조심-2025-중-1340 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 경기도 OO 시 OOO 외 67채 다가구주택 및 아파트(68호실의 용도는 사원용 주택으로, 이하 “이 건 사원용 주택”이라 한다)를 보유하고 있고, 사원용 주택에 대하여 2021~2024년 귀속 종합부동산세 합산배제를 적용받았다.

나. 처분청은 2024년 8월경 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 종합점검계획에 따라 2024.9.12. 청구법인의 사원용 주택 사용 여부에 대한 해명안내를 하였고, 청구법인은 소명자료(입주자 인적사항, 차량등록현황, 주민등록등본 등)를 제출하였는바, 처분청은 그 자료를 검토한 결과, 2021~2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 사원용 주택(68호실) 중 「종합부동산세법」(이하 “종부세법”이라 한다) 제8조 제2항의 ‘종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택’인지에 대한 객관적인 입증이 미흡하거나 공실 상태로 확인된 아래 <표1>의 과세대상 물건(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 합산배제대상이 아니라고 보아 2024.12.5., 2024.12.6. 청구법인에게 아래 <표2>와 같이 2021~2024년 귀속 종합부동산세 등 합계 OOO원을 각 경정‧고지하였다.

<표1> 2021~2024년 귀속 종합부동산세 과세대상 물건

<표2> 2021~2024년 귀속 종합부동산세 과세내역

(단위 : 원)

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.21. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 2024년 귀속 종합부동산세는 납세고지서상 과세대상물건의 일부 명세를 기재 누락한 절차적 하자로서 위법한 것으로 볼 수 있는지 여부

② 쟁점주택을 종합부동산세 합산배제 적용대상이 되는 사원용 주택으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등 : <별지2> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①과 관련하여, 청구법인과 처분청이 각 제출한 심리자료에서 확인되는 내용은 다음과 같다.

(가) 2024년 귀속 종합부동산세 납부고지서에는 ‘과세대상 물건’란 마지막 칸에 ‘경기도 OO시 OOO 외 2건’으로 표시되어 있다.

한편 2021~2023년 귀속 종합부동산세 납부고지서는 전체 과세대상물건의 소재지가 전부 기재되어 있다.

(나) 처분청은 2024년 납부고지서에는 「국제징수법 시행규칙」 제3조 및 별지 제3호 서식에 따라 과세대상물건의 기재란 부족으로 ‘경기도 OO 시 OOO 외 2건’로 기재하였다는 의견이고, 청구법인은 납세고지서상 과세대상물건의 필수적 기재사항을 누락한 절차상 하자가 있다는 주장이다.

(2) 쟁점②와 관련하여, 처분청이 제출한 심리자료에서 확인되는 내용은 다음과 같다.

(가) 처분청은 2024.9.1. 청구법인에게 쟁점주택에 대한 합산배제 사원용 주택에 해당하는지에 대하여 해명자료 제출을 요청하였다.

(나) 청구법인은 4차례에 걸쳐 소명자료를 제출하였고, 2024.11.1. 최종적으로 소명자료를 제출하였다.

처분청 의견에 따르면, 청구법인은 1차 소명자료를 제출하였다가 두 차례에 걸쳐 실제 입주자를 번복했고, 2021년 합산배제 신고서상 ‘경기도 OO시 OOO’의 입주자는 박○태로 신고했으나, 2차 소명자료에서는 ‘최○선, 성○경’으로 소명하여 일관성이 없었다.

또한 처분청이 정리한 소명내용(정리본)과 같이 실제 입주자의 인적사항을 기재하여 제출했지만, 호실 대부분 입주자의 인적사항만 제출했을 뿐, ‘관 리비 입금자, 차량 등록자, 주민등록등본 등’ 최소한의 입주사실에 대한 증빙자료를 제출하지 아니하였다는 의견이다.

(다) 처분청은 청구법인의 해명자료를 검토한 결과, 아래 <표3>과 같이 이 건 사원용 주택(68호실)에 대한 공실 여부를 확인하여, 2021~2024년 귀속 종합부동산세 각 과세기준일(6.1.) 현재 공실상태를 기준으로 아래 <표4>의 과세대상물건인 쟁점주택에 대하여 2024.12.5.‧2024.12.6. 청구법인에게 이 건 종합부동산세를 과세하였다.

