조심-2025-인-3542 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.10.5. A 주식회사(이하 “A”이라 한다)로부터 경기도 OOO㎡ 지분 OOO분의 OOO 등 OOO필지(필지의 지분을 포함한다, 이하 같다) 합계 OOO㎡의 토지(이하 “전체토지”라 한다)를 OOO원에 취득하였다가, 2022.8.17. B 주식회사에게 전체토지 중 OOO필지 합계 OOO㎡(이하 “양도토지”라 한다)를 OOO원에 양도한 후 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 제외하여 2022사업연도 법인세 신고를 하였다.

나. 인천지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 법인통합조사 결과, 양도토지 중 ‘2022년도 토지 정기과세내역서’상 현황이 대지로 나타나는 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 비사업용 토지 및 업무무관자산으로 보아 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 청구법인이 해당 토지와 관련하여 지출한 제세 및 지급이자를 손금불산입하고, 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 포함하여 2025.6.9. 청구법인에게 2022사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.6. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 아래 지적도 중 A․B구역 전체가 전체토지이고, A구역의 토지가 양도토지, B구역은 잔여토지에 해당하는 한편, 경기도 OOO시장의 ‘OOO 도시관리계획(지구단위계획구역, 지구단위계획) 결정 및 지형도면 고시’(OOO)에 따르면 양도토지(OOO) 중 OOO㎡는 2022.8.2. 공동주택용지로 결정된 것으로 나타난다.

○○○

(나) C이 2018.10.14. A으로부터 전체토지를 OOO원에 매수하는 계약을 체결한 사실에 대해서는 청구법인과 처분청의 다툼이 없고, C은 2021.9.27. 청구법인의 대표이사로 취임하였으며, 청구법인은 2021.9.29. A으로부터 전체토지를 OOO원에 매수하는 계약을 체결한 것으로 나타나는바, C과 A이 2021.9.29. 전체토지의 매수인을 C에서 청구법인으로 변경한 사실에 대해서 청구법인과 처분청의 다툼이 없다.

(다) 청구법인은 2022.8.2. 전체토지 중 양도토지를 주식회사 B에게 OOO원에 매도하는 계약을 체결하였고, 해당 계약서상 부동산의 인도일은 2022.8.17.로 나타난다.

(라) 처분청은 양도토지 중 ‘2022년도 토지 정기과세내역서’상 현황이 대지인 쟁점토지(OOO㎡)를 비사업용 토지 및 업무무관자산으로 보아 토지 등 양도차익을 산정한 것으로 나타난다.

(마) 청구법인의 대표이사인 C의 청구법인 인수 전 사업이력은 아래 <표1>과 같은바, C은 2018.10.4. 양도토지 소재지(경기도 OOO)에서 D라는 상호로 개업하여 부동산 개발 및 공급업을 영위하다 2022.9.13. 폐업한 것으로 나타난다.

<표1> 청구법인 대표이사 C의 사업이력

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(바) 청구법인의 사업계획서 보고 기안서(2021.10.5.)상 사업추진계획 항목에는 ‘A이 농사를 짓지 않고 방치한 토지에 대하여 농지조성작업’, ‘경험부족 및 전체 경작에 대한 위험성을 고려하여, 순차적으로 농작물 경작 실시’, ‘순차적 경작경험을 바탕으로 고소득 작물재배 및 농업경영 추진’이라고 기재되어 있고, 아래와 같은 청구법인의 사업계획서가 첨부되어 있다.

○○○

(사) 경기도 OOO시장은 2022.11.1.부터 2022.12.16.까지 2021년 말 기준 법원 등기 완료 및 ‘살아 있는 등기’ 상태인 영농조합법인 또는 농업회사법인 93개소를 대상으로 행정자료 활용 및 현장 방문 조사를 통해 운영현황, 농지현황[농업회사법인 : 농지소유 요건(업무집행권자 1/3 이상 농업인 여부) 확인] 등을 조사할 것이라고 2022.10.28. 안내하였고(‘2022년 농업법인 실태조사 실시 안내’, 도시농업과-44386), 첨부된 ‘현장출입조사서’에는 농업법인이 소유한 농지의 규모 및 경작 여부 등 현황 등을 조사하는 것으로 기재되어 있으며, 제출자료로 ‘사업자등록증(사본), 정관, 조합원 명부, 주주명부(또는 사원 명부), 농업인 입증자료(농업인 확인서, 농업경영체등록확인서, 농업경영체증명서), 재무상태표, 매출전표 등’이 기재되어 있다.

