조심-2022-부-7637 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 ㈜A(이하 “A”이라 한다)의 100% 주주 및 ㈜B(건설시공업, 이하 “B”라 한다)의 지배주주이고, ㈜C(건설시공업, 이하 “C”이라 한다)과 ㈜D(화약제조업)의 지배주주인 E과 경상남도 OOO 일원에서 임대주택 사업(이하 “F”이라 한다) 등을 추진하기 위하여 2016.5.23. ㈜G(이하 “G”이라 한다)을 설립(E이 51%, 청구인이 49% 각각 지분 소유)하는 한편 , 2014년부터 진행하던 A의 골프장 공사를 2016.12.26. C에 도급하였다.

나. C은 이에 따라 2017.2.1. 청구인 및 B가 골 프장 공사의 기존 시공자인 ㈜H에 대하여 부담하던 채무 OOO원을 연대보증하면서 청구인이 보유하던 A 주식 OOO주 중 OOO주(지분 51%, 이하 “쟁점①주식”이라 한다)를 양수하되, 추후 C의 보증이 해결되면 쟁점①주식을 다시 청구인에게 양도 하기로 하는 내용의 협약(이하 “쟁점보증협약”이라 하고, 협약과 관련하여 작성된 문서를 “쟁점보증협약서”라 한다)을 체결하였다.

다. 청구인은 위 약정에 따라 2017.4.18. 쟁점①주식 중 OOO주를 C의 이사인 I에게, OOO주를 이사인 J에게 주당 OOO원에 각각 명의를 이전한 후 2017.4.20. 쟁점①주식의 양도가액을 OOO원으로 하여 2017년 귀속 양도소득세를 신고·납부하였고, C은 2017.6.26.부터 2019.2.1.까지 ㈜H에 대한 청구인의 채무액 OOO원을 대위변제하고 이를 장부상 청구인에 대한 대여금으로 계상하였다.

라. 한편, 청구인과 E은 F 추진이 원활하게 진행되지 않자 사업장을 K㈜에 매각하고 매각대금을 분배하기로 한 후 청구인과 B(이하 “청구인측”이라 한다), E과 G(이하 “E측”이라 한다)은 2020.1.15. 개인 채무 및 법인 채권·채무를 모두 종결하고, 청구인측이 A 주식 OOO주(지분 49%, 이하 “쟁점②주식”이라 하고, 쟁점①주식과 쟁점②주식를 합하여 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 액면금액으로 E측에게 양도하기로 하는 약정(이하 “쟁점매각협약”이라 하고, 협약과 관련하여 작성된 문서를 “쟁점매각협약서”라 한다 )을 체결하였다.

마. 이후, 청구인측과 E측은 2020.3.23. ‘청구인이 A 주식 100%(쟁점주식)에 대하여 반환 내지 재 양수도 요구 등 일체의 법적 권리와 지위를 포기할 것을 확약하고 행정상 이의나 민·형사상 어떠한 법적 청구도 제기하지 않는다’는 내용으로 쟁점주식 관련 합의 (이하 “쟁점주식합의”라 하고, 합의와 관련하여 작성된 문서를 “쟁점 주식합의서”라 한다)를 하였고, 위 합의 이후 E은 A에 쟁점②주식의 명의개서를 요청하여 2020.9.28. 이사회를 거쳐 2020.9.30. 명의를 이전받았다.

바. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.6.15.부터 2021.11.15.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인의 2017.4.18.자 쟁점①주식의 명의이전(주당 OOO원)을 양도담보로 보아 이를 부인하는 한편, 쟁점①주식 및 쟁점②주식 모두 2020.3.23.자 쟁점주식합의에 따라 아래 <표1>과 같은 청구인의 채무 합계 OOO원에 대한 대물변제 또는 담보의 실행으로 양도되었으나 청구인 이 이를 무신고한 것으로 보아 쟁점주식의 1주당 양도가액을 OOO원 으로 평가하여 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2022.1.5. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 결정·고지하였다.

<표1> 청구인의 채무 내역(2020.3.23. 기준)

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사. 청구인은 이에 불복하여 2022.3.31. 이의신청을 거쳐 2022.8.18. 심판청구를 제기하였다.