<표3> 각 호수별 공실(과세대상물건) 내역

<표4> 2021~2024년 귀속 종합부동산세 과세대상 물건(쟁점주택)

(라) 2025.2.28. 대통령령 제35352호로 일부 개정된 종부세법 시행령 제4조 제2항과 부칙 제4조의 내용은 다음과 같다.

(마) 위 개정과 관련하여 처분청이 제출한 ‘조문별 제‧개정 이유서’ 내용은 다음과 같다.

(3) 쟁점②와 관련하여, 청구법인이 제출한 심리자료에서 확인되는 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 아래 <표5>과 같이 쟁점주택의 취득 및 공실기간을 작성‧제출하며, 보유기간 대부분을 사원용 주택으로 사용하였음에도 1〜4년 공실을 이유로 종합부동산세 합산배제하는 것은 부당하다고 주장한다.

<표5> 쟁점주택 취득일 및 공실기간

(나) 청구법인은 처분청이 쟁점주택 중 다가구주택의 전체 호실 중 공실로 본 일부 호실을 전체 개별주택가격을 공시가격‧면적으로 안분하여 공시가격을 산정한 것은 위법하다고 주장한다.

(다) 청구법인은 쟁점주택 중 ‘경기도 OO시 OOO’에 대한 사외기숙사 현장 점검내용을 제출하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 2024년 귀속 종합부동산세 납세고지서는 과세대상물건에 “경기도 OO 시 OOO 외 2건”으로 기재되어 있어 ‘2건’에 대한 과세대상물건의 필수적 기재사항을 누락한 위법함이 있다고 주장하나,

해당 고지서는 「국세징수법 시행규칙」 제3조 및 별지 제3호 서식에 따라 기재된 것으로서 그 기재사항을 보면, ‘세목, 귀속연도, 과세표준, 세율, 세액 등 세액산출근거, 과세대상물건, 납부기한과 납부장소 등’이 기재되어 있고, 비록 ‘과세대상물건’ 란에 일부 기재하지 못한 과세대상물건을 ‘외 2건’으로 기재하였다고 하더라도 과세대상물건에 대한 공시지가 등의 정보는 관할 지방자치단체의 장을 통해 신청에 의하여 공개․열람이 가능한 자료일 뿐만 아니라, 국세청이 보도자료(2019.11.29.)를 통해 “종합부동산세 납부고지서에는 대략적인 세액산출 근거와 과세대상이 되는 부동산 물건 수 및 대표물건 소재지만 기재되어 있으나, 고지서를 받은 납세자가 상세한 과세물건 내역 및 세액을 홈택스를 통해 확인할 수 있도록 조회서비스를 제공하고 있다”고 밝힌 사실로 보아 청구법인은 이러한 방법을 통해 과세대상물건 등을 파악할 수 있었을 것으로 보이는 점, 납세자가 사전에 조금만 노력을 기울인다면 과세대상물건의 내역 등을 알 수 있는 방법이 있는 점 등에 비추어, 납부고 지서상 과세대상물건 중 일부 소재지가 구체적으로 기재되지 아니하였다 하여 이 건 부과처분에 중대한 절차적 하자가 있다고 보기는 어렵다.

또한, 사후에 파악한 정보들로 인하여 이 건 부과처분의 위법성이 치유되지 아니한다는 청구주장 역시 받아들이기 어렵다.

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

종부세법 제18조 제12항 제2호에서 “종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택으로서 대통령령이 정하는 주택”은 합산대상주택의 범위에서 제외하며, 같은 영 제4조 제1항 제1호에서 “종업원에게 무상이나 저가로 제공하는 사용자 소유의 주택으로서 국민주택규모 이하이거나 과세기준일 현재 공시가격이 OOO원 이하인 주택”으로 규정하면서, 2025.2.28. 대통령령 제35352호로 신설된 종부세법 시행령 제4조 제2항에서 “해당 연도 중 종업원에게 제공하는 기간이 9개월 이상인 경우로서 종업원에게 제공하지 않는 기간에 다른 용도로 사용하지 않는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 종업원에게 계속하여 제공하는 것으로 본다.”고 규정하고 있는바,

