조심-2025-서-0391 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2024년 2월 중 주권상장법인 A 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 830,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 증권시장에서 OOO원에 양도한 후 2024.9.2. 양도소득세를 신고‧납부하였다.

이후 청구인은 당초 신고는 처분청의 ‘주식등 양도소득세 납부 안내’를 받고 가산세 불이익을 염려하여 신고했던 것일 뿐 이고, 2023.12.31. 기준 쟁점법인 의 최대주주는 사모펀드인 ‘B 유한회사’(지분율 78.48%)이지 청구인(지분율 0.16%)이 아니라며 2024.11.14. 처분청에 2024년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 경정청구하였다.

나. 처분청은 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호 의 ‘주주 1인’을 판정할 때 법인주주는 제외되는 것으로서 2023.12.31. 현재 청구인이 소유한 쟁점주식 및 청구인의 친족이 보유한 쟁점법인의 주식 고려 시 이들이 최대주주에 해당하고, 청구인 및 주권상장법인 기타주주가 소유하고 있는 주식의 시가총액이 OOO원 이상이므로 청구인이 쟁점법인의 대주주에 해당한다는 이유로 2024.12.12. 청구인에게 이를 거부통지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.12.13. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호 의 “주주 1인”에 법인주주가 포함된다는 청구주장의 당부

② (예비적 청구) “주주 1인”에 법인주주가 포함되지 않더라도 「소득세법 시행령」 제157조 제11항 에 따라 쟁점법인의 가장 많은 지분을 보유한 B(유)의 개인사원이 최대주주에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 본 건에 적용되는 상장법인 대주주 과세체계는 아래 <표1>과 같다.

<표1> 상장법인 대주주의 범위

구분 | 대주주 범위 | 최대주주인 | 경우(*) | 주주1인

주식등을 소유하고 있는 주주 1인

주권상장법인

기타주주

친족(4촌 이내 혈족, 3촌 이내 인척, 배우자, 친생자로서 다른 사람에게 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속, 혼외출생자의 생부ㆍ생모)

경영지배관계 법인(본인‧친족‧경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인)

최대주주가

아닌 경우

주주1인

주식등을 소유하고 있는 주주 1인

(*) 주주 1인 및 그의 친족 등 특수관계인( 「법인세법 시행령」 제43조 제8항 제1호 )의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인에서 최대인 경우

(2) 공시자료에서 확인할 수 있는 2023.12.31. 기준 쟁점법인의 주주현황은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 쟁점법인의 2023.12.31. 기준 주주 현황

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(*) 청구인 외에 A, B 등 쟁점법인 및 계열회사의 임원들이 소수지분(총 15명 합산 1,532,463주, 0.31%)을 보유하고 있는 것으로 확인됨

(3) 처분청은 쟁점법인으로부터 주식등변동상황명세서, 한국예탁결제원으로부터 실질주주명부 및 대법원으로부터 가족관계등록부 등의 자료를 수집하여 객관적 사실에 근거하여 쟁점법인의 개인주주와 「법인세법 시행령」 제43조 제8항 제1호 에 따른 특수관계에 있는 자를 확인하여 최대주주를 선정한다고 밝히면서, 청구인 및 그 친족이 쟁점법인의 개인주주 중 가장 많은 주식을 보유한 최대주주에 해당한다는 자료를 아래 <표3>과 같이 제시하였다.

<표3> 2023년말 기준 쟁점법인 주주 현황

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(4) 2023.12.31. 기준 청구인 및 그 친족이 소유 중인 쟁점법인 발행주식 현황은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 청구인 및 그 친족의 쟁점법인 소유주식 수, 지분율 및 시가총액

ㅇㅇㅇ

(5) 청구인은 2016년 3월부터 2022년 9월까지 약 6년간 쟁점법인 주식을 100～1,000주 단위로 지속적으로 매수(일부 매도 포함)해 온 것으로 확인된다.

(6) 재정경제부는 1999년 상장법인 대주주에 대한 양도소득세 과세 제도를 신설하면서 “거주자가 양도하는 상장법인의 주식”을 과세대상으로 설명(1998 간추린 개정세법)하고 있고, 신설된 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 의 “주주 1인”은 본건에 적용되는 쟁점규정과 동일한 것으로 확인된다.

