조심-2025-전-2625 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.8.4. 골프장업 등을 영위할 목적으로 설립되었고, 2020사업연도에 아래 <표1>과 같이 OOO 토지 및 그 지상 건물 외 15필지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하였다.

<표1> 쟁점부동산 내역

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나. 00시장은 청구법인에게 쟁점부동산을‘주택 및 별도합산과세대상토지’로 보아 2021∼ 2022년 귀속 재산세를 부과하였는데, 청구법인은 이에 대한 별도의 세액감면을 신청하지 않았다.

다. 처분청은 00시장으로부터 통보받은 쟁점부동산에 대한 재산세 부과자료에 따라 쟁점부동산을‘주택 및 별도합산과세대상토지’로 분류한 뒤, 청구법인에게 2021.11.19. 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원 을, 2022.11.20. 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원을 각각 결정·고지하였다.

라. 청구법인은 2025.2.10. 처분청에 「지방세특례제한법」 제58조의3 (이하 “쟁점규정”이라 한다) 제1항 제2호를 적용하여 과다납부한 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 을, 2022.11.20. 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 각 환급하여 달라고 아래 <표2>와 같이 경정청구를 하였으나, 처분청은 재산세가 감면된 사실이 없다는 이유로 2025.4.4. 청구법인에게 이를 거부통지하였다.

<표2> 청구법인의 경정청구 세액

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마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.11. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산이 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항 에 따른 재산세 감면 대상이므로 종합부동산세도 경감되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 종합부동산세법

제6조(비과세 등) ① 「지방세특례제한법」 또는 「조세특례제한법」에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 “재산세의 감면규정”이라 한다)은 종합부동산세를 부과하는 경우에 준용한다.

② 「지방세특례제한법」 제4조 에 따른 시ㆍ군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과하는 경우에 준용한다.

③ 제1항 및 제2항에 따라 재산세의 감면규정을 준용하는 경우 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율(비과세 또는 과세면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다.

④ 제1항 및 제2항의 재산세의 감면규정 또는 분리과세규정에 따라 종합부동산세를 경감하는 것이 종합부동산세를 부과하는 취지에 비추어 적합하지 않은 것으로 인정되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 종합부동산세를 부과할 때 제1항 및 제2항 또는 그 분리과세규정을 적용하지 아니한다.

제7조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

(2) 지방세법

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

(3) 지방세특례제한법

제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 2026년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.

2. 창업일 당시 업종의 사업에 과세기준일 현재 직접 사용하는 부동산(건축물 부속토지인 경우에는 대통령령으로 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령으로 정하는 용도지역별 적용배율 이내의 부분만 해당한다)에 대해서는 창업일부터 3년간 재산세를 면제하고, 그 다음 2년간은 재산세의 100분의 50을 경감한다.

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 「부가가치세법」 제5조 제2항 에 따른 사업개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우

5. 그 밖에 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 아래 <표3>과 같이 2017.8.4. 골프장업 등을 영위할 목적으로 OOO에 설립되었고, 대표이사는 A이다.

<표3> 청구법인 사업자등록 내역

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(나) 청구법인은 2020년경 아래 <표4>와 같이 쟁점부동산을 취득하였다.

<표4> 쟁점부동산 취득내역

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(다) 처분청은 청구법인에게 아래 <표5>와 같이 2021.11.19. 2021년 귀속 종합부동산세를, 아래 <표6>과 같이 2022.11.20. 2022년 귀속 종합부동산세를 각 결정·고지하였다.

<표5> 2021년 귀속 종합부동산세

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<표6> 2022년 귀속 종합부동산세

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(라) 청구법인은 2025.2.10. 처분청에 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항 제2호 의 감면을 적용하여 아래 <표7>과 같이 과다납부한 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

<표7> 청구법인의 경정청구 내역

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(마) 처분청은 2025.2.25. 00시장에게 쟁점부동산에 대한 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항 제2호 의 창업중소기업 등에 대한 감면규정을 적용할 수 있는지 의견을 요청하였고, 00시장은 2025.3.17. 처분청에 쟁점부동산에 대하여 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항 제2호 창업중소기업감면 적용이 불가하다고 회신하였다.

(바) 처분청은 2025.4.4. 청구법인에게 ‘00시장이 쟁점부동산을 주택 및 별도합산과세대상 토지로 구분하여 재산세를 부과한 후 경정청구일 현재까지 재산세 감면규정을 적용한 사실이 없다’는 이유로 경정청구를 거부하였다.

(사) 00시장은 쟁점부동산을 주택 및 별도합산과세대상으로 분류한 후, 청구법인에게 2021∼2022년 귀속 재산세를 부과하였는데, 청구법인은 세액감면을 신청하지 않았고, 청구법인은 2018년 12월경 주식회사 B과 관리형토지신탁계약을 체결한 뒤, 신탁등기를 하였고, 2020년 5월 A 주식회사와 담보신탁계약을 체결한 뒤, 신탁등기를 하였다.

(2) 청구법인의 세무대리인은 2026.1.14. 조세심판관 회의에 출석하여, 주식회사 C(이하 “쟁점법인”이라 한다)과 청구법인은 사실상 다른 회사이고, 쟁점법인은 단순히 사업준비만 하였을 뿐, 사업을 개시하지 않았고, 매출도 없었으며, 쟁점법인과 청구법인의 한국표준산업분류상 세분류가 다르므로 같은 회사라고 볼 수 없는 점에 비추어 보면, 쟁점규정의 감면요건 중 ‘폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우가 아닐 것’이라는 요건을 충족하였으므로 청구법인은 쟁점규정의 감면이 적용되어야 한다고 진술하였다. 한편, 처분청 담당공무원은 쟁점법인과 청구법인의 주주 및 임원이 유사하고, 쟁점법인과 청구법인의 등기사항 전부증명서의 목적사업이 골프장 운영업으로 두 법인이 같은 사업을 영위한 것이므로 쟁점규정의 감면요건을 충족하지 못한다는 취지로 진술하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 종합부동산세가 감면되기 위해서는 먼저 재산세가 감면되어야 할 것인데, 재산세 부과처분이 취소되지 않았고, 이를 다투지도 않았으므로 종합부동산세만을 다툴 수 없다는 의견이나, 종합부동산세는 과세기술의 측면에서 재산세에 그 기반을 두고 있을 뿐, 지방세인 재산세의 부가세가 아니라 별개의 독립된 국세의 하나에 해당하고, 부과주체·요건·절차 등도 서로 다르므로, 만약 과세처분에 어떠한 잘못이 있다면 종합부동산세를 재산세와 달리 판단할 수 있는 것인 바, 처분청이 쟁점부동산에 대한 재산세가 확정되었고, 청구법인이 이에 대한 이의제기를 하지 않았다는 이유만으로 쟁점부동산에 대한 쟁점규정의 적용을 배제한 것은 잘못인 것(조심 2022서2016, 2022.10.20., 조세심판관 합동회의, 같은 뜻임)으로 판단된다.

다만, 쟁점규정의 감면요건을 충족하였는지 여부를 판단하기 위해서는 청구법인과 쟁점법인의 주주명부 등 이를 확인할 수 있는 자료가 있어야 하는데, 청구법인 및 처분청이 제출한 자료만으로는 청구법인이 「지방세특례제한법」 제58조의3 제6항 에서 열거한 창업으로 보지 않는 경우인지 등 쟁점규정의 요건을 갖추었는지 여부를 판단하기 어려워 보이므로, 처분청은 청구법인이 쟁점규정의 감면요건을 충족하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 그 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.