조심-2025-전-1686 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2014.11.27. 설립되어 주택건설사업, 부동산 매매업 및 임대업 등을 목적으로 하는 법인으로, 아래 <표1>과 같이 2021년 및 2022년 종합부동산세 과세기준일 현재 보유한 주택들에 대하여 2021.9.29. 및 2022.9.30. 임대주택 합산배제 신고를 각 이행하였다.

<표1> 종합부동산세 과세기준일 현재 청구법인의 주택 보유현황

○○○

나. 처분청은 청구법인이 위 <표1>의 주택 중 서울특별시 동대문구 OOO 소재 주택 1채 및 경기도 하남시 OOO 소재 주택 4채(이상의 5채를 모두 합하여, 이하 “쟁점주택들”이라 한다)에 대하여, 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호 에 따라 2020.6.17.까지 사업자등록정정신고를 하였어야 함에도 2020.6.24. 주거용 건물 임대업을 추가하는 사업자등록정정신고를 한 것이 확인됨에 따라 쟁점주택들이 종합부동산세 합산배제 대상에 해당하지 않는다고 보아, 2025.2.25. 청구법인에게 아래 <표2>와 같이 2021․2022년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 총 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.

<표2> 이 건 과세처분 내역

(단위 : 원)

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.18. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점주택들이 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법

제8조 [과세표준] ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

(2) 종합부동산세법 시행령

제3조 [합산배제 임대주택] ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조 에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다) 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지, 제10호 또는 제11호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호 의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 “건설임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 「공공주택 특별법」 제49조 제4항 에 따라 임대보증금 또는 임대료(이하 이 항에서 “임대료등”이라 한다)를 증액하는 경우에는 다목 전단을 적용하지 않으며, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 주택으로 한정한다.

8. 매입임대주택 중 장기 일반민간 임대주택 등으로서 가목 1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목 1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

나. 제외되는 주택

2) 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택

(3) 민간임대주택에 관한 특별법 시행규칙(2019.3.20. 국토교통부령 제611호로 일부개정된 것)

제2조 [임대사업자의 등록 등] ① 법 제5조 제1항 및 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」(이하 "영"이라 한다) 제4조 제3항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 별지 제1호서식의 임대사업자 등록신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 자치구청장(이하 "시장·군수·구청장"이라 한다)에게 제출(정보통신망을 이용한 제출을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하여야 한다. < 이하 단서 및 각 호 생략 >

② 제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자가 「소득세법」 제168조 제1항 에 따른 사업자등록을 같이 하려는 경우에는 제1항에 따른 등록신청서에 「부가가치세법 시행규칙」 별지 제4호서식의 사업자등록 신청서를 함께 제출하여야 한다. 이 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 함께 제출받은 사업자등록 신청서를 지체 없이 관할 세무서장에게 송부(정보통신망을 이용한 송부를 포함한다)하여야 한다.

(4) 법인세법

제111조 [사업자등록] ① 신규로 사업을 시작하는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 이 경우 내국법인이 제109조 제1항에 따른 법인 설립신고를 하기 전에 등록하는 때에는 같은 항에 따른 주주 등의 명세서를 제출하여야 한다.

② 「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 그 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.

④ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 법인에 관하여는 「부가가치세법」 제8조 를 준용한다.

(5) 부가가치세법

제8조 [사업자등록] ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 사업장이 둘 이상인 사업자(사업장이 하나이나 추가로 사업장을 개설하려는 사업자를 포함한다)는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록을 신청할 수 있다. 이 경우 등록한 사업자를 사업자 단위 과세 사업자라 한다.

④ 제1항에 따라 사업장 단위로 등록한 사업자가 제3항에 따라 사업자 단위 과세 사업자로 변경하려면 사업자 단위 과세 사업자로 적용받으려는 과세기간 개시 20일 전까지 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 변경등록을 신청하여야 한다. 사업자 단위 과세 사업자가 사업장 단위로 등록을 하려는 경우에도 또한 같다.

⑤ 제4항 전단에도 불구하고 사업장이 하나인 사업자가 추가로 사업장을 개설하면서 추가 사업장의 사업 개시일이 속하는 과세기간부터 사업자 단위 과세 사업자로 적용받으려는 경우에는 추가 사업장의 사업 개시일부터 20일 이내(추가 사업장의 사업 개시일이 속하는 과세기간 이내로 한정한다)에 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 변경등록을 신청하여야 한다.

⑧ 제7항에 따라 등록한 사업자는 휴업 또는 폐업을 하거나 등록사항이 변경되면 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서에 따라 등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2020.6.17. 작성한 임대사업자 등록신청서 상 참고사항의 내용은 아래 <표3>과 같고, 해당 신청에 대한 처리기한은 2020.6.25. 인 것으로 나타난다.

<표3> 임대사업자 등록신청서상 참고사항의 주요 내용

○○○

(2) 청구법인은 2020.6.24. ○○ 시청으로부터 공문을 받고 임대사업자 등록이 완료된 사실을 알았다고 주장하는데, ○○ 시장이 청구법인에게 발송한 ‘임대사업자 신규 등록 알림’ 공문상 시행일자는 2020.6.17.인 것으로 나타난다.

