조심-2025-중-3996 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인은 2015.7.27. 경기도 양평군 OOO에서 주택 및 토지 분양 관련 건설업을 영위하는 OOO을 개업한 개인사업자로, 2019년부터 2022년까지 주식회사 a(이하 “쟁점법인”이라 한다)와 공동개발 계약을 통해 경기도 양평군 OOO일원에 OOO 시행사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 하였다.

나. 청구인은 쟁점사업과 관련하여 주택 및 토지 분양수입 2020년 2기 총 OOO원(과세분 OOO원, 면세분 OOO원), 2021년 2기 총 OOO원(과세분 OOO원, 면세분 OOO원)(이하 “쟁점수입금액”이라 한다.)이 발생하였음에도 쟁점수입금액에 대한 부가가치세 매출 신고를 누락하였다.

다. 처분청은 쟁점수입금액을 OOO 사업장의 부가가치세 과세표준에 포함하여 2025.1.9. 청구인에게 부가가치세 2020년 2기분 OOO원 및 2021년 2기분 OOO원을 각 결정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.31. 이의신청을 거쳐 2025.9.16. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 제출한 종이(수기) 세금계산서에 따른 매입세액을 공제해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청들이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 쟁점법인의 2020년 제2기 및 2021년 제1기 부가가치세 신고 내용은 아래 <표1>과 같은바, 청구인은 수정신고 내용 중 증가된 매출세액 중 일부는 청구인의 매입세액 공제대상이라고 주장한다.

<표1> 쟁점법인의 부가가치세 신고내용

(나) 청구인이 제출한 수기(종이) 세금계산서의 내용은 아래 <표2> 및 <그림>과 같다.

<표2> 수기(종이) 세금계산서 내용

<그림> 청구인이 제출한 수기(종이) 세금계산서 원본 일부

(다) 청구인은 쟁점사업과 관련하여 쟁점법인과의 ‘지주 공동 개발 계약서’를 제출하였고, 그 밖에 쟁점사업에 의해 건설된 OOO의 ‘분양 계약서’ 등을 제출하였으나, 청구인이 제출한 수기(종이) 세금계산서와 관련된 견적서, 거래내역서, 영수증, 금융증빙 등 공사비용에 관련된 자료를 제출하지 아니하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 종이(수기) 세금계산서를 제출하며 매입세액 공제대상이라고 주장하나, 종이(수기) 세금계산서에 따른 매입사실을 입증할 만한 견적서, 금융증빙, 정산서 등의 객관적 지출증빙 자료를 제출하지 아니하여 구체적 공급시기, 공급가액 등 거래의 적법성을 객관적으로 확인할 수 없는 점, 쟁점법인의 당초 부가가치세 신고 내용 및 수정신고 내용에 따르면 청구인이 주장하는 종이(수기) 세금계산서에 대해 쟁점법인이 ‘세금계산서 발급분’ 매출세액으로 적정하게 신고한 사실이 나타나지 않는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인이 제출한 종이(수기) 세금계산서에 따른 매입세액 공제를 하지 아니하고 청구인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법

38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.