조심-2025-중-4184 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 처분청은 두 차례 * 에 걸쳐 청구법인의 부가가치세 세목별 조사를 실시하였고, 조사 당시 청구법인은 매출처 a㈜와 b㈜(두 매출처를 합하여 이하 “쟁점매출처”라 한다)와의 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)가 정상거래임을 주장하였으며, 처분청 또한 가공거래 혐의가 확인되지 않아 쟁점거래를 정상거래로 판단하였다.

* (1차) 2020년 제1기∼2021년 제2기, 2022.10.6. 조사종결

(2차) 2019년 제1기∼제2기, 2022년 제1기, 2024.5.14. 조사종결

나. 이후 청구법인은 2024.12.18. 쟁점거래는 조사 당시 정상거래로 인정받았으나 실제 용역의 제공없이 세금계산서만 발행된 가공매출이었으므로, 2024.12.18. 처분청에 2019년 제1기〜2022년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정청구 하였으나, 처분청은 2025.2.21. 「국세기본법」 제45조의2 제1항 및 제3항에 따라, 2019년 제1기 부가가치세 경정청구에 대해서는 청구기한 도과하였다는 이유로 각하하였고, 2019년 제2기∼2022년 제1기 부가가치세 경정청구에 대해서는 청구법인이 제출한 자료만으로는 가공거래로 보기 어렵다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.30. 이의신청을 거쳐 2025.9.29. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점거래가 가공거래라는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인의 사업 현황은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 청구법인 사업 현황

(나) 쟁점매출처의 사업 현황은 아래 <표2>과 같다.

<표2> 쟁점매출처 사업 현황

(다) 청구법인의 대표이사는 처분청의 1⋅2차 부가가치세 세무조사 문답서 작성 당시 쟁점거래를 정상거래라고 소명하면서 가 증빙으로 쟁점매출처 대표이사가 작성한 “거래사실 확인서”와 “마케팅 용역 위탁 계약서”를 제출하였고, 해당 계약서에 따른 마케팅 수수료 정산 내역 및 금융거래 정리 내역, 자금거래내역을 정리하여 제출한 사실이 확인된다.

(라) 처분청은 청구법인에 대한 1⋅2차 부가가치세 세목별 세무조사 결과, 아래 <표3>과 같이 경정하였다.

<표3> 청구법인 부가가치세 신고내역 및 가공거래 결정 내역

(단위 : 백만원)

(마) 청구법인에 대한 1⋅2차 부가가치세 세목별 세무조사 결과,

가공거래로 확정된 거래처별 매입세금계산서 내역은 아래 <표4>와 같고,

<표4> 청구법인 매입세금계산서 가공거래 내역

(단위 : 백만원)

가공거래로 확정된 거래처별 매출세금계산서 내역은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 청구법인의 매출세금계산서 가공거래 내역

(단위 : 백만원)

(바) 처분청은 청구법인과 청구법인의 대표이사를 「조세범 처벌법」위반 혐의로 고발하였다.

(사) 청구법인은 2024.12.18. 쟁점거래가 실제로는 가공매출이었다고 주장하면서 아래 <표6>과 같이 경정청구하였다.

<표6> 청구법인 부가가치세 경정청구 내용

(단위 : 원)

(아) 처분청이 제출한 이 건 경정청구 검토조사서에 따르면 청구법인은 쟁점거래에 대한 자금이 쟁점매출처에서 청구법인 또는 청구법인 대표이사에게 유입된 후 거래처(d, e)를 경유하여, 다시 쟁점매출처로 반환되는 방식의 순환거래를 하였다고 주장하였으나, 처분청이 정리한 쟁점거래에 대한 자금흐름을 보면, 거래처(d, e)에서 청구법인의 대표이사에게 계좌이체되거나 현금으로 출금된 사실만 확인될 뿐 쟁점매출처에 입금된 사실은 확인되지 않는 것으로 확인된다.

(2) 청구법인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인은 쟁점거래가 실제 제공한 용역 없이 세금계산서를 발행한 것이라는 주장으로, 쟁점매출처 대표이사가 청구법인 대표이사에게 보낸 메일들을 제출하였고, 해당 메일에서는 쟁점매출처 대표이사가 청구법인 대표이사에게 세금계산서 발행을 요청하면서 발행시기 및 대금 입금일을 지정한 사실이 확인된다.

