조심-2025-서-1689 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2006.4.11. 서울특별시 서초구 OOO 일대 토지 132,379㎡(이하 “쟁점사업부지”라 한다)에서 OOO 도시개발사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 추진하기 위해 설립된 프로젝트금융투자회사로 쟁점사업의 시행자인 OOO 도시개발구역 도시개발사업조합(도시개발구역내 토지소유자들이 설립한 조합으로 이하 “이 건 조합”이라 한다)으로부터 2006.7.12. 쟁점사업의 시행업무대행 용역(이하 “이 건 대행용역”이라 한다)을 위탁받아 2006년 7월경 쟁점사업부지 중 89,198㎡(2013.5.24. 토지거래허가구역에서 지정 해제되었고, 이하 “당초매입토지”라 한다)를 매수하였다.

나. 이후 청구법인은 당초매입토지가 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제104조의19 제1항(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)에 따라 「법인세법」 제51조의2 제1항 제9호 에 따른 법인의 주택건설용 토지 중 취득일부터 5년 이내에「주택법」에 따른 사업계획(이하 “이 건 사업계획”이라 한다)의 승인을 받을 토지임을 전제로 종합부동산세 신고시 쟁점토지에 대한 종합부동산세 과세표준 합산배제 대상으로 신고하였다.

다. 처분청은 2018년 6월경 쟁점토지의 종합부동산세 합산배제에 대한 사후관리 자료를 분석한 결과, 청구법인이 당초매입토지의 취득일부터 5년 이내에 이 건 사업계획 승인을 받지 못하여서 당초매입토지가 이 건 과세특례 대상에 해당하지 않는다고 보아, 조특법 제104조의19 제3항(이하 “쟁점추징규정”이라 한다)에 따라 청구법인에게 2016년～2020년 귀속 종합부동산세 등 합계 OOO원을 각 경정·고지(이하 “당초처분”이라 한다)하였다.

라. 청구법인은 이에 불복을 제기하였고, 우리 원[조심 OOO]은 청구법인이 제기한 당초매입토지에 대한 2015년 귀속 종합부동산세의 행정소송 결과(서울행정법원 2023.9.8. 선고 OOO 판결)와 동일한 취지로 수탁자의 지위에 있지 않은 청구법인이 당초매입토지에 대한 종합부동산세 납세의무자가 아니라고 2024.3.18. 인용결정(이하 “쟁점결정”이라 한다)을 하였으며, 처분청은 2024.4.1. 당초처분을 취소하면서 당초매입토지의 수탁자인 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)의 관할인 삼성세무서장에게 자료통보를 하였다.

마. aa세무서장은 2020.6.1. 기준으로 당초매입토지 중 신탁등기된 토지에 대하여 A에게 2020년 귀속 종합부동산세를 부과하면서, 신탁계약 해지를 사유로 청구법인에게 소유권이 이전(2019년 11월, 2020년 1월 등)된 서울특별시 서초구 OOO 35,923.08㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 납세의무자는 청구법인이라는 내용의 과세자료를 처분청에게 통보하였다.

바. 이에 처분청은 2025.2.5. 청구법인에게 쟁점토지에 대한 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원을 경정․고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.

사. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.18. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 처분이 쟁점결정의 기속력에 반하는지 여부

② 조특법 제104조의19 제3항에 따라 쟁점토지를 합산배제 대상에서 제외하여 청구법인에게 종합부동산세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 A의 현황과 쟁점사업의 진행경과는 아래와 같다.

(가) 청구법인은 쟁점사업부지를 취득하여 공동주택, 단독주택, 상가 및 기타 부대시설을 신축·분양하여 그 수익을 주주에게 배당하는 것을 목적으로 2006.4.11. 설립(자본금 OOO원)된 프로젝트금융투자회사이고, A은 2001.10.24. 설립되어 서울특별시 강남구 OOO에 부동산신탁 및 부동산 관련 자산관리 업종을 영위하고 있는 사업자이다.

