조심-2025-서-1663 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.4.12. 설립되어 OOO 제조․판매업을 영위하는 사업자로, <별지1>과 같이 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 제1항 제3호에 따른 일반연구․인력개발비 총 합계 OOO원에 대한 세액공제액 합계 OOO원을 적용하여 2019∼2023사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 동대문세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.3.28.∼2024.6.1. 기간 동안 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 연구소 소속 연구원들이 연구개발 이외의 업무를 겸임하였다고 보아 2019∼2023사업연도 기간 동안 연구원들의 인건비 명목으로 지출한 합계 OOO원(이하 “쟁점인건비”라 한다) 전액에 대하여 세액공제의 적용을 부인하고, 위탁연구개발비 등으로 계상한 합계 OOO원 중 OOO원(이하 “기타개발비”라 한다)도 제품양산비용 내지 일반용역대금에 해당하는 등 세액공제요건을 갖추지 못한 비용에 해당한다고 보아 이에 대한 세액공제 적용을 부인하는 등의 내용으로 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에 처분청은 2024.7.10. 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 2020∼2023사업연도 법인세 및 농어촌특별세 합계 OOO 원을 경정․고지하였다(2019사업연도 법인세는 산출세액 OOO원이 모두 공제․감면되어 별도 고지세액은 없다. 세부내역은 <별지1> 참조).

<표1> 이 건 법인세 고지세액

(단위 : 원)

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여(2019사업연도 법인세의 경우 별도 고지세액은 없으나, 이월공제 문제로 불복대상에 포함하였다) 2024.10.2. 이의신청을 거쳐, 2025.3.13. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점인건비가 일반연구․인력개발비 세액공제대상인지 여부

② 기타개발비가 일반연구․인력개발비 세액공제대상인지 여부

나. 관련 법령 등 : <별지2> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인과 관련한 기초사실은 다음과 같다.

1) 청구법인이 제출한 2022년 1월 기준 조직도에 의하면, 청구법인은 연구소, 구매/품질부, 마케팅부, 판매부 및 경영관리부, 총 5개의 조직으로 구성되어 있다.

2) 청구법인은 OOO협회장으로부터 2018.5.17.과 2020.8.5. 각 발급받은 연구개발전담부서 인정서 2매(최초 인정일은 모두 2018.1.9.임)를 제출하였는데, 해당 인정서에는 ‘ 기초연구법 제14조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제27조 제1항에 따라 연구개발전담부서로 인정한다’는 내용이 기재되어 있다.

3) 청구법인은 2022.4.19. OOO협회장으로부터 발급받은 기업부설연구소 인정서 1매를 제출하였는데, 해당 인정서에는 ‘ 기초연구법 제14조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제27조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정한다’는 내용과 함께 유효기간이 2022.4.15.∼2022.8.20.로 기재되어 있다.

(나) 조사청의 이 건 세무조사 결과는 아래 <표2>와 같은데, 조사청은 산업디자인 전문회사 증서 또는 연구개발전문부서 인증서를 보유한 L 외 3개 업체에 지급한 용역비용 OOO원은 수탁업체 요건을 충족하는 등 조특법 시행령 [별표 6] 나목에 따른 외부위탁 연구용역비에 해당한다고 보아 일반연구․인력개발비 세액공제대상으로 인정하였으나, 쟁점인건비와 함께 쟁점②∼⑤금액이 포함된 기타개발비에 대해서는 세액공제의 적용을 부인하였다. 참고로, 이 건 법인세 부과처분 중 일반 연구․인력개발비 세액공제 부인 이외의 과세내용에 대해서는 다툼이 없다.

<표2> 이 건 세무조사 결과

(단위 : 원)

○○○

(다) 쟁점인건비와 관련한 내용은 다음과 같다.

1) 쟁점인건비의 세부내역과 조사청이 쟁점인건비에 대한 세액공제를 부인한 이유를 정리하면, 아래 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점인건비 세부내역 및 조사청 공제대상 부인사유 내역

(단위 : 원)

○○○

2) 청구법인이 제출한 연구원별 근무내용은 <별지3>과 같다. 한편, 청구법인은 연구원들이 연구소에서 전담요원 또는 보조연구원으로서 근무하면서 연구에 참여한 결과, 청구법인이 다수의 특허를 출원 내지 등록하였다고 설명하면서 2025.3.10.자 지식재산권 현황을 정리하여 제출하는 한편, 아래 <표4>와 같은 내용의 국내 특허등록증 6매와 디자인등록증 1매를 각 제출하였는데, 특허권자․디자인권자는 청구법인이고, 발명자․창작자는 모두 대표이사 c이다.

