조심-2024-인-4609 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 「A시설관리공단 설립조례」에 따라 경기도 A시가 전액 출자하여 설립되어 2020.7.1. 「지방공기업법」에 따라 조직 변경된 공기업으로, 경기도 A시장이 지정하는 위탁업무를 효율적으로 관리·운영함으로써 시민의 복리증진에 기여함을 목적으로 하고 있다.

나. 청구법인은 경기도 A시장과 공영주차장·공매차량 견인·OOO등 공공시설 운영에 관한 위수탁계약을 체결하여 A시에 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 제공하고 이에 따라 매년 위탁사업비를 수령하고 연말에 정산절차를 거쳐 잔액을 A시장에게 반납하고 있고, 청구법인은 쟁점용역을 부가가치세 면제 대상으로 보아 부가가치세 신고를 하지 아니하였다.

다. 처분청은 2024.2.13.부터 2024.3.31.까지 청구법인에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시하여, 청구법인이 과세기간 2020년부터 2023년까지 경기도 A시장으로부터 수취한 쟁점용역 관련 위탁사업비는 「조세특례제한법 시행령」제106조 제8항 제6호 및 제7호에서 면세대상에서 제외하고 있는 주차장운영업, 유원지·테마파크운영업에 따른 대가에 해당하므로 부가가치세 면세 대상이 아니라고 보아, 2024.7.18. 청구법인에게 부가가치세 2020년 제2기분 OOO원, 2021년 제2기분 OOO원, 2022년 제2기분 OOO원, 2023년 제2기분 OOO원 총 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.26. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

지방도시공사가 지방자치단체로부터 위탁받아 수행한 쟁점용역 관련 위탁사업비가 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등 <별지> 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 OOO 「A시설관리공단 설립조례」에 따라 A시 시설관리공단으로 설립되어 2020.7.1. 「지방공기업법」에 따라 A도시관광공사로 조직변경하여 새롭게 설립되었다.

(나) 2020년부터 2023년까지 청구법인이 A시로부터 배정받은 예산금액(위탁사업비), 집행금액 및 반납액은 아래 <표2>와 같은바, 처분청은 집행금액에 대하여 부가가치세를 과세하는 처분을 하였고, 쟁점용역과 관련하여 청구법인이 이용자들로부터 받은 주차 요금, 유원지 이용료 등은 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하였다.

<표2> 청구법인의 예산 및 금액금액 내역

(다) 청구법인이 A시와 체결한 시설관리·운영에 관련된 위·수탁 협약서, 위·수탁 계약서 내용은 아래 <표3> 내지 <표7>과 같다.

<표3> 위·수탁 협약서 및 계약서 주요조항

<표4> A시 공영주차장 운영 사업 위·수탁협약서

<표5> A시 공매차량 견인업무 위·수탁계약서

<표6> A시 OOO운영관리 위·수탁협약서

<표7> A시 관광지OOO관리 및 운영 위·수탁 협약서

(라) 정부업무대행단체가 공급하는 재화 또는 용역 중 유원지·테마파크운영업은 2005.1.1. 이후, 주차장운영업 및 자동차견인업은 2006.7.1. 부가가치세 면세대상에서 제외되었으며 2017.2.7. 이후부터 정부대행업무단체에 시·군·구가 설립한 지방공사(청구법인은 이에 해당한다)가 추가되었다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제6호 는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것을 부가가치세 면제대상으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제106조 제8항은 정부업무대행단체가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을, 같은 법 시행규칙 [별표10]에서는 정부업무대행 단체가 「지방공기업법」 제71조 제1항 및 제76조 제2항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 그 사업에 대하여 부가가치세를 면세한다고 규정하고 있다.

