조심-2024-서-5336 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2017.9.25. 취득한 서울특별시 중구 OOO 84.972㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2023.5.30. OOO원에 양도하면서, 2023.7.28. 쟁점주택은 재건축 중이던 서울특별시 서초구 OOO(이하 “재건축주택”이라 한다)의 재건축사업 시행기간 중 취득한 대체주택에 해당한다 하여 쟁점주택 양도에 대하여 「소득세법 시행령」제156조의2 제5항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 1세대 1주택 특례 규정을 적용하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

나. 처분청은 2023.10.6.부터 2024.5.6.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 재건축사업의 시행기간 동안 쟁점주택에 거주하지 아니하고 재건축주택이 2021.6.29. 완공된 후 2022.5.9. 쟁점주택에 전입하였으므로 쟁점주택은 쟁점규정에서 정한 ‘1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 취득한 대체주택’에 해당하지 아니한다고 보아 1세대 1주택 특례 적용을 배제하여 2024.7.1. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.9.20. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택의 양도에 대하여 「소득세법 시행령」제156조의2 제5항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정의 적용을 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2022.12.31. 법률 제19196호로 개정된 것)

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 소득세법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33267호로 개정된 것)

제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1.「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간건설임대주택이나 「공공주택 특별법」에 따른 공공건설임대주택 또는 공공매입임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 임대주택의 임차일부터 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

나. 「해외이주법」에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

3. 1년 이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우

제156조의2(주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례) ⑤ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(이하 이 항에서 “대체주택”이라 한다)을 취득한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항의 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것

2. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 3년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것. 다만, 주택이 완성된 후 3년 이내에 취학 또는 근무상의 형편으로 1년 이상 계속하여 국외에 거주할 필요가 있어 세대전원이 출국하는 경우에는 출국사유가 해소(출국한 후 3년 이내에 해소되는 경우만 해당한다)되어 입국한 후 1년 이상 계속하여 거주해야 한다.

3. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 3년 이내에 대체주택을 양도할 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점주택 및 재건축주택을 취득하고 양도한 경과는 아래 <표1>과 같은바, 재건축주택이 소재한 단지는 2015.7.24. 재건축사업시행인가를 받았고, 청구인은 2015.12.17. 재건축주택을 취득하였으며, 사업시행기간 중에 2017.9.25. 쟁점주택을 취득하였고, 2021.6.29. 재건축주택이 완공되었으며, 청구인은 2021.10.5. 재건축주택에 전입하였다가 2022.5.9. 쟁점주택에 전입한 후 1년 정도 거주하다 2023.5.30. 쟁점주택을 양도한 것으로 청구인의 주민등록내역(아래 <표2> 참조), 쟁점주택 및 재건축주택의 등기사항전부증명서, 서울특별시 서초구청장이 2021.6.29. 발급한 재건축주택 준공인가증(공사착공일 : 2018.7.16., 공사완료일 : 2021.6.29.), 관리처분계획인가서(사업시행인가고시일 : 2015.7.24., 관리처분계획인가일 : 2016.10.25.) 등에서 확인된다.

<표1> 주요경과

일자

주요내용

2015.5.28.

쟁점주택 분양권 취득

2015.7.24.

재건축주택 소재 단지 사업시행인가

2015.12.17.

재건축주택 취득

2017.9.25.

쟁점주택 완공

2021.6.29.

재건축주택 완공

2021.10.5.

재건축주택 전입

2022.5.9.

쟁점주택 전입

2023.5.25.

재건축주택 재전입

2023.5.30.

쟁점주택 양도

<표2> 주민등록내역

(2) 처분청이 국세청장에게 이 건과 관련하여 과세기준자문을 요청하여 회신 받은 내용(OOO, 2024.5.29.)의 주요내용은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 해석사례

제목 : 재건축사업의 시행기간 동안 대체주택에서 거주하지 않은 경우 대체주택 특례규정 적용여부

답변내용 : 귀 과세기준자문 신청의 경우, 1주택(A)을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 대체주택(B)을 취득하였으나, 재건축사업의 시행기간 동안 대체주택(B)에서는 거주하지 않고 재건축주택(A)이 완공된 후 A주택에서 거주하다가 대체주택(B)으로 이사한 후 대체주택의 1년 거주요건을 충족하고 양도한 경우에는 쟁점규정을 적용받을 수 없는 것입니다.

