조심-2025-서-3514 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2012.1.12. 설립되어 OOO에서 ‘A’라는 상호로 소프트웨어개발공급업을 영위하는 사업자로, 2015년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 A(이하 “A”라 한다) 및 B 주식회사(이하 “B”이라 한다) 등 12개 업체에 공급가액 합계 OOO원의 매출세금계산서 및 B 등 7개 업체로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서를 수수한 후 이에 따라 해당 과세기간의 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인의 매출처 A가 가공매출ㆍ매입 혐의로 2020년 6월 금융감독원 조사를 받고, 2021년 금융위원회로부터 과징금을 부과받았으며, A 대표이사 A이 2023.6.1. 「자본시장과금융투자업에 관한 법률」 및 「주식회사등의 외부감사에 관한 법률」 위반으로 서울남부지방검찰청으로부터 벌금 OOO원의 약식명령 처분을 받은 사실을 통보받고, 2025.2.12.부터 2025.4.24.까지 청구법인에 대한 2015년 제2기 과세기간 부가가치세 일반세목별조사를 실시하여, 청구법인이 위 과세기간동안 OOO 통합IT센터 통신인프라 구축 사업에 ‘WeGuardia XTM 장비 및 통합관리솔루션’을 공급한 거래(이하 “쟁점거래①”이라 한다) 및 경찰청 교통안전과에 ‘전산보안장비(교통단속시스템 고도화)’를 공급한 거래(이하 “쟁점거래②”라 한다)와 관련하여 아래 <표1>과 같이 실물 거래없이 가공세금계산서를 수수하거나 세금계산서를 미발행한 것으로 보아 2025.5.15. 청구법인에게 2015년 제2기 부가가치세 OOO원(세금계산서 미발급 가산세 등)을 경정ㆍ고지 하였다.

<표1> 이 건 세금계산서 내역

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다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.11. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

부가가치세법

제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조【가산세】③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서 등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서 등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인의 매출거래처인 A가 청구법인과의 거래와 관련하여 금융감독원의 조사 및 감리 지적을 받아 당초 매출 및 매출원가를 수정하여 정정 공시한 내용은 아래 <표3>과 같다.

<표3>청구법인의 매출거래처인 A의 정정 공시 내용

(표 삽입을 위한 여백)

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(나) 서울남부지방검찰청(사건번호 OOO, 2023.6.1.)은 A가 2015년 매출액 OOO원 및 매출원가 OOO원을 과대계상하는 방법으로 허위의 재무제표를 작성한 후 증권선물위원회, 금융위원회와 거래소에 제출하여 「주식회사등의 외부감사에 관한 법률」등을 위반한데 대해 벌금 OOO원의 약식명령을 청구하였고, 이에 대해 서울남부지방법원(OOO)은 2023.7.6. A 및 대표이사 A을 각 벌금 OOO원에 처하는 약식명령 처분을 하였으며, 이에 대해 피고인이 정식재판을 청구한 사실은 없다.

(다) 구로세무서장은 A에 대한 자료상 조사를 실시하여 ㈜D이 제작한 보안장비 ‘WeGuardia XTM’ 거래 건을 가공거래로 보아 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청이 청구법인에 대해 실시한 조세범칙조사 보충조서 내용은 아래와 같다.

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(라) 쟁점거래①과 관련하여, 청구법인 매출처인 A의 직원 D이 매입처인 B의 직원 E와 주고받은 메일 주요내용은 아래와 같고, 처분청은 거래중간에 청구법인이 있음에도 불구하고 A에서 B과 직접 계약금액과 마진을 정해 엑셀파일로 전달하고 있다는 의견이다.

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(마) 쟁점거래②와 관련하여 청구법인 직원 B, 매입처 B 직원 E, A 직원 C 간 이메일 주요내용은 아래와 같고, 처분청은 청구법인→B→A→OOO로 매출이 이루어짐에도 청구법인이 A와 OOO의 매출금액과 마진을 지정하고 있다는 의견이고, 이에 대해 청구법인은 메일에 언급되어 있는 OOO와 관련된 건이 없었고, 실제 마진을 교환하지도 않았다고 주장한다.