2025.2.28. 개정 전에는 사원용 주택의 ‘공실’ 상황 판단과 관련하여 별도 규정을 두고 있지 아니하였으므로 ‘일시적 공실’인지 여부는 매 과세연도의 과세기준일을 기준으로 할 뿐만 아니라 사원용 주택으로 제공된 전체기간을 기준으로 해석될 여지가 있었던 것으로 보이는 점, 2025.2.28. 종부세법 시행령 개정 전 종합부동산세 납세의무 성립시점에 사원용 주택의 ‘일시적 공실’ 상태 여부는 종업원의 퇴직‧이사 등으로 수시로 전출 입이 이루어질 수 있는 사정 등을 감안하여 법인의 전체 보유기간, 종업원의 주거 수요 및 선호 등에 따른 목적 외 용도 (종업원 외의 자에게 임대, 부동산 투자 등)의 사용 여부, 구체적인 공실 이유 및 부득이한 사정 등을 종합적으로 고려하여 판단하는 것이 타당하다고 보이는 점,

청구법인은 이 건 사원용 주택 68개 호실을 1990년경부터 30여 년간 보유(재건축된 아파트의 경우 이전 보유기간 포함)하며 종업원의 주거공간으로 제공하였고, 쟁점주택의 경우 시간에 따른 건물의 노후화 및 직원의 다가구주택에 대한 선호도 감소 등으로 2021~ 2024년 기간 일시적으로 공실 상태였던 것으로 보이는 점, 청구법인은 공실 상태로 있었던 기간 동안 쟁점주택을 종업원이 아닌 자에게 임대하거나 사무실 등 다른 용도로 사용하지 아니한 것으로 보이는 점, 쟁점주택은 대부분이 구분 등기되지 아니한 다가구주택의 일부 호실로서 단독 매매는 어려워 보이고, 그 지역 일대에 2021~ 2024년 기간 동안 재건축‧재개발 호재 등과 같은 부동산 투자 목적의 보유로 볼만한 상황도 확인되지 아니하며, 청구법인이 노후화된 사원용 주택을 리모델링하여 개선할 계획이 있다고 진술하고 있는 점 등으로 미루어 볼 때 쟁점 주택은 오랜기간 사원용 주택으로 사용하던 중 부득이하게 일시적으로 공실 상태였던 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점주택을 사원용 주택으로 사용한 것으로 보아 종합부동산세 합산배제 대상으로 보는 것이 타당하다 하겠다.

(다) 따라서 처분청이 쟁점주택을 종합부동산세 합산대상으로 보아 청구법인에게 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본 법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 2021~2024년 귀속 종합부동산세 과세내역

(단위 : 원)

<별지2> 관련 법령 등

(1) 국세기본법(2025.3.14. 법률 제20774호로 일부 개정되기 전의 것)

제21조(납세의무의 성립시기) ① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다.

② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

9. 농어촌특별세 : 「농어촌특별세법」 제2조제2항 에 따른 본세의 납세의무가 성립하는 때

10. 종합부동산세 : 과세기준일

제22조(납세의무의 확정) ① 국세는 이 법 및 세법에서 정하는 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

② 다음 각 호의 국세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때에 확정된다. 다만, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정된다.

9. 종합부동산세(납세의무자가 「종합부동산세법」 제16조 제3항 에 따라 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 경우에 한정한다)

③ 제2항 각 호 외의 국세는 해당 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때에 확정된다.

(2) 국세징수법(2024.12.31. 법률 제20615호로 타법 개정되기 전의 것) 제 6조(납세자에 대한 납부고지 등) ① 관할 세무서장은 납세자로부터 국세를 징수하려는 경우 국세의 과세기간, 세목, 세액, 산출 근거, 납부하여야 할 기한(납부고지를 하는 날부터 30일 이내의 범위로 정한다) 및 납부장소를 적은 납부고지서를 납세자에게 발급하여야 한다. 다만, 「국세기본법」 제47조의4 에 따른 납부지연가산세 및 같은 법 제47조의5에 따른 원천징수 등 납부지연가산세 중 지정납부기한이 지난 후의 가산세를 징수하는 경우에는 납부고지서를 발급하지 아니할 수 있다.