(3) 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사 종결보고서(2024년 5월)에 의하면, “청구인은 완공된 재건축주택에 우선 전입하여 거주하다 비과세 요건을 충족하기 위해 쟁점주택에 전입하고 1년 이상 거주한 후, 다시 재건축주택에 전입한 다음 쟁점주택을 양도하였는바, 쟁점규정 적용시 ‘대체주택이라 함은 재건축사업 등의 시행기간 동안 거주하기 위하여 취득한 다른 주택’을 의미하는데, 납세자가 재건축주택 완성일 이후 최초로 입주하였다면 대체주택의 법률상 의미에 부합하지 아니하므로, 법령에 따른 비과세 요건에 해당하지 않는다”고 기재되어 있다.

(4) 청구인에 대한 2023년 귀속 양도소득세 부과내역은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 청구인에 대한 이 건 양도소득세 부과내역

(5) 청구인이 제출한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다.

(가) 청구인은 2015.5.28. 쟁점주택 분양권을 취득한 후 2017.9.25. 쟁점주택이 완공되자 쟁점주택을 2017.9.25.부터 2019.9.24.까지 24개월간 임대하는 임대차계약을 체결한 후, 2021년 9월까지는 준공이 어렵다는 재건축조합의 이야기를 듣고 기간을 2년 연장(2019.9.24.～2021.9.23.)하는 내용으로 임대차계약을 갱신하였다고 주장하며, 쟁점주택 임차인과 체결한 임대차(갱신)계약서(임차기간 : 2019.9.24.～2021.9.23., 보증금 OOO원)를 제출하였다.

(나) 청구인은 재건축주택은 2021.6.29. 사용승인이 이루어졌고, 쟁점주택에 전입하기 위하여 임차인에게 퇴거를 요청하였으나, 임차인이 이에 불응하여 임차인과의 소송이 진행되었으며, 임차인은 2021년 11월 퇴거하여 쟁점주택을 수리한 후, 2022.5.9. 쟁점주택에 전입하였다고 주장하며, 서울중앙지방법원에 제출한 ‘부동산점유이전금지가처분신청서’(2021년 7월, “임대인인 청구인은 계약만료 6개월 전인 2021.3.26. 임차인에게 문자메시지로 쟁점주택에 실거주할 계획이어서 계약을 더 이상 갱신할 수 없음을 통보하였음에도, 임차인은 2021.6.7. 청구인에게 계약갱신을 요구해와 청구인의 소송대리인은 2021.7.8. 다시 한번 임차인에게 계약갱신 거절의 의사표시를 담은 내용증명을 발송하였으나 임차인이 이를 수령하지 아니하여 청구인은 2021.7.12. 위 7.8.자 내용증명을 핸드폰으로 찍어 임차인에게 카카오톡 메시지로 보냈고, 임차인이 이를 확인하였는바, 이 사건 임대차계약은 약 2개월 후인 2021.9.23.이면 기간만료로 계약이 종료된다 할 것이므로 임차인은 청구인에게 쟁점주택을 인도할 의무가 있다”고 기재되어 있음), 서울중앙지앙법원(OOO, 2022.6.13. 결정) 화해권고결정서(청구인은 “임차인이 임대차계약 기간이 만료된 2021.9.23. 이후로도 쟁점주택을 인도하지 않고 계속 점유하면서 사용․수익하다가 2021.11.5.이 되어서야 청구인에게 인도하였는바, 계약기간이 만료된 다음날인 2021.9.24.부터 쟁점주택 인도 완료일인 2021.11.5.까지 발생한 월 차임 상당의 부당이득금 OOO원을 지급해야 한다”고 주장하였고, 법원은 “임차인이 2022.7.15.까지 청구인에게 OOO원을 지급하고, 돈의 지급을 지체하는 경우에는 청구인에게 그 지급하지 않은 돈에 대하여 위 지급기일 다음 날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 비율로 계산한 지연손해금을 더하여 지급”하도록 결정함) 등을 제출하였다.

