조심-2026-서-0105 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 미합중국 법률에 따라 설립된 법인으로 아래 <표1>과 같이 A 주식회사(이하 “국내원천징수의무자”라 한다)에게 특허권의 사용을 허락하고 국내원천징수의무자로부터 사용료 합계 USD OOO(이하 “쟁점사용료”라 한다)를 지급받았으며, 국내원천징수의무자는 이를 원천징수 대상인 사용료소득으로 보아 OOO원을 원천징수하여 신고ㆍ납부하였다.

<표1> 쟁점사용료 및 원천세 내역

ㅇㅇㅇ

나. 청구법인은 쟁점사용료가 국내에 미등록된 외국특허권에 대한 사용료이므로 이를 청구법인의 국내원천소득으로 볼 수 없다는 이유로 2020～2021사업연도 법인세(원천분) 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.8.18. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.11. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

국내에 등록되지 않은 특허권의 사용료는 특허권 사용여부와 관계없이 국내원천소득에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 등

(1) 법인세법

(가) 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것

제93조(국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

9. 다음 각 목의 1에 해당하는 자산ㆍ정보 또는 권리를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가 및 그 자산ㆍ정보 또는 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 자산ㆍ정보 또는 권리에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다.

가. 학술 또는 예술상의 저작물(映畵필름을 포함한다)의 저작권ㆍ특허권ㆍ상표권ㆍ디자인ㆍ모형ㆍ도면이나 비밀의 공식 또는 공정ㆍ라디오ㆍ텔레비젼방송용 필름 및 테이프 기타 이와 유사한 자산이나 권리

나. 산업상·상업상 또는 과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우

(나) 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것

제93조(국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리ㆍ자산 또는 정보(이하 이 호에서 “권리등”이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가 및 그 권리등의 양도로 인하여 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 “특허권등”이라 한다)는 해당 특허권등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.

가. 학술 또는 예술상의 저작물(映畵필름을 포함한다)의 저작권ㆍ특허권ㆍ상표권ㆍ디자인ㆍ모형ㆍ도면이나 비밀의 공식 또는 공정ㆍ라디오ㆍ텔레비젼방송용 필름 및 테이프 기타 이와 유사한 자산이나 권리

나. 산업상·상업상 또는 과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우

(다) 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것

제93조(외국법인의 국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호의 구분에 따른 소득으로 한다.

8. 국내원천 사용료소득: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 "권리등"이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지(使用地)를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 "특허권등"이라 한다)는 해당 특허권등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.

가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(工程), 라디오·텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리

나. 산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우

(라) 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 것

제93조(외국법인의 국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

8. 국내원천 사용료소득 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리ㆍ자산 또는 정보(이하 이 호에서 "권리등"이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득

가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(工程), 라디오ㆍ텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리

나. 산업상ㆍ상업상ㆍ과학상의 지식ㆍ경험에 관한 정보 또는 노하우

다. 사용지(使用地)를 기준으로 국내원천소득 해당 여부를 규정하는 조세조약(이하 이 조에서 "사용지 기준 조세조약"이라 한다)에서 사용료의 정의에 포함되는 그 밖에 이와 유사한 재산 또는 권리[특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 그 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 조에서 "특허권등"이라 한다)가 국내에서 등록되지 아니하였으나 그에 포함된 제조방법ㆍ기술ㆍ정보 등이 국내에서의 제조ㆍ생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 것을 말한다]

※ 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약

제2조(일반적 정의) (2) 이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는, 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다. 상기 규정에 불구하고 일방 체약국의 법에 따른 그러한 용어의 의미가 타방 체약국의 법에 따른 용어의 의미와 상이하거나, 또는 그러한 용어의 의미가 어느 한 체약국의 법에 따라 용이하게 결정될 수 없는 경우에 양 체약국의 권한있는 당국은 이중과세를 방지하거나 또는 이 협약의 기타의 목적을 촉진하기 위하여 이 협약의 목적상 동 용어의 공통적 의미를 확정할 수 있다.

제6조(소득의 원천) 이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.

(3) 제14조(사용료) (4)항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조(5)항에 규정된 것 이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.

제14조(사용료) (1) 타방 체약국의 거주자에 의하여 일방 체약국내의 원천으로부터 발생되는 사용료에 대하여 동 일방 체약국이 부과하는 조세는, 하기 (2)항 및 (3)항에 규정된 경우를 제외하고는, 그 사용료 총액의 15퍼센트를 초과해서는 아니된다.

(4) 본 조에서 사용되는 "사용료"라 함은 다음의 것을 의미한다.

(a) 문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권 특히, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금

(b) 그러한 재산 또는 권리(선박 또는 항공기는 제외됨)의 매각, 교환 또는 기타의 처분에서 발생한 소득 중에서 동 매각, 교환 또는 기타의 유상처분으로 취득된 금액이 그러한 재산 또는 권리의 생산성, 사용 또는 처분에 상응하는 부분 사용료에는 광산, 채석장 또는 기타 자연자원의 운용에 관련하여 지급되는 사용료, 임차료 또는 기타의 금액은 포함되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 심판청구서 및 처분청의 답변서 등의 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 미국에 설립된 법인으로, 내국법인인 국내원천징수의무자 에 대하여 양방향 프로그램 가이드(Interactive Program Guide) 기술 등에 대한 특허권의 사용을 허여하고 국내원천징수의무자 로부터 그 대가로 로열티를 지급받기로 하는 특허 라이선스 계약을 체결하였다.