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(바) 쟁점거래②와 관련하여 청구법인 직원 B가 “매출공유건에 대하여 계약서 처리와 매출금액을 정리해서 마진을 다른 매출로 보존한다”는 내용으로 보낸 이메일 주요내용은 아래와 같다.

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(사) 쟁점거래①에 대하여 매출처 A가 각 사의 마진을 실지급하고 나머지는 채권양수도로 처리한다고 작성한 내용과, 쟁점거래①ㆍ②에 대하여 각 사별 마진금액을 작성한 내용은 아래와 같다.

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(아) 청구법인 대표이사에 대한 처분청의 조세범칙혐의자 심문조서(2025.4.10.) 주요내용은 아래와 같다.

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(자) 매출처 A 직원 C의 진술조서(2021.12.29.)에 의하면, “쟁점거래①ㆍ②는 거래단계에서 끼워넣는 방법과 마진을 돌려주는 방법 등으로, 중간에 끼워진 업체들은 매출을 부풀리기 위하여 매출라인 중간에 들어가는 것이고 각 업체들에 발생한 마진은 되돌려 주든지 다른 매출라인에 끼워주는 방식으로 정산을 한다”고 진술한 내용이 나타난다.

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(2) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 매출처 A 직원이었던 C의 2025.6.25.자 사실확인서와 신분증 사본을 제출하였고, “2021년 12월 서울남부지방검찰청에 조사 시 A의 매출과 관련하여 가공매출이라 진술한 것은 끼워넣기 의심 정황이 가공매출로 표현되어 있으나 그런 의미는 아니다”는 내용이 기재되어 있다.

(나) 청구법인 대표이사 F에 대한 서울중앙지방검찰청의 불기소결정서(사건번호 OOO, 2025.9.2.)에 의하면, “2015.12.30.경 A에 발급한 공급가액 OOO원 상당의 매출세금계산서, 같은 날 B에 발급한 공급가액 OOO원 상당의 매출세금계산서, 같은 날 B으로부터 수취한 OOO원 상당의 매입세금계산서 거래와 관련하여, B에 발급한 매출세금계산서(공급가액 OOO원)는 청구법인이 실제 납품을 한 것 같다는 A 직원 C의 진술, 2015.11.경 작성된 각 경찰청에 대한 납품 및 설치확인서, 청구법인이 그 후 현재까지 각 경찰청에서 보안관리장비 등에 대한 유지보수 작업을 한 것으로 보이는 기술용역표준계액서 등에 비추어 세금계산서가 허위라고 단정하기 어려워 달리 피의사실을 인정할 만한 증거가 없다(B에 발급한 세금계산서를 허위로 볼 수 없는 이상, 다른 세금계산서가 허위라 하더라도 그 합계액이 약 OOO원에 불과하여 특가법이 아닌 「조세범 처벌법」이 적용되고, 이 경우 2022.12.29.이 경과함으로써 이미 7년의 공소시효가 완성되었음)”는 내용이 나타난다.

(다) 청구법인은 청구법인 직원 G의 탄원서(“영업담당자의 말에 의존하여 계산서를 발행한 것으로서 부정한 세금계산서를 발행하려는 의도는 없었음”), 청구법인 전 기술지원팀 총괄이사 H의 사실확인서(“2015년경 영업총괄 B 이사와의 다툼이 있었고, OOO 건만 제안서 작업 및 기술컨설팅을 역할을 하였다”)를 심리자료로 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 네트워크 보안장비를 납품하는 동종업계 대부분이 매입가액에 부가가치세를 더한 ‘총액’을 기준으로 공급가액을 기재하여 세금계산서를 발급하고 있고, 쟁점거래①ㆍ②의 대상인 전산시스템이 실존하므로 이 건 세금계산서를 실물거래가 없는 사실과 다른 것으로 본 것은 부당하다고 주장하나, 제3자가 기존거래의 중간에 새로운 거래당사자로 개입된 경우, 그 거래의 실물거래 또는 가공거래 여부의 판단은 해당 중간개입거래의 경위와 형태, 목적․의도의 정당성과 필요성, 개입한 당사자의 실체, 구체적인 계약내용 등에 비추어, 그 거래로 인하여 세법의 실효성이나 세금계산서 발급에 관한 건전한 사회경제적 법질서가 침해되었는지 여부를 종합적으로 고려하여야 할 것인바(OOO),