(3) ○○ 시청 홈페이지에 2019.9.26.자로 게시된 “주택임대사업자 등록 신청 간소화 서비스 안내”의 주요 내용은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 주택임대 사업자등록신청 간소화서비스의 내용

○ 주택임대 사업자가 지방자치단체장에게 임대사업자 등록 신청시, 신청서에 ‘세무서 사업자등록 신청서 제출’에 동의하는 경우 세무서를 따로 방문할 필요 없이 기관간 연계하여 신청정보를 주고받아 사업자등록 처리를 해주는 서비스(개인, 신규, 준공이 완료된 주택만 해당)

○ 주택임대 사업자등록 간소화 신청은 지방자치단체에서만 접수함

* 주택임대사업을 하고자 하는 자는 관할 지방자치단체를 먼저 방문하여 신청

(4) 이 건 관련 과세전적부심사 시 심리담당자가 확인한 주택임대사업자등록 원스톱 처리 서비스 업무흐름은 아래 <그림>과 같은데, 이에 의하면 사업자등록 신청정보는 지방자치단체에서 임대사업자 등록을 처리한 당일(등록일) 1시간 주기로 국세청에 통보되고 세무서 사업자등록 신청서 접수일은 국세청 전산망에 수신된 날로 처리되고 있는 것으로 나타난다.

<그림> 주택임대사업자등록 원스톱 처리 서비스 업무흐름

○○○

(5) 「종합부동산세 시행령」은 2020.8.7. 대통령령 제30921호로 일부 개정되었는데, 국가법령정보센터에 등재된 제․개정이유는 아래 <표5>와 같다.

<표5> 「종합부동산세 시행령」 제3조의 개정취지

개인 다주택자가 법인을 통해 주택을 분산 보유함으로써 다주택자에 대한 종합부동산세 과세를 회피하는 것을 방지하기 위하여 법인이 조정대상지역 공고일이 지난 후 또는 기존 조정대상지역에서 2020년 6월 17일이 지난 후에 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택의 임대사업자 등록 등을 신청한 주택은 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에 포함하고, 「지방세특례제한법」 등에 따른 재산세의 비과세 등에 관한 규정의 적용도 배제하려는 것임

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 2020.6.17.까지 사업자등록 신청을 완료한 점과 헌법상 소급입법금지 원칙 및 재산권․평등권 등을 고려할 때, 이 건 과세처분은 위헌․위법적이어서 취소되어야 한다고 주장하나, 「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항 제8호에 의하면, 임대사업자로서 과세기준일 현재 「법인세법」 제11조 에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대․소유하고 있는 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택 등으로서 일정 요건을 갖춘 주택은 합산배제 임대주택에 해당하나, 법인이 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우에는 2020.6.17.)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함)한 조정대상지역 내 장기일반민간임대주택은 합산배제 임대주택에서 제외되는 점, 이와 관련하여 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등, 같은 뜻임)인데, 쟁점주택들의 경우, 그 소재지가 2017.8.3. 이미 조정대상지역으로 공고된 지역이므로, 합산배제 주택에 해당하기 위해서는 이를 보유한 청구법인이 2020.6.17.이 지나기 전에 사업자등록등을 신청하였어야 하나 청구법인은 2020.6.24. 사업자등록을 신청한 것으로 나타나는바, 합산배제 적용대상에서 제외되는 주택에 해당하는 점, 청구법인은 임대사업자 등록 신청(2020.6.17.) 당시 신청서 서식에 따라 사업자등록도 함께 신청하였다고 하나, 해당 서식에는 “「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록(개인사업자로 한정합니다)을 같이 하려는 경우 「부가가치세법 시행규칙」 별지 제4호 서식의 사업자등록 신청서(개인사업자용)를 함께 제출할 수 있습니다”라는 문구가 명시되어 있으므로, 법인사업자인 청구법인은 임대사업자 등록 시 사업자등록 신청을 함께 할 수 있는 경우에 해당하지 않아 2020.6.17. 사업자등록 신청을 하였다고 볼 수 없는 점, 한편 헌법 제107조 제1항 및 제2항에 의하면, 법률과 명령ㆍ규칙의 위헌ㆍ위법 여부에 대해서는 헌법재판소 및 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가지고 있고 「국세기본법」 제55조 제1항 에 따라 조세심판청구의 대상은 구체적인 처분이 세법에 위반되는지 여부이므로 처분의 근거법령이 위헌ㆍ위법인지 여부는 조세심판청구의 불복사유에 해당하지 아니하며(조심 2021중2088, 2021.5.27. 등, 같은 뜻임), 헌법재판소 또는 대법원이 이 건 과세처분의 근거가 된 종합부동산세법령에 대하여 위헌 또는 위법 결정을 하지 아니한 이상, 처분청이 이에 근거하여 청구인에게 과세처분을 한 것에 달리 잘못이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어렵다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.