조심-2025-인-1976 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2016.11.15. 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 후, 2016.11.16. 서울특별시 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 단기민간임대주택으로 추가하여 임대를 시작하였고, 쟁점주택에 대한 임대사업자 등록은 임대기간인 4년이 경과한 후인 2020.11.16. 자동으로 말소처리되었으며, 청구법인은 2021.4.12. 쟁점주택을 장기일반민간임대주택으로 하여 임대사업자 등록을 하였다.

나. 처분청은 쟁점주택이 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호 나목 2)의 ‘법인이 2020.6.17.이 지난 후에 사업자등록 등을 신청한 조정대상지역에 있는 장기일반민간임대주택’으로서 합산배제 임대주택에서 제외되는 주택에 해당한다고 보아 2025.1.13. 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 2021〜2024년 귀속 종합부동산세 합계 OOO원 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 각 경(결)정․고지하였다.

<표1> 이 건 과세처분 내역

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.7. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택이 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 쟁점주택이 속한 서울특별시 OOO 는 2017.11.10. 조정대상지역으로 지정되었고, 이후 현재까지 조정대상지역에서 지정 해제된 사실은 확인되지 아니한다.

(나) 2016.9.24.자 매매를 원인으로 하여 2016.11.30. 청구법인 명의로 쟁점주택의 소유권이전등기가 이루어진 것으로 나타난다.

(다) 경기도 김포시장의 임대사업자 등록증(2016.11.28.)상 청구법인의 민간임대주택법 제5조 에 따른 임대사업자 최초 등록일은 2016.11.15.이고, 청구법인은 2016.11.16. 쟁점주택을 단기민간임대주택으로 추가하여 임대를 시작하였다. 한편, 경기도 김포시장이 2024.10.14. 발급한 다른 임대사업자 등록증상 청구법인의 임대사업자 최초 등록일은 2021.4.12.로 기재되어 있고, 쟁점주택의 등록내역은 아래와 같다.

(라) 처분청의 사업자등록증(2024.8.14.)상 청구법인의 개업일자는 2013.7.5.로 나타나고, 청구법인은 주거용 건물 임대업(일반주택임대) 등을 영위하고 있는 것으로 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 「종합부동산세법 시행령」의 개정 취지를 감안하면 법인의 경우에도 개인과 동일하게 2018.9.14. 이후 조정대상지역에서 취득한 주택에 대하여 합산배제 임대주택 제외 규정을 적용하여야 하고, 자신은 10년 이상 계속하여 쟁점주택을 임대하고 있으므로, 쟁점주택을 합산배제 임대주택으로 보아 이 건 종합부동산세 등 부과처분을 취소하여야 한다고 주장하나,

2025.2.28. 대통령령 제35352호로 개정되기 전 「종합부동산세법 시행령」에는 2025.2.28. 대통령령 제35352호로 개정된 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제11호 나목 1)과 같이 2018.9.13. 이전에 취득한 주택을 ‘합산배제 임대주택에서 제외되는 주택’에서 다시 제외하도록 한 규정이 있지 아니한 점, 2025.2.28. 대통령령 제35352호로 개정되기 전 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항 제8호 나목 2)는 ‘법인이 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020.6.17.)이 지난 후에 사업자등록 등을 신청한 조정대상지역에 있는 장기일반민간임대주택’을 합산배제 임대주택에서 제외되는 주택으로 규정하고 있는바, 청구법인은 2020.6.17.이 지난 후인 2021.4.12. 쟁점주택을 장기일반민간임대주택으로 하여 임대사업자 등록을 한 것으로 나타나고, 청구법인의 2016.11.16.자 쟁점주택 등록은 장기일반민간임대주택이 아닌 단기민간임대주택으로 등록한 것인 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 종합부동산세법

제8조(과세표준) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

(2) 종합부동산세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31447호로 개정된 것)

제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호 의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 "건설임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 주택으로 한정한다. (각 목 생략)

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호 의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "매입임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다. (각 목 생략)

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하일 것. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 주택은 제외한다.

1) 2020년 7월 11일 이후 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 제5조 제1항에 따라 등록 신청(같은 조 제3항에 따라 임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)한 같은 법 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택

7. 건설임대주택 중 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제4호 에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. (단서 및 각 목 생략)

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목 1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목 1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

가. 적용요건

1) 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원) 이하일 것

2) 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 제3항 에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항 제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다.

3) 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

나. 제외되는 주택

1) 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 세대원이 새로 취득(제7항 제2호 또는 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우의 취득은 제외한다)한 조정대상지역( 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역을 말한다. 이하 같다)에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다)을 취득하거나 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다]

2) 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택

4) 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제6호 에 따른 단기민간임대주택으로서 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택

(3) 종합부동산세법 시행령(2025.2.28. 대통령령 제35352호로 개정된 것)

제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」 제4조 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다) 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지, 제10호 또는 제11호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

11. 매입임대주택 중 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제6호 의2에 따른 단기민간임대주택으로서 가목 1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목 1) 및 2)에 해당하는 주택의 경우는 제외한다. <2025.2.28. 신설>

가. 적용요건

1) 해당 주택의 임대를 개시한 날 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 다음의 구분에 따른 금액 이하일 것

가) 해당 주택의 소재지가 수도권인 경우 : 4억원

2) 6년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

3) 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

나. 제외되는 주택

1) 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 세대원이 새로 취득(제7항 제2호 또는 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우의 취득은 제외한다)한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제6호 의2에 따른 단기민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2018년 9월 13일을 말한다) 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다)을 취득하거나 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다]

2) 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제6호 의2에 따른 단기민간임대주택

(4) 민간임대주택에 관한 특별법(2021.3.16. 법률 제17944호로 개정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트( 「주택법」 제2조 제20호 의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

7. "임대사업자"란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

(5) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것)

부칙

제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다.

② 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 등록한 단기민간임대주택은 이 법 시행 이후 장기일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택으로 변경 등록할 수 없다.

(6) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택

(7) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령

제34조(민간임대주택의 임대의무기간 등) ① 법 제43조 제1항에서 "임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점"이란 다음 각 호의 구분에 따른 시점을 말한다.

3. 법 제5조 제3항 본문에 따라 장기일반민간임대주택을 공공지원민간임대주택으로 변경신고한 경우 : 변경신고의 수리일(같은 조 제5항의 경우에는 신고를 수리한 것으로 보는 날을 말한다). 다만, 변경신고 이후 임대가 개시되는 주택은 임대차계약서상의 실제 임대개시일로 한다.