(아) 청구법인이 제출한 농지 정리공사 사진, 농작물 작업일지의 발췌내역은 아래 <사진1> 및 <사진2>와 같다.

<사진1> 농지 정리공사 사진 발췌내역

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<사진2> 농작물 작업일지 발췌내역

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(자) 청구법인은 농약사가 2022.6.16. 청구법인에게 서리태콩 등을 공급한 것으로 기재된 전자세금계산서, M(N)가 2022.6.8. 경기도 OOO에서 장비사용 용역을 공급한 것으로 기재된 전자세금계산서, O가 경기도 OOO 부지에 농작물 경작을 위한 트랙터 사용(2일) 비용으로 OOO원을 영수하였다는 내용의 영수증(2022년 6월), P(Q)이 2022.6.17. 인력을 알선한 것으로 기재된 전자세금계산서 및 현장명이 ‘OOO’으로 기재된 노무비 청구서․지급명세서 등을 제출하였다.

(차) 경기도 OOO시장의 2024.10.28.자 지방세 환급금 충당 및 지급통지서상 지급이유 및 과세대상은 아래 <표2>와 같고, 경기도 OOO시장은 2024.10.28. 청구법인에게 2022년 부과되어 납부된 토지분 재산세 OOO원 중 OOO원을 환급하는 내용의 통지를 한 것으로 나타난다.

<표2> 청구법인에 대한 지방세 환급금 지급이유 및 과세대상

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이와 관련하여 청구법인은 ‘전체토지가 종합합산과세대상 토지로서 2022년도 재산세가 부과되었는바, 경기도 OOO시장으로부터 농지취득자격 및 실태조사로 전체토지를 농업법인 고유업무에 사용하고 있음을 인정받았고, 실제 경작 목적으로 관련 작업 중이었음이 확인되므로 「지방세법 시행령」 제102조 제1항 제2호 에 따라 농업법인이 보유한 농지를 분리과세대상 토지로 보아야 하는바, 전체토지를 분리과세대상 토지로 보아 재산세가 부과가 이루어져야 한다’는 취지로 경기도 OOO시장에게 2022년도 재산세 정정요청(경정청구 취지)을 한 것으로 나타난다.

(카) 청구법인은 청구법인의 농지취득자격증명서(경기도 OOO시장, 2021.10.3.), 청구법인의 2022사업연도 수입금액조정명세서(농산물 매출 : OOO원)를 제출하였다.

(타) 청구법인은 2021.9.29. ‘OOO구역 토지담보 대출 관련 대출약정’을 통해 OOO금고 등 대주들로부터 OOO원을 넘지 않는 범위 내에서 대출하기로 약정하였는바, 해당 약정서 제2조(대출약정) 제2항(대출금의 사용목적)에는 ‘차주는 대출금을 담보목적물 매매대금 지급 등 대주로부터 승인된 용도로만 사용하여야 한다’고 기재되어 있고, 담보목적물은 ‘경기도 OOO’로 기재되어 있다.

이와 관련하여, 청구법인과 R 주식회사 사이의 2021.10.7.자 대출주선계약서 제1조(목적)에는 ‘본 계약의 목적은 청구법인이 추진하고자 하는 경기도 OOO 일원 공동주택 신축개발사업을 위한 K 자금조달을 위해 R 주식회사가 독점적으로 대출주선 업무 등을 수행하고, 청구법인이 R 주식회사에게 대출주선 업무 등에 대한 수수료를 지급함에 있어 필요한 제반 사항을 정하는 데 있다’라고 기재되어 있고, 제3조(본건 대출주선의 내용) 제1항에는 ‘R 주식회사는 본 건 사업에 필요한 선순위 금 OOO원, 후순위 금 OOO원 내외의 자금조달에 관한 본 건 대출주선과 관련된 다음 각 호의 업무를 수행한다’라고 기재되어 있다.

(파) 청구법인은 2022.2.25. L 주식회사와 공사도급약정을 체결하였는바, 해당 약정서에는 ‘청구법인이 추진하고 있는 경기도 OOO 일원 공동주택 신축사업의 공사도급계약 체결에 앞서 공사도급약정을 체결한다’고 기재되어 있다.