(나) 청구법인은 2006.7.12. 쟁점사업의 시행자인 이 건 조합과 환지처분업무, 사업비 조달대여, 이 건 조합이 수행할 제반 행정업무수행 및 지원, 이 건 조합이 수행할 인허가 준비 및 지원 등의 업무를 수행하는 내용의 이 건 대행용역계약을 체결하였고,

대출약정을 통하여 조달한 자금으로 2006년 7월경 쟁점사업부지내 토지소유자들과 당초매입토지를 매입하는 계약을 체결하고 그 매매대금 전액을 지급하였으며, 당초매입토지 중 일부는 직접 소유권을 취득하였으나 일부는 토지소유자(매도자)를 위탁자, A을 수탁자, 청구법인을 수익자로 하는 부동산처분신탁계약을 체결한 후 2006.7.12. 신탁을 원인으로 A 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다.

(다) 쟁점사업부지는 2013.5.24. 토지거래허가구역에서 지정해제되었고, 청구법인은 2013.7.18. 서울특별시 서초구청장에게 당초매입토지에 관하여 취득세 신고를 하였으며, 2014.10.6. 당초매입토지를 종합부동산세 과세표준의 합산배제대상으로 신고하였다.

(라) 쟁점사업 관련 주요 진행경과는 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점사업 관련 주요 진행경과

○○○

(2) 청구법인이 쟁점사업계획 승인을 5년 이내에 받지 못한 정당한 사유가 있다는 근거로 제시한 자료는 아래와 같다.

(가) 쟁점사업부지에 대한 ‘OOO 도시개발구역 지정 및 개발계획 신청’에 따른 사전협의에 대하여 서울특별시(시설계획과)에서 서초구에 회신한 OOO 도시개발구역 지정 관련 2007.10.16.자 서울특별시 공문 내용에서는 청구법인이 쟁점사업부지의 용도지역 변경과 함께 제1종 전용주거지역에는 2층 이하 단독주택을, 제2종 전용주거지역에는 7층 이하의 공동주택을 건축하는 것으로 계획하였던 것으로 나타난다.

(나) 서울특별시 도시계획위원회 심의결과 및 서초구의 재심의 요청 공문을 살펴보면, OOO 도시개발구역 지정과 관련하여 2008.5.21. 제9차 서울특별시 도시계획위원회 심의결과 보류되었으나, 2008.8.20. 제13차 서울특별시 도시계획위원회 심의결과 ‘공동주택 건립을 위한 집단환지는 불허하고, 2003년 용도지역 변경당시 제출된 계획(개별환지, 3층 이하)의 범위에서 개발계획을 수립하라’는 내용으로 가결되었고, 서울특별시 서초구가 2008.9.16. 이에 대하여 서울특별시 도시계획위원회에 재심의를 요청한 공문내용이 확인된다.

(다) 서울특별시 도시개발구역 지정 및 개발계획 수립 고시(2009.3.19.) 내용을 살펴보면, 서울특별시장은 위 제13차 도시계획위원회 심의결과 수정가결된 내용에 따라 2009.3.19. 도시개발구역 지정 및 개발계획 수립을 고시(서울특별시 고시 제OOO호)하였다.

(라) 청구법인은 쟁점사업이 지연되던 중 시공사인 B과 C이 대출금을 변제할 여력이 되지 않아 각각 2011.4.12. 및 2011.4.15. 각 법정관리를 신청하였고, 이로 인해 사업의 진행이 거의 불가능하게 되었다고 주장하며, 동 법인들의 법정관리 사실이 기재된 2011.4.15.자 OOO 기사 등 관련 기사를 제출하였다.

(마) 2011.6.28.자 대출약정서 및 시공사들의 채무인수약정서를 살펴보면, B은 2011.6.28. 법정관리 신청을 철회하였고, 같은 날 청구법인 등과 대주단 사이에 대출기한 연장, 추가 합의사항 등을 정한 대출약정서가 작성되었으며, 시공사인 B 및 C은 이 건 대출약정과 관련하여 2011.6.28. 채무인수약정서를 작성하였다.

