조심-2025-서-2488 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2021.10.29. 서울특별시 송파구 OOO(이하 “거주주택”이라 한다)를 양도하고 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 에 따라 2021.12.13. 장기임대주택 보유에 따른 거주주택을 양도소득세 비과세로 신고하였으며, 양도일 현재 청구인은 아래 <표1>과 같이 거주주택 외 서울특별시 OOO(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)와 서울특별시 송파구 OOO(이하 “쟁점외임대주택”이라 한다)를 각 1채 보유하고 있었다.

<표1> 양도일 현재 청구인의 주택 보유 현황

나. 처분청은 청구인의 쟁점임대주택의 임대기간 요건 충족 여부를 확인한바 쟁점임대주택이 2022.5.17. 임대주택 말소된 사실을 확인하였고, 양도소득세 비과세 특례를 적용받은 후에 임대기간 요건을 충족하지 못한 것을 확인하여 2025.5.21. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정⋅고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.27. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점임대주택이 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 에 따른 임대주택 요건을 충족하지 않은 것으로 보아 거주주택 양도에 대한 비과세 특례를 부인하고 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 임대사업자 등록증 및 쟁점임대주택의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인은 2018.9.17. 서울특별시 송파구청에 임대사업자 등록을 하였고, 그 등록변경 내용에 의하면, 쟁점 임대주택은 2018.9.17. 임대주택으로 등록된 이후 2022.5.17. 말소신고[ 기타(거짓이나 부정한 방법 으로 등록(말소 의무대상) (민간임대주택법 제6조 제1항 1호)]되었다가 2025.1.21. 임대주택으로 등록된 것으로 나타난다.

(나) 집합건축물대장에 의하면, 쟁점임대주택이 신축(2016.2.24.) 당시에는 정상건축물로 사용승인되었으나, 2017.10.11. 위반건축물로 지정된 사실이 나타나며, 해당 사실로 임차인의 전세자금대출이 실행되지 않자 2022.5.13. 임대주택사업자 직권말소를 요청하였고, 2022.5.17. 임대사업자 등록이 말소되었으며, 청구인은 2025.1.21. 기존 임차인 퇴거 후 아래 사진과 같이 위반건축물(베란다 6㎡)로 지정된 원인을 시정하여 원상복구한 것으로 나타난다.

<쟁점임대주택의 위반건축물 원인 시정 모습>

(다) 임대차계약서에 의하면, 청구인은 아래 <표4>와 같이 2018.10.1.부터 2024.11.26.까지 동일 임차인(a)에게 계속하여 임대하였다.

<표4> 쟁점임대주택의 기존 임차인(a) 임대차 현황

(라) 이 건 심리 당시 서울특별시 송파구청(부동산정보과 및 임대주택관리과)에 문의한 결과, 청구인이 쟁점임대주택을 장기임대주택으로 등록하였던 2018.9.17. 당시에는 민간임대주택법에서 별도의 제재가 없어 쟁점임대주택이 위반건축물이었음에도 민간임대사업자 등록이 가능하였으나, 2020.8.18. 민간임대주택법이 법률 제17482호로 개정되면서, 민간임대주택법 제5조 제7항 에서 “제49조에 따른 임대보증금 보증 가입이 현저히 곤란하다고 판단되는 경우” 임대사업자 등록신청을 거부할 수 있도록 하였고, 같은 법 제49조 임대보증금에 대한 보증 가입대상에 ‘민간매입임대주택’을 추가하여 모든 등록임대주택에 임대보증금 보증가입 의무를 부여하였으며, 2020.8.18. 전 임대사업자로 등록한 경우에는 2021.8.18. 이후 계약을 체결할 때 보증가입대상이 되도록 하였고, 2021.9.14. 같은 법 제67조 제5항에 “제49조를 위반하여 임대보증금에 대한 보증에 가입하지 아니한 임대사업자에게는 임대보증금의 100분의 10 이하에 상당하는 금액의 과태료를 부과”하는 규정을 신설한 사실이 나타나며, 청구인의 경우 쟁점임대주택이 위반건축물에 해당하여 임대보증금 보증보험에 가입할 수 없었던 것으로 나타나고, 이에 따라 청구인은 임대사업을 말소한 것으로 나타난다.

