조심-2025-부-2667 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2022.10.28. 제주특별자치도 제주시 OOO에 소재하는 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 OOO원에 양도하고, 이에 따른 양도차익을 OOO원으로 하여 2023.11.1. 양도소득세 기한 후 신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점주택을 양도한 것을 양도소득이 아닌 사업소득에 해당하는 것으로 보아 쟁점주택의 양도가액 OOO원을 사업소득 총수입금액에 산입하였고, 청구인이 양도소득세 기한 후 신고 시에 반영하였던 취득가액 및 필요경비 합계 OOO원 전액을 부인하여 2024.12.19. 청구인에게 2022년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정 ㆍ 고지하였다.

다. 청구인은 쟁점주택의 신축공사비 OOO원 등 사업소득 총수입금액에 대응되는 필요경비가 OOO원이라 주장하며 종합소득세 부과처분에 대하여 2025.2.28. 이의신청을 제기하였으며, 이의신청 결과, 청구인이 제시하는 필요경비에 관한 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 등의 사유에 해당하므로 소득금액을 계산할 수 없는 경우로 판단하여 이에 따른 사업소득금액을 추계결정하는 것이 타당한 것으로 결정되었고, 처분청은 청구인의 사업소득금액을 경비율로 추계경정하여 2022년 귀속 종합소득세를 OOO원으로 감액하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.13. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① (주위적) 쟁점주택의 신축공사비를 사업소득의 필요경비로 인정하여 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적) 종합소득세 추계경정에 따른 가산세 등 산출내역의 적정 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 아래 <표4>와 같이 2022.10.28. 쟁점주택을 OOO원에 양도하고, 취득가액 및 필요경비를 아래와 같이 OOO원으로 하여 양도차익을 OOO원으로 2023.11.1. 2022년 귀속 양도소득세를 기한 후 신고하였다.

<표4> 양도소득세 신고 시 쟁점주택 취득가액 및 필요경비 내역

(단위 : 원)

(나) 처분청은 청구인이 쟁점주택을 양도한 것을 양도소득이 아닌 사업소득에 해당하는 것으로 보아 쟁점주택의 양도가액 OOO원을 사업소득 총수입금액에 산입하였고, 청구인이 양도소득세 기한 후 신고 시에 반영하였던 취득가액 및 필요경비 합계 OOO원 전액을 부인하여 2024.12.19. 청구인에게 2022년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정 ㆍ 고지하였다가,

청구인이 쟁점주택의 신축공사비 OOO원 등 사업소득 총수입금액에 대응되는 필요경비가 OOO원이라 주장하며 종합소득세 부과처분에 대하여 2025.2.28. 이의신청을 제기한 결과, 사업소득금액을 추계결정하는 것이 타당한 것으로 결정됨에 따라 처분청은 청구인의 사업소득금액을 경비율로 추계경정하여 2022년 귀속 종합소득세 OOO원으로 경정한 것으로 아래 <표5> ㆍ <표6>과 같이 나타난다.

<표5> 처분청의 청구인에 대한 종합소득세 경정내역

(단위 : 원)

<표6> 청구인에 대한 종합소득세 추계경정내역

(단위 : 원)

처분청은 청구인의 사업소득에 대하여 추계소득금액을 산출하면서 쟁점주택 양도가액 OOO원 외에 청구인이 기신고한 수입금액 OOO원을 합산하여 총수입금액을 OOO원으로 하고, 부당무신고가산세율 40%를 적용하였으며, 총결정세액에서 기납부세액을 공제한 것으로 나타난다.

(다) 국세통합전산망에 의하면, 청구인의 사업자등록 현황은 아래 <표7>과 같이 나타난다.