처분청은 청구법인이 자기의 계산과 책임으로 쟁점용역을 제공하였으므로 이 건 부가가치세를 부과한 처분이 적법하다는 의견이나, 쟁점용역과 관련한 계약 등에 따르면, 청구법인은 「지방공기업법」 제80조 에 근거하여 A시시설관리공단에서 전환되어 설립된 법인으로서 경기도 A시와 「지방공기업법」 제71조 및 같은 법 시행령 제63조 등에 따라 지방자치단체의 사업을 대행하기 위하여 이 건 위․수탁 관리계약 등을 체결한 것으로 나타나는 점, 정부업무대행단체가 「조세특례제한법 시행령」 제106조 제8항 단서조항의 사업을 직접 영위하는 경우에는 부가가치세가 면제되지 아니하는 것이나, 지방자치단체와 「지방공기업법」 제71조 제1항 , 제76조 제2항 및 같은 법 시행령 제63조 등의 규정에 의하여 지방자치단체의 시설(자산) 등에 대한 위탁계약을 체결하고, 국가․지방자치단체의 사업을 대행하는 용역(사업지원 서비스업 등)을 제공한 경우에는 「조세특례제한법 시행령」 제106조 제8항 단서조항의 사업에 해당하는 것으로 보기 어려운 점, 2017.2.7. 「조세특례제한법 시행령」 개정 시 정부업무대행단체에 지방공사가 추가된 이유는 지방공사에게 지방공단과 동일한 혜택을 부여하기 위한 것으로 나타나는데, 그간 지방공단이 지방자치단체의 업무를 대행하면서 수령한 사업비에 대하여 부가가치세를 면제했던 점을 고려하면, 지방공사에 대해서도 지방공단과 동일하게 쟁점사업비에 대해 부가가치세를 면세하는 것이 합리적으로 보이는 점(조심 2024중4134, 2025.7.10. 조세심판관 합동회의, 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 쟁점용역 관련 위탁사업비를 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 부가가치세법

제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

(2) 부가가치세법 시행령

제45조(종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

(3) 조세특례제한법

제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2 및 제12호는 2025년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호 및 제4호의5는 2026년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하고, 제8호의3은 2015년 1월 1일부터 2025년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하며, 제9호는 2023년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제9호의3은 2024년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용한다.

6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

(4) 조세특례제한법 시행령

제106조(부가가치세 면제 등) ⑧ 법 제106조 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제45조 제1호 에도 불구하고 적용한다.

1. 소매업ㆍ음식점업ㆍ숙박업ㆍ욕탕업 및 예식장업

2. 「부가가치세법 시행령」 제3조 제2항 에 규정된 사업

3. 부동산임대업

4. 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업

5. 수상오락서비스업

6. 유원지ㆍ테마파크운영업

7. 주차장운영업 및 자동차견인업

(5) 조세특례제한법 시행규칙

제48조(부가가치세의 면제등) ②영 제106조 제8항 각 호 외의 부분 본문에서 “기획재정부령이 정하는 사업”이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

■ 조세특례제한법 시행규칙 [별표 10]

정부업무대행단체의 면세사업(제48조 제2항 관련)

단체명

면세사업

22. 「지방공기업법」 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단

「지방공기업법」 제71조 제1항 및 제76조 제2항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 그 사업

22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 「지방공기업법」 제49조 에 따라 설립된 지방공사

가. 시ㆍ군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것

나. 제21호에 따른 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사일 것

다. 해당 지방자치단체에 제22호에 따른 지방공단이 없을 것

「지방공기업법」 제71조 제1항 및 제76조 제2항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 그 사업

(6) 지방공기업법

제2조(적용 범위) ① 이 법은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(그에 부대되는 사업을 포함한다. 이하 같다) 중 제5조에 따라 지방자치단체가 직접 설치ㆍ경영하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사업(이하 “지방직영기업”이라 한다)과 제3장 및 제4장에 따라 설립된 지방공사와 지방공단이 경영하는 사업에 대하여 각각 적용한다.