(바) 2014.12.30. 기존 대출약정에 대한 변경약정서를 살펴보면, 청구법인 등과 대주단 사이에 2011.6.28.자 대출약정의 상환기일을 2014.12.13.에서 2015.6.13.로 연장하고, 이자기간 등 일부 대출조건을 변경하는 약정을 2014.12.30. 체결한 것으로 확인된다.

(사) 쟁점사업의 재개 및 이후 진행상황을 보면, 쟁점사업은 시공사들의 법정관리 신청 등을 이유로 중단되었다가, 2019년 6월경 F, H, E 컨소시엄의 투자로 설정된 이 건 펀드가 기존 채권단이 보유한 선·후순위 채권 전체를 인수하면서 사업이 재개되어 서울특별시장은 2021.3.4. 쟁점사업 개발계획 변경에 대하여 실시계획인가 고시를 한 것으로 나타난다.

(3) 당초매입토지(쟁점토지 포함)와 관련한 우리 원의 결정 및 법원 판례는 아래와 같다.

(가) 당초매입토지에 대한 2015년 귀속 종합부동산세 등을 청구법인에 부과한 건에 대한 심판청구 결과, 조특법 제104조의19에 달리 추징의 예외규정을 두지 아니하고 있고, 5년 이내 사업계획 승인을 받지 못하였다는 이유로 기각 결정(조심 OOO, 2022.2.16.)하였다.

(나) 위 조심 OOO, 2022.2.16. 결정에 대하여 청구법인이 행정소송을 제기하였고, 그 결과 당초매입토지에 대한 종합부동산세 등 납세의무자를 청구법인으로 본 처분을 위법하다고 판결하였으며, 처분청은 항소를 포기하고 2015년 귀속 종합부동산세 부과처분을 직권 취소하였다.

<표3> 서울행정법원 2023.9.8. 선고 OOO 판결

○○○

(다) 당초매입토지에 대한 2016년〜2020년 귀속분 종합부동산세 등을 청구법인에게 부과한 건에 대한 심판청구 결과, 우리 원은 당초매입토지에 대한 종합부동산세 등 납세의무자를 A으로 보아 인용 결정[조심 OOO, 2024.3.18.]하였다.

<표4> 쟁점결정[조심 OOO, 2024.3.18. 결정]

○○○

(4) 이 건 처분 경위는 아래와 같다.

(가) 처분청은 위 조심 OOO, 2024.3.18. 결정으로 당초처분을 취소하고 그 내용을 당초매입토지의 수탁자인 A의 관할인 삼성세무서장에게 통보하였다.

(나) 삼성세무서장은 A에게 당초매입토지에 대한 종합부동산세 등을 부과하면서 처분청에게 당초매입토지 중 2020.6.1. 이전(2019년 11월, 2020년 1월 등)에 신탁계약이 해지되어 청구법인에게 소유권이 이전된 쟁점토지의 납세의무자는 청구법인이라는 내용의 과세자료를 통보하였다.

(다) 처분청은 위 자료통보에 따라 2025.2.5. 청구법인에게 쟁점토지에 대한 2020년 귀속 종합부동산세 등을 경정․고지하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 쟁점결정에서 든 위법사유와 양립할 수 없는 동일한 사실관계를 사유로 이 건 처분을 한 것은 쟁점결정의 기속력에 반하는 것이라고 주장하나, 쟁점결정은 청구법인이 쟁점토지를 포함한 당초매입토지를 신탁하여 그 수탁사인 A을 종합부동산세 등의 납세의무자로 판단한 것인바, 처분청은 쟁점결정에 따라 당초처분을 취소하고 납세의무자인 A 관할인 삼성세무서장에게 당초매입토지에 대한 과세자료를 통보한 후, 삼성세무서장이 통보한 ‘신탁해지를 원인으로 소유권이 이전된 쟁점토지의 납세의무자는 청구법인’이라는 과세자료를 근거로 이 건 처분을 한 점, 쟁점결정에서 쟁점토지의 신탁여부에 대한 다툼은 없어 보이고, 쟁점토지가 A에 신탁되었다는 사실관계를 바탕