조심-2025-부-3122 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 주식회사 A(이하 “체납법인”이라 한다)은 2016.1.21. OO광역시 OOO에서 부동산 임대·매매업 등을 영위다가 휴업 중인 법인으로, 2019년 제2기 부가가치세 등의 국세 총 OOO원 을 체납하였 다.

나. OO지방국세청장은 아래 <표1>과 같이 주식등변동상황명세서상 청구인이 2019사업연도 기말 현재 체납법인 발행주식 OOO주 중 OOO주(지분율 88.5%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하고 있던 사실을 확인하고, 2019년 제2기 부가가치세 및 2019사업연도 법인세 납세의무 성립일 현재 청구인이 체납법인의 과점주주에 해당하는 것으로 보아 <표2>와 같이 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하여 체납세액 합계 OOO원(이하 “쟁점체납세액”이라 한다)을 납부하도록 고지하였다.

<표1> 체납법인의 주식등변동상황명세서상 연도별 주주현황

○○○

<표2> 체납세액 및 제2차 납세의무 지정내역

○○○

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.14. 이의신청을 거쳐 2025.7.11. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 체납세액의 납부를 고지한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것)

제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다 .

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다 .

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제21조【납세의무의 성립시기】② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 소득세ㆍ법인세 : 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때

4. 부가가치세 : 과세기간이 끝나는 때. 다만, 수입재화의 경우에는 세관장에게 수입신고를 하는 때를 말한다.

제39조【 출자자의 제2차 납세의무 】법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

(2) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 것)

제39조【 출자자의 제2차 납세의무 】법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

부칙 <법률 제17650호, 2020.12.22.>

제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(출자자의 제2차 납세의무에 관한 적용례) 제39조의 개정규 정은 이 법 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다 .

(3) 소득세법

제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

(4) 소득세법 시행령

제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

다. 사실관계 및 판단

(1) 체납법인의 주식변동내역은 아래와 같다.

(가) 체납법인이 제출한 주식등변동상황명세서에 따르면, 위 <표1>과 같이 청구인은 2016년말부터 2019년말까지 체납법인의 주식 88.5%를 보유하고 있는 것으로 나타난다.

(나) 체납법인의 대표이사 변경이력은 아래 <표3>과 같고, 청구인은 설립시부터 대표이사로 재직하였다가 2019.11.14. 사임한 것으로 나타난다.

<표3> 체납법인 대표이사 변경내역

○○○

(2) 청구인의 양도소득세 신고내용은 아래와 같다.

(가) 처분청이 제출한 양도소득세 신고서 및 국세통합전산망 등에 따르면 청구인은 2020.1.23. 아래 <표4>와 같이 2020.1.13.을 양도일자로 하여 양도소득세 OOO원(2020.8.31. 수정신고함)과 증권거래세 OOO원을 신고한 것으로 나타난다.

<표4> 양도소득세 신고내역

○○○

(나) 청구인이 위 양도소득세 신고시 첨부한 주식매매계약서(2020.1.13. 체결)는 아래와 같고, 제1조에 “갑(매도인)은 체납법인 주식을 정당하게 소유하고 있고, 매도에 관한 모든 권리를 갑이 보유하고 있으며, 갑은 위 주식에 대하여 양도 후 발생할 수 있는 유무상 증자, 배당 등과 같은 주주로서의 모든 권리를 행사할 수 있도록 매수인에게 적극 협력해 주어야 한다”라고 기재되어 있으며, 제3조에 “매매대금 수령(계약체결일에 매매대금과 교환한다)에 주권을 교부하고, 을(매수인)의 명의로서 주식명의개서 절차를 완료하여야 한다.”라고 기재되어 있다.

<주식 매매계약서, 2020.1.13.>

○○○

(3) 청구인은 2019.10.15. 쟁점약정서를 체결한 이후, 체납법인의 경영에 관한 의사결정권 및 주주권을 행사할 수 없었다고 주장하며 아래 자료를 제출하였다.

