조심-2025-전-1801 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. OOO영농조합법인(대표이사 a, 이하 “쟁점체납법인”이라 한다)은 2014.5.21. 설립등기되어 성립된 농축산물유통 등의 도․소매업을 영위하는 법인으로, 2021년 제1기 부가가치세 외 8건 합계 OOO원(이하 “쟁점체납액”이라 한다)을 체납하였다.

나. 처분청은 쟁점체납액의 납세의무 성립일 현재 쟁점체납법인의 주주현황에 따라, 2025.1.2 쟁점체납법인의 발행주식 35.34%를 소유한 청구인 a, 32.26%를 소유한 청구인 b(청구인 a의 배우자), 32.26%를 소유한 청구인 c(청구인 a의 매제)을 쟁점체납법인의 과점주주로 보아 아래 <표1>과 같이 제2차 납세의무자로 지정·납부고지하였다.

<표1> 제2차 납세의무자 지정·고지 내역

(단위 : 원)

다. 청구인들은 이에 불복하여 2025.3.5. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인들을 쟁점체납법인의 과점주주로 보아 쟁점체납액에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 국세청통합전산망에 따르면, 쟁점체납법인의 사업자등록 기본사항은 아래 <표5>와 같고, 쟁점체납법인이 사업자등록시 처분청에 제출한 조합원명부 및 쟁점체납법인 정관의 일부 내용은 아래 <표6> 및 <표7>과 같다.

<표5> 쟁점체납법인의 사업자등록 기본사항

<표6> 조합원명부(2014.5.15.)

<표7> 쟁점체납법인 정관 일부내용, 2022.1.17.

(나) 아래 <표8>과 같은 쟁점체납법인의 출자지분 변동내역에 따르면, 2023.12.31. 기준 쟁점체납법인의 지분을 청구인 a(35.34%), 청구인 b(32.26%), 청구인 c(32.26%)이 합계 99.86%를 보유하고 있고, 2019년부터 2023년까지 지분율은 동일하다.

<표8> 쟁점체납법인의 출자지분 변동내역에 따른 과점주주 해당 여부

(다) 처분청은 쟁점체납법인 정관, 주식등변동상황명세서 등을 근거로 쟁점체납법인이 2014년에 설립된 이래 2016년부터 계속하여 위 정관이 규정하는 조합원 자격요건을 충족하는 사람은 아래 <표9>에 따라 3명이므로 존속요건을 위반하였다는 의견을 제출한바, 처분청이 제출한 아래 자료는 심판청구일 현재 기준의 자료이고, 설립 당시 자료는 확인되지 않는다.

<표9> 조합원 자격요건 해당 여부

(라) 청구인들은 쟁점체납법인의 직원명단을 아래와 같이 제출하면서 조합원 d은 2014.6.1.부터 2022.11.1.까지 쟁점체납법인에서 근무한 사실이 확인되므로 영농조합법인의 농산물 출하·유통·가공·수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람으로서 농업인으로 인정되어 쟁점체납법인의 조합원 자격을 갖추고 있다고 주장한다.

<쟁점체납법인 직원명단>

(마) 중부지방국세청장은 쟁점체납법인에 대하여 2024.8.12.〜2024.10.19. 기간 동안 세무조사를 실시한바, 조사 종결 후 가공계산서 발급 수취 등의 사유로 2024.12.16. 쟁점체납법인을 고발한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인들을 쟁점체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분이 정당하다는 의견이나, 쟁점체납법인이 농어업경영체법에 따른 영농조합법인에 해당하는 이상 쟁점체납법인의 조합원 내지 임원은 구 「국세기본법」 제39조 에 따른 제2차 납세의무를 부담하는 무한책임사원, 주주 또는 유한책임사원에 해당하지 않은 점, 구 「국세기본법」 제39조 가 2024.12.31. 법률 제20611호로 개정되면서 쟁점체납법인과 같은 농어업경영체법 제16조 에 따른 영농조합법인의 조합원과 그의 특수관계인의 출자액이 50%를 초과하는 경우 제2차 납세의무를 부여하는 규정이 신설되었으나, 해당 규정은 2025.1.1.부터 시행되고 이 법 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 경우부터 적용하도록 규정하고 있어 2024.12.31. 이전 납세의무가 성립한 쟁점체납액에 적용할 수 없는 점, 처분청 의견과 같이 영농조합법인의 조합원의 요건에 해당하는 인원이 5인 미만이 된 것으로 본다 하더라도, 이미 성립된 영농조합법인의 해산청구 사유에 불과할 뿐이어서, 조합원에게 제2차 납세의무가 있는지 여부를 다투는 이 사건 쟁점과 관련이 없어 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인들을 쟁점체납액에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 국세기본법(2024.12.31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것)

제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원

가. 합명회사의 사원

나. 합자회사의 무한책임사원

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

가. 합자회사의 유한책임사원

나. 유한책임회사의 사원

다. 유한회사의 사원

(2) 국세기본법(2024.12.31. 법률 제20611호로 개정된 것

제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액(제3호 단서의 경우 그 부족한 금액과 과점조합원 간에 정한 손익분배비율을 곱한 금액으로 한다)을 한도로 한다.