9. 주택(대통령령으로 정하는 공공복리시설을 포함한다)ㆍ토지 또는 공용ㆍ공공용건축물의 관리 등의 수탁

제49조(설립) ① 지방자치단체는 제2조에 따른 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공사(이하 “공사”라 한다)를 설립할 수 있다. 이 경우 공사를 설립하기 전에 특별시장, 광역시장, 특별자치시장, 도지사 및 특별자치도지사(이하 “시ㆍ도지사”라 한다)는 행정안전부장관과, 시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다)은 관할 특별시장ㆍ광역시장 및 도지사와 협의하여야 한다.

② 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 그 설립, 업무 및 운영에 관한 기본적인 사항을 조례로 정하여야 한다.

③ 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 주민복리 및 지역경제에 미치는 효과, 사업성 등 지방공기업으로서의 타당성을 미리 검토하고 그 결과를 공개하여야 한다.

④ 제3항에 따른 타당성 검토는 전문 인력 및 조사ㆍ연구 능력 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 전문기관으로서 행정안전부장관이 지정ㆍ고시하는 기관에 의뢰하여 실시하여야 한다.

제71조(대행사업의 비용 부담) ① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.

② 제1항에 따른 비용의 부담에 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 사항을 제외하고는 조례로 정한다.

제76조(설립ㆍ운영) ① 지방자치단체는 제2조의 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공단(이하 “공단”이라 한다)을 설립할 수 있다.

② 공단의 설립ㆍ운영에 관하여는 제49조부터 제52조까지, 제53조 제1항, 제56조 제1항 및 제3항, 제57조, 제58조, 제58조의2, 제59조부터 제63조까지, 제63조의2부터 제63조의8까지, 제64조, 제64조의2, 제64조의4부터 제64조의6까지, 제65조, 제65조의2, 제66조, 제66조의2, 제68조, 제69조, 제71조, 제71조의2부터 제71조의4까지, 제72조 및 제73조, 제75조의2부터 제75조의4까지의 규정을 준용한다. 이 경우 “공사”는 “공단”으로, “사장”은 “이사장”으로, “사채”는 “공단채”로 본다.

제80조(공사와 공단의 조직변경) ① 공사와 공단은 사업의 효율적 운영을 위하여 필요한 경우에는 청산절차를 거치지 아니하고 공사는 공단으로, 공단은 공사로 조직변경을 할 수 있다.

② 공사의 사장 또는 공단의 이사장은 제1항에 따른 조직변경을 하려는 경우에는 조직변경에 관한 사항에 대하여 지방자치단체의 장의 승인을 받아야 하고, 조직변경에 관한 조례안과 함께 의회의 의결을 거쳐야 한다.

(7) 지방공기업법 시행령

제2조(사업범위) ② 법 제2조 제1항 제9호에서 “대통령령으로 정하는 공공복리시설”이란 수탁 대상 주택의 기능발휘와 이용을 위하여 필요한 부대시설과 편익시설로서 다음 각 호의 시설을 말한다.

1. 공원ㆍ녹지ㆍ주차장ㆍ어린이놀이터ㆍ노인정ㆍ관리시설ㆍ사회복지시설과 그 부대시설

2. 문화ㆍ체육ㆍ업무 시설 등 거주자의 생활복리를 위하여 필요한 시설

제63조(대행업무의 비용부담등) ① 공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하고자 하는 때에는 위탁계약에 의한다.

② 공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야 할 경비의 범위는 다음과 같다.

1. 사업실시에 따른 사업계획의 수립, 사전조사, 용역 등에 소요되는 경비

2. 사업의 집행에 소요되는 시설비ㆍ인건비 및 부대경비

3. 사업의 종료후 결산이전 또는 시설물등의 인계이전까지의 사이에 시설물 등을 관리하는 데 소요되는 경비

4. 사업의 대행에 따른 대행수수료

5. 기타 사업집행상 필수적으로 소요되는 경비

③ 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 비용을 부담하는 경우, 공사는 미리 자금집행계획을 수립하여 국가 또는 지방자치단체에 제출하여야 하며, 국가 또는 지방자치단체는 다른 자금에 앞서 이에 대한 자금을 우선적으로 지급하되, 그 지급시기를 조정하고자 하는 때에는 공사와 협의하여야 한다.

