조심-2025-전-2055 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 1998년 6월에 설립되어, 반도체 및 액정 표시장치 제조ㆍ판매업을 영위하는 법인사업자로, 발주사로부터 웨이퍼 단계의 반도체를 제공받아 이를 PCB 기판 등에 부착, 하나의 반도체 패키지로 가공하는 반도체 후공정(패키징)업을 영위하고 있고, 국내 2개의 제조공장과 2020년에 설립한 필리핀 자회사 A(이하 “A”라 한다)을 통해 완제품을 제조ㆍ판매하고 있으며, 청구법인은 국내 1공장 및 2공장에서 제조한 반도체 패키지 등 제품을 국내 거래처에 공급하거나 해외 거래처에 수출함으로써 「부가가치세법」상 과세 대상인 재화를 공급 또는 수출(이하 “일반과세거래”라 한다)하고, 청구법인 1공장에서는 A에 완제품 제조를 위한 주요 원부자재를 공급함으로써 「부가가치세법」상 과세 대상인 재화를 수출(이하 “쟁점수출거래”라 한다)하고 있다.

나. A는 필리핀에서 완제품을 제조하여 이를 OOO에 직접 공급하여 오다가 2019년 7월부터 계약을 변경하여 청구법인이 A로부터 동 완제품을 매입하여 추가 가공없이 OOO에게 매입가액과 동일한 금액으로 재판매(A가 OOO의 필리핀 소재 보세창고에 완제품을 입고하는 방식으로, 이하 “쟁점국외거래”라 한다)하는 것으로 변경하였고, 청구법인은 쟁점국외거래와 관련한 매입과 매출을 동시에 인식하는 한편 관련 매출에 대해서는 국외에서 재화를 공급하는 것으로서 「부가가치세법」상 과세 대상이 아니라고 보아 계산서를 발급하고 있다.

다. OO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023년 11월경 청구법인에 대한 2019〜2021사업연도 세무조사를 실시하여, A와의 거래방식 변경에 따라 비과세매출(계산서 발급분)이 발생하여 청구법인이 과면세사업을 겸영하게 되었고, 이에 따라 청구법인의 지원조직(인사팀, 정보시스템팀, 재무팀 등)에서 발생한 일부 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하므로 공급가액을 기준으로 안분하여 매입세액 일부를 불공제하여야 한다고 보아 관련 부가가치세를 부과하였고, 청구법인은 이후 과세기간에 대해 안분 계산한 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2022년 제1기〜 2024년 제1기 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

라. 청구법인은 2024.11.30. 처분청에 쟁점매입세액의 실지귀속은 과세사업에 해당하므로 불공제하였던 매입세액을 전부 공제하여 2022년 제1기부터 2024년 제1기까지 부가가치세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 쟁점국외거래는 공통매입세액 안분계산 대상인 면세사업 등에 해당한다는 사유로 2025.1.14. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.8. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입세액이 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당되는지 여부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인과 OOO 간 2019년 7월 임가공계약 변경 전후 거래구조는 아래 <표2>와 같고, 이에 따른 청구법인의 공급가액 신고내역은 아래 <표3>과 같다.

<표2> 거래구조 요약

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<표3> 청구법인 공급가액 신고 내역

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* 계산서 항목에 쟁점국외거래분이 포함되어 면세등의 비율이 44%〜51%로 증가

(나) 처분청은 조사청의 청구법인에 대한 2019〜2021사업연도 세무조사 결과에 따라 청구법인의 지원조직(인사팀, 정보시스템팀, 재무팀 등)에서 발생한 쟁점매입세액을 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하는 것으로 보아 공급가액을 기준으로 안분하여 매입세액 일부를 불공제하여 관련 부가가치세를 부과하였고, 이후 청구법인은 지원조직에서 발생한 매입세액 일부를 공통매입세액으로 보아 공급가액 비율로 안분계산한 매입세액을 불공제하여 아래 <표4>와 같이 2022년 제1기부터 2024년 제1기까지 부가가치세를 신고하였다.

<표4> 청구법인의 2022년 제1기〜2024년 제1기 부가가치세 신고(수정신고) 내역

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(다) 청구법인은 제조와 직접 관련되지 않은 지원부서에서 전표를 입력한 쟁점매입세액의 실지귀속은 과세사업에 해당하는 것으로 보아 2024.11.30. 처분청에 2022년 제1기부터 2024년 제1기까지 부가가치세 과세기간에 대한 쟁점매입세액(아래 <표5>) 전부를 공제하여 환급하여 달라는 취지의 경정청구 제기하였고, 이와 관련한 구체적인 불공제매입세액 산정 내역은 아래 <표6>과 같다.

