조심2024서5169 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2012.3.2. B로부터 물적분할을 통해 설립된 금융지주회사로, A 주식회사(이하 “A”이라 한다) 등을 자회사로 두고 있고, 「법인세법」에 따라 연결납세방식을 적용하여 법인세를 신고·납부하고 있다.

나. 청구법인은 2023.12.29. 처분청에 연결자법인인 A의 2018⁓2022사업연도 법인세 계산 시,

‘서울특별시 OOO 외 1필지 부동산’(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 업무용으로 사용한 것으로 보아 감가상각비·유지비·지급이자 손금불산입을 한 것에 대하여 손금산입을 하고, 중소기업지원을 위하여 신용보증기금 등에 특별출연한 금액에 대하여 조특법 제8조의3의 ‘상생협력을 위한 기금 출연 등에 대한 세액공제’를 적용하여 달라는 등의 취지로 2018⁓2022사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.6.7. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.30. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점부동산이 A의 업무용 부동산에 해당하는지 여부

② 청구법인이 신용보증기금 및 기술보증기금에 출연한 금액에 대하여 ‘상생협력기금 출연 세액공제’를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 2012.3.2. B로부터 물적분할을 통해 설립된 금융지주회사로, A 등을 자회사로 두고 있고, 「법인세법」에 따라 연결납세방식을 적용하여 법인세를 신고·납부하고 있다.

(나) A의 법인등기사항일부증명서는 다음과 같다.

<A의 등기사항일부증명서>

○○○

(다) 청구법인의 경정청구내역은 아래 <표>와 같고, 이에 대하여 처분청의 검토내용은 다음과 같다.

<표> 경정청구내역(2018⁓2022사업연도)

(단위 : 백만원)

○○○

(라) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점부동산은 1996.7.2. B 명의로 소유권보존등기 되었다가 2012.3.16. A으로 소유권이전등기(등기원인 : 법인분할)되었고, 건축물대장상 명칭은 ‘OOO’로 기재되어 있다.

<쟁점부동산의 기본사항>

○○○

(마) 청구법인이 제시한 자료에 따르면, 청구법인은 쟁점부동산을 업무용으로 사용하거나, 청구법인의 계열사에 임대한 것으로 나타난다.

<쟁점부동산 사용현황>

○○○

<부동산임대공급가액명세서, 2018년⁓2022년>

(단위 : ㎡, 백만원)

○○○

(바) A의 정관은 다음과 같다.

○○○

(사) 「은행법」상 업무용 부동산의 개념 및 범위에 대한 금융위원회 보도자료(2016.6.29.)와 문서보관의무, 이동점포에 대한 기사는 다음과 같다.

○○○

(아) 2010.10.27. 개정된 조특법(법률 제10406호로 개정된 것) 제8조의3에 ‘대·중소기업 상생협력을 위한 기금 출연 시 세액공제’가 신설되었는데, 기획재정부는 개정이유를 다음과 같이 밝히고 있다.

□ 대·중소기업 상생협력을 위한 기금 출연 시 세액공제 신설

(1) 개정내용

종 전

개 정

<신 설>

□ 대․중소기업 상생협력을 목적으로 조성된

기금에 출연시 출연금의 7% 세액공제

<적용대상 기금>

① (상생보증펀드) ｢대중소 기업 상생 협력법｣ 상 수탁 기업 등 ( 협력중소기업 * )에 대한 유동성 지원을 위해 신․기보 에 조성된 기금

* 협력중소기업의 범위

- 대기업과 직접 납품관계를 가지는 수탁기업

- 수탁기업과 직․간접 납품관계를 가지는 중소기업

- 기타 대기업이 협력 필요성이 있다고 인정한 중소기업

② (동반성장기금) 협력중소 기업에 대한 R&D, 생산성 향상 및 해외시장진출 지 원 * 을 위하여 ｢대․중소기업 협력재 단｣에 조성된 기금

* 구체적인 지출용도

- (R&D) 연구․시험용시설 투자 지원 등

- (인력) 직원 교육․훈련 위탁 지원

-(생산성향상) 생산성향상시설 투자 지원

- (해외시장 진출) 해외시장 조사 및 판촉 지원

□ 사후관리

◦ 목적 외의 용도로 출연금을 사용할 경우 세액공제 금액을 추징 (추징대상 : 신용보증기금, 기술신용보증기금, 협력재단)

(2) 개정이유 : 상생협력을 통한 중소기업의 경쟁력 강화 지원

(3) 적용시기 및 적용례 : 2011.1.1 이후 최초로 출연하는 분부터 적용

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대,

「법인세법」 제27조 제1항 에서는 ‘업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산’으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액을 업무무관비용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제49조 제1항 제1호 가목에서는 업무와 관련이 없는 자산의 범위에 ‘법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산’을 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제26조 제2항 제2호에는 ‘법인의 업무’에 대하여 ‘각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업(행정관청의 인가·허가등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가·허가등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무’로 정하고 있다.