<표4> 청구법인의 국내 특허등록증 및 디자인등록증 주요내용

○○○

3) 청구법인은 OOO협회의 현지확인보고서 사본을 제출하였는데, 해당 자료에는 OOO팀 소속 조사원 k이 2021.6.29. 현지확인을 실시한 결과, ‘청구법인의 연구개발전담부서에는 2명의 직원(전문학사 전담요원 1, 보조원 1)이 있고, 연구개발 수행과제로 ‘갤러리 모두 거리 측정’을 진행하고 있으며, 직원들의 인원수 및 학위증이 확인되어 인적요건을 충족하였고, 도면 및 현판을 확인한 결과 물적요건도 충족하였다’는 내용이 기재되어 있다.

4) 처분청이 제출한 청구법인의 2021사업연도 조직도는 아래 <그림1>과 같은데, 이에 의하면 청구법인이 연구전담인력이라고 설명한 인력 중 f만이 신제품 개발을 맡고 있고, i는 마케팅 담당인 것으로 나타나며, 다른 인력들의 업무분장은 달리 확인되지 않는다.

<그림1> 청구법인의 2021사업연도 조직도

○○○

5) 처분청이 제출한 연구원의 연도별 업무성과 목표서, d의 업무인수인계서, e의 수습평가 근무평가서 및 2019 역량개발 목표서, 주간업무자료의 주요 내용은 각각 아래 <표5>∼<표8>과 같다.

<표5> 각 연구원의 연도별 업무성과 목표서

○○○

<표6> d의 업무인수인계서

○○○

<표7> e의 수습평가 근무평가서 및 2019 역량개발 목표서

○○○

<표8> 청구법인의 주간업무 자료

○○○

6) 청구법인의 직원이 이 건 세무조사 당시 조사청 담당자에게 제출한 사무실 현황(직원배치표) 그림은 아래 <그림2>와 같은데, 이에 의하면 청구법인이 연구전담인력으로 설명한 j은 영업관리팀장이고, i는 기획마케팅팀 소속인 것으로 되어 있다.

<그림2> 청구법인 소속직원이 그린 사무실 현황(직원배치표)

○○○

7) 처분청이 제출한 청구법인의 계정별원장(계정과목 : 미지급금, 미지급비용)에 의하면, e과 i는 법인카드로 광고비를, j은 법인카드로 A/S 관련 착불택배비를 각 지출한 것으로 나타난다.

8) 조사청 담당자와 j․i 간 전화 문답내용을 정리하면, 아래 <표9>와 같다.

<표9> j․i와의 전화 문답서 주요내용

○○○

9) 청구법인과 f의 배우자 h가 체결한 2020.1.31.자 서비스 위탁 용역계약의 주요 내용과 청구법인의 대표이사 c과 이사 l이 h와의 용역계약과 관련하여 주고받은 이메일의 주요 내용은 각각 아래 <표10>․<표11>과 같다.

<표10> 2020.1.31.자 서비스 위탁 용역 계약서 주요 내용

○○○

<표11> l과 c 간 이메일 주요내용

○○○

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

7) 청구법인은 a과 b의 이력서를 제출하는 한편, 청구법인과 a이 작성한 기술 자문 서비스 계약서와 신제품 개발관리 용역 계약서를 제출하였는데, 각 계약서의 주요 내용은 아래 <표14>․<표15>와 같다.

<표14> 청구법인과 a 간 2019.2.20.자 기술 자문 서비스 계약서의 주요내용

○○○

<표15> a과의 신제품 개발관리 용역 계약 기안서의 주요 내용

○○○

8) a․b의 인건비에 대한 2022년 지출결의서 12매 및 b의 입사증빙서류 증빙요청 기안서의 주요 내용은 각각 아래 <표16>․<표17>와 같다.