④ 공사가 그 대행사업을 종료한 때에는 지체없이 국가 또는 지방자치단체가 부담한 비용을 정산하여야 한다.

(7) A도시관광공사 설립 및 운영 조례

제1조(목적) 이 조례는 「지방공기업법」 제80조 에 따라 A시시설관리공단에서 전환되는 A도시관광공사의 설립 및 운영에 필요한 사항을 규정함으로써 지역개발과 시민의 복리증진에 이바지함을 목적으로 한다.

제21조(사업) ② 공사는 다음 각 호에서 정하는 사업 또는 업무를 대행하거나 수탁하여 수행할 수 있다.

1. 문화·관광·교육 등 관련 사업

2. 체육·레저 등 관련 사업

3. 복지·환경 등 관련 사업

4. 주차장 등 교통 관련 사업

5. 국가 또는 시로부터 대행 또는 위탁받은 업무

6. 그 밖에 시장이 지정하는 위탁업무

제22조(대행사업의 비용부담) ① 공사는 국가, 지방자치단체 또는 그 밖의 위탁자의 사업을 시장의 승인을 받아 대행할 수 있으며, 이 경우 상호 위·수탁계약을 체결하여야 한다.

② 공사는 제1항에 따른 사업을 대행할 때 특히 필요한 경우에는 시장의 승인을 받아 그 사업의 일부를 제3자로 하여금 시행하게 할 수 있다.

③ 제1항 및 제2항에 따른 비용의 부담에 관하여는 영 제63조의 규정에 따르고 그 이외에 필요한 사항은 위탁자와 수탁자가 상호 협의하여 정하되, 시장의 승인을 받아야 한다. 다만, 이 경우에는 시의회에 보고하여야 한다.

④ 제1항에 따른 운영으로 발생하는 수입금은 시의 각 회계로 세입조치 할 수 있다.

(8) A시 주차장 설치 및 관리 조례

제1조(목적) 이 조례는 「주차장법」과 같은 법 시행령 및 같은 법 시행규칙에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

제3조(주차요금 및 가산금) ① 법 제7조 제1항 및 제12조 제1항에 따라 시장이 설치하는 노상주차장 및 노외주차장(이하 “공영주차장”이라 한다)의 주차요금은 별표 1과 같이 한다. 다만, 통일동산 주차요금은 별표 1-2에 따른다.

⑥ 노상주차장 이용자가 정해진 주차요금 납부방법에 따라 주차장을 이용하지 않을 경우 시장은 법 제9조 제3항에 따라 다음 각 호와 같이 가산금을 부과한다.

제3조의3(주차요금의 감면 등) ① 시장은 제3조 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 주차요금을 감면할 수 있다.

② 시장은 제3조 제1항에도 불구하고 주차장 운영 여건 등을 감안하여 개별공영주차장을 무료로 운영하거나 주차요금을 감경징수할 수 있다

제6조(공영주차장의 관리위탁) ① 법 제8조 제2항 및 제13조 제3항에 따라 공영주차장 관리를 위탁받을 수 있는 자(이하 “관리수탁자”라 한다)의 자격은 다음 각 호와 같다.

1. 「지방공기업법」 제49조 에 따라 설립된 공공시설물의 관리를 전문으로 하는 법인

2. 공공시설물의 관리경험과 실적 또는 능력이 있는 법인이나 사회단체 또는 개인

3. 「지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」 제13조 에 따라 경쟁입찰 참가자격을 갖춘 자로서 공영주차장의 수탁관리 능력이 있다고 인정하는 법인·단체 또는 그 기관이나 개인