(3) 종합부동산세법(2025.3.14. 법률 제20779호로 일부 개정되기 전의 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

9. “공시가격”이라 함은 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 가격이 공시되는 주택 및 토지에 대하여 같은 법에 따라 공시된 가액을 말한다. 다만, 같은 법에 따라 가격이 공시되지 아니한 경우에는 「지방세법」 제4조 제1항 단서 및 같은 조 제2항에 따른 가액으로 한다.

제3조(과세기준일) 종합부동산세의 과세기준일은 「지방세법」 제114조 에 따른 재산세의 과세기준일로 한다.

제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

1. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다) : 12억원

2. 제9조 제2항 제3호 각 목의 세율이 적용되는 법인 또는 법인으로 보는 단체 : 0원

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 자 : 9억원

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

2. 제1호의 주택 외에 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택, 주택건설사업자가 건축하여 소유하고 있는 미분양주택, 가정어린이집용 주택, 「수도권정비계획법」 제2조제1호 에 따른 수도권 외 지역에 소재하는 1주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령으로 정하는 주택. 이 경우 수도권 외 지역에 소재하는 1주택의 경우에는 2009년 1월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간 중 납세의무가 성립하는 분에 한정한다.

③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.

⑤ 제4항 제2호부터 제4호까지의 규정을 적용받으려는 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할세무서장에게 신청하여야 한다. <신설 2022.9.15.>

제16조(부과ㆍ징수 등) ① 관할세무서장은 납부하여야 할 종합부동산세의 세액을 결정하여 해당 연도 12월 1일부터 12월 15일(이하 “납부기간”이라 한다)까지 부과ㆍ징수한다.

② 관할세무서장은 종합부동산세를 징수하려면 납부고지서에 주택 및 토지로 구분한 과세표준과 세액을 기재하여 납부기간 개시 5일 전까지 발급하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 종합부동산세를 신고납부방식으로 납부하고자 하는 납세의무자는 종합부동산세의 과세표준과 세액을 해당 연도 12월 1일부터 12월 15일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 제1항의 규정에 따른 결정은 없었던 것으로 본다.

④ 제3항의 규정에 따라 신고한 납세의무자는 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할세무서장ㆍ한국은행 또는 체신관서에 종합부동산세를 납부하여야 한다.

⑤ 제1항 및 제2항의 규정에 따른 종합부동산세의 부과절차 및 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 종합부동산세법 시행령

(가) 2025.2.28. 대통령령 제35352호로 일부 개정되기 전의 것

제3조(합산배제 임대주택) ⑥ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 다가구주택은 「지방세법 시행령」 제112조 에 따른 1구를 1호의 주택으로 본다.

제4조(합산배제 사원용주택등) ① 법 제8조 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 다음 각 호의 주택(이하 “합산배제 사원용주택등”이라 한다)을 말한다.

1. 종업원에게 무상이나 저가로 제공하는 사용자 소유의 주택으로서 국민주택규모 이하이거나 과세기준일 현재 공시가격이 6억원 이하인 주택. 다만, 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 종업원에게 제공하는 주택을 제외한다.

가. 사용자가 개인인 경우에는 그 사용자와의 관계에 있어서 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 친족관계에 해당하는 자

나. 사용자가 법인인 경우에는 「국세기본법」 제39조 제2호 에 따른 과점주주

2. 「건축법 시행령」 별표 1 제2호 라목의 기숙사

4. 다음 각 목의 어린이집으로 사용하는 주택으로서 세대원이 「소득세법」 제168조 제5항 에 따른 고유번호를 부여받은 후 과세기준일 현재 5년(각 목의 어린이집을 상호 전환하여 운영하는 경우에는 전환하기 전의 운영기간을 포함하며, 이하 “의무운영기간”이라 한다) 이상 계속하여 어린이집으로 운영하는 주택(이하 “어린이집용 주택”이라 한다) (각 목 생략)

③ 다음 각 호에 해당하는 경우에는 계속하여 어린이집을 운영하는 것으로 본다. <신설 2005.12.31., 2011.12.8., 2022.2.15.>

1. 어린이집용 주택에서 이사하여 입주한 주택을 3개월 이내에 어린이집으로 운영하는 경우

2. 어린이집용 주택의 소유자 또는 어린이집을 운영하던 세대원의 사망으로 어린이집을 운영하지 않은 기간이 3개월 이내인 경우

④ 법 제8