<표16> 2022년 지출결의서 12매의 주요내용

○○○

<표17> b의 입사증빙서류 증빙요청서 기안서의 주요내용

○○○

9) a의 2021년 8월∼2023년 12월 기간의 월간 업무일지 중 주요내용은 아래 <표18>과 같다.

<표18> a의 월간 업무일지 중 주요 내용(발췌)

○○○

10) 청구법인의 이사 l이 송수신한 이메일의 주요 내용을 정리하면 아래 <표19>와 같다.

<표19> 이사 l의 이메일 주요 내용

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 보건대, 청구법인은 소속 연구소가 법령상 인적․물적요건을 모두 갖추었으므로 쟁점인건비의 경우 일반연구․인력개발비 세액공제 대상에 해당한다고 주장하나, 조특법 시행령 [별표 6] 및 같은 법 시행규칙 제7조 제3항에 따라 세액공제가 적용되는 인건비는 전담부서등에서 근무하는 직원 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구(전담)요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원의 인건비이므로, 이는 단순히 전담부서등에 소속된 직원의 인건비가 아니라 실제로 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원과 이들의 연구업무를 직접 지원하는 자로서 연구업무만을 전담으로 하는 자의 인건비이어야 하는 점(대법원 2011.6.24. 선고 2011두6844 판결 및 서울고등법원 2011.2.10. 선고 2010누25635 판결, 같은 뜻임), 그런데 쟁점인건비가 지급된 직원들의 연도별 업무성과 목표서․업무인수인계서․근무평가서․역량개발목표서 및 청구법인의 주간업무자료에 의하면 그들이 수행한 업무는 고유한 연구업무가 아니라 광고․홍보 등 마케팅, 영업관리 등인 것으로 확인되는 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 보건대, 청구법인은 기타개발비가 전액 일반연구․인력개발 세액공제 적용대상 요건을 갖추었다고 주장하나, 과세처분 취소소송에서 비과세 요건이나 공제 요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다고 할 것(대법원 2009.7.9. 선고 2007두4049 판결, 같은 뜻임)인 점, 그런데 조사청은 이 건 세무조사 과정에서 세액공제 요건이 충족된 것으로 확인된 금액(OOO원)에 대해서는 세액공제를 인정한 것으로 나타나는 반면, 기타개발비와 관련해서는 청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 업체들이 전담부서 등의 요건을 갖추었다거나 그 밖에 세액공제 요건이 충족되었는지 여부 등 청구주장을 입증할만한 객관적․구체적인 증빙자료가 제출되었다는 등의 사정은 달리 확인되지 않는 점, 특히 a의 월간 업무일지, 청구법인의 이사 l의 이메일 송수신 내용에 의하면 a과 b이 실제로 수행한 업무는 기술자문이 아니라 일정 관리, 검수 등으로 보이는바 쟁점⑤금액이 세액공제 대상인 기술자문비에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 위 청구주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(다) 따라서, 처분청이 쟁점인건비와 기타개발비가 일반연구․인력개발비에 해당하지 않는다고 보아 청구법인에게 법인세 및 농어촌특별세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 이 건 과세처분 내역

(단위 : 원)

○○○

※ (참고) 연도별 세액공제액 발생․이월내역

○○○

<별지2> 관련 법령 등

※ 이 건 과세기간(2019∼2023사업연도) 동안 2차례의 법령개정이 있었으나, 개정사항이 이 건 쟁점의 판단에 영향을 미치지 않으므로 첫 번째 과세 기간인 2019사업연도분을 기준으로 기재함

(1) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 일부개정된 것)

제9조 [연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입] ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구ㆍ인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조 [연구․인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우: 100분의 25

제144조 [세액공제액의 이월공제] ① 제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제19조 제1항, 제25조, 제25조의4부터 제25조의7까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제30조의2부터 제30조의4까지, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4 제1항, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액을 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못하는 경우는 7년, 제10조에 따라 공제할 세액을 중소기업이 설립일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못하는 경우는 10년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 일부개정된 것)

제8조 [연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동

5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

8. 이미 기획된 콘텐츠ㆍ소프트웨어 등을 제작하는 활동

제9조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ⑨ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

■ 조세특례제한법 시행령 [별표 6] <개정 2016.2.5.>

연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조제1항 관련)

구분

비용

1. 연구개발

가. 자체연구개발

1) 연구개발 또는 문화산업