<표7> 청구인의 사업자등록 현황

(라) 청구인은 쟁점주택의 신축공사를 진행하기 위하여 2022.6.30. 쟁점법인과 하도급계약서를 체결하였으나, 계약금 OOO원, 잔금 OOO원으로 하여 공사기간 없이 작성된 것으로 나타나며, 쟁점법인은 쟁점주택을 포함하여 주택 3채의 신축공사 용역을 완료하고 쟁점주택 신축공사 용역의 공급시기를 경과한 2022.10.10., 10.14.(쟁점주택), 11.23. 청구인에게 각 OOO원의 종이계산서를 발행한 것으로 나타난다.

(마) 쟁점주택의 부동산매매계약서 및 등기사항전부증명서에 의하면 청구인이 2022.10.14. 쟁점주택을 소유권보존등기하였고, 2022.10.19. 매매를 원인으로 2022.10.28. 소유권이전등기한 것으로 나타나며, 일반건축물대장상 공사시공자(현장관리인)는 청구인으로 나타난다.

(바) 청구인은 호주에서 장기간 거주하다가 귀국한 지 얼마되지 않아 세법을 잘 알지 못하여 청구인에게 신축공사 용역을 제공한 쟁점법인은 이와 관련하여 공급시기에 맞추어 계산서를 발행하지 아니하였으며 쟁점법인의 관련 제세를 적법하게 신고ㆍ납부하지 못하였다고 주장하는데,

쟁점법인은 2023.8.24. 쟁점주택의 공급시기가 지나 청구인에게 쟁점주택을 포함한 주택 3채의 신축공사 용역을 완료한 것과 관련하여 합계 OOO원의 종이계산서를 발행하였고, 같은 날 아래 <표8>〜<표12>와 같이 쟁점주택 등의 신축공사 용역과 관련한 2022년 제2기 부가가치세 매입세액 OOO원에 대하여 모두 불공제 처리함에 따라 부가가치세를 수정신고하였으며, 2025.2.28. 쟁점법인의 2022사업연도 신축공사 용역 매출 OOO원을 법인의 수익으로 익금산입 및 관련 공사원가 합계 OOO원을 손금산입하여 법인세 수정신고한 것으로 나타난다.

<표8> 쟁점법인의 2022년 제2기 부가가치세 매입세액 불공제내역

(아래 <표9> 삽입을 위한 여백)

<표9> 쟁점법인 2022년 제1기 및 제2기 세금계산서 수취내역

<표10> 쟁점법인의 2022사업연도 법인세 수정신고내역

(단위 : 원)

<표11> 쟁점법인의 2022사업연도 법인세 수정신고서 일부

<표12> 쟁점주택 신축공사 관련 매출원가 내역

(단위 : 원)

(사) 쟁점법인의 금융거래내역에 의하면, 쟁점주택을 포함한 주택 3채의 신축공사 용역대가 OOO원과 관련하여 청구인은 2022.6.30. 쟁점법인과 하도급계약서를 체결하기 전인 2022년 1월부터 시작하여 2022년 12월 말에 이르기까지 쟁점법인 계좌로 OOO원을 입금하였고, 청구인은 다음 해 2023년 4월까지 계속하여 쟁점법인에게 합계 OOO원을 입금한 내역이 아래와 같이 확인된다.

<신축공사 용역대가 관련 쟁점법인 금융거래내역>

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점주택의 신축공사비로 계상한 OOO원의 종이계산서에 대하여 객관적인 증빙서류로 인정할 수 없으므로 사업소득금액을 추계결정한 이 건 처분은 정당하다는 의견이나, 청구인은 쟁점법인으로부터 신축공사 용역을 제공받아 쟁점주택을 포함한 3채의 주택을 취득하는 시점에 적격증빙인 전자계산서를 수취하지 못하였으나, 쟁점법인이 청구인에게 추후에 종이계산서를 발급하고 주택 신축공사와 관련한 매입세액을 불공제하는 내용의 부가가치세를 수정신고하였으며, 이 건 주택 신축공사 매출액 OOO원을 익금산입하여 법인세를 수정신고하는 등 이를 적정하게 바로잡은 것으로 나타나는 점,