<표5> 청구법인의 쟁점매입세액 산정 내역

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<표6> 청구법인의 불공제매입세액 산정 내용

구분

비용항목

인원수 및 공급가액 비율로 안분

①

공장관리비, 출퇴근버스 운용, 전산장비 및 소프트웨어, 기타 소모품, 기숙사 관리, 채용·인사 관련 자문수수료에서 발생한 매입세액을 2단계에 거쳐 불공제매입세액 금액 산출

1단계 : 매입세액 중 청구법인 근무 총인원수에서 공통부서근무 인원수가 차지하는 비율을 곱하여 공통매입세액 산출(매입세액×공통부서인원수/총인원수)

2단계 : 공통매입세액에 총공급가액에서 면세 등 공급가액이 차지하는 비율을 곱하여 불공제매입세액 산출(공통매입세액×면세등공급가액/총공급가액)

②

1공장 구내식당 식대, 1공장 경비용역, 1공장 관리비, 1공장 전산장비 등 소모품에서 발생한 매입세액을 2단계에 거쳐 불공제매입세액 금액 산출

1단계 : 매입세액 중 1공장근무 총 인원수에서 1공장 공통부서 근무인원수가 차지하는 비율을 곱하여 공통매입세액 산출(매입세액×1공장 공통부서인원수/1공장근무총인원수)

2단계 : 공통매입세액에 총공급가액에서 면세 등 공급가액이 차지하는 비율을 곱하여 불공제매입세액 산출(공통매입세액×면세등공급가액/총공급가액)

③

회계·법률 등 자문 수수료, 전산관리비, 회의비, 소모품비 구입에서 발생한 매입세액에 총공급가액에서 면세 등 공급가액이 차지하는 비율을 곱하여 불공제매입세액 산출(공통매입세액×면세등공급가액/총공급가액)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 「부가가치세법」 제39조 제1항 제7호 는 면세사업에 관련된 매입세액 등을 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고, 같은 법 시행령 제81조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따르되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율만큼 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하도록 규정하고 있다. 이러한 규정 문언과 입법취지를 종합하여 보면, 사업자가 여러 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지 귀속을 구분하여 계산하여야 하고, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분 계산할 때에는 여러 사업 중 공통매입세액에 관련되는 과세사업과 면세사업을 가려내어 그 부분만의 해당 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하여야 한다(OOO). 한편 공통매입세액이 하나의 과세사업 또는 면세사업 중 일부분에 관련되는 경우에, 그 부분이 사업장소와 운영실태 등에 비추어 나머지 부분과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 볼 수 없다면 해당 사업 전체의 공급가액을 기준으로 하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 한다(OOO).

이 건의 경우 청구법인이 A로부터 제품의 소유권을 이전받아 OOO에게 재판매하는 형식으로 거래구조를 변경한 이후 청구법인의 총 공급가액 중 면세사업 등의 비율이 변경 전 0%에서 변경 후 44% 내지 51%로 증가한 점, 이 같은 거래구조 변경에 따라 필리핀 자회사 매출대금의 국내수령 및 계산서 발행, 비과세사업 관련 원자재(일부)의 국내구매 등이 발생하여 청구법인의 공통지원조직에서 발생한 쟁점매입세액이 과세사업에만 사용된다고 보기 어렵고, 그 중 일부는 과세사업이 아닌 필리핀 자회사와 관련한 매출에도 귀속된다고 보이는 점 등에 비추어 거래구조 변경 전후에 실질적인 변경내역이 없어 불공제로 신고하였던 매입세액 전부를 공제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵고, 따라서 처분청이 청구법인의 지원조직에서 발생한 쟁점매입세액을 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하는 것으로 보아 공급가액을 기준으로 안분하여 매입세액 일부를 불공제한 것은 잘못이 없는 것으로 보인다.

다만, 청구법인이 제시한 쟁점국외거래의 절차 및 변경 경위 등에 비추어 거래구조의 변경에 따라 필리핀 자회사의 매출사실을 주고받고 이와 관련한 단순한 서류작업을 하였기에 청구법인의 지원조직 중 PCS팀 AㆍB, 재무팀 C이 이를 전담하였고, 실제적인 업무강도도 높지 않다는 소명에 신빙성이 있어 보이는바, 과세사업인 제조부문을 제외한 공통지원 부서에서 입력한 매입세액 항목(<표5>) 중 공장관리비, 출퇴근버스운영비, 기숙사관리비, 자문수수료, 1공장식대, 1공장경비, 1공장관리비는 쟁점거래 구조 변경에 따른 추가 업무와 무관하거나 그 관련성이 안분계산을 하여야 할 정도로 상당해 보이지 아니하므로, 이들 매입세액 항목을 제외한 나머지 전산관리비, 소모품비, 회의비만을 실지귀속이 불분명한 공통매입세액으로 보아 공급가액을 기준으로 관련 매입세액을 안분계산하여 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 부가가치세법

제21조【재화의 수출】① 재화의 공급이 수출에 해당하면 그 재화의 공급에 대하여는 제30조에도 불구하고 영(零) 퍼센트의 세율(이하 "영세율"이라 한다)을 적용한다.

② 제1항에 따른 수출은 다음 각 호의 것으로 한다.

2. 중계무역 방식의 거래 등 대통령령으로 정하는 것으로서 국내 사업장에서 계약과 대가 수령 등 거래가 이루어지는 것

제29조【과세표준】⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업 등"이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

제31조【거래징수】사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제29조 제1항에 따른 공급가액에 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 징수하여야 한다.

제37조【납부세액 등의 계산】① 매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조 제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다.

③ 제2항에 따른 납부세액을 기준으로 사업자가 최종 납부하거나 환급받을 세액은 다음 계산식에 따라 계산한다.

제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 삭제 <2014.1.1>

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

5. 「개별소비세법」 제1조 제2항 제3호 에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

6. 기업업무추진비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우