(7) 국세청은 2004.3.20. <표5>와 같이 주주 1인에는 법인주주를 포함한다는 유권해석을 한 바 있으며, 기획재정부는 2024.8.29. <표6>과 같이 주주 1인에는 법인주주가 포함되지 않는다는 유권해석을 한 것으로 확인된다.

<표5> 국세청 서면4팀-299, 2004.3.20.

현행 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호 에서 규정하는 “법인의 주식을 소유하고 있는 주주1인”에는 법인주주를 포함하는 것이며, 협회등록법인의 주식 양도시점에서 당해 법인의 주식을 소유하고 있는 주주 1인 및 그와 「국세기본법 시행령」 제20조 의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 “기타주주”라 한다)가 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우는 당해 주주 1인 및 기타주주를 당해 사업연도의 종료일까지 전기 규정에 의한 대주주로 보는 것임

<표6> 기획재정부 금융세제과­450, 2024.8.29.

【질의】 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호 의 “주주 1인”에 법인주주가 포함되는지

(제1안) 법인주주도 “주주 1인”에 포함됨

(제2안) 법인주주는 “주주 1인”에 포함되지 않음

【답변】제2안이 타당합니다.

(8) 2025년 기획재정부는 ‘상장주식 대주주 기준 명확화’를 이유로 쟁점규정을 “ 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일(...)”에서 “주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(법인은 제외하며, 이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일(...)”로 개정하여 법인을 “주주 1인”에서 제외하였는데, 개정된 「소득세법 시행령」(대통령령 제35349호, 2025.2.28.) 부칙에는 해당 개정과 관련한 별도의 적용례는 없다.

(9) 쟁점법인의 2023사업연도 사업보고서 및 법인등기에 따르면 B 유한회사는 사모투자전문회사들이 설립한 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제249조의13 에 의해 설립된 투자목적회사로 2016년 1월 13일에 설립되었으며, C 유한회사가 완전모회사인 것으로 확인된다. 한편, 2024.2.19. 쟁점법인 공개매수신고서에 따르면 C 유한회사(투자목적회사)를 설립한 OOO는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 사모집합투자기구에 해당하는 것으로 확인되고, 사모펀드 운용사인 ‘OOO’의 공식홈페이지의 투자 포트폴리오에 쟁점법인이 기재되어 있는 것이 확인된다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 “주주 1인”에 법인주주가 포함되지 않더라도 「소득세법 시행령」 제157조 제11항 에 따라 쟁점법인의 발행주식 78.48%를 보유한 B 유한회사 사원들의 출자 비율에 따라 대주주 판단을 다시 해야한다는 주장이나, B 유한회사는 「소득세법 시행령」 제157조 제11항 및 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 에 따른 사모집합투자기구에 해당하지 않을 뿐만 아니라 그 사원 역시 다른 법인인 C 유한회사(100% 소유)로 「소득세법 시행령」 제157조 제11항 을 적용할 수 없는 점, 조세법률주의 원칙상 별도의 명문 규정 없이 간접투자자까지 납세의무를 확대하여 해석하기 어려운 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 소득세법

제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발행하는 소득

가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

1) 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

(2) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률

제9조(그 밖의 용어의 정의) ⑱ 이 법에서 "집합투자기구"란 집합투자를 수행하기 위한 기구로서 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 집합투자업자인 위탁자가 신탁업자에게 신탁한 재산을 신탁업자로 하여금 그 집합투자업자의 지시에 따라 투자ㆍ운용하게 하는 신탁 형태의 집합투자기구(이하 "투자신탁"이라 한다)

2. 「상법」에 따른 주식회사 형태의 집합투자기구(이하 "투자회사"라 한다)

3. 「상법」에 따른 유한회사 형태의 집합투자기구(이하 "투자유한회사"라 한다)

4. 「상법」에 따른 합자회사 형태의 집합투자기구(이하 "투자합자회사"라 한다)

4의2. 「상법」에 따른 유한책임회사 형태의 집합투자기구(이하 "투자유한책임회사"라 한다)

5. 「상법」에 따른 합자조합 형태의 집합투자기구(이하 "투자합자조합"이라 한다)

6. 「상법」에 따른 익명조합 형태의 집합투자기구(이하 "투자익명조합"이라 한다)

7. 삭제 <2015.7.24.>

⑲ 이 법에서 "사모집합투자기구"란 집합투자증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구로서 대통령령으로 정하는 투자자의 총수가 대통령령으로 정하는 방법에 따라 산출한 100인 이하인 것을 말하며, 다음 각 호와 같이 구분한다.

