조심-2025-중-2849 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구 외 주식회사 A(이하 “체납법인”이라 한다)은 2008.11.11. 알루미늄 도매업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2021.9.25. 폐업하였고, 청구인은 체납법인의 발행주식 75,000주(1주당 금액 OOO원)를 보유한 주주로, 체납법인의 감사로 등재되었던 자이다.

나. 처분청은 체납법인이 납부하지 아니한 2018년 제2기 부가가치세 OOO원 등 합계 OOO원(아래 <표1> 기재)의 납세의무 성립일 현재 체납법인의 주식총액의 53.75%를 보유한 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 「국세기본법」 제39조 에 따른 제2차 납세의무자로 지정하고, 2024.4.24. 청구인에게 체납세액 합계 OOO원(아래 <표1> 기재, 이하 “쟁점체납세액”이라 한다)을 납부고지하였다.

<표1> 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 내역

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다. 청구인은 이에 불복하여 2024.6.21. 이의신청을 거쳐 2024.12.3. 심판청구(이하 “종전 심판청구”라 한다)를 제기하였고, 이에 대하여 우리 원은 2025.4.17. 체납법인의 유상증자 당시 자본금을 납입한 주체, 체납법인 계좌 출금액의 귀속자 등을 재조사하여 그 결과에 따라 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 처분을 경정하도록 재조사 결정(조심 2025중203, 2025.4.17.)을 하였다.

라. 이에 처분청은 당초 처분에 대한 재조사를 실시한 결과, A이 체납법인의 유상증자대금을 납입하지 아니하였고, 체납법인의 주식등변동상황명세서에 따라 청구인이 체납법인의 과점주주(53.75%)에 해당한다고 보아 2025.5.27. 청구인에게 당초 처분을 유지하는 취지의 재조사 결과를 통지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.25. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 우리 원 재조사 결정내용과 달리 형식적 조사에 근거하여 당초 처분을 그대로 유지하는 취지의 재조사 결과통지가 부당하다는 청구주장의 당부

② 약식명령으로 정상 거래로 확인되었음에도 가공세금계산서로 보아 체납세액을 산정한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

가. 합자회사의 유한책임사원

나. 유한책임회사의 사원

다. 유한회사의 사원

제55조(불복) ② 이 법 또는 세법에 따른 처분에 의하여 권리나 이익을 침해당하게 될 이해관계인으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 위법 또는 부당한 처분을 받은 자의 처분에 대하여 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 그 밖에 필요한 처분을 청구할 수 있다.

1. 제2차 납세의무자로서 납부고지서를 받은 자

⑤ 이 장의 규정에 따른 심사청구 또는 심판청구에 대한 처분에 대해서는 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 제기할 수 없다. 다만, 제65조 제1항 제3호 단서(제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)의 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에 대해서는 해당 재조사 결정을 한 재결청에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 제기할 수 있다.

⑨ 동일한 처분에 대해서는 심사청구와 심판청구를 중복하여 제기할 수 없다.

제65조(결정) ⑤ 제1항 제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다. 이 경우 처분청은 제81조의7 및 제81조의8에 따라 조사를 연기하거나 조사기간을 연장하거나 조사를 중지할 수 있다.

⑥ 제1항 제3호 단서 및 제5항에서 규정한 사항 외에 재조사 결정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제80조(결정의 효력) ① 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다.

② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.

(2) 국세징수법

제7조(제2차 납세의무자 등에 대한 납부고지) ① 관할 세무서장은 납세자의 체납액을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서 “제2차 납세의무자등”이라 한다)로부터 징수하는 경우 징수하려는 체납액의 과세기간, 세목, 세액, 산출 근거, 납부하여야 할 기한(납부고지를 하는 날부터 30일 이내의 범위로 정한다), 납부장소, 제2차 납세의무자등으로부터 징수할 금액, 그 산출 근거, 그 밖에 필요한 사항을 적은 납부고지서를 제2차 납세의무자등에게 발급하여야 한다.

1. 제2차 납세의무자

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인이 우리 원에 제기한 종전 심판청구에 대한 결정(조심 2025중203, 2025.4.17.)에 따르면, 우리 원은 “2015년경 체납법인의 유상증자 당시 자본금을 납입한 주체, 2016년 이후 청구인이 위 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하였는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 처분을 경정”하라고 결정하였다.

<조심 2025중203, 2025.4.17. 결정문 중 일부>

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(나) 처분청은 재조사를 실시한 후, 체납법인의 유상증자대금을 납입한 주체는 A이 아닌 체납법인의 대표이사 D로 확인되고, 이 외 주주 간 지분변동이 발생하지 아니하여 청구인이 체납법인의 지분 53.57%를 보유한 과점주주에 해당한다고 보아 2025.5.27. 청구인에게 당초 처분을 유지하는 내용으로 심판청구 재조사결정에 따른 처리결과통지를 하였다.

1) 재조사 검토보고서를 살펴보면, 처분청은 체납법인의 법인계좌에 대한 금융거래내역을 조회한 후, 2015.11.16. D의 계좌에서 체납법인의 증자대금으로 OOO원이 입금되었고, 폐업시까지 A이 체납법인 계좌로 입출금한 이력은 조회되지 아니하며, 체납법인의 출금액은 체납법인의 매입비, 운영비 등으로 사용되었음을 확인한 것으로 나타난다.

