소유자로부터 증여받은 것으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 조세 회피의 목적 없이 타인의 명의로 재산의 등기등을 하거나 소유권을 취득한 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우

2. 삭제 <2015.12.15>

3. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁재산인 사실의 등기등을 한 경우

4. 비거주자가 법정대리인 또는 재산관리인의 명의로 등기등을 한 경우

(2) 상속세 및 증여세법(2018.12.31. 법률 제16102호로 일부개정된 것)

제4조의2(증여세 납부의무) ① 수증자는 다음 각 호의 구분에 따른 증여재산에 대하여 증여세를 납부할 의무가 있다.

1. 수증자가 거주자(본점이나 주된 사무소의 소재지가 국내에 있는 비영리법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 경우 : 제4조에 따라 증여세 과세대상이 되는 모든 증여재산

2. 수증자가 비거주자(본점이나 주된 사무소의 소재지가 외국에 있는 비영리법인을 포함한다. 이하 제6항과 제6조 제2항 및 제3항에서 같다)인 경우 : 제4조에 따라 증여세 과세대상이 되는 국내에 있는 모든 증여재산

② 제1항에도 불구하고 제45조의2에 따라 재산을 증여한 것으로 보는 경우(명의자가 영리법인인 경우를 포함한다)에는 실제소유자가 해당 재산에 대하여 증여세를 납부할 의무가 있다.

⑥ 증여자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수증자가 납부할 증여세를 연대하여 납부할 의무가 있다. 다만, 제4조 제1항 제2호 및 제3호, 제35조부터 제39조까지, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2부터 제41조의5까지, 제42조, 제42조의2, 제42조의3, 제45조의3부터 제45조의5까지 및 제48조(출연자가 해당 공익법인의 운영에 책임이 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우만 해당한다)에 해당하는 경우는 제외한다.

1. 수증자의 주소나 거소가 분명하지 아니한 경우로서 증여세에 대한 조세채권(租稅債權)을 확보하기 곤란한 경우

2. 수증자가 증여세를 납부할 능력이 없다고 인정되는 경우로서 체납처분을 하여도 증여세에 대한 조세채권을 확보하기 곤란한 경우

3. 수증자가 비거주자인 경우

4. 삭제 <2018.12.31>

제45조의2(명의신탁재산의 증여 의제) ① 권리의 이전이나 그 행사에 등기등이 필요한 재산(토지와 건물은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 「국세기본법」 제14조 에도 불구하고 그 명의자로 등기등을 한 날(그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일이 속하는 해의 다음 해 말일의 다음 날을 말한다)에 그 재산의 가액(그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일을 기준으로 평가한 가액을 말한다)을 실제소유자가 명의자에게 증여한 것으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 조세 회피의 목적 없이 타인의 명의로 재산의 등기등을 하거나 소유권을 취득한 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우

2. 삭제 <2015.12.15>

3. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁재산인 사실의 등기등을 한 경우

4. 비거주자가 법정대리인 또는 재산관리인의 명의로 등기등을 한 경우

제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 “상장주식”이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 “거래소”라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액(평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다). 다만, 제38조에 따라 합병으로 인한 이익을 계산할 때 합병(분할합병을 포함한다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인이 보유한 상장주식의 시가는 평가기준일 현재의 거래소 최종 시세가액으로 한다.

나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

다. 삭제 <2016.12.20.>

2. 제1호 외에 국채(國債)ㆍ공채(公債) 등 그 밖의 유가증권의 평가는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

(3) 상속세 및 증여세법 시행령

제54조(비상장주식등의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 “비상장주식등”이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인( 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)

제55조(순자산가액의 계산방법) ① 제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 무형고정자산ㆍ준비금ㆍ충당금등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다.

③ 제1항을 적용할 때 제59조 제2항에 따른 영업권평가액은 해당 법인의 자산가액에 이를 합산한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제54조 제4항 제1호 또는 제3호에 해당하는 경우

2. 제54조 제4항 제2호에 해당하는 경우. 다만, 다음 각 목에 모두 해당하는 경우는 제외한다.

가. 개인사업자가 제59조에 따른 무체재산권을 현물출자하거나 「조세특례제한법 시행령」 제29조 제2항 에 따른 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우로서 그 법인이 해당 사업용 무형자산을 소유하면서 사업용으로 계속 사용하는 경우

나. 가목에 따른 개인사업자와 법인의 사업 영위기간의 합계가 3년 이상인 경우

3. 해당 법인이 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」에 따라 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인인 경우

제58조(국채ㆍ공채 등 그 밖의 유가증권의 평가) ② 대부금ㆍ외상매출금 및 받을 어음등의 채권가액과 입회금ㆍ보증금 등의 채무가액은 원본의 회수기간ㆍ약정이자율 및 금융시장에서 형성되는 평균이자율 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액으로 한다. 다만, 채권의 전부 또는 일부가 평가기준일 현재 회수불가능한 것으로 인정되는 경우에는 그 가액을 산입하지 않는다.

(4) 상속세 및 증여세법 시행규칙

제17조의2(순자산가액의 계산방법) 영 제55조 제2항에 따라 무형고정자산ㆍ준비금ㆍ충당금등 기타 자산 및 부채를 평가할 때 해당 법인의 자산 또는 부채에 차감하거나 가산하는 방법은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 평가기준일 현재 지급받을 권리가 확정된 가액은 이를 자산에 가산하여 계산할 것

2. 선급비용(평가기준일 현재 비용으로 확정된 것에 한한다)과 「법인세법 시행령」 제24조 제1항 제2호 바목에 따른 무형자산의 가액은 이를 자산에서 차감하여 계산할 것

3. 다음 각목의 가액은 이를 각각 부채에 가산하여 계산할 것

가. 평가기준일까지 발생된 소득에 대한 법인세액, 법인세액의 감면액 또는 과세표준에 부과되는 농어촌특별세액 및 지방소득세액

나. 평가기준일 현재 이익의 처분으로 확정된 배당금ㆍ상여금 및 기타 지급의무가 확정된 금액

다. 평가기준일 현재 재직하는 임원 또는 사용인 전원이 퇴직할 경우에 퇴직급여로 지급되어야 할 금액의 추계액

4. 평가기준일 현재의 제충당금과 「조세특례제한법」 및 기타 법률에 의한 제준비금은 이를 각각 부채에서 차감하여 계산할 것. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 그렇지 않다.

가. 충당금중 평가기준일 현재 비용으로 확정된 것

나. 「법인세법」 제30조 제1항 및 제31조 제1항에 따른 보험사업을 하는 법인의 책임준비금과 비상위험준비금으로서 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항 및 제58조 제1항ㆍ제3항에 따른 범위안의 것

(5) 국세기