조심-2025-서-4107 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 제조업을 영위하는 법인으로, OOO 기기를 연구․개발하여 OOO 등에 관련 기자재를 납품하고 있다.

나. OOO경찰서장은 2023.12.28. OOO 납품사건과 관련된 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(횡령) 등 사건을 수사하는 과정에서 청구법인의 가공세금계산서 발급 및 수취 등 「조세범 처벌법」 위반 혐의를 확인하여 처분청에 고발을 의뢰하였고,

처분청은 청구법인의 2019년 제2기〜2021년 제1기 부가가치세에 대한 세목별 조사(조세범칙조사 전환)를 실시한 결과, 청구법인이 재화의 공급 없이 공급가액 합계 OOO원의 가공세금계산서(2019년 제2기의 경우 OOO원으로, 해당 세금계산서를 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발급 및 수취한 것으로 보아 쟁점세금계산서 중 매입 관련 세금계산서상 공급대가 합계 OOO원의 손금불산입 등을 하여 2025.3.4. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하는 한편, 위 OOO원을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 2025.3.11. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.29. 이의신청을 거쳐, 2025.9.23. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 처분은 위법한 세무조사 또는 위법하게 수집된 증거에 기한 것이므로 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

(2) 조세범 처벌법

제21조(고발) 이 법에 따른 범칙행위에 대해서는 국세청장, 지방국세청장 또는 세무서장의 고발이 없으면 검사는 공소를 제기할 수 없다.

(3) 조세범 처벌절차법

제4조(조세범칙사건의 인계) 지방국세청 또는 세무서 외의 행정기관과 그 소속 공무원이 입수한 조세범칙사건에 관한 증거 등은 국세청장이나 관할 지방국세청장 또는 세무서장에게 지체 없이 인계하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 쟁점세금계산서의 내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점세금계산서 내역

○○○

(나) 처분청의 청구법인에 대한 ‘세금계산서 수수의무 위반 범칙조사 보충조서’(2024년 9월)상 조사경위에는 ‘OOO경찰서장은 OOO 납품사건과 관련, 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(횡령) 등 사건 수사결과, 피의자 청구법인의 대표이사 C, 경영기획실장 E, 청구법인의 기장 세무사 F의 가공세금계산서 수수행위에 대한 「조세범 처벌법」 위반행위가 확인되어 고발요청함’이라고 기재되어 있고, 쟁점세금계산서 관련 조사내용은 아래 <표2>와 같은바, OOO경찰서장의 수사보고서 외에 OOO세무서장의 세무조사 내용 등에 근거하여 이 건 세무조사가 이루어진 것으로 나타난다.

<표2> 쟁점세금계산서 관련 조사내용 발췌 내역 : 청구법인에 대한 ‘세금계산서 수수의무 위반 범칙조사 보충조서’(2024년 9월)

○○○

(다) 청구법인의 대표이사 C과 제조본부장이었던 D는 OOO경찰서 사법경찰관들이 2023.4.26. 청구법인에서 한 압수․수색처분 등에 대하여 2023.6.22. 준항고를 하였고, 서울중앙지방법원은 2025.2.19. 중대한 위법사유가 있다는 이유로 해당 압수․수색처분들을 취소하는 결정을 하였으며(사건번호 : OOO 수사기관의 압수에 관한 처분 취소․변경), 결정서상 기초사실 부분에는 압수․수색영장들에 기재된 범죄사실 등이 나타나는바, 그 내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 압수․수색영장들에 기재된 범죄사실 등 : 서울중앙지방법원의 준항고 사건 결정서(2025.2.19., 사건번호 : OOO)

○○○

(라) 위 서울중앙지방법원의 2025.2.19.자 결정에 대해서는 2025.3.11. 재항고가 이루어져 대법원에 사건이 계류 중(사건번호 : OOO)인 것으로 나타난다.

(마) 청구법인은 판사의 압수․수색 영장OOO, C 등의 준항고장(2023.6.22.), 청구법인에 대한 세무조사 개시 통지서, 조세범칙조사 통지서, 세무조사 결과 통지서를 제출하였는바, 세무조사 개시 통지서 및 조세범칙조사 통지서에는 조사사유에 ‘ 「국세기본법」 제81조의6 제3항 제2호 의 규정에 따라 무자료거래, 위장․가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우에 해당하여 세무조사 실시’라고 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 처분이 위법한 세무조사 또는 위법하게 수집된 증거에 기한 것이므로 취소되어야 한다고 주장하나, OOO경찰서장은 이 건 관련 준항고 사건에 대한 서울중앙지방법원의 인용 결정에 재항고하여 해당 사건이 대법원에 계류 중이므로 OOO경찰서장의 압수․수색처분이 위법한 것으로 확정되지 아니하여 이 건 처분이 위법하게 수집된 증거 또는 위법한 세무조사에 기한 것이라고 단정하기 어려운 점, 처분청은 OOO경찰서장의 수사보고서뿐만 아니라 OOO세무서장의 세무조사 등에 근거하여 이루어진 청구법인에 대한 세무조사를 통해 OOO경찰서장의 수사건과 별개로 이 건 처분의 근거를 확보하였는바, OOO경찰서장이 수집한 증거가 위법하다고 하더라도 그것만으로 이 건 처분이 위법하게 되는 것은 아닌 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2025서3000, 2025.11.24., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.