조심-2025-인-3976 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2014.12.4. 매매로 취득한 OOO 대 230.3m 2 (이하 “이 건 토지”라 한다) 지상에 2015.11.25. 상가 겸용 주택 493.68m 2 (이하 “쟁점주택”이라 한다)을 신축한 후, 2019.9.9. 이 건 토지와 쟁점주택을 일괄하여 OOO원에 양도하였고,

양도소득세 신고시 쟁점건물의 취득가액을 감정평가액 OOO원[㈜A이 2019.9.23. 평가한 쟁점주택에 대한 감정평가액을 적용한 것으로, 이하 “소급감정가액”이라 한다]으로 하고, 쟁점주택을 다가구주택으로 보아 1세대 1주택(고가주택) 비과세 감면을 적용하여 2019.10.31. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 신고내용을 검토한 후, 쟁점주택의 취득가액을 환산가액 OOO원으로 적용하고, 쟁점주택을 다가구주택이 아닌 다세대주택으로 보아 1세대 1주택 비과세를 부인하여 2025.4.1. 청구인에게 과세예고통지서를 송달하였고, 2025.5.20. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.26. 이의신청을 거쳐 2025.9.17. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

부과제척기간이 임박하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분이 과세전적부심사청구권을 침해하여 절차상 하자가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호 에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년

제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다.

가. 「감사원법」 제33조 에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우

나. 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우로서 세무서장 또는 지방국세청장이 해당 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액과 동일하게 과세표준 및 세액을 결정하는 경우

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. 「국세징수법」 제9조 에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

④ 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다.

(2) 국세기본법 시행령

제63조의15(과세전적부심사의 범위 및 청구 절차 등) ④ 법 제81조의15 제2항에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보(留保)하여야 한다. 다만, 법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제8항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 법 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 과세전적부심사 청구를 할 때 해당 통지를 한 세무서장ㆍ지방국세청장(같은 항 단서에 해당하는 경우에는 국세청장을 말한다)에게 다음 각 호의 사항을 적은 과세전적부심사청구서를 제출하여야 한다. 이 경우 증거서류나 증거물이 있으면 첨부하여야 한다.

1. 청구인의 주소 또는 거소와 성명

2. 세무조사 결과 통지 또는 법 제81조의15 제1항 각 호의 통지를 받은 날짜

3. 청구 세액

4. 청구 내용 및 이유

⑥ 과세전적부심사청구서가 법 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 한 세무서장ㆍ지방국세청장 외의 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장에게 제출된 경우에는 해당 과세전적부심사청구서를 소관 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장에게 지체 없이 송부하고, 그 뜻을 해당 청구인에게 통지하여야 한다.

⑦ 제1항 및 제3항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 과세전적부심사청구의 결정 통지 등에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

(3) 소득세법

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑧ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제7항까지의 규정에 따라 거주자의 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하였을 때에는 이를 그 거주자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 서면으로 알려야 한다.

(4) 소득세법 시행령

제177조(양도소득과세표준과 세액의 통지) ① 법 제114조 제8항에 따른 통지에 있어서는 과세표준과 세율ㆍ세액 기타 필요한 사항을 납부고지서에 기재하여 서면으로 통지해야 한다. 이 경우에 지방국세청장이 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 것은 그 뜻을 덧붙여 적어야 한다.

② 제1항의 규정은 납부할 세액이 없는 경우에도 적용한다.

③ 납세지 관할세무서장은 피상속인의 양도소득세를 2인이상의 상속인에게 부과하는 경우에는 과세표준과 세액을 그 지분에 따라 배분하여 상속인별로 각각 통지하여야 한다.

(5) 주택법 시행령

제2조(단독주택의 종류와 범위) 「주택법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제2호에 따른 단독주택의 종류와 범위는 다음 각 호와 같다.

3. 「건축법 시행령」 별표 1 제1호다목에 따른 다가구주택

제3조(공동주택의 종류와 범위) ① 법 제2조제3호에 따른 공동주택의 종류와 범위는 다음 각 호와 같다.

3. 「건축법 시행령」 별표 1 제2호 다목에 따른 다세대주택(이하 “다세대주택”이라 한다)

[별표 1] 용도별 건축물의 종류

1. 다. 다가구주택 : 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다.

1) 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택(주거 목적으로 한정한다) 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다.

2) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 660제곱미터 이하일 것

3) 19세대(대지 내 동별 세대수를 합한 세대를 말한다) 이하가 거주할 수 있을 것

(중략)

2. 다. 다세대주택 : 주택으로 쓰는 1개 동의 바닥면적 합계가 660제곱미터 이하이고, 층수가 4개 층 이하인 주택(2개 이상의 동을 지하주차장으로 연결하는 경우에는 각각의 동으로 본다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 건축물대장 등에 따르면, 쟁점주택은 2025.11.25. 사용승인된 후 2016.12.2. 청구인 명의로 소유권보존등기된 것으로 나타난다.

(나) 쟁점주택의 건축물대장 등에 따르면, 쟁점주택은 2016.11.25. 공부상 다가구주택[1층 옥내주차장 및 음식점, 2층 2세대, 3층 2세대, 4층 1세대]으로 사용승인되었다.

(다) 쟁점주택에 대한 양도소득세 신고서에 따르면, 청구인은 2019.9.9. 이 건 주택과 쟁점주택을 OOO원에 일괄양도한 후 2019.10.31. 그 취득가액을 OOO원으로 하고, 쟁점주택을 다가구주택으로 보아 1세대 1주택(고가주택) 비과세 감면을 적용하여 산정한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

1) 청구인은 이 건 토지에 대한 취득가액을 실지취득가액인 OOO원으로 산정하고, 쟁점주택에 대한 취득가액을 소급감정가액과 필요경비를 합한 OOO원으로 산정하였다.

2) ㈜A이 2019.9.23. 작성한 쟁점주택에 대한 감정평가서에 의하면, 쟁점주택에 대한 평가기준일은 2016.11.25., 감정평가액은 OOO원으로 기재되어 있다.

(라) 처분청은 공부상 다가구주택인 쟁점주택을 다세대주택으로 보아 1세대 1주택 비과세를 부인하고, 쟁점주택의 취득가액을 소급감정가액이 아닌 환산취득가액을 적용하여 이 건 양도소득세를 해야 한다고 보아 2025.4.1. 청구인에게 과세예고통지서를 송달하였고, 2025.5.20. 이 건 양도소득세를 부과·고지(청구인의 배우자에게 교부송달)하였다.

<이 건 양도소득세 부과 내역>

ㅇㅇㅇ

1) 처분청은 쟁점주택에 옥탑시설 49.5㎡이 설치되어 주택으로 사용하는 층이 3개층을 초과하여 쟁점주택은 다가구주택이 아닌 다세대주택에 해당한다고 답변하면서 그 증빙으로 쟁점주택의 건축물대장, 매매계약서 등을 제출하였다.

ㅇㅇㅇ

2) 이 건 양도소득세 부과처분과 관련하여 쟁점주택을 다세대주택으로 본 것과 그 취득가액을 환산취득가액으로 적용한 것에 대하여는 청구인과 처분청 간 다툼이 없다.

(마) 과세예고통지서에 첨부된 과세예고통지에 대한 권리구제절차 관련 안내문에는 ‘이 통지내용에 이의가 있으면 이 통지서를 받은날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있으며’, ‘과세예고통지일부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 등에 해당되면 과세전적부심사 청구대상에서 제외된다’고 기재되어 있다.

<과세예고통지서 중 일부>

ㅇㅇㅇ

(바) 이 건 과세예고통지 전까지 이 건 양도소득세에 관한 별도의 조사가 이루어지지 아니하였고, 청구인에게 발송된 해명안내문 등이 없었다는 점에 대하여는 청구인과 처분청간 다툼이 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

「국세기본법」 및 같은 법 시행령에서 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없음에도 불구하고, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 않거나 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하여 그 과세처분은 위법하다 할 것인 점(OOO),

「국세기본법」 제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나로 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 규정하고 있으나, 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없고, 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 볼 경우, 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 납세자의 절차적 권리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래할 수 있는바, 과세관청이 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호 의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 할 것( OOO)인 점,

처분청은 청구인이 2019.10.31. 쟁점주택에 대한 양도소득세를 신고한 이후 이 건 양도소득세에 대한 해명자료 등을 요구하거나, 과세지연에 대한 합리적 이유제시 또는 별도의 조사나 확인 없이 파생된 과세자료에 의하여 부과제척기간 60일 전인 2025.4.1. 과세예고통지를 한 후 국세부과제척기간 만료일까지 남은 기간이 3개월 이하라면서 과세전적부심사기회를 부여하지 아니하고 이 건 처분에 이른 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해하여 절차상 중대한 하자가 있다고 봄이 상당하므로 처분청이 부과제척기간 만료일에 임박하여 청구인에게 한 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.