조심-2025-광-2934 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2007.5.31. 설립된 부동산개발업 등을 영위하는 A 주식회사(이하 “체납법인”이라 한다)의 주주로서 2020.6.11.부터 현재까지 체납법인의 발행주식 20,790주(지분율 21.0%)를 보유하고 있다.

나. 한편, 체납법인의 주주인 a(지분율 29.0%)이 체납법인의 대표이사를 역임하고 있고, a은 체납법인과 별도로 B 주식회사(이하 “주주법인”이라 한다)의 대표이사를 역임하고 있으며, 주주법인은 체납법인의 주주(지분율 26%)이다. 또한 청구인은 2019.8.1.부터 2022.6.30.까지 주주법인의 사용인이었고, 2019.7.26. 주주법인의 사내이사로 취임하여 2022.7.26. 임기만료를 사유로 사임하였다.

다. 체납법인이 2021년 제2기 및 2022년 제2기 부가가치세 등을 포함하여 12건 합계 OOO원(이하 “체납세액”이라 한다)을 납부하지 아니하자, 처분청은 청구인이 a과 경제적 연관관계가 있어 특수관계에 해당하는 것으로 판단하여 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 2024.12.30. 체납법인이 납부하지 아니한 위 체납세액에 대하여 <표1>과 같이 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 2025.1.3. 각 납부고지하였다.

<표1> 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지내역

(단위 : 원)

○○○

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.2.7. 이의신청을 거쳐, 2025.7.2. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부

② 설령 청구인이 체납법인의 제2차 납세의무자에 해당한다고 하더라도 특수관계가 소멸된 이후 발생된 쟁점세액에 대한 제2차 납세의무는 지정취소되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

20. "특수관계인"이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 세법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

가. 혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계

나. 임원·사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계

다. 주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원

가. 합명회사의 사원

나. 합자회사의 무한책임사원

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

가. 합자회사의 유한책임사원

나. 유한책임회사의 사원

다. 유한회사의 사원

(2) 국세기본법 시행령

(가) 2023.2.28. 대통령령 제33276호로 일부개정되기 전의 것

제1조의2(특수관계인의 범위) ① 법 제2조 제20호 가목에서 “혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.

1. 6촌 이내의 혈족

2. 4촌 이내의 인척

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자·직계비속

② 법 제2조 제20호 나목에서 “임원·사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “경제적 연관관계”라 한다)를 말한다.

1. 임원과 그 밖의 사용인

2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자

3. 제1호 및 제2호의 자와 생계를 함께하는 친족

③ 법 제2조 제20호 다목에서 “주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계”란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 “경영지배관계”라 한다)를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우

가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

나. 본인이 직접 또는 그와 친족관계, 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

2. 본인이 법인인 경우

가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인

나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

다. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계, 가목 또는 나목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 그 법인

라. 본인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 경우 그 기업집단에 속하는 다른 계열회사 및 그 임원

④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우

가. 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

1. 임원과 그 밖의 사용인

2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자

3. 제1호 및 제2호의 자와 생계를 함께하는 친족

③ 법 제2조 제20호 다목에서 “주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계”란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 “경영지배관계”라 한다)를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우

가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

나. 본인이 직접 또는 그와 친족관계, 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

2. 본인이 법인인 경우

가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인

나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

다. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계, 가목 또는 나목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 그 법인

라. 본인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 경우 그 기업집단에 속하는 다른 계열회사 및 그 임원

④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우

가. 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우

나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우

2. 비영리법인인 경우

가. 법인의 이사의 과반수를 차지하는 경우

나. 법인의 출연재산(설립을 위한 출연재산만 해당한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자인 경우

제20조(출자자의 제2차 납세의무의 적용 범위) ① 법 제39조 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 증권시장”이란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제176조의9 제1항 에 따른 유가증권시장 및 대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장을 말한다.

② 법 제39조 제2호에서 “특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 주주 또는 법 제39조 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원과 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 국세청 통합전산망 자료에 따르면 체납법인과 주주법인의 사업자등록 내역은 아래 <표2>와 같고, 청구인의 총사업내역은 없는 것으로 확인된다.

<표2> 사업자등록 현황

○○○

* 2020.6.17. ‘b’에서 ‘a’으로 변경

(나) 2024.12.30. 현재 체납법인은 2021년 제2기, 2022년 제2기 부가가치세 등을 포함하여 전체 12건, OOO원을 체납하였고, 처분청이 국세청 통합전산망 내 빅데이터 시스템을 통해 체납법인 출자자의 제2차 납세의무자 지정 여부 등을 검토한 결과 주주법인과 청구인, a은 경제적 연관관계이며, 또한 a은 주주법인과 경영지배관계로서, 처분청은 체납법인의 과점주주를 a, 청구인, 주주법인으로 파악한 것으로 확인된다.

이에 처분청은 2024.12.30. a(지분율 29%), 청구인(지분율 21%), 주주법인(지분율 26%)을 과점주주로 보아 폐업법인인 주주법인을 제외하고 각 지분별로 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 2025.1.3. 각 납부고지하였으며, 청구인에 대한 체납법인의 제2차 납세의무자 지정내역은 위 <표1>과 같다. 한편, 처분청은 2025.3.31. 체납법인의 체납세액에 대하여 주주법인을 제2차 납세의무자로 지정한 것으로 나타난다.