1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원

가. 합명회사의 사원

나. 합자회사의 무한책임사원

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

가. 합자회사의 유한책임사원

나. 유한책임회사의 사원

다. 유한회사의 사원

3. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조 에 따른 영농조합법인 또는 영어조합법인의 조합원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 출자액의 합계가 해당 조합의 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들(이하 “과점조합원”이라 한다). 다만, 조합원 간에 손익분배비율을 정한 경우로서 그 손익분배비율이 출자액의 비율과 다른 경우에는 조합원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 손익분배비율의 합계가 100분의 50을 초과하는 자들을 과점조합원으로 한다.

부칙 제1조(시행일) 이 법은 2025년 1월 1일부터 시행한다.

제5조(출자자의 제2차 납세의무에 관한 적용례) 제39조 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제3호의 개정규정은 이 법 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “농업인”이란 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제2호 에 따른 농업인을 말한다.

제16조(영농조합법인 및 영어조합법인의 설립신고 등) ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제4호 에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 “농업생산자단체”라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다.

③ 영농조합법인 및 영어조합법인을 설립하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시장(특별자치도의 경우에는 특별자치도지사를, 특별자치시의 경우 특별자치시장을 말한다. 이하 같다)ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 신고하여야 한다. 신고한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경되는 경우 또는 해산하는 경우에도 같은 방법으로 변경신고 또는 해산신고를 하여야 한다.

⑧ 영농조합법인 및 영어조합법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 「민법」 중 조합에 관한 규정을 준용한다.

제18조(영농조합법인 및 영어조합법인의 조직변경) ① 영농조합법인 또는 영어조합법인은 총조합원의 일치로 총회의 결의를 거쳐 다음 각 호의 어느 하나의 형태인 농업회사법인 또는 어업회사법인으로 조직을 변경할 수 있다.

1. 합명회사

2. 합자회사

2의2. 유한책임회사

3. 유한회사

4. 주식회사

제20조의2(실태조사) ① 주된 사무소 관할 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 농업법인 또는 어업법인의 적법한 운영과 효율적 관리를 위하여 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정하는 조사주기ㆍ방법 등에 따라 다음 각 호의 사항에 대하여 농업법인 또는 어업법인의 운영실태 등에 대한 조사를 실시하여야 한다.

1. 조합원(준조합원을 포함한다) 또는 사원이나 주주의 인적 사항, 주소 및 출자 현황

2. 사업범위와 관련된 사항

⑧ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제1항에 따른 실태조사를 실시한 후 다음 각 호의 사항에 대하여 대통령령으로 정하는 기간 내에 시정하도록 명할 수 있다.

1. 조합원 5명 미만인 영농조합법인 또는 영어조합법인

2. 비농업인 또는 비어업인이 보유한 출자지분이 제19조 제2항 또는 제4항에서 정한 출자한도를 초과한 농업회사법인 또는 어업회사법인

(4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령

제5조(영농조합법인 및 영어조합법인의 설립신고 등) ① 법 제16 제3항에 따라 같은 조 제1항에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다) 및 같은 조 제2항에 따른 영어조합법인(이하 “영어조합법인”이라 한다)의 설립신고, 변경신고 또는 해산신고를 하려는 자는 신고서에 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정하는 서류를 첨부하여 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시장(특별자치도의 경우에는 특별자치도지사를, 특별자치시의 경우 특별자치시장을 말한다. 이하 같다)ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 제출해야 한다.

제20조의7(시정기간) 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 법 제20조의2 제8항 각 호에 대하여 6개월 이내에 시정하도록 명할 수 있다. 다만, 부득이한 사유가 있는 경우에는 한 차례만 3개월의 범위에서 그 기간을 연장할 수 있다.

(5) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙

제8조(영농조합법인 및 영어조합법인의 설립신고서 등) ① 영 제5조 제1항에 따른 영농조합법인 및 영어조합법인의 설립신고서는 각각 별지 제11호서식 및 별지