조심-2024-부-4565 조세심판원 결정

1. 처분개요

가 . 청구법인은 2005.11.11. 조합설립인가를 받은 후 , 부산광역시 동래구 OOO 일대 토지 67,508.6 ㎡에 아파트 17 개동 총 1,384 세대 ( 조합원분 476 세대 , 일반분양분 836 세대 , 임대아파트 72 세대 ) 및 근린생활시설을 신축하는 정비사업을 수행하면서 2008.5.7. 사업시행인가를 받았고 , 2015.11.9. 관리처분계획인가를 받았으며 , 해당 아파트는 2019.8.5. 준공되어 입주완료하였다 .

나 . 청구법인은 정비사업과 관련하여 조합원들로부터 현물출자로 취득한 토지 및 건물 ( 이하 “ 쟁점부동산 ” 이라 한다 ) 의 취득가액을 사업시행인가일 (2008.5.7.) 을 기준으로 산정한 감정가액의 평균액인 OOO 원 ( 이하 “ 종전감정가액 ” 이라 한다 ) 으로 하여 2019 ～ 2020 사업연도 법인세를 신고․납부하였다가 , 2024.4.11. 관리처분계획인가일 (2015.11.9.) 을 기준으로 소급하여 산정한 감정가액의 평균액인 OOO 원 ( 이하 “ 쟁점감정가액 ” 이라 한다 ) 을 취득가액으로 하여 2019 ～ 2020 사업연도 법인세 합계 OOO 원 (2019 사업연도분 OOO 원 , 2020 사업연도분 OOO 원 ) 의 환급을 구하는 경정청구를 하였다 .

다 . 처분청은 2024.6.10. 청구법인에게 경정청구에 대한 자료요청 및 중간회신 통보를 하였으나 , 위 경정청구에 대하여 그 청구를 받은 날로부터 2 월 이내에 결과통지를 하지 아니하였다 .

라 . 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.17. 심판청구를 제기하였다 .

3. 심리 및 판단

가 . 쟁점

청구법인이 조합원으로부터 현물출자받은 토지 및 건물의 취득가액을 관리처분계획인가일을 기준으로 평가한 쟁점감정가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

나 . 관련 법령

(1) 법인세법 (2018.12.24. 법률 제 16008 호로 개정된 것 )

제 40 조 ( 손익의 귀속사업연도 ) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다 .

② 제 1 항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 .

제 41 조 ( 자산의 취득가액 ) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다 .

1. 타인으로부터 매입한 자산 ( 대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다 ) : 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산 : 제작원가 ( 制作原價 ) 에 부대비용을 더한 금액

3. 그 밖의 자산 : 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제 1 항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 .

(2) 법인세법 시행령 (2019.2.12. 대통령령 제 29529 호로 개정된 것 )

제 68 조 ( 자산의 판매손익 등의 귀속사업연도 ) ① 법 제 40 조 제 1 항 및 제 2 항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다 .

3. 상품 등외의 자산의 양도 : 그 대금을 청산한 날 [ 「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금 ( 이하 이 호에서 “ 외화대금 ” 이라 한다 ) 으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날 ]. 다만 , 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기 ( 등록을 포함한다 ) 를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일 ( 등록일을 포함한다 ) ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다 .

제 72 조 ( 자산의 취득가액 등 ) ② 법 제 41 조 제 1 항 및 제 2 항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다 .

3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가 . 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 제 80 조의 4 제 1 항 또는 제 82 조의 4 제 1 항에 따른 장부가액

나 . 그 밖의 경우 : 해당 자산의 시가

제 89 조 ( 시가의 범위 등 ) ① 법 제 52 조 제 2 항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제 3 자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격 ( 주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액 ) 에 따른다 .

② 법 제 52 조 제 2 항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다 .

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액 ( 감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액 ). 다만 , 주식등은 제외한다 .

2. 「상속세 및 증여세법」 제 38 조ㆍ제 39 조ㆍ제 39 조의 2 ㆍ제 39 조의 3, 제 61 조부터 제 66 조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제 101 조를 준용하여 평가한 가액 . 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제 63 조 제 1 항 제 1 호 나목 및 같은 법 시행령 제 54 조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식 ( 주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다 ) 의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며 , 「상속세 및 증여세법」 제 63 조 제 2 항 제 1 호ㆍ제 2 호 및 같은 법 시행령 제 57 조 제 1 항ㆍ제 2 항을 준용할 때 “ 직전 6 개월 ( 증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3 개월로 한다 )” 은 각각 “ 직전 6 개월 ” 로 본다 .