(나) 청구법인은 OOO대화내용을 제출하면서 쟁점거래 관련 자금 귀속에 대한 증빙이라고 주장하였고, 대화 내용을 살펴보면 e이 g, h, i, j, k, l 등에게 대금을 계좌이체하였다는 내용이 확인되는데, 청구법인은 g는 가공매출 확정된 청구법인의 매출처인 주식회사 m의 대표이고, h은 g의 배우자이며, k, l은 현금인출을 위해 모집하였고, i와 j는 청구법인의 해외 페이퍼컴퍼니라고 소명하였다.

(다) 청구법인은 쟁점거래가 실제 용역의 제공 없이 매출세금계산서만 발행한 가공거래라고 주장하면서, 2019사업연도는 청구법인이 쟁점매출처로부터 대금을 받아 청구법인의 다른 가공매입처인 주식회사 d의 대표이사인 e의 계좌로 송금하였고, e이 k 계좌로 송금하였으며, 2020년 이후에는 쟁점매출처로부터 청구법인이 대금을 받아 e에게 송금한 후 e이 청구법인의 대표자, i, j 계좌로 송금하였다고 주장하면서 관련 근거로 계좌이체 내역을 제출하였고, 대표이사 개인계좌, 청구법인의 해외 페이퍼컴퍼니(i)계좌OOO통장사본을 제출하였으나, 상기 계좌에서 쟁점매출처 또는 쟁점매출처 대표이사에게 대금이 지급되었는지는 확인되지 않는다.

(라) 청구법인은 처분청 2차 조사기간(2024.2.20.〜2024.5.15.) 중 쟁점거래가 가공거래라는 이유 등으로 2024.3.31. 2020년 제1기〜2021년 제2기까지에 대해 부가가치세 경정청구하였다가, 2024.5.13. 취하한 사실이 있다.

(마) 청구법인은 쟁점매출처 대표이사와의 대화 녹취록을 제출하였고, 해당 녹취록에서는 쟁점매출처 대표이사와 청구법인 대표이사가 청구법인에게 부과된 세금에 대해 논의를 하는 내용이 확인된다.

(바) 청구법인은 쟁점거래를 정상거래로 소명한 대가로, 2차 세무조사 결과 청구법인이 납부해야할 세액(약 OOO원)을 쟁점매출처가 청구법인의 대표이사에게 급여명목으로 OOO원 상당으로 지급하였다는 주장을 하였고, 실제 쟁점매출처는 2024.5.22.〜2025.3.31.의 기간동안 총 급여액 OOO원을 지급한 실이 확인된다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 청구법인의 이 건 심판청구가 각하대상인지에 대하여 살피건대, 처분청은 부가가치세 세무조사 내용에 대한 심판청구이므로 「국세기본법」 제45조의2 제1항 단서에 따라 처분일부터 3개월이내에 경정청구를 하여야 함에도 3개월을 경과하여 경정청구를 하였으므로 각하대상이라는 의견이나,

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

청구법인은 2019년 제1기〜2022년 제1기 부가가치세에 대한 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 것으로 나타나는 점, 2019년 제2기〜2022년 제1기 부가가치세는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 있는 점 등에 비추어, 2019년 제2기〜2022년 제1기 부가가치세는 경정청구 대상에 해당한다 할 것이다.

다만, 2019년 제1기 부가가치세는 법정신고기한인 2019.7.25.부터 5년(2024.7.25.)이 경과한 2024.12.18.에 경정청구를 제기한 것이므로 처분청의 2019년 제1기 부가가치세 경정청구 거부(각하) 통지는 단순한 민원회신에 불과하여 심판청구의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없으므로, 2019년 제1기 부가가치세에 대한 심판청구는 불복의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하는 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점매출처에 대한 쟁점거래가 가공거래인지 여부에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래가 실제 용역을 제공하지 않고 세금계산서만 발행된 가공거래에 해당하므로, 경제적 실질에 따라 관련 부가가치세를 경정하여야 한다고 주장하나,