(하) C(D)과 S 주식회사는 2022년 1월 계약기간을 2022년 1월〜2022.2.28.로 하여 벌목공사 계약을, 2022년 5월 계약기간을 2022년 5월〜지하안전심의용역 완료 시로 하여 지반조사 및 지하안전평가 용역계약을 체결하였는바, 계약서상 과업명은 각각 ‘OOO구역 공동주택 건설사업 문화재조사 대비 벌목공사’, ‘OOO지구 공동주택 신축공사 지반조사 및 지하안전평가 용역’으로 기재되어 있다.

(거) 쟁점토지 일대 공사펜스 현수막 및 농사위치확인 관련 E로드뷰 사진, 2022.6.21.자 쟁점토지 구글사진은 아래 <사진3>～ <사진5>와 같은바, 현수막 관련 사진에 따르면 D의 명의로 ‘본 토지는 D 아파트 건립예정부지이오니 농작물 경작을 금지하시기 바라며 만약 무단으로 경작할 시에는 관계법률에 의하여 조치할 예정이다’라는 내용의 현수막이 2022년 5월 걸려있었던 것으로 나타난다.

<사진3> 쟁점토지 일대 공사펜스 현수막 관련 E로드뷰 사진 : 처분청 제출

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<사진4> 농사위치 확인 관련 E로드뷰 사진 : 처분청 제출

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<사진5> 2022.6.21.자 쟁점토지 구글지도 사진

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(너) C(D)은 2020년 10월 경기도 OOO시장에게 쟁점토지에 속한 경기도 OOO 일원의 ‘OOO 도시관리계획(OOO구역 지구단위계획구역 및 지구단위계획) 결정(변경) 주민제안서’를 제출한 것으로 나타난다.

(더) 주식회사 F와 H 사이의 2021.9.26.자 전자우편에는 ‘OOO지구 담보대출 수정계획’ 파일이 첨부되어 있고, 처분청이 함께 제출한 ‘OOO지구 담보대출 수정안’의 내용은 아래와 같다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하나,

청구법인은 쟁점토지 취득(2021.10.5.) 이후인 2021.10.7. 쟁점토지 중 일부인 경기도 OOO 일원의 공동주택 신축개발사업을 위해 K 주선계약을 하였고, 2022.2.25. 공사도급약정을 하였는바, 해당 약정서에는 ‘청구법인이 경기도 OOO 일원 공동주택 신축사업을 추진하고 있다’는 내용이 나타나므로 청구법인은 공동주택 신축개발사업을 위해 쟁점토지를 취득한 것으로 보이는 점,

청구법인이 쟁점토지에서 경작을 하였다고 주장하는 것과 달리, 처분청이 제출한 2022년 5월 로드뷰 사진상 현수막에는 농작물 경작을 금지하는 내용이 나타나고, 청구법인은 경작 준비를 위해 쟁점토지에서 벌목을 하였다고 주장하나, 청구법인이 벌목공사를 하였음을 입증할 수 있는 객관적인 증빙은 제시되지 않은 반면, C의 벌목공사 계약서에는 과업명이 ‘OOO구역 공동주택 건설사업 문화재조사 대비 벌목공사’로 나타나므로, 청구법인이 쟁점토지에서 경작을 한 것으로 보이지 않고, 구글지도 사진에 따르더라도 청구법인은 쟁점토지가 아닌 잔여토지에서 경작을 한 것으로 보이는 점,

경기도 OOO시장이 청구법인에 대해 2022년도 재산세를 환급하였으나, 이는 일부(OOO원 중 OOO원)에 불과하고, 청구법인도 이는 약 OOO평의 토지에 대한 환급세액임을 인정하고 있으며, 청구법인이 주장하는 약 OOO평의 토지에 쟁점토지 중 일부가 포함되어 있는지에 대한 입증이 부족한 점 등에 비추어,

쟁점토지는 비사업용 토지로 판단되므로 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 법인세법

제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액

제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조 제1호에 해당하는 자산

제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조 제9호 에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.

나. 특별시, 광역시(광역시에 있는 군 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치시(특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치도( 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역[ 「지방자치법」 제3조 제4항 에 따른 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다] 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호 에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 농지. 다만, 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ① 법 제27조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각 목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

② 제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

③ 법 제27조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비,