조심-2025-중-4383 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 1990.12.13. 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 장학 및 문화사업을 목적으로 설립된 공익법인으로서 1993.6.18. A(주)의 총발행주식의 12.5%인 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 출연받아 현재까지 청구법인의 수익용 자산으로 보유하고 있다.

나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인의 2022사업연도 현재 쟁점주식 보유와 관련하여 2020.12.22. 개정된 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제49조 제1항에 따라 같은 법 제48조 제2항 및 제11항 각호의 요건을 충족하는지 여부에 대한 서면검토를 실시한 결과, 청구법인이 주식등의 보유기준을 초과하여 주식등을 보유할 수 있는 상증세법 제48조 제11항 제2호 수익용 출연재산가액 1% 이상 공익목적 사용의무를 위반하였다는 조사결과를 통보하였고, 이에 처분청은 2025.8.11. 청구법인에게 상증세법 제78조 제4항에 따른 보유기준 5%를 초과하는 주식의 가액을 OOO원으로 평가하여 이에 대한 증여세(가산세 5%) OOO원 및 상증세법 제78조 제9항 제3호에 직접 공익목적사업에 사용해야 하는 기준금액에 미달한 금액 OOO원에 대한 증여세(가산세 10%) OOO원을 결정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.27. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

공익법인인 청구법인이 내국법인의 발행주식총수의 5%를 초과하여 보유하고 있고, 2020.12.22. 개정된 상증세법상 주식보유기준 적용 제외요건 중 출연재산가액 1% 이상 공익목적 사용의무를 충족하지 못하였다고 보아 증여세 가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 상속세 및 증여세법

(가) 2021.12.21. 법률 제18591호로 일부개정된 것

제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등) ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식등”이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 “발행주식총수등”이라 한다)의 제16조 제2항 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우(제16조 제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입한다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

3. 출연자 및 그의 특수관계인으로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다.

7. 다음 각 목의 공익법인등이 대통령령으로 정하는 출연재산가액에 100분의 1(제16조 제2항 제2호 가목에 해당하는 공익법인등이 발행주식총수등의 100분의 10을 초과하여 보유하고 있는 경우에는 100분의 3)을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 금액(이하 제78조 제9항 제3호에서 “기준금액”이라 한다)에 미달하여 직접 공익목적사업(「소득세법」에 따라 소득세 과세대상이 되거나 「법인세법」에 따라 법인세 과세대상이 되는 사업은 제외한다)에 사용한 경우

⑪ 공익법인등이 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연(출연받은 재산 및 출연받은 재산의 매각대금으로 주식등을 취득하는 경우를 포함한다)받은 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하지 아니하게 된 경우에는 제16조 제2항 또는 제48조 제1항에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 같은 조 제2항에 따라 즉시 증여세를 부과한다.

1. 제2항 제3호에 따른 운용소득에 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 계산한 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것

2. 제2항 제7호에 따른 출연재산가액에 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 계산한 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것

3. 그 밖에 공익법인등의 이사의 구성 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것

⑬ 제16조 제2항에 따라 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연받은 자 등 대통령령으로 정하는 공익법인등은 과세기간 또는 사업연도의 의무이행 여부 등에 관한 사항을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 지방국세청장에게 신고하여야 한다.

제49조(공익법인등의 주식등의 보유기준) ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조에서 “발행주식총수등”이라 한다)의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식등”이라 한다)을 보유하고 있는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기한까지 그 발행주식총수등의 100분의 5(이하 “주식등의 보유기준”이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 제48조제11항 각 호의 요건을 충족하는 공익법인등과 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 그 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20 이하인 경우 : 1999년 12월 31일까지

제78조(가산세 등) ④ 세무서장등은 공익법인등이 제49조 제1항 각 호의 어느 하나에 규정된 기한이 지난 후에도 같은 항에 따른 주식등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 같은 항 각 호의 어느 하나에 규정된 기한의 종료일 현재(같은 항 각 호 외의 부분 단서를 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 항 및 제7항에서 “주식등”이라 한다)에 대하여 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

제8조의2(상속세과세가액 불산입) ① 다음 각호에 게기하는 재산의 가액은 상속세과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 그 재산에서 생기는 이익의 전부 또는 일부가 상속인ㆍ피상속인 또는 그 친족에게 귀속되는 경우에는 예외로 한다.

1. 대통령령이 정하는 바에 의하여 운영되는 종교사업ㆍ자선사업ㆍ학술사업 기타공익사업(이하“公益事業”이라 한다)에 출연한 재산. 다만, 공익사업을 영위하는 자에게 내국법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 條에서 “株式”이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식(出捐전 5年이내에 다른 公益事業에 出捐한 株式을 포함한다)과 출연당시 당해 공익사업을 영위하는 자가 소유하는 주식을 합하여 당해 내국법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 5를 초과하는 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 초과부분을 제외한다.

부칙

제1조(시행일) 이 법은 1991년 1월 1일부터 시행한다.

제3조(공익법인에 초과출연한 주식의 상속세 과세가액산입에 관한 적용례) 제8조의2 제1항 제1호 단서의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 20을 초과하여 출연(株式 또는 出資特分외의 財産을 出捐받은 후 그 出捐받은 금액으로 內國法人의 發行株式總額 또는 出資總額의 100分의 20을 초과하여 所有하게 되는 경우를 포함한다)하는 것부터 적용한다.

부칙

제1조(시행일) 이 법은 1994년 1월 1일부터 시행한다.

