조심-2025-부-3914 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 1971.5.18. 개업하여 경상남도 OOO에서 제강 제조업을 영위하고 있는 법인으로, 2019년 제1기∼2020년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)으로부터 총 OOO원의 세금계산서(총 123매, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 아래 <표1>과 같이 관련 매입세액을 공제하고, 공급가액을 손금에 산입하여 2019년 제1기 ～ 2020년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2019～2020사업연도 법인세 합계 OOO원을 신고하였다.

<표1> 청구법인의 부가가치세 및 법인세 신고 주요내용

(단위 : 백만원)

○○○

나. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.10.23.∼2025.3.15. 기간 동안 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아, 관련 매입세액을 불공제하고, 법인세 증명서류 수취 불성실가산세를 부과하여야 한다는 조사결과를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 아래 <표2>와 같이 2025.1.21. 등 청구법인에게 2019년 제2기～2020년 제1기 부가가치세 합계 OOO원 및 2019～2020사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정‧고지하였다.

<표2> 처분청의 경정 고지내역

(단위 : 백만원)

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.14. 등 이의신청을 거쳐, 2025.9.12. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부(주위적 청구)

② 운송주선수수료 및 수입대행수수료를 제외한 매입세액은 공제되어야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

나. 관련 법률 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 청구법인은 유가증권시장에 상장된 법인으로, 2019.12.31., 2020.12.31. 현재 주주현황은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 청구법인의 주주현황

(단위 : 주)

○○○

(나) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.

1) 청구법인과 A이 2016.4.1. 작성한 운송계약은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 청구법인과 A이 작성한 운송계약서

○○○

2) 청구법인은 A 이외의 다른 운송주선업자들에게도 동일한 방식으로 운송업무를 위임하고 있다고 주장하면서, 2016.4.1. B 주식회사, C 주식회사 및 주식회사 D와 각 작성한 운송계약서를 제출하였으며, 계약서의 내용은 위 <표5>의 A와 작성한 계약서와 동일한 것으로 나타난다.

3) 청구법인은 A이 인적‧물적 시설을 갖춘 법인이라고 주장하면서, 다음과 같은 자료를 제출하였다.

가) 경상남도 OOO군수가 A에 대하여 발급한 ‘화물자동차 운송주선사업 허가증’(허가일 : 2001.8.22.)과 충청남도 OOO시장이 A OOO영업소에 대하여 발급한 ‘화물자동차 운송주선사업 영업소 허가증’(허가일 : 2016.2.15.)을 제출하였다.

나) OOO가 2018.12.27. A에 대하여 발급한 회원증을 제출하였다.

다) 경상남도 OOO군수가 발급한 건설기계 등록‧검사증 4매(로더 1대, 굴삭기 3대)를 제출하였다.

라) A의 OOO사무실 및 OOO영업소의 임대차계약서와 임차료 지급증빙을 아래 <표6>∼<표9>와 같이 각 제출하였다.

<표6> A의 OOO사무실 임대차계약서

○○○

<표7> A의 OOO영업소 임대차계약서

○○○

<표8> OOO사무실 임차료 지급증빙

○○○

<표9> OOO영업소 임차료 지급증빙

○○○

마) 청구법인은 A이 청구법인뿐만 아니라 H과도 지속적으로 거래를 하였다고 주장하면서, A이 2018.12.26., 2020.1.1. H과 작성한 2019년 운송계약서와 2020년 운송계약서를 각 제출하였다.

바) 청구법인은 A의 2019년 매출 및 매입내역을 각 아래 <표10> 및 <표11>과 같이 제출하였다.

<표10> A의 매출내역

○○○

<표11> A의 매입내역

○○○

4) 청구법인은 2015.12.18. 법원으로부터 회생절차개시결정을 받았으며(부산지방법원 2015.12.18. 선고 OOO 결정), 법원 통지서에 따르면, 항목당 OOO원 이상의 금원지출 등에 대해서는 법원의 허가를 얻어야 한다고 기재되어 있는 것으로 확인된다.

5) 조사청은 2025.4.14. e과 청구법인을 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 및 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 고발하였고, 경상남도경찰청은 2025.7.31. 아래 <표12> 같이 e과 청구법인을 불송치(혐의없음) 결정한 것으로 나타난다.

<표12> 불송치 결정서

○○○

(다) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다.