(마) 서울특별시 송파구청장은 청구인의 임대사업자 등록 말소 관련 서류를 우리 원에 송부(주택관리과-44926, 2025.11.18.)하였고, 해당 자료에 따르면, 청구인이 2022.5.13. 쟁점임대주택의 위반건축물 지정에 따라 임대사업자 등록을 말소 신청한 사실이 확인되며, 청구인은 임대사업 말소신청서와 함께 말소요청 민원서류를 작성하여 제출하면서, 관련 행정처분 및 세제혜택 환수에 대한 이의제기 및 의견진술 등의 청문을 포기한다고 약속한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 사업자등록과 임대사업자를 등록하고 쟁점임대주택을 임대하다가 임대사업자가 말소된 이후에도 동일 임차인에게 5년 이상 임차하여 의무임대기간을 충족하였는바, 「국세기본법」상 실질과세원칙에 따라 양도한 거주주택을 1주택으로 보아야 하므로 이 건 처분은 부당하다고 주장하나,

「소득세법 시행령」 제155조 제20항 본문은 제167조의3 제1항 제2호에 따른 장기임대주택과 거주주택의 요건을 충족하고 거주주택을 양도하는 경우에는 1주택을 소유한 것으로 본다고 규정하면서, 제2호에서 장기임대주택은 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고 장기임대주택을 민간임대주택법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대료등 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것을 요건으로 규정하고 있고, 같은 조 제21항에서 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 제20항을 적용한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제22항은 1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간 요건을 충족하지 못하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세를 신고·납부하도록 규정하고 있는바, 이는 거주주택과 장기임대주택을 보유하고 있으면서 거주주택을 양도할 때, 양도한 거주주택을 1주택으로 보아 양도소득세를 비과세 받기 위해서는 「소득세 시행령」 제167조의3 제1항 제2호에 따라 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 하고 임대주택을 5년 이상 임대하여야 하는 법적인 요건을 충족하여야만 가능하다고 보는 것이 타당한 점,

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

제155조(1세대1주택의 특례) ⑳ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나「영유아보육법」제13조 제1항에 따른 인가를 받거나 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁을 받아 어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택 : 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날, 「영유아보육법」 제13조 제1항 에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조 제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」제44조 제4항의 전환 규정을 준용한다.

㉑ 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다) 또는 장기어린이집의 운영기간요건(이하 이 조에서 "운영기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택 또는 어린이집을 장기임대주택 또는 장기어린이집으로 보아 제20항을 적용한다.

㉒ 1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건 또는 운영기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다.

1. 납부할 양도소득세 계산식

거주주택 양도 당시 해당 임대주택 또는 어린이집을 장기임대주택 또는 장기어린이집으로 보지 않을 경우에 납부했을 세액 - 거주주택 양도 당시 제20항을 적용받아 납부한 세액

제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ①법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호 또는 제12호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

1. 수도권 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」제3조 제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」제6조 제3항에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 않는 주택

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조 제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 「민간임대주택에 관한 특별법」제6조 제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

가. 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는「민간임대주택에 관한 특별법」제44조 제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

(4) 민간임대주택에 관한 특별법(2019.11.26. 법률 제16630호로 개정

되기 전의 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로

취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

7. “임대사업자”란「공공주택 특별법」제4조 제1항에 따른 공공주택

사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

1. 삭제 ＜2018.1.16＞

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택

③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하거나 말소하고자 할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

④ 제1항부터 제3항까지에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제6조(임대사업자 등록의 말소) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 등록한 경우

제43조(임대의무기간 및 양도 등) ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조 제4호부터 제6호까지의 규정에 따른 기간(이하 “임대의무기간”이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

(5) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령(2018.7.17. 대통령령 제29045

호로 개정된 것)

제34조(민간임대주택의 임대의무기간 등) ① 법 제43조 제1항에서 “임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점”이란 다음 각 호의 구분에 따른 시점을 말한다.

2. 민간매입임대주택 : 임대사업자 등록일, 다만 임대사업자 등록이후 임대가 개시되는 주택은 임대차계약서 상의 실제 임대개시일로 한다.