(다) 체납법인이 처분청에 제출한 2020～2023사업연도의 주식 등 변동상황명세서상의 주주현황은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 체납법인의 주주현황(2020～2023사업연도)

(단위 : 주, %)

○○○

(라) 주주법인이 처분청에 제출한 2020～2022사업연도의 주식 등 변동상황명세서의 주주 현황은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 주주법인의 주주현황(2020～2023사업연도)

(단위 : 주, %)

○○○

(마) 근로소득 지급명세서 제출자료에 따르면 청구인은 2019.8.1.부터 2022.6.30.까지 주주법인의 사용인이었고, 근무기간인 2021.1.1.부터 2021.12.31.까지는 OOO원을 지급받았으며, 2022.1.1.부터 2022.6.30.까지의 6개월 동안 OOO원을 지급받는 등 고액의 급여를 지급받은 것으로 확인되고, 주주법인의 법인등기사항전부증명서(말소사항 포함)에는 청구인이 2019.7.26. 주주법인의 사내이사로 취임하여 2022.7.26. 임기만료를 사유로 사임한 것으로 나타난다.

(바) 주주법인의 근로소득지급명세서 제출 자료 중 2021년부터 2022년까지 급여총액 기준 OOO원 이상 지급받은 근로자의 명세는 아래 <표5>와 같다.

<표5> 주주법인의 근로소득 지급명세서 제출내역(2021년～2022년)

(단위 : 원)

○○○

(사) 청구인은 2025.4.21. 이의신청 기각 후 아래 <표6>과 같이 체납법인에 대한 제2차 납세의무자로 지정된 세액 중 9건, OOO원을 납부하였고, 심리일 현재 사업소득세, 근로소득세 등 4건, OOO원을 체납하고 있는 것으로 확인되며, 압류사항은 없는 것으로 나타난다.

<표6> 청구인의 수납내역

(단위 : 원)

○○○

(아) 청구인은 부득이하게 a의 부탁으로 체납법인의 형식상 주주로 등재되어 명의대여를 하였지만, 체납법인의 주식 인수 시 주금 납입을 하지 않았다고 주장하면서 체납법인의 OOO 계좌(OOO)의 2022.6.11. 거래내역과 체납법인의 전 대표자인 b의 OOO 계좌(OOO)를 제출하였고, 그 세부 내역은 아래 <표7>과 같다.

<표7> 청구인의 수납내역

(단위 : 원)

○○○

(자) 또한, 청구인은 체납법인의 주식지분에 대한 주금납입 여력이 없다고 주장하면서 청구인이 소유․거주하는 아파트(광주광역시 북구 OOO)의 등기사항전부증명서를 제출하였는바, 근저당권 설정․말소 등기사항은 아래 <표8>과 같다.

<표8> 청구인 소유 아파트의 근저당권 설정․말소 등기 현황

○○○

(차) 청구인은 실제 주주법인을 퇴사하고, 사내이사를 사임하였다고 주장하면서 실업급여신청 내역, 재직증명서(E, F)를 제출하였으며, 동 자료에 따르면 청구인은 2022년 9월부터 2023년 2월까지 고용노동부로부터 실업급여를 수령하였고, 2023.2.13. E에 설계사로 재직한 사실이 있으며, 2025.5.6. F에 취직하여 현재까지 재직하고 있는 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분은 위법․부당하다고 주장하나,

주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 동 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실제로는 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 하는바(대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결, 같은 뜻임), 체납법인의 주주총회 의사록 등 주주권 행사를 하지 아니하였다는 객관적·구체적 증빙의 제시없이 청구인이 제출한 증빙(주금납입 내역)만으로 이를 충분히 입증하였다고 보기 어려운 점, 체납법인의 법인등기사항전부증명서 및 과세관청의 사업자등록 내역에서 체납법인의 대표이사는 a으로 확인되고, 청구인 역시 a이 대표이사로 있는 주주법인의 사용인 및 임원으로 근무하고 있음이 과세관청에 신고된 급여 내역과 법인등기사항전부증명서에 의하여 확인되는바, 이는 국세기본법령상 청구인과 주주법인 및 a은 경제적 연관관계가 있어 특수관계가 성립되는 것으로 보이는 점, 체납법인의 주주명부에는 청구인(지분율 21%), a(지분율 29%), 주주법인(지분율 26%)이 체납법인의 주식을 76% 이상 소유하고 있는 주주로 확인되므로 체납법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 체납법인의 주주총회에서 의결권 행사 등을 통하여 회사경영을 사실상 지배할 수 있는 지위에 있었고, 청구인이 단순히 주주법인에서 2022.6.30.자로 퇴사하거나, 2022.7.26.자로 사내이사를 사임한 사실만으로 경제적 연관관계가 해소되었다고 보기 어려워 당초 처분이 정당하다는 의견이나, 설령 주주법인의 사용인 및 임원으로 재임한 청구인이 체납법인의 제2차 납세의무자에 해당한다고 하더라도 청구인은 주주법인을 2022.6.30. 퇴사하였고, 사내이사 또한 2022.7.26. 사임하였으므로 그 이후에는 주주법인의 임직원에 해당하지 않아 a 또는 주주법인과의 경제적 연관관계가 없어 특수관계에 해당한다고 보기 어려운 점, 청구인은 주주법인에서 퇴사하거나 사내이사를 퇴임한 이후 실업급여를 수령하였고, 다른 보험사 및 사회복지사로 재직한 것이 확인되며, 체납법인으로부터 급여 및 배당을 받은 사실이 확인되지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 청구인과 주주법인 또는 체납법인의 대표자와 특수관계가 소멸된 이후에 성립된 조세인 2022년 제2기 부가가치세 OOO원, 2022년 7월 귀속 사업소득세 OOO원, 2022년 7월 귀속 근로소득세 OOO원, 2023년 2월 귀속 근로소득세 OOO원, 2022년 7월 귀속 퇴직소득세 OOO원 및 2023년 귀속 종합부동산세 OOO원에 대하여 청구인을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.