A의 등기사항일부증명서에는 금융업, 국가나 공공단체의 업무대리, 국가, 공공단체 및 OOO가 위탁하거나 보조하는 사업, 「은행법」 제27조 에 따른 은행업무, 같은 법 제27조의2에 따른 부수업무, 같은 법 제28조에 따른 겸영업무를 목적으로 한다고 기재되어 있고, 같은 법 시행령 제18조 부수업무의 범위에 부동산의 임대를 규정하면서 단서 조항으로 제21조의2 제4항에 따른 업무용 부동산이 아닌 경우에는 법 제39조에 따라 처분하여야 하는 날까지의 임대로 한정한다고 규정하고 있다.

청구법인은 쟁점부동산을 업무용으로 사용하였다고 주장하나, B는 1996.7.2. 쟁점부동산을 취득하였고, 2012.3.2. OOO이 분할되면서 쟁점부동산에 통합 IT센터를 신축할 목적으로 A 명의로 소유권이전등기 되었으나, 서울특별시장의 규제 및 제한으로 IT센터 신축계획이 무산되어 그 목적 용도로 사용되지 아니한 점, 「은행법」 제38조 에 따르면, 은행은 업무용 부동산이 아닌 부동산의 소유 업무를 금지업무로 규정하고 있고, A의 법인등기사항일부증명서 상 목적사업으로 임대업이 등재되어 있지 아니한 점, 쟁점부동산의 건축물대장상 명칭은 ‘OOO’로 되어 있고, 청구법인은 쟁점부동산의 일부를 A의 IT 문서고 및 창고 등 업무용으로 사용하였다고 주장만 할 뿐, 이를 입증할 만한 객관적·구체적 증빙이 제시되지 아니한 점, 「은행법 시행령」 제18조 에 의한 부수업무의 범위에 부동산 임대가 포함되나, 이는 업무용 부동산을 전제로 하고 있으므로 A의 계열사 C와 D에게 임대한 것을 업무용 목적으로 보기도 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점부동산 중 임대사용분에 대하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2와 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> : 관련 법령 등

(1) 법인세법

제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액

제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조 제1호에 해당하는 자산

(2) 법인세법 시행령

제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ① 법 제27조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제26조(업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위) ① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 “기획재정부령이 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)을 말한다.

1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지 : 취득일부터 5년( 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조 제1호 의 규정에 의한 공장용 부지로서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 또는 「중소기업 창업지원법」에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의 공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우에는 당해 공장건설계획기간)

② 영 제49조 제1항 제1호 가목 및 나목에서 “법인의 업무”란 다음 각 호의 업무를 말한다.

1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무

2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업(행정관청의 인가ㆍ허가등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가ㆍ허가등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무

③ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다.

1. 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다). 다만, 천재지변ㆍ민원의 발생 기타 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다.

2. 제1항 제2호의 규정에 의한 매매용부동산을 유예기간내에 양도하는 경우

④ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 건축물이 없는 토지를 임대하는 경우(공장ㆍ건축물의 부속토지 등 법인의 업무에 직접 사용하던 토지를 임대하는 경우를 제외한다) 당해토지는 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 본다. 다만, 당해 토지를 임대하던 중 당해 법인이 건설에 착공하거나 그 임차인이 당해 법인의 동의를 얻어 건설에 착공한 경우 당해 토지는 그 착공일(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 말한다)부터 업무에 직접 사용하는 부동산으로 본다.

(4) 은행법

제27조(업무범위) ① 은행은 이 법 또는 그 밖의 관계 법률의 범위에서 은행업에 관한 모든 업무(이하 “은행업무”라 한다)를 운영할 수 있다.

② 은행업무의 범위는 다음 각 호와 같다

1. 예금ㆍ적금의 수입 또는 유가증권, 그 밖의 채무증서의 발행

2. 자금의 대출 또는 어음의 할인

3. 내국환ㆍ외국환

제27조의2(부수업무의 운영) ① 은행은 은행업무에 부수하는 업무(이하 “부수업무”라 한다)를 운영할 수 있다.

② 은행이 부수업무를 운영하려는 경우에는 그 업무를 운영하려는 날의 7일 전까지 금융위원회에 신고하여야 한다. 다만, 부수업무 중 다음 각 호에서 정하는 업무는 신고를 하지 아니하고 운영할 수 있다.

1. 채무의 보증 또는 어음의 인수

2. 상호부금(相互賦金)

3. 팩토링(기업의 판매대금 채권의 매수ㆍ회수 및 이와 관련된 업무를 말한다)

4. 보호예수(保護預受)

5. 수납 및 지급대행

6. 지방자치단체의 금고대행

7. 전자상거래와 관련한 지급대행

8. 은행업과 관련된 전산시스템 및 소프트웨어의 판매 및 대여

9. 금융 관련 연수, 도서 및 간행물 출판업무

10. 금융 관련 조사 및 연구업무

11. 그 밖에 은행업무에 부수하는 업무로서 대통령령으로 정하는 업무

제28조(겸영업무의 운영)① 은행은 은행업이 아닌 업무로서 다음 각 호의 업무(이하 “겸영업무”라 한다)를 직접 운영할 수 있다.