(6) 기획재정부의 간추린 개정세법해설(2005년)의 주요내용은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 쟁점규정 신설 관련 간추린 개정세법해설

(가) 주택과 조합원입주권 보유세대에 대한 양도소득세 비과세 요건 신설(영§ 156의2 신설)

가. 일시적 1세대 2주택(1주택+1입주권)에 대한 양도소득세 비과세 요건

(1) 개정내용

중전

개정

<신설>

①～② (생략)

③ 1세대 1주택자의 주택이 입주권으로 전환되어 재건축사업 시행기간 중 주거용으로 취득한 주택(대체주택) 양도시 아래 요건(㉠+㉡+㉢)을 충족하는 경우 양도소득세 비과세 적용

㉠ 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하고 1년 이상 거주

㉡ 재건축주택 완공 전에 또는 완공 후 1년 이내에 대체주택 양도

㉢ 재건축주택 완공 후 1년 이내에 재건축주택으로 세대전원이 이사하고 1년이상 거주

* 취학, 근무상 형편, 질병요양 등의 경우는 세대원 일부가 이사하지 않더라도 가능

□ 대체주택 양도 또는 입주권 취득후 기존주택 양도시 양도소득세 비과세를 적용받은 경우 사후관리

ㅇ 비과세 요건 * 을 충족하지 못하게 된 사유 발생시

* 재건축주택으로 세대전원이 이사하여 1년 이상 거주

- 당해 사유가 발생한 과세기간의 과세표준 신고시 양도소득세 * 납부

* 양도당시 비과세를 받지 않았을 경우 납부할 양도소득세액

□ 세대원 일부가 재건축주택으로 이사하지 않더라도 양도소득세가 비과세되는 취학, 근무상 형편, 질병요양 등의 부득이한 사유

ㅇ 다음 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시․군으로 주거를 이전하는 경우

- 고등학교, 대학교 등의 취학

- 직장의 변경이나 전근등 근무상의 형편

- 1년이상 치료나 요양을 필요로 하는 질병의 치료 또는 요양

(2) 개정이유

□ 1세대가 일시적으로 「1주택과 1입주권」 또는 2주택을 소유하더라도 실수요 목적으로 주택 또는 입주권을 취득한 경우에는

ㅇ 주택 양도시 양도소득세 비과세를 허용하여 1세대 1주택자의 주거생활안정을 지원

(3) 적용시기 및 적용례

□ 02006.1.1. 이후 재개발․재건축사업의 관리처분계획이 인가된 입주권부터 적용

ㅇ 다만, 2005년말 이전에 재개발․재건축사업의 관리처분계획이 인가된 입주권은 2006.1.1이후 취득한 분부터 적용

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 재건축주택을 준공한 후 쟁점주택에 거주하였더라도 해당 주택에서 1년 이상 거주하는 등 쟁점규정 각 호의 요건을 모두 충족하였다면 1세대 1주택 비과세 특례규정이 적용되어야 한다고 주장하나, 쟁점규정의 문언, 즉 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택을 취득한 경우로서’라는 내용을 보았을 때 대체주택은 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택의 재건축사업 등의 시행기간 동안 거주하기 위해 취득한 주택을 말하는 것으로 보이므로 재건축사업 등의 시행기간에 거주하지 아니한 쟁점주택은 동 규정에서 정하는 ‘대체주택’에 해당한다고 보기 어려운 점, 쟁점규정의 취지는 1주택을 소유한 세대가 그 주택이 재건축사업 등의 대상이 됨으로써 거주할 대체주택을 취득하였다가 재건축사업 등이 종료되면서 대체주택을 양도하는 경우 양도소득세 비과세를 허용하여 1세대 1주택자의 주거생활안정을 지원하기 위함이고, 쟁점규정에서 재건축사업에 따른 주택의 완성을 기준으로 거주 및 양도 요건을 규정하고 있는 점을 고려할 때, 쟁점규정의 ‘재건축사업 등의 시행기간’은 해당 주택의 ‘준공일’까지로 해석함이 타당한 것으로 보이고 달리 ‘이전고시일’ 등으로 해석할 만한 합리적인 근거가 없어 보이는 점, 청구인은 2017.9.25. 쟁점주택을 취득한 후, 2021.9.23.까지 4년 정도 이를 임대하였는데, 재건축주택 준공일(2021.6.29.)이 지난 후에 쟁점주택 임차인의 임대차계약이 만료(2021.9.23.)되었으므로 임차인의 퇴거가 계약기간 종료 후에 지체된 것은 청구인이 재건축주택을 준공하기 전에 쟁점주택에 전입하지 못한 사정과는 관련이 없어 보이는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점규정의 비과세 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 처분청이 청구인에게 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하지 아니하고 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.