(가) 쟁점약정서 체결에 앞서 2019.9.25. B과 F은 아래와 같은 양해각서를 작성하였고, 그 주요 내용은 쟁점약정서의 체결을 전제로 한 상호간의 역할 및 책임 분담에 관한 사항이다.

<양해각서, 2019.9.25.>

○○○

(나) 쟁점약정서는 C(주), 체납법인, 청구인의 권한을 위임받은 B(갑)과 양도양수 진행을 주관하는 E·F(을), 을의 보증인 H·I·J 간에 체결된 것으로, C(주)와 체납법인이 소유한 D 및 주식의 거래를 위해 절차와 권한관계를 규정하고 있다.

한편, 쟁점약정서 제5호에는 “약정 이후 주식 거래시까지 갑(B)은 기존 비용 및 권한 승계를 위한 준비와 기존 인력 및 업무인수인계를 위한 행위를 진행하고, 다른 모든 행위는 을(양수인들)의 책임하에 진행하는 것을 원칙으로 한다”라고 기재되어 있으며, 제7호에는 “본 약정서 체결일 이후에 병(체납법인)에게 일어난 모든 행위에 관한 것은 을이 진행한 것이므로 그에 따른 모든 책임 또한 을이 지는 것으로 한다”라고 명시되어 있다.

<쟁점약정서, 2019.10.15.>

○○○

(다) 인수인 E와 체납법인 직원 L의 카카오톡 대화 내용은 아래와 같다.

<인수인과 체납법인의 직원의 대화>

○○○

(라) K(체납법인 주주) 및 L(체납법인 직원)의 진술서에 기재되어 있는 내용은 각 아래와 같다.

<K 진술서, 2025.9.11. 작성>

○○○

<L 진술서, 2025.9.15. 작성>

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(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 쟁점규정[「국세기본법」(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2호]에 의하면, 주주 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 ‘그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’은 해당 법인이 체납한 국세에 대한 제2차 납세의무자인 ‘과점주주’에 해당하고, 쟁점규정의 ‘주식에 관한 권리 행사’는 반드시 현실적으로 주주권을 행사할 것을 요구하는 것은 아니고, 국세의 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다고 할 것이다(대법원 2004.10.15. 선고 2003두8418 판결, 참조).

(나) 청구인은 2019년 제2기 부가가치세 및 2019사업연도 법인세 납세의무 성립일 현재 체납법인의 경영에서 배제되었고, 체납법인의 과점주주로서 실질적으로 주주권을 행사한 이는 청구인이 아닌 양수인들이므로, 청구인이 체납법인의 과점주주임을 전제로 한 이 건 처분은 취소되어야 한다고 주장하나,

체납법인의 주식등변동상황명세서에 따르면, 청구인은 2019년 말까지 쟁점주식을 보유하고 있다가 2020년 중 쟁점주식을 양도한 것으로 나타나는 점, 청구인은 2020.1.23. 쟁점주식의 양도일을 2020.1.13. 로 하여 양도소득세와 증권거래세를 신고·납부한 것으로 나타나는 점, 2020.1.13. 체결된 쟁점주식 양수도 계약서에는, 계약 체결일에 매매대금 수령과 동시에 주권을 교부하고 주식명의개서 절차를 완료한다고 기재되어 있으며, 청구인은 체납법인의 주식을 정당하게 소유하고 있고, 양도 후 발생할 수 있는 주주로서의 모든 권리를 행사할 수 있도록 양수인에게 적극 협력한다는 내용이 기재되어 있는바, 청구주장과 같이 2019.10.15. 이후 청구인이 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 2020.1.13. 쟁점주식을 양도하기 전까지는 쟁점주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있었다고 보이는 점, 청구인은 쟁점약정서 체결일 이후 실질적 주주권 행사는 양수인들이 하였다고 주장하나, 실질적으로 권한을 행사하지 않았다고 하여, 곧바로 주주 지위가 형식적인 것으로서 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있지 않았다고 보기 어렵고, 주주권이 제한되었다는 입증자료도 부족한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본 법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다 .