제3조(공익사업에 초과출연한 주식의 상속세과세가액산입에 관한 적용례) 제8조의2 제1항 제1호 및 제4항 제3호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공익사업에 주식 또는 출자지분을 출연하거나 공익사업을 영위하는 자가 주식 또는 출자지분을 취득하는 것부터 적용한다. 다만, 내국법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 5를 초과하는지의 여부를 판정함에 있어서는 이 법 시행전에 공익사업에 출연한 주식 또는 출자지분과 공익사업을 영위하는 자가 이 법 시행전부터 소유하고 있는 주식 또는 출자지분을 포함한다.

상증세법

1996.12.30. 법률 제5193호로 전부개정된 것

2007.12.31. 법률 제8828호로 일부개정된 것

제49조(공익법인등의 주식등의 보유기준) ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 기간이내에 당해 발행주식총수등의 100분의 5(이하 "주식등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인등의 공익기여도등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등과 국가・지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인등에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 당해 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20이하인 경우에는 이 법 시행일부터 3년이내

2. 당해 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 20을 초과하는 경우에는 이 법 시행일부터 5년이내

제49조(공익법인등의 주식등의 보유기준) ① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 기간까지 당해 발행주식총수등의 100분의 5(이하 "株式등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인등의 공익기여도등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등과 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인등에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 당해 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20이하인 경우에는 1999년 12월 31일까지

2. 당해 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수등의 100분의 20을 초과하는 경우에는 2001년 12월 31일까지

제16조(공익법인등의 출연재산에 대한 상속세과세가액 불산입) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제78조 제4항・제7항에서 "주식등"이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조와 제48조・제49조 및 제63조 제3항에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 5[대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등으로서 제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등(이하 "성실공익법인등”이라 한다)에 출연하는 경우에는 100분의 10]를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세과세가액에 산입한다. 다만, 제49조 제1항 각 호외의 부분 단서에 해당하는 것으로서「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제9조의 규정에 의한 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인등에 당해 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식등을 출연하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인등외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

부칙

제1조(시행일) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다.

부칙

제1조(시행일) 이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제48조 제9항 및 제78조 제10항의 개정규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다.

제3조 (공익법인등의 주식등의 출연・취득에 관한 적용례) 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문과 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서, 같은 조 제2항 제2호 및 같은 조 제11항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다.

상증세법 시행령

1996.12.31. 대통령령 제15193호로 일부개정된 것

2008.2.22. 대통령령 제20621호로 일부개정된 것

제42조(주식등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인등) ① 법 제49조 제1항 단서 전단에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등"이라 함은 당해 공익법인등의 운용소득중 다음 각호의 1에 해당하는 금액 중 큰 금액이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인등(이하 이 조에서 "성 실공익법인등"이라 한다)을 말한다.

1. 제38조 제4항 제1호의 규정에 의한 금액에서 동항 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액의 100분의 80에 상당하는 금액

2. 총리령이 정하는 출연재산(직접 공익목적사업에 사용한 분을 제외한다)가액의 100분의 5에 상당하는 금액

제42조(주식등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인등) ① 법 제49조 제1항 단서 전단에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인등"이라 함은 성실공익법인등을 말한다.

제13조(공익법인 출연재산에 대한 출연방법등) ③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다.

1. 해당 공익법인등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인등

2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그와 특수관계에 있는 자(제19조 제2항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 "주주등 1인"은 "출연자"로 본다)가 공익법인등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인등

⑤ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)은 주식등의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다.

1. 법 제50조 제3항에 따라 외부감사를 이행한 공익법인등

2. 법 제50조의2에 따라 전용계좌를 개설하여 사용하고 있는 공익법인등

3. 법 제50조의3에 따라 결산서류등의 공시를 이행한 공익법인등

4. 제3항에 해당하는 공익법인등

부칙

제1조(시행일) 이 영은 1997년 1월 1일부터 시행한다.

제3조(공익법인등에 초과출연한 주식등의 과세가액산입에 관한 적용례) ② 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 5를 초과하는지의 여부를 판정함에 있어서 이 영 시행 전에 공익법인등에 이미 출연한 당해 내국법인의 주식 또는 출자지분과 공익법인등이 이 법 시행 전부터 보유하고 있는 당해 내국법인의 주식 또는 출자지분은 이를 포함하여 계산한다.

부칙

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제3조(공익법인등의 주식등의 출연・취득에 관한 적용례) 제13조 제3항·제5항 및 제7항 제2호, 제37조 제6항 및 제7항, 제40조 및 제42조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다.

※ 그 외 상증세법 및 상증세법 시행령 개정 내용 비교

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 현황 및 조사청의 조사결과는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 1990.12.13. 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 장학 및 문화사업을 목적으로 설립된 공익법인으로서 1993.6.18. A(주)의 총발행주식의 12.5%인 의결권이 있는 쟁점주식 OOO주를 청구법인의 이사장의 부 B으로부터 출연받은 후 2022.12.31. 현재까지 쟁점주식을 보유하고 있다.

(나) 청구법인의 2021.12.31. 기준 재무상태표상 수익용 출연재산가액은 단기금융상품 OOO원 및 A㈜의 쟁점주식 가액은 OOO원인 것으로 나타난다.

(다) 조사청은 청구법인의 2021.12.31. 현재 재무상태표상 수익용 출연재산가액은 단기금융상품 OOO원 및 쟁점주식 OOO원이고, 상증세법