조심-2025-중-2984 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 미국법인으로, 컴퓨터, 네트워크 아키텍처(network architectures), 게임 장비, 모바일폰, 프로세서(processors), 반도체 메모리 및 기타 집적회로기능(integrated circuit functionality)에 사용되는 데이터 상호연결(data interconnects) 및 인터페이스를 포함한 반도체 회로 설계(semiconductor circuit designs) 관련 특허를 개발 및 확보하여 이를 대여하는 사업을 영위하고 있다.

나. 청구법인은 2019.5.8. 보유중이던 특허권 359개에 관하여 a 주식회사(이하 “a”라 한다)와 라이선스 계약을 체결하였고, 2019.5.10. 보유중이던 특허권 325개(a와 라이선스 계약 체결한 특허권과 합쳐 “쟁점특허권”이라 한다)에 관하여 b 주식회사(이하 “b”라 한다)와 라이선스 계약을 체결하였으며, 해당 계약기간 동안 b, a 및 그 계열사들에게 대상 특허에 대한 변경·양도가 불가능한 비(非) 배타적인 전 세계적 사용권을 부여하였다.

다. b는 2020년, 2021년, 2022년 및 2023년 16차례에 걸쳐 총 OOO원의 사용료를 청구법인에게 지급하고, 본 계약에 포함된 325개의 특허에 대한 지급 사용료 전액을 청구법인의 국내원천소득으로 보아 사용료 소득에 대한 「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」(이하 “한미조세협약”이라 한다)의 제한세율 15%를 적용하여 법인세 총 OOO원을 원 천징수하여 처분청 AA세무서장에게 신고 및 납부하였다.

라. a는 2021년 OOO원의 사용료를 청구법인에게 지급하면서, 지급 사용료 전액을 청구법인의 국내원천소득으로 보아 사용료 소득에 대한 제한세율 15%를 적용하여 법인세 OOO원을 원천징수하여 처분청 BB세무서장에게 신고 및 납부하였다.

마. 청구법인은 2025.2.7. 처분청에 쟁점특허권 중 다수가 국내에 등록되지 않고 국외에서만 등록된 특허권이므로, 그 사용 대가는 국내원천소득으로 볼 수 없다는 이유로 처분청 AA세무서장에게 원천징수분 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청 BB세무서장에게 2021사업연도 법인세(원천분) OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나 처분청들은 2025.4.21., 2025.4.9. 이를 각 거부하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.5. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

국내 미등록된 특허권 사용대가가 국내원천소득에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청들이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 b 및 a 아래 <표4>∼<표12>과 같이 전세계적으로 반도체 관련 판매법인, 생산법인 및 연구개발법인을 운영하고 있으므로 쟁점특허권 관련 기술은 전세계적으로 사용되고 있다고 보아야 한다고 주장한다.

<표4> 라이선스 계약서 중 일부

<표5> b의 글로벌 거점

<표6> b의 제조법인

<표7> b의 연구개발법인

<표8> a의 판매법인

<표9> a의 생산법인

<표10> a의 연구개발법인

<표11> b의 사업보고서 일부

<표12> a의 사업보고서 일부

(나) 처분청은 특허기술에 관하여 ‘유형물 제조에 관한 핵심기술설계를 한 곳 또는 생산에 관한 주요 의사결정을 한 곳’이 제조･생산과 관련하여 특허기술을 사실상 사용한 곳이라는 의견을 제출하며 아래와 같은 자료를 제출하였다.

<표13> b 개별기업보고서

<그림 삽입을 위한 여백>

<표14> a 개별기업보고서

(다) 기획재정부가 발간한 2008년 및 2019년 간추린 개정세법에 따르면, 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된「법인세법」제93조 제9호 및 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된「법인세법」제93조 제8호의 개정 내용 및 개정이유를 아래 <표15> 및 <표16>과 같이 밝히고 있다.

<표15> 2008년 간추린 개정세법

<표16> 2019년 간추린 개정세법

(라) 쟁점판결의 주요내용은 아래 <표17>와 같고, 이에 대하여 청구법인은 이 건 특허기술이 국내에서 사실상 사용되었는지에 대하여 재조사를 하여야 한다고 주장하고 있고, 처분청은 쟁점계약상 특허기술이 국외에서 사용되었다는 근거나 국·내외 사용분에 대한 구분 등에 대한 입증을 청구법인이 하여야 한다는 의견이다.

<표17> 대법원 2025.9.18. 선고 2021두59908 판결(쟁점판결)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 국내 미등록된 쟁점특허권 관련 기술이 국내에서 사용되었는지 여부를 조사하여 사용된 특허권의 사용료만을 국내원천소득으로 보아야 한다고 주장하나 , a 및 b는 생산에 관한 주요 의사결정이 이루어지는 국내 본점을 거점으로 하여 쟁점계약을 체결하고 쟁점사용료를 국내원천소득으로 보아 원천징수를 이행하였는바, 이는 쟁점계약에 따른 이 건 특허기술이 국내에서 사실상 사용되고 있는 것으로 일응 볼 수 있는 점, a나 b가 국내에서 제품을 제조·판매하는데 있어 국내 미등록 특허권 관련 이 건 특허기술을 사실상 사용하지 않았다면 이에 대한 사용대가를 국내에서 지급할 이유가 없어 보이는 점, 쟁점계약에 따른 이 건 특허기술이 국외에서 사용되었는지 여부, 국내·외를 구분하여 사용한 근거 등에 대해서는 그 입증의 용이성 및 증거 소지 측면에서 청구법인이 입증해야 할 것으로 보이나(조심 2025중2982, 2025.12.30., 같은 뜻임), 청구법인은 이를 뒷받침할 근거자료 등을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 법인세법

제93조(외국법인의 국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

8. 국내원천 사용료소득 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 "권리등"이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 이 경우 제4호에 따른 산업상·상업상·과학상의 기계·설비·장치 등을 임대함으로써 발생하는 소득을 조세조약에서 사용료소득으로 구분하는 경우 그 사용대가를 포함한다.

다. 사용지(使用地)를 기준으로 국내원천소득 해당 여부를 규정하는 조세조약(이하 이 조에서 "사용지 기준 조세조약"이라 한다)에서 사용료의 정의에 포함되는 그 밖에 이와 유사한 재산 또는 권리[특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 그 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 조에서 "특허권등"이라 한다)가 국내에서 등록되지 아니하였으나 그에 포함된 제조방법·기술·정보 등이 국내에서의 제조·생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 것을 말한다]

(2) 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약

제2조(일반적 정의) (2) 이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는, 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다. 상기 규정에 불구하고 일방 체약국의 법에 따른 그러한 용어의 의미가 타방 체약국의 법에 따른 용어의 의미와 상이하거나, 또는 그러한 용어의 의미가 어느 한 체약국의 법에 따라 용이하게 결정될 수 없는 경우에, 양 체약국의 권한있는 당국은 이중과세를 방지하거나 또는 이 협약의 기타의 목적을 촉진하기 위하여 이 협약의 목적상 동 용어의 공통적 의미를 확정할 수 있다.

제6조(소득의 원천) 이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.

(3) 제14조(사용료) (4)항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조(5)항에 규정된 것이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.

제14조(사용료) (4) 본 조에서 사용되는 "사용료"라 함은 다음의 것을 의미한다.

(a) 문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권·특허·의장·신안·도면·비밀공정 또는 비밀공식·상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리·지식·경험·기능(기술)·선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금