1. 대통령령으로 정하는 금융 관련 법령에서 인가ㆍ허가 및 등록 등을 받아야 하는 업무 중 대통령령으로 정하는 금융업무

2. 대통령령(은행령으로 정하는 법령에서 정하는 금융 관련 업무로서 해당 법령에서 은행이 운영할 수 있도록 한 업무

3. 그 밖에 그 업무를 운영하여도 제27조의2 제4항 각 호의 어느 하나에 해당할 우려가 없는 업무로서 대통령령으로 정하는 금융업무

② 은행이 겸영업무를 직접 운영하려는 경우에는 다음 각 호에 따라 금융위원회에 신고하여야 한다.

1. 제1항 제1호에 따른 업무: 금융 관련 법령에 따라 인가ㆍ허가 및 등록 등을 신청할 때 신고

2. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 업무: 그 업무를 운영하려는 날의 7일 전까지 신고

③ 금융위원회는 제2항에 따른 신고내용이 제27조의2 제4항 각 호의 어느 하나에 해당할 우려가 있는 경우에는 그 겸영업무의 운영을 제한하거나 시정할 것을 명할 수 있다.

제38조(금지업무) 은행은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 업무를 하여서는 아니 된다.

2. 대통령령으로 정하는 업무용 부동산이 아닌 부동산(저당권 등 담보권의 실행으로 취득한 부동산은 제외한다)의 소유

제39조(비업무용 자산 등의 보고 및 처분) 은행은 그 소유물이나 그 밖의 자산 중 이 법에 따라 그 취득 또는 보유가 금지되거나 저당권 등 담보권의 실행으로 취득한 자산이 있는 경우에는 금융위원회가 정하는 바에 따라 금융위원회에 보고하고, 이를 처분하여야 한다.

(5) 은행법 시행령

제18조(부수업무의 범위 등) ① 법 제27조의2 제2항 제11호에서 “대통령령으로 정하는 업무”란 다음 각 호의 업무를 말한다.

1. 부동산의 임대. 다만, 제21조의2 제4항에 따른 업무용 부동산이 아닌 경우에는 법 제39조에 따라 처분하여야 하는 날까지의 임대로 한정한다.

제21조의2(증권에 대한 투자한도 등) ④ 법 제38조 제2호에서 “대통령령으로 정하는 업무용 부동산”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말한다.

1. 영업소, 사무소 등 영업시설

2. 연수시설

3. 복리후생시설

4. 제1호부터 제3호까지의 시설 용도로 사용할 토지ㆍ건물 및 그 부대시설

(6) 조세특례제한법

제8조의3(상생협력을 위한 기금 출연 등에 대한 세액공제) ① 내국법인이 「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제2조 제3호 또는 「자유무역협정체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법」 제2조 제19호 에 따른 상생협력을 위하여 2025년 12월 31일까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 출연을 하는 경우에는 해당 출연금의 100분의 10에 상당하는 금액을 출연한 날이 속하는 사업연도의 법인세에서 공제한다. 다만, 해당 출연금이 대통령령으로 정하는 특수관계인을 지원하기 위하여 사용된 경우 그 금액에 대해서는 공제하지 아니한다.

1. 「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제2조 제6호 에 따른 수탁기업 등 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 조에서 “협력중소기업”이라 한다)에 대한 보증 또는 대출지원을 목적으로 「신용보증기금법」에 따른 신용보증기금(이하 이 조에서 “신용보증기금”이라 한다) 또는 「기술보증기금법」에 따른 기술보 증기금(이하 이 조에서 “기술보증기금”이라 한다)에 출연하는 경우

(7) 조세특례제한법 시행령

제7조의2(협력중소기업의 범위 등) ② 법 제8조의3 제1항 제1호에서 “ 「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제2조 제6호 에 따른 수탁기업 등 대통령령으로 정하는 중소기업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다.

1. 「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제2조 제6호 에 따른 수탁기업

2. 제1호의 수탁기업과 직접 또는 간접으로 물품을 납품하는 계약관계가 있는 중소기업

3. 「과학기술기본법」 제16조의4 제3항 에 따라 지정된 전담기관과 연계하여 지원하는 창업기업

4. 그 밖에 법 제8조의3 제1항에 따른 내국법인이 협력이 필요 하다고 인정한 중소기업

(8) 대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률(상생협력법)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “상생협력”이란 대기업과 중소기업 간, 중소기업 상호간 또는 위탁기업과 수탁기업(受託企業) 간에 기술, 인력, 자금, 구매, 판로 등의 부문에서 서로 이익을 증진하기 위하