쟁점법인의 2022년 제1기 및 제2기 세금계산서 수취내역을 보면, 각 공사업체로부터 2022.2.28.부터 2022.8.8.까지 OOO원에 해당하는 세금계산서를 수취한 것으로 나타나고, 쟁점법인은 2025.2.28. 2022사업연도 신축공사 용역 매출액 OOO원을 법인의 수익으로 익금산입하고 관련 공사원가 합계 OOO원을 손금산입한 것으로 나타나는 점, 청구인의 금융거래내역에 따르면 청구인이 2022.1.부터 2022.12.까지 쟁점법인에 OOO원을 입금하였고, 2023.4.까지는 OOO원을 입금한 것으로 나타나는 점 등으로 볼 때, 쟁점법인이 이 건 주택의 신축공사를 시행한 것으로 볼 수 있는 점, 쟁점법인이 실제 청구인에게 주택 신축공사 용역을 제공하고 쟁점주택을 양도한 사실을 인정하는 경우에는 청구인의 쟁점주택 취득가액도 특별한 사정이 없는 한 인정하는 것이 합리적으로 보이는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점법인으로부터 교부받은 계산서상 매입금액 OOO원은 청구인의 쟁점주택 매출에 따른 사업소득에 대한 필요경비로 인정하는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청은 청구인이 신고한 필요경비 OOO원을 부인하고 청구인에게 2022년 귀속 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(나) 쟁점②는 쟁점①이 인용됨에 따라 실익이 없어 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제22조의2(수정신고의 효력) ① 제22조 제2항 각 호에 따른 국세의 수정신고(과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자의 수정신고로 한정한다)는 당초의 신고에 따라 확정된 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력을 가진다.

② 제1항에 따른 국세의 수정신고는 당초 신고에 따라 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

(2) 소득세법

제27조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제80조(결정과 경정) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

제160조(장부의 비치ㆍ기록) ① 사업자(국내사업장이 있거나 제119조 제3호에 따른 소득이 있는 비거주자를 포함한다. 이하 같다)는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록ㆍ관리하여야 한다.

② 업종ㆍ규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자가 대통령령으로 정하는 간편장부(이하 “간편장부”라 한다)를 갖춰 놓고 그 사업에 관한 거래 사실을 성실히 기재한 경우에는 제1항에 따른 장부를 비치ㆍ기록한 것으로 본다.

③ 제2항에 따른 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자는 “간편장부대상자”라 하고, 간편장부대상자 외의 사업자는 “복식부기의무자”라 한다.

(3) 소득세법 시행령

제143조(추계결정 및 경정) ①법 제80조 제3항 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산할 때 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 한국표준산업분류에 따른 동종업종 사업자의 신고내용 등에 비추어 수입금액 및 주요 경비 등 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모ㆍ종업원수ㆍ원자재ㆍ상품 또는 제품의 시가ㆍ각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

제208조(장부의 비치ㆍ기록) ①법 제160조 제1항의 장부는 사업의 재산상태와 그 손익거래내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록하여 계산하는 부기형식의 장부를 말한다.

② 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 장부를 비치ㆍ기장한 것으로 본다.

1. 이중으로 대차평균하게 기표된 전표와 이에 대한 증빙서류가 완비되어 사업의 재산상태와 손익거래내용의 변동을 빠짐없이 기록한 때

2. 제1항의 장부 또는 제1호의 전표와 이에 대한 증빙서류를 전산처리된 테이프 또는 디스크등으로 보관한 때

③ 삭제 <1998. 12. 31.>

④ 삭제 <1998. 12. 31.>

(4) 법인세법

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 법인세법 시행령

제88조(부당행위계산의 유형 등) ①법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.

제89조(시가의 범위 등) ④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 자산(금전은 제외한다) 또는 용역을 제공할 때 제1항 및 제2항을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 시가로 한다.

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가”라 한다)과 원가에 해당 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래 또는 특수관계인이 아닌 제3자간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률(기업회계기준에 따라 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액