쟁점거래는 마케팅용역으로서 청구법인이 1⋅2차 세무조사 당시 용역계약서 및 수수료율 산정 근거를 제시하는 등 서비스 업종의 특성상 별도의 매입자료가 필요하지 아니하여 처분청이 정상거래로 인정한 것으로 보이는 점, 청구법인이 제출한 금융증빙에 의하면, 쟁점매출처에서 자금이 유입된 후 기 확정된 가공매입처 또는 청구법인 대표이사에게 자금이 흘러간 것으로 보이는 반면, 해당 자금이 다시 쟁점매출처로 입금된 것은 나타나지 아니한 점, 청구법인이 제출한 녹취록은 부과처분 이후에 작성된 것으로 그 신뢰성을 담보하기 어렵고, 그 내용도 청구법인에게 부과된 세금을 걱정하는 것일 뿐, 명확히 청구법인이 쟁점매출처에 가공매출하였다고 한 것으로 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하거나 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 , 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법률

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을때 에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다 .

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제15조(신의·성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내 (법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다 .

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액 공제액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우 에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액, 세액공제액 또는 환급 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세 표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판 청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2.-3. 생략

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2) 조세범 처벌법

제3조(조세 포탈 등) ① 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급ㆍ공제를 받은 자는 2년 이하의 징역 또는 포탈 세액, 환급ㆍ공제받은 세액(이하 “포탈세액등”이라 한다)의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 3년 이하의 징역 또는 포탈세액등의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 포탈세액등이 3억원 이상이고, 그 포탈세액등이 신고ㆍ납부하여야 할 세액(납세의무자의 신고에 따라 정부가 부과ㆍ징수하는 조세의 경우에는 결정ㆍ고지하여야 할 세액을 말한다)의 100분의 30 이상 인 경우

2. 포탈세액등이 5억원 이상인 경우

② 제1항의 죄를 범한 자에 대해서는 정상(情狀)에 따라 징역형과 벌금 형을 병과할 수 있다.

③ 제1항의 죄를 범한 자가 포탈세액등에 대하여 「국세기본법」 제45조 에 따라 법정신고기한이 지난 후 2년 이내에 수정신고를 하거나 같은 법 제45조의3에 따라 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 기한 후 신고를 하였을 때에는 형을 감경할 수 있다.

④ 제1항의 죄를 상습적으로 범한 자는 형의 2분의 1을 가중한다.

⑤ 제1항에서 규정하는 범칙행위의 기수(旣遂) 시기는 다음의 각 호의 구분에 따른다.

1. 납세의무자의 신고에 의하여 정부가 부과ㆍ징수하는 조세 : 해당 세목의 과세표준을 정부가 결정하거나 조사결정한 후 그 납부기한이 지난 때 . 다만, 납세의무자가 조세를 포탈할 목적으로 세법에 따른 과세 표준을 신고하지 아니함으로써 해당 세목의 과세표준을 정부가 결정하거나 조사결정할 수 없는 경우에는 해당 세목의 과세표준의 신고기한이 지난 때로 한다.

2. 제1호에 해당하지 아니하는 조세 : 그 신고ㆍ납부기한이 지난 때

⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호 에 따른 전사적 기업자원 관리 설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 「부가가치세법」에 따라 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 발급하여야 할 자가 세금계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 행위

2. 생략

3. 「부가가치세법」에 따라 매출처별 세금계산서합계표를 제출하여야 할 자가 매출처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위

4. 생략

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 「부가가치세법」에 따라 세금계산서를 발급받아야 할 자가 통정하여 세금계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 세금계산서를 발급받은 행위

2. 생략

3. 「부가가치세법」에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하여야 할 자가 통정하여 매입처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 제출한 행위

4. 생략

③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 「부가가치세법」에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위

2. 생략

3. 「부가가치세법」에 따른 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 거짓 으로 기재하여 제출한 행위

4. 생략

④ 제3항의 행위를 알선하거나 중개한 자도 제3항과 같은 형에 처한다. 이 경우 세무를 대리하는 세무사ㆍ공인회계사 및 변호사가 제3항의 행위를 알선하거나 중개한 때에는 「세무사법」 제22조 제2항 에도 불구 하고 해당 형의 2분의 1을 가중한다.

⑤ 제3항의 죄를 범한 자에 대해서는 정상(情狀)에 따라 징역형과 벌금 형을 병과할 수 있다.