(3) 상속세 및 증여세법 (2018.12.31. 법률 제 16102 호로 개정된 것 )

제 60 조 ( 평가의 원칙 등 ) ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일 ( 이하 “ 평가기준일 ” 이라 한다 ) 현재의 시가 ( 時價 ) 에 따른다 . 이 경우 제 63 조 제 1 항 제 1 호 가목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액 ( 제 63 조 제 2 항에 해당하는 경우는 제외한다 ) 을 시가로 본다 .

② 제 1 항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다 .

③ 제 1 항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류 , 규모 , 거래 상황 등을 고려하여 제 61 조부터 제 65 조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다 .

(4) 상속세 및 증여세법 시행령 (2019.2.12. 대통령령 제 29533 호로 개정된 것 )

제 49 조 ( 평가의 원칙등 ) ① 법 제 60 조 제 2 항에서 “ 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것 ” 이란 평가기준일 전후 6 개월 ( 증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6 개월부터 평가기준일 후 3 개월까지로 한다 . 이하 이 항에서 “ 평가기간 ” 이라 한다 ) 이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매 ( 「민사집행법」에 따른 경매를 말한다 . 이하 이 항에서 같다 ) 또는 공매 ( 이하 이 조 및 제 49 조의 2 에서 “ 매매등 ” 이라 한다 ) 가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다 . 다만 , 평가기간에 해당하지 아니하는 기간으로서 평가기준일 전 2 년 이내의 기간 중에 매매등이 있거나 평가기간이 경과한 후부터 제 78 조 제 1 항에 따른 기한까지의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제 2 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태 , 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자 ( 이하 이 조 및 제 54 조에서 “ 납세자 ” 라 한다 ), 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제 49 조의 2 제 1 항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다 .

2. 해당 재산 ( 법 제 63 조 제 1 항 제 1 호에 따른 재산을 제외한다 ) 에 대하여 둘 이상의 기획재정부령이 정하는 공신력 있는 감정기관 ( 이하 “ 감정기관 ” 이라 한다 ) 이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액 . 다만 , 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외하며 , 해당 감정가액이 법 제 61 조ㆍ제 62 조ㆍ제 64 조 및 제 65 조에 따라 평가한 가액과 제 4 항에 따른 시가의 100 분의 90 에 해당하는 가액 중 적은 금액 ( 이하 이 호에서 “ 기준금액 ” 이라 한다 ) 에 미달하는 경우 ( 기준금액 이상인 경우에도 제 49 조의 2 제 1 항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 감정평가목적 등을 감안하여 동 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다 ) 에는 세무서장 ( 관할지방국세청장을 포함하며 , 이하 “ 세무서장등 ” 이라 한다 ) 이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되 , 그 가액이 납세자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그러하지 아니하다 .

가 . 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세 및 증여세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액

나 . 평가기준일 현재 당해재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액

(5) 도시 및 주거환경정비법 (2018.6.12. 법률 제 15676 호로 개정된 것 )

제 74 조 ( 관리처분계획의 인가 등 ) ① 사업시행자는 제 72 조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 하며 , 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다 . 다만 , 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수등에게 신고하여야 한다 .

5. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물 명세 및 사업시행계획인가 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격 ( 사업시행계획인가 전에 제 81 조 제 3 항에 따라 철거된 건축물은 시장ㆍ군수등에게 허가를 받은 날을 기준으로 한 가격 )

② 정비사업에서 제 1 항 제 3 호ㆍ제 5 호 및 제 8 호에 따라 재산 또는 권리를 평가할 때에는 다음 각 호의 방법에 따른다 .

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자 중 다음 각 목의 구분에 따른 감정평가업자가 평가한 금액을 산술평균하여 산정한다 . 다만 , 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우 분양예정 대상인 대지 또는 건축물의 추산액과 종전의 토지 또는 건축물의 가격은 사업시행자 및 토지등소유자 전원이 합의하여 산정할 수 있다 .

가 . 주거환경개선사업 또는 재개발사업 : 시장ㆍ군수등이 선정ㆍ계약한 2 인 이상의 감정평가업자

나 . 재건축사업 : 시장ㆍ군수등이 선정ㆍ계약한 1 인 이상의 감정평가업자와 조합총회의 의결로 선정ㆍ계약한 1 인 이상의 감정평가업자

2. 시장ㆍ군수등은 제 1 호에 따라 감정평가업자를 선정ㆍ계약하는 경우 감정평가업자의 업무수행능력 , 소속 감정평가사의 수 , 감정평가 실적 , 법규 준수 여부 , 평가계획의 적정성 등을 고려하여 객관적이고 투명한 절차에 따라 선정하여야 한다 . 이 경우 감정평가업자의 선정ㆍ절차 및 방법 등에 필요한 사항은 시ㆍ도조례로 정한다 .

