조심-2025-인-3333 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구인 A, B, C, D, E(이하 “청구인들”이라 한다)는 2015.3.11. OOO에서 ‘A’이라는 상호로 개업하여 ‘부동산업 및 임대업, 비주거용 건물 임대업’을 영위한 개인사업자이고, 위 소재지 건물 1,498.91㎥(2종근린생활시설 및 업무시설, 이하 “쟁점건물”이라 한다) 및 토지 943㎥를 2016.6.8. 당시 공동으로(A, B, C, D 각 4분의 1 지분)으로 소유하고 있었다.

나. 청구인들은 2015.5.18. 공동으로(각 20%) 지분을 출자하여 위 소재지에서 ‘부동산 임대업, 부동산의 임대관리’를 목적사업으로 하는 ‘주식회사 B’(이하 “㈜B”라 한다)를 설립하였고, 2015.12.9. 청구인 B(청구인 A의 배우자)이 대표이사로 등기되었다가 2021.5.24. 이후 청구인 A이 대표이사로 등기되어 있다.

다. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.11.27.부터 2025.3.18.까지 청구인 A에 대한 2019년〜2023년 귀속 종합소득세 일반통합조사(가공세금계산서 수수 혐의로 2015년〜2018년 귀속 종합소득세 일반통합조사와 2024년 제1기 부가가치세 세목별조사로 범위를 확 대함)를 실시한 결과, ‘A’사업장이 ㈜B로부터 실제 용역을 제공받지 아니하고 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고, 업무무관 사적경비 OOO원을 지출한 것으로 보아 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 역삼세무서장 및 강남세무서장은 2025.5.9., 2025.5.23. 청구인들에게 2015년〜2023년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을, 부평세무서장(역삼ㆍ강남세무서장과 합하여 이하 “처분청”이라 한다)은 2025.5.9. ‘A’에 2015년 제1기부터 2024년 제1기까지 부가가치세 합계 OOO원을 아래 <표1>과 같이 각 경정ㆍ고지하였다.

<표1> 이 건 종합소득세 및 부가가치세 부과 내역

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라. 청구인들은 이에 불복하여 2025.7.28. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서가 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부

나. 관련 법률

(1) 소득세법(2024.1.1. 법률 제19933호로 개정된 것)

제27조【사업소득의 필요경비의 계산】① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

(2) 부가가치세법(2024.1.1. 법률 제19931호로 개정된 것)

제11조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) ‘A’의 사업장인 OOO 소재 건물 등기사항전부증명서에 의하면, 아래 <표2>와 같이 2016.6.8. 청구인 A, B, C, D가 각 4분의 1 지분으로 공동으로 소유권보전등기를 경료하였고, 2017.11.29. 청구인 A과 B은 자신이 소유한 지분 각 8분의 1을 E에게 매매로 이전하였으며, 2021.4.28. 청구인 A은 지분 40분의4를 청구인 D에게, 청구인 B은 지분 전부를 청구인 C에게 증여로 이전하였다.

<표2> ‘A’ 사업장 소재지 건물 지분 변동 내역

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(나) 법인등기사항전부증명서에 의하면, ㈜B는 OOO에서 2015.5.18. 설립되어 ‘부동산의 임대관리 등 부동산의 관리대행, 부동산임대업 등’을 목적사업으로 하여 청구인들이 각 20%의 지분을 출자하여 설립되었고(지분변동 내역은 아래 <표3>), 2021년 5월 현재 사내이사는 청구인 A, B, D, C이고, 대표이사는 청구인 B(2015.12.9. 등기)에서 2021.5.24. 청구인 A으로 변경되었다.

<표3> ㈜B 지분 변동 내역

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(다) 조사청은 2024.11.27.부터 2025.3.18.까지 ‘A’ 사업장에 대한 개인통합조사(부분조사 및 세목별 조사 포함)를 실시하여, ‘A’ 사업장이 2015년 5월 개업하여 OOO 건물 및 토지를 C㈜에 임대하면서 청구인들이 출자하여 설립한 ㈜B로부터 아래 <표4>와 같이 용역수수료 명목으로 수취한 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서를 실제 용역제공 없이 수취한 가공세금계산서로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였다.