1) 서울동부지방법원은 검찰이 e 등을 피고인으로 하여 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(배임) 등으로 기소한 사건에 대하여 아래 <표13>과 같이 2021.9.10. e에게 징역 2년 6월에 집행유예 3년 및 벌금 2억 1천만원을 선고한 것으로 확인된다.

<표13> 쟁점형사판결 판결문 주요내용(서울동부지방법원 2021.9.10. 선고 OOO 판결)

○○○

2) 운송주선수수료 관련 신문조서는 다음과 같다.

가) e의 신문조서 주요내용은 아래 <표14>와 같다.

<표14> e 신문조서(주요내용 발췌)

○○○

나) a의 신문조서 주요내용은 아래 <표15>와 같다.

<표15> a 신문조서(주요내용 발췌)

○○○

다) f의 신문조서 주요내용은 아래 <표16>과 같다.

<표16> f 신문조서(주요내용 발췌)

○○○

라) h의 신문조서 주요내용은 아래 <표17>과 같다.

<표17> h 신문조서(주요내용 발췌)

○○○

마) c의 신문조서 주요내용은 아래 <표18>과 같다.

<표18> c 신문조서(주요내용 발췌)

○○○

3) 수입대행수수료 관련 신문조서는 다음과 같다.

가) e의 신문조서 주요내용은 아래 <표19>와 같다.

<표19> e 신문조서(주요내용 발췌)

○○○

나) i(청구법인 직원)의 신문조서 주요내용은 아래 <표20>과 같다.

<표20> i 신문조서(주요내용 발췌)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

처분청은 A이 인적‧물적 시설을 갖추지 못한 실체가 없는 회사로, A이 청구법인에게 실제 용역을 제공한 사실이 없으므로, 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아야 한다는 의견이나,

A은 경상남도 OOO군수와 충청남도 OOO시장으로부터 화물자동차 운송주선사업 허가를 받은 운송주선업자로, OOO사무소 및 OOO영업소의 임대차계약을 체결하고 임차료를 지급하는 등 실제 사무실이 존재하는 것으로 보이고, A의 2019사업연도 매출 및 매입내역에 따르면, A은 H과 운송계약을 체결하여 OOO원의 매출이 발생하는 등 90여개 업체에 대하여 총 OOO원의 매출과 130여개 업체로부터 OOO원의 매입을 기록하였으며, 운송주선에 따른 경제적 손익이 e의 개인 회사인 A에 귀속되었는바, e이 개인회사 운영비용 절감 등의 명분으로 청구법인의 인력을 관계사 업무지원에 제공한 행위 등이 부당행위계산부인 대상이 되는지는 별론으로 하더라도 A은 청구법인과 독립된 경제적 실체를 갖추고 있는 것으로 보이는 점,

납세의무자는 경제활동을 할 때 특정 경제적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있고, 과세관청으로서도 그것이 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 하는바(대법원 2017.4.7. 선고 2015두49320 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 OOO제강소에서 생산한 빌렛을 OOO공장, OOO공장으로 운송하는 사내 운송수요가 발생하여 A과 운송계약을 체결하여 운송을 위임한 것으로 보이고, 청구법인과 A은 이 건과 관련한 부가가치세 및 법인세를 정상적으로 납부하여 조세회피 목적이 있었다고 보기도 어려운 점,

처분청은 서울동부지방법원이 e에 대하여 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(배임)으로 유죄를 선고한 판결문을 이 건 처분의 근거로 제시하고 있으나, 동 판결문은 e의 배임죄에 대한 판결문으로, 쟁점세금계산서가 공급자가 사실과 다른 세금계산서인지 여부를 판단하는 것은 위 법원 판결과는 별개의 문제로 보이는 반면, 경상남도경찰청은 조사청이 e을 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 고발한 사건에 대해서는 A이 실체가 없는 업체라고 볼 증거가 불충분하다는 취지로 불송치 결정(혐의없음)을 내린 점 등에 비추어, 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과하고, 증명서류 수취 불성실가산세를 적용하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(나) 쟁점①이 인용되었으므로, 쟁점②는 별도의 실익이 없어 이에 대한 심리는 생략하도록 한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법률

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

(2) 부가가치세법

제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(3) 법인세법

제75조의5(증명서류 수취 불성실 가산세) ① 내국법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 그 받지 아니하거나 사실과 다르게 받은 금액으로 손금에 산입하는 것이 인정되는 금액(건별로 받아야 할 금액과의 차액을 말한다)의 100분의 2를 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.