3. 사업시행자는 제 1 호에 따라 감정평가를 하려는 경우 시장ㆍ군수등에게 감정평가업자의 선정ㆍ계약을 요청하고 감정평가에 필요한 비용을 미리 예치하여야 한다 . 시장ㆍ군수등은 감정평가가 끝난 경우 예치된 금액에서 감정평가 비용을 직접 지불한 후 나머지 비용을 사업시행자와 정산하여야 한다 .

다 . 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다 .

( 가 ) 청구법인은 부산광역시 동래구 OOO 일원에 아파트 1,384 세대 ( 조합분 476 세대 , 일반분양분 836 세대 , 임대 72 세대 ) 및 근린생활시설로 재개발정비사업을 아래 < 표 1> 과 같이 진행하였고 , 해당 아파트는 2019 년 8 월 준공되었다 .

< 표 1> 정비사업 진행일정

일자

구분

2005.6.15.

정비구역 지정고시

2005.11.11.

조합설립인가

2008.5.7.

사업시행인가 ( 감정가 OOO 원 )

2015.11.9.

관리처분계획인가 ( 감정가 OOO 원 )

2019.8.5.

준공인가

2020.3.25.

소유권이전

( 나 ) 청구법인은 당초 조합원들로부터 현물출자받은 쟁점부동산의 가액을 사업시행인가일 (2008.5.7.) 기준으로 평가한 종전감정가액 (OOO 원 ) 으로 소득금액을 산정하여 2019 ～ 2020 사업연도 법인세를 신고․납부하였다가 , 2024.4.11. 그 취득시기를 「법인세법 시행령」제 68 조 제 1 항 제 3 호에 따라 관리처분계획인가일 (2015.11.9.) 로 보아야 한다는 이유로 쟁점감정가액으로 취득가액을 증액하고 , 그 증액한 OOO 원 중 일반분양비율을 적용한 OOO 원을 분양원가로서 손금산입하여 경정청구를 제기하였다 .

< 표 2> 쟁점감정가액 내역

< 표 3> 경정청구 내역

(2) 청구법인은 쟁점감정가액이 시가에 부합한다고 주장하며 , ㈜ OOO 감정평가법인과 ㈜ OOO 감정평가법인이 2024 년 1 월 작성한 감정평가서 2 부 , 건설용지 계정별 원장 , 법인세 신고서류 등을 제출하였다 .

(3) 청구법인의 정비사업이 속한 부산광역시 동래구 주거지역의 2008 ～ 2015 년 기간 동안의 지가변동률 및 종전감정가액 대비 쟁점부동산의 감정평가액 증액률은 아래 < 표 4> 와 같다 .

< 표 4> 정비사업이 속한 지구의 지가변동률과 쟁점부동산의 증액률 비교

구분

부산광역시 동래구 주거지역 지가변동률

종전감정가액 대비 쟁점감정가액 증액률

변동률

11.46%

27.3%

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다 .

( 가 ) 먼저 조합원이 현물출자한 부동산의 취득시기가 언제인지 보면 , 「법인세법 시행령」제 68 조 제 1 항 제 3 호는 상품 등 외의 자산의 취득시기를 대금청산일 , 소유권이전등기일 , 사용수익일 중 빠른 날로 규정하고 있으므로 신탁등기를 하지 아니한 이 건의 경우 사용수익일인 관리처분계획인가일을 취득시기로 봄이 타당하다 할 것이다 ( 조심 2021 부 2861, 2021.9.8. 등 , 같은 뜻임 ).

( 나 ) 다음으로 종전감정가액과 쟁점감정가액 중 어느 것이 취득가액 ( 시가 ) 에 부합하는지를 보면 , 처분청은 종전감정가액이 시가로서 적정하다는 의견이나 , 재개발사업에 출자된 부동산의 시가는 사업이 시행된다는 것을 전제로 한 개발이익이 포함된 가격으로 평가하여야 할 것인데 ( 대법원 2009.3.26. 선고 2008 다 21549 판결 , 같은 뜻임 ), 사업시행인가일을 기준으로 산정한 종전감정가액은 관리처분계획인가일 현재의 개발이익이 포함되어 있다고 볼 수는 없으므로 시가로 보기 어려운 한편 , 청구법인이 제시한 쟁점감정가액의 경우 청구법인 측에서 선정한 감정평가법인이 수익사업인 일반분양이 완료된 이후에 이 건 법인세 경정청구를 위한 목적에서 감정한 것이나 , 처분청이 비교표준지 선정 등 토지평가에 있어 쟁점감정가액이 합리적으로 산정되지 않은 측면이 있다는 의견을 제시하고 있으므로 쟁점부동산에 대한 시가 산정의 객관성과 합리성이 담보될 수 있도록 처분청이 쟁점부동산의 취득일 ( 관리처분계획인가일 ) 현재의 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다 .

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「 국세기본법」 제 80 조의 2 및 제 65 조 제 1 항 제 3 호에 의하여 주문과 같이 결정한다 .