<표4> 쟁점세금계산서 내역

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(라) 청구인들(A, B, C, D)과 C㈜ 간 2015.4.7.자 임대차계약서 주요내용은 아래와 같다.

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(마) ‘A’과 ㈜B 간 2015.5.18.자 ‘부동산임대차계약서’에 의하면, ‘A’은 위 C㈜에 임대한 부동산의 1층 일부(25㎥)를 ㈜B에 보증금 OOO원, 월차임 OOO원에 임대한 것으로 나타난다.

(바) 청구인 A의 진술서(2025.2.3.자) 주요 내용은 다음과 같다.

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(사) C㈜의 임대차계약 종료 통보서(2025.2.12., 수신자 ㈜B), C㈜ 직원 F의 확인서(2024.12.23.)는 다음과 같다.

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(아) ‘A’ 사업장에 대한 조사종결보고서 보충조서에 의하면, 조사청은 ‘A’이 ㈜B로부터 부동산관리용역을 제공받지 아니하고 매입세금계산서를 수취한 것으로 보아 ㈜B 관련 2015〜2023년 필요경비 합계 OOO원 및 2020년 제1기부터 2024년 제1기 부가가치세 매입세액 합계 OOO원을 불공제하였고, 2015〜2019년 과세기간에 대해서는 부가가치세 제척기간(5년) 경과로 인해 가산세만 부과하였으며, 거짓세금계산서 수수금액이 연간 OOO원 미만인 점, ㈜F가 아래 <표5>와 같이 관련 부가가치세를 모두 납부한 점을 감안하여 범칙조사는 하지 않은 것으로 확인된다.

<표5> ㈜F 부가가치세 신고ㆍ납부 내역

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(2) 청구인이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) ‘A’ 사업장 소재지인 OOO 소재 건물 등기사항전부증명서에 의하면, 2016.6.8. 청구인 A, B, C, D가 각 4분의 1 지분으로 공동으로 소유권보전등기를 경료하였고, 2017.11.29. 청구인 A과 B은 지분 각 8분의 1을 E에게 매매로 이전하였으며, 2021.4.28. 청구인 A은 지분 40분의4를 청구인 D에게, 청구인 B은 지분 전부를 청구인 C에게 증여로 이전하였다.

(나) 법인등기사항전부증명서에 의하면, ㈜B는 2015.5.18. 위 ‘A’ 사업장 소재지와 동일한 OOO에서 ‘부동산의 임대관리 등 부동산의 관리대행, 부동산임대업 등’을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2021년 5월 당시 사내이사는 청구인 A, B, D, C이고, 대표이사는 청구인 B(2015.12.9. 등기)에서 2021.5.24. 청구인 A으로 변경되었다.

(다) 청구인들은 ㈜B가 부동산관리용역을 수행하였다고 주장하면서, 임차인으로부터 전기차충전소 설치후 임대차계약의 만료시 원상복구하겠다는 내용의 확약서(2023.6.26.자), C㈜ 계약종료 통지서(2025.2.12.자), 임대차 목적물 원상복구 이행통지서(날짜 미상) 등을 제출받아 심리자료로 제시하였다.

(라) 청구인들은 2025년에 수령한 ‘임대차계약 만료에 따른 계약종료 통보의 건’ 문서는 2015년부터 부동산관리용역을 공급하면서 임대차계약이 평온하게 유지되어 오다가 임대차계약의 연장과 관련된 협의를 한 것이고 주장하면서, 임대차계약 연장 검토 의견 회신의 건(2025.3.24.자, 수신자 청구인들), 임대차계약 변경 합의서(2025.10.13.자, 수신자 청구인들), 임대차목적물 원상복구 이행 관련 건(날짜미상, 발신자 ㈜B), 원상복구 이행 및 임대차 연장의 건(2025.8.4.자, 2025.9.22.자 발신자 C㈜, 수신자 ㈜B, 참조 청구인들), 임대차목적물 원상복구 및 연장계약에 대한 회신(2025.8.25.자, 2025.10.19.자, 발신자 ㈜B, 수신자 C㈜, 참조 청구인들) 자료를 심리자료로 제시하였다.