(나) 국내원천징수의무자는 위 특허 라이선스 계약에 따라 쟁점사용료를 지급하면서 한미조세협약 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여 법인세를 원천징수․납부하였다.

(다) 청구법인은 국내원천징수의무자가 원친징수한 법인세 의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 이에 대하여 ｢법인세법｣ 제93조 제8호 에 따라 국내등록 여부와 관계없이 국내에서 사용된 특허권에 대한 사용료로 지급된 대가는 국내원천소득에 해당한다는 취지로 경정청구를 거부하였다.

(라) 처분청이 이 건 경정청구에 대한 검토 당시 국내원천징수의무자로부터 제출받은 자료 등에 따르면 쟁점사용료와 관련하여 청구법인이 국내원천징수의무자에게 사용 허여한 특허는 모두 국내등록된 특허권만 있는 것으로 보인다는 의견이나, 청구법인은 이에 대한 별도의 증빙은 제출하지 아니하였다.

(마) 기획재정부가 발간한 2008년, 2019년 간추린 개정세법에 따르면, ｢법인세법｣ 제93조 제8호 는 아래 <표2> 및 <표3>과 같이 국내 미등록 특허권의 사용대가에 대해 과세할 수 없는 문제점 등을 보완하기 위해 개정된 것으로 확인된다.

<표2> 2008년 간추린 개정세법

13. 특허권 등의 사용료에 대한 국내원천소득 범위 개선

[ 소득세법 §119(11), 법인세법 §93(9)]

종 전

개 정

ㅇ 저작권․특허권․상표권․ 디자인권․노하우 등 사용료 의 국내원천소득 판정기준

- 지급지 또는 사용지

- 조세조약상 ‘사용지’를 채 택 (미국ㆍ태국)하는 경우 사용 지

․ 사용지 개념 중 국내에 등록 되 지 않은 특허권은 국내에서 사용 한 것으로 볼 수 없어 국외원 천 소득에 해당(대법원2005두8641 )

- 등록을 요하는 특허권 등 * 사용 료의 사용지 판정기준 보 완

* 특 허권․상표권․디자인권․실용신안권

․국내 등록유무에 불구하고 국내에서 사실상 사용하는 경우 사용지를 국내로 보아 국내원천 소득으로 과세

(1) 개정내용

(2) 개정이유

□ 대법원 판례에 따라 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용대가에 대하여 과세할 수 없는 문제점을 입법적으로 보완

※ OECD모델 조세조약에서도 사용료는 공인등록기관 등록여부에 상관없이 권리를 사용․사용할 권리에 대한 지급금을 의미 (주석서12-8)

(3) 적용시기 및 적용례

ㅇ 이 법 시행이후 최초로 소득이 발생하는 분부터 적용

1. 국내 미등록 특허 사용대가의 국내원천소득 과세체계 개선

① 국내원천 사용료소득 중 국내 미등록 특허 사용대가의 과세체계 변경( 소득세법 §119, 법인세법 §93)

종 전

개 정

□ 국내원천 사용료소득

ㅇ(과세대상) 다음의 권리․자산․정보의 국내 사용․지급․양도 대가

- 학술․예술상의 저작물의 저작권, 특허권 등 및 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리

- 산업상․상업상․과학상의 지식․경험에 관한 정보 또는 노하우

- (원천 판단의 특례) 국외에서 등록된 권리(특허권 등)가 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우 국내 사용으로 간주

□ 국내 미등록 특허 사용대가의 과세체계 변경

⌉ | | | | | | | | (좌동) | | | | | | | ⌋

- 사용지(사용지) 기준 조세조약 상 사용료의 정의에 포함되는 ‘기타 이와 유사한 재산․권리’

․ 국내 미등록 특허권 등에 포함된 제조방법․기술․정보 등이 국내에서 제조․생산 등에 사용될 것

(1) 개정내용

(2) 개정이유

ㅇ 국외 등록 특허의 침해 보상대가에 대한 과세권 확보

(3) 적용시기 및 적용례

ㅇ 2020.1.1. 이후 지급하는 소득분부터 적용

<표3> 2019년 간추린 개정세법

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용료는 특허권 사용여부와 관계없이 국내원천소득에 해당하지 않는다고 주장하나, 한미조세협약 제6조 제3항에서 “사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다”고 규정하고 있는데, 이는 소득의 원천지국 판단기준을 사용지로 정한 것일 뿐 그 사용지의 판정기준은 제시하고 있지 아니하므로 그에 대한 판단은 국내 세법에 따르는 것이 타당한 점, 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다 할 것인데(OOO) 쟁점사용료 관련 특허권이 국내등록된 특허권에 해당한다는 처분청의 의견에 대해 청구법인이 국내미등록 특허권에 해당한다는 점을 입증할 증빙을 제출하지 아니한 점, 설령 쟁점사용료 중 국내미등록 특허권 관련 금액이 포함되어있다 하더라도, 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 ｢법인세법｣ 제93조 제9호 에서 “해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우에는 국내등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다”고 규정하고 있었고, 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 ｢법인세법｣ 제93조 제8호 에서도 “특허권 등이 국내에서 등록되지 아니하였으나 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득은 외국법인의 국내원천소득에 해당한다”고 명확히 규정하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점사용료를 국내원천소득에 해당하는 것으로 보아, 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2025중2484, 2025.12.30. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다 .