<체납법인의 유상증자 대금 납입 관련 금융거래내역(2015.11.16.)>

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<재조사검토보고서 중 일부>

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2) 증권거래세 신고서, 주식양수도계약서 등에 따르면, D는 2015.11.16. 취득한 체납법인의 발행주식 40,000주를 2016.7.14. G과 A에게 각 20,000주씩 양도한 것으로 나타나고, 이 외 지분변동에 대한 내역은 기재되어 있지 아니하며, 이는 체납법인이 제출한 2016사업연도 주식등변동상황명세서상 주주현황과 일치한 것으로 나타난다.

3) 체납법인에 대한 법인세 및 부가가치세 세무조사 종결보고서에 따르면, 처분청은 2018.7.1.부터 2018.12.31.까지 세금계산서 수수 위반혐의로 체납법인에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 후, 이 건 약식명령문에서 가공세금계산서로 본 금액[ 체납법인이 ㈜B로부터 수수한 매출세금계산서 OOO원 중 OOO원]을 기준으로 쟁점체납세액을 산정한 것으로 나타난다.

<조사종결보고서 중 일부>

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4) 이 건 약식명령문은 ㈜B(대표자 A)에 대한 부가가치세 세무조사시 적발된 가공세금계산서 수수혐의에 관한 건으로, 이에 따르면 ① 체납법인이 ㈜B에 OOO원 상당의 자재를 납품한 후 공급가액 OOO원의 세금계산서를, ② ㈜B는 OOO에 OOO원 상당의 수력발전기 등을 납품한 후 OOO원의 세금계산서를 발급한 것으로 기재되어 있으며, ③ OOO와 체납법인 간 거래에 대하여는 별도로 언급된 바 없다.

<이 건 약식명령문 중 일부>

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(다) 체납법인의 체납발생내역 및 고지사유는 아래 <표4>와 같다.

<표4> 체납법인의 체납세액 및 고지사유

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(라) 체납법인의 주식등변동상황명세서를 살펴보면, 체납법인의 주주현황은 아래 <표5>와 같고, 청구인은 2015년부터 2021년까지 체납법인의 지분 53.57%를 보유한 것으로 나타난다.

<표5> 체납법인의 주식등변동상황명세서상 주주현황

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(마) 청구인이 종전 심판청구시 제출한 체납법인의 주주명부에 따르면, 2019.7.10. 현재 청구인이 보유한 체납법인의 주식은 35,000주, 지분율은 25%로 기재되어 있다.

<체납법인의 주주명부(2019.7.10.)>

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(바) 청구인이 종전 심판청구시 제출한 C의 사실확인서 등에 따르면, 체납법인의 실질적 사업주는 A이고, A이 체납법인의 유상증자대금을 납입함에 따라 청구인 등의 지분을 25%로 조정하기로 협의하였다는 취지의 내용이 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 우리 원의 당초 처분에 대한 재조사 결정에도 이를 제대로 이행하지 않고 종전 처분을 그대로 유지한 것은 부당하다고 주장하나,

재조사 결정은 재결청이 처분청에게 결정서의 주문과 이유에 명시된 재조사 기준에 따라 재조사하여 처분을 하라고 명하는 것이기 때문에 그 범위 내에서 기속력이 생기는 것이고, 처분청은 재조사 결정의 기준에 따라 재조사를 해야 할 법적의무를 부담하는 것이므로 처분청이 재조사 취지에 따라 충실하게 재조사를 한 후 당초 처분을 유지하게 된 경우까지 일부 자료를 조사하지 않았다는 이유로 재조사 결정의 기속력에 반하는 것으로 볼 수 없는 바(조심 2017전3425, 2017.11.16., 같은 뜻임),

종전 심판청구에 대한 재조사 결정(조심 2025중203, 2025.4.17.)은 청구인이 제시한 주주명부(2019.7.10.자)와 체납법인의 주식등변동상황명세서상 주주현황이 일치하지 아니하나 체납법인의 실제 과점주주를 확인하기 위한 조사가 실시되지 아니한 점 등을 고려하여 체납법인의 유상증자 당시 자본금을 납입한 주체, 2016년 이후 청구인이 위 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하였는지 여부 등에 대해 재조사하라는 취지로, 이 건 재조사 결정의 핵심내용은 유상증자 대금 납입에 따른 체납법인의 과점주주 변동 여부에 관한 것이고,

처분청은 체납법인의 금융거래내역, 유상증자대금 납입 주체, 주주간 지분거래에 대한 증권거래세 신고 이력 및 주식양수도계약서, 청구인과 체납법인의 실경영자인 A 간의 경제적 이해관계 등을 조사하고, 쟁점체납세액의 납세의무성립일 당시 체납법인의 주주현황이 주식등변동상황명세서와 일치하는 것으로 확인하여 재조사 결정 취지에 부합하는 적법한 조사를 실시한 것으로 나타나는 점,

종전 심판청구에 대한 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 판단 내용은 청구인이 체납법인의 과점주주가 아님을 전제로 하는 것은 아니고, 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 할 것(OOO)으로, 청구인은 체납법인의 주주현황을 달리 볼 만한 주주간 합의서, 주주간 지분변동에 따른 대가 수수내역 등에 관한 구체적이고 객관적인 증빙을 제출하지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 약식명령으로 가공세금계산서가 아닌 것으로 결정된 내역과 달리 쟁점체납세액이 산정되어 부당하다고 주장하나, 처분청은 체납법인이 ㈜B로부터 수수한 매출세금계산서 중 이 건 약식명령으로 실제 재화의 이동이 있었다고 인정된 부분을 제외한 후 가공세금계산서를 확정하여 쟁점체납세액을 산정한 것으로 나타나는 반면, 청구인은 쟁점체납세액의 산정이 부당하다고 주장하면서도 이와 달리 볼 만한 객관적인 증빙을 제출하지 아니한 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.