(마) 청구인들은 2015.1.21.자 G공인중개사사무소(H)의 부동산임차 의향서(용도 수입자동차서비스센터, 계약기간 10년), OOO서비스센터 신축공사 예상비용 내역서(총비용 OOO원) 등을 심리자료로 제시하였다.

(바) 청구인들은 ‘A’이 법인 설립을 통해 부동산 신축 및 관리용역을 수행하였고, ㈜B가 실질적으로 부동산관리용역을 수행하였으며, ‘A’이 건축물 신축공사와 관련된 업무를 수행하였다고 주장하면서, 건축공사 도급계약서(2015.11.24.자, 건축주 청구인들, 시공자 H), E㈜의 신축공사비 기성 청구서(2016.3.21.자, 2016.5.10.자, 2016.6.17.자, 수신자 ‘A’), 건축물 설계감리비 지급증빙(2016.1.20., OOO원, 입금자 ‘A’, 수취인 ㈜I)을 심리자료로 제시하였다.

(사) 청구인들은 ㈜B의 제3자 여신에 대한 담보물(예금) 제공 안건 이사회 의사록(2023.8.1.자), 연도별 손익현황(아래 <표6>)을 심리자료로 제시하였다.

<표6> ㈜B 연도별 손익현황

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(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인들은 청구인 A이 주축이 되어 ㈜B가 이 건 부동산의 건물신축 및 이후 관리 용역을 ‘A’ 사업장에 제공하였으므로 처분청이 쟁점세금계산서 전부를 실물 거래 없는 가공세금계산서로 본 것은 부당하다고 주장하나, 청구인들이 부동산임대업을 영위하기 위해 ‘A’이라는 상호로 2015.3.11. 개업한 사업장 소재지에는 청구인 A, A의 배우자인 청구인 B, A의 자녀들인 청구인 C 및 D가 공동으로 소유한 건물과 토지가 있고, 청구인들이 부동산 관리용역을 제공받았다고 주장하는 ㈜B는 2015.5.18. 청구인들이 출자하여 설립된 법인으로서 청구인들 이외에 타인이 주식지분을 소유하거나 청구인 B 이외 다른 임직원은 없으며, ‘A’에게 쟁점세금계산서를 발급한 거래 이외에 다른 매출은 없는 점, 청구인들이 증빙서류로 제출한 2025.2.12.자 ‘C㈜ 계약종료통지서’와 2023.6.26.자 ‘임대차목적물 원상복구 이행통지서’ 등은 이 건 세무조사 대상 기간 이후에 수신하거나 수신인이 ‘부평서비스센터 임대관리자’로 된 서류로서 ㈜B로부터 ‘A’ 사업장이 부동산관리용역을 제공받았다는 청구주장을 뒷받침하는 증빙자료라고 인정하기 어렵고, 청구인 A이 ‘A’ 사업장과 ㈜B의 대표자로서 일부 부동산관리에 필요한 업무를 한 사실이 있다고 하더라도 이를 독립한 거래주체로서 ‘A’ 사업장에 ㈜B가 용역을 공급한 거래라고 평가하기는 어려워 보이는 점,

‘A’ 사업장이 소유한 부동산을 임차한 C㈜ 부평지점장 F은 조사청에 “임대인인 ‘A’ 또는 ㈜B로부터 부동산임대관리 등 용역을 제공받은 사실이 없고, 위 임차건물에 ㈜B 사업장은 없다”는 취지로 진술한 사실이 확인되고, 이 건 ㈜B가 발행한 세금계산서에 기재된 용역대금은 청구인 B에게 근로소득으로 지급된 사정 등으로 미루어 보면, ‘A’ 사업장의 대표자인 청구인 A이