1. 제249조의11 제6항에 해당하는 자만을 사원으로 하는 투자합자회사인 사모집합투자기구(이하 "기관전용 사모집합투자기구"라 한다)

2. 기관전용 사모집합투자기구를 제외한 사모집합투자기구(이하 "일반 사모집합투자기구"라 한다)

제249조의13(투자목적회사) ① 사모집합투자기구는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 투자목적회사의 지분증권에 투자할 수 있다.

1. 「상법」에 따른 주식회사 또는 유한회사일 것

2. 특정 법인 또는 특정 자산 등에 대한 효율적인 투자를 목적으로 할 것

3. 그 주주 또는 사원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하되, 가목에 해당하는 주주 또는 사원의 출자비율이 대통령령으로 정하는 비율 이상일 것

가. 사모집합투자기구 또는 그 사모집합투자기구가 투자한 투자목적회사

나. 투자목적회사가 투자하는 회사의 임원 또는 대주주

다. 그 밖에 투자목적회사의 효율적 운영을 위하여 투자목적회사의 주주 또는 사원이 될 필요가 있는 자로서 대통령령으로 정하는 자

4. 그 주주 또는 사원인 사모집합투자기구의 투자자 수와 사모집합투자기구가 아닌 주주 또는 사원의 수를 합산한 수가 100인 이내일 것

5. 상근임원을 두거나 직원을 고용하지 아니하고, 본점 외에 영업소를 설치하지 아니할 것

(2) 소득세법 시행령(2024.1.1. 대통령령 제34061호로 일부개정 된 것)

제157조(주권상장법인 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목 1)에서 "대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장 및 제225조의2에서 "주권상장법인대주주"라 한다)를 말한다.

1. 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일(주식등의 양도일이 속하는 사업연도에 새로 설립된 법인의 경우에는 해당 법인의 설립등기일로 한다. 이하 이 조 및 제167조의8에서 같다) 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인. 다만, 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 그와 「법인세법 시행령」 제43조 제8항 제1호 에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 "주주 1인등"이라 한다)의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우로서 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자(이하 이 장에서 "주권상장법인기타주주"라 한다)의 소유주식의 비율 합계가 100분의 1 이상인 경우에는 해당 주주 1인 및 주권상장법인기타주주를 말한다.

가. 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람

나. 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제3항 제1호 에 해당하는 자

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인이 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원 이상인 경우의 해당 주주 1인. 다만, 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인등의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우로서 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주권상장법인기타주주가 소유하고 있는 주식등의 시가총액이 50억원 이상인 경우에는 해당 주주 1인 및 주권상장법인기타주주를 말한다.

⑪ 거주자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 사모집합투자기구를 통하여 법인의 주식등을 취득하는 경우 그 주식등(사모집합투자기구의 투자비율로 안분하여 계산한 분으로 한정한다)은 해당 거주자의 소유로 보아 제4항부터 제7항까지의 규정을 적용한다.

(3) 국세기본법 시행령

제1조의2(특수관계인의 범위) ① 법 제2조 제20호 가목에서 "혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.

1. 4촌 이내의 혈족

2. 3촌 이내의 인척

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속

5. 본인이 「민법」에 따라 인지한 혼인 외 출생자의 생부나 생모(본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람 또는 생계를 함께하는 사람으로 한정한다)

③ 법 제2조 제20호 다목에서 "주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계"란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 "경영지배관계"라 한다)를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우

가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

나. 본인이 직접 또는 그와 친족관계, 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

(4) 법인세법 시행령

제43조(상여금 등의 손금불산입) ⑧ 제3항 및 제7항에서 “특수관계에 있는 자”란 해당 주주등과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 해당 주주등이 개인인 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

가. 친족( 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)

나. 제2조 제8항 제1호의 관계에 있는 법인

다. 해당 주주등과 가목 및 나목에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

라. 해당 주주등과 그 친족이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1명이 설립자로 되어 있는 비영리법인

마. 다목 및 라목에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

2. 해당 주주등이 법인인 경우에는 제2조 제8항 각 호(제3호는 제외한다)의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

제2조(정의) ⑧ 법 제2조 제12호에서 “경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 임원(제40조 제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 이 항, 제10조, 제11조, 제19조, 제38조 및 제39조에서 같다)의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자( 「상법」 제401조의2 제1항 에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족( 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 에 따른 자를 말한다. 이하 같다)