조사 내용에 따르면, 청구법인의 매출거래처 A가 청구법인과의 거래와 관련하여 금융감독원의 조사 및 감리 지적을 받아 당초 매출 및 매출원가를 수정하여 정정 공시한 점, 서울남부지방검찰청의 A에 대한 약식명령 결정서(사건번호 OOO, 2023.6.1.)에 의하면, A가 2015년 매출액 OOO원 및 매출원가 OOO원을 과대계상하는 방법으로 허위의 재무제표를 작성한 후 증권선물위원회, 금융위원회와 거래소에 제출하여 「주식회사등의외부감사에관한법률」등을 위반한데 대해 벌금 OOO원의 약식명령을 청구하였고, 서울남부지방법원(OOO)은 2023.7.6. A 및 대표이사 A을 각 벌금 OOO원에 처하는 약식명령 처분을 하였으며, 이에 대해 피고인(A 및 대표이사)이 정식재판을 청구한 사실은 없는 점, 쟁점거래①의 경우 ㈜C에서 제작한 WeGuardia XTM 장비를 최종 OOO에 납품하는 건으로 B→청구법인→A→OOO으로 매출이 이루어지고 있으나, 청구법인은 공급가액 OOO원 상당의 매출세금계산서를 발급하고도 거래대금으로 OOO원만 수령한 사실로 보아 실제거래의 중간단계에 A, 청구법인, B이 아무런 역할 없이 끼워져 매출과 매입을 부풀리는 가공거래를 한 것으로 보이는 점, 쟁점거래①과 관련하여, 청구법인 매출처인 A의 직원 D이 매입처인 B의 직원 E와 주고받은 메일과 쟁점거래②와 관련하여 청구법인의 직원 B와 매입처 B의 직원 E 및 A의 직원 C 간 주고받은 메일을 보면 발주처인 OOO은행과 경찰청에 대한 계약금액에 맞추어 청구법인을 포함하는 중간업체들이 계약서를 작성하고 중간업체들에게 지급할 마진금액을 정하고 있는 점, 처분청의 청구법인 대표이사에 대한 2025.4.10.자 조세범칙혐의자 심문조서상 “OOO 통합IT센터 통신인프라 구축사업과 관련하여 발주한 물품을 검수하였는지 잘 모르고, 구축된 시스템을 유지보수업무를 수행한 사실은 없다”고 진술한 사실 및 검찰의 매출처 A 직원 C에 대한 2021.12.29.자 진술조서상 “쟁점거래①ㆍ②는 거래단계에서 끼워넣는 방법과 마진을 돌려주는 방법 등으로 중간에 끼워진 업체들은 매출을 부풀리기 위하여 매출라인 중간에 들어가는 것이고 각 업체들에 발생된 마진은 되돌려 주든지 아니면 다른 매출라인에 끼워주는 방식으로 정산을 한다”고 진술한 사실이 확인되는 점, 쟁점거래②의 주 사업자인 E㈜이 청구법인으로부터 전산보안장비(SECUI MF2 1100 32식, SECUI MF1 2100 16식, SECUI STMS 2000 1식, SECUI SCAN v3.0 Unlimited 16식)를 구매하고 거래대금으로 OOO원을 지급한 사실이 처분청의 청구법인에 대한 조사결과를 통해 확인되고, 위 거래와 관련하여 청구법인이 E㈜에 세금계산서를 발행하지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 한 이 건 부가가치세 가산세 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.