조심-2025-서-3583 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2008.12.24. 설립되어 컴퓨터, 액정모니터 제조업 및 IT 컨설팅업을 영위하고 있는 법인으로 2020.4.29. 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)으로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서①”이라 하고, 관련 거래를 “쟁점매입거래①”이라 한다)를, 주식회사 B(이하 “B”라 하고, 관련 거래를 “쟁점매입거래②”이라 한다)로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서②”라 하고, 쟁점매입세금계산서①과 합하여 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 각 1매씩 수취한 후 같은 날 C 주식회사(이하 “C”라 한다)에 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”이라 하고, 관련 거래를 “쟁점매출거래”라 하며, 쟁점매입세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 하고, 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다) 1매를 발급하였다가,

2020.6.30. 계약해제를 사유로 쟁점매입세금계산서②와 쟁점매출세금계산서에 대하여 부(-)의 수정세금계산서를 발급 및 수취하였고, 쟁점매입세금계산서①은 A이 수정세금계산서 발급을 거부하여 매입세액 공제대상에서 제외하는 것으로 2020년 제1기 부가가치세를 신고하였다.

<표1> 쟁점세금계산서상 품목

○○○

<표2> 쟁점매입세금계산서①상 거래품목(이하 “쟁점물품”이라 한다)

○○○

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.9.1.부터 2020.11.27.까지 A에 대한 조사를 실시한 결과, 쟁점매입거래①과 관련한 A의 매입을 가공거래로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2025.1.23.부터 2025.3.31.까지 청구법인에 대한 조사를 실시하여, 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 가공세금계산서로 보아 관련 가공세금계산서 발급에 따른 가산세(공급가액의 3%)를 부과하여 2025.5.21. 청구법인에게 2020년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정⋅고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.14. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점세금계산서를 실제 재화나 용역의 공급 없이 가공거래에 따라 발행된 세금계산서로 보아 가산세(공급가액 3%)를 부과한 처분의 당부

② 청구법인이 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

제9조【용역의 공급】 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제9조【재화의 공급시기】 ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

제16조【용역의 공급시기】 ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

제32조【세금계산서 등】 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제60조【가산세】 ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

5. 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1퍼센트. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 경우는 제외한다.

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우 : 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에서 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2008.12.24. 서울특별시 구로구 OOO에서 컴퓨터, 액정모니터 제조업을 주업종으로 개업한 후 2018년 6월 같은 구 OOO로 사업장을 이전하여 IT 구축 및 설계, 컨설팅 등 사업을 영위하고 있다.

(나) 청구법인은 E, L이 각자 대표이사로 업무를 수행하고 있고, 클라우드사업 등 부서에 임직원 약 70명이 근무하고 있으며, 조사 대상기간인 2020사업연도 법인세 신고 수입금액은 OOO원이고, 2024년 수입금액은 OOO원으로 나타난다.

(다) 청구법인의 수정계산서 발급 및 수취와 관련하여 보면, 청구법인은 2020.7.6. C로부터 ‘당사 사정으로 대금 지급이 지연되니 2분기에 발행된 세금계산서를 7월 10일 이전에 취소하고 3분기로 재발행을 요청한다’는 내용의 공문을 받고, ‘계약의 해제’를 원인으로 작성일자 2020.6.30., 발급일자 2020.7.10.의 수정세금계산서를 발행하여 해당 매출을 취소하였으며, 해당 내용을 B와 A에 전달하였는바, 이에 따라 B는 2020.6.30. 관련 매출을 취소하였으나, A은 이를 거절한 것으로 나타난다.

(라) 2020년 9월 실시한 A에 대한 범칙조사 당시 조사팀의 현장확인 결과, C에 납품된 데이타센터 구축 관련 물품들이 C 사업장에 미설치 상태로 있는 것으로 확인되었고, 2025년 1월 실시한 청구법인에 대한 부가가치세 세목별 범칙조사 당시에도 조사팀이 C G 대표에게 유선으로 확인한 결과, 해당 물품들은 현재까지 사업장에 그대로 방치되어 있는 것으로 나타난다.

(마) 쟁점거래에 대한 조사청과 처분청의 조사내용은 다음과 같다.

1) A에 대한 조사청의 조사내용

가) I 및 D의 실질 대표자 M과 최종 매출처 C의 대표이사 G이 공모하여 실체가 없는 사업을 계획하고 일정 수수료를 보장하는 조건으로 중간단계에 재무구조가 건전한 A과 청구법인 두 업체를 끼워 넣어 도관역할을 하도록 하였다.

나) A의 전무이사 F는 평소 친분이 있던 M으로부터 D가 A에 납품할 부품의 견적서와 A이 청구법인에 납품할 부품의 견적서 두 개를 받아서 A으로 상호만 바꾸어 견적서만 작성했을 뿐 A은 D로부터 직접적으로 납품할 부품을 받거나 청구법인에 부품을 납품한 사실이 없다.

다) M은 청구법인에서 퇴사한 K로 하여금 청구법인에 접근하여 A과 동일한 방식으로 일정 수수료를 보장하는 조건으로 청구법인이 실물거래 없이 세금계산서만 발행하도록 하였다.

라) 조사청이 535호를 방문하여 확인한 결과, A이 D로부터 납품받아 청구법인에 납품하였다는 부품은 미설치 상태로 현장에 있었고, 현장에 있던 C 대표이사 G에게 문의한 결과, 청구법인이 공급하기로 했던 부품 중 OOO원 정도가 납품되지 않아서 계약을 해지하였으며, 청구법인이 부품을 회수해 가지 않고 있어 부품공급 당시 그대로 있는 상태라고 하였다.

마) 청구법인은 A으로부터 수취한 매입세금계산서 공급가액 OOO원과 청구법인이 자체적으로 조달하여 납품하기로 한 공급가액 OOO원을 합한 총 공급가액 OOO원의 세금계산서를 C에 발행하였으나, C가 대금지급일까지 대금을 지급하지 못하여 계약해제를 원인으로 2020.6.30.을 작성일자로 2020.7.10. 부(-)의 수정세금계산서를 발행한 후 N에 두 차례 공문을 보내 계약을 취소해 줄 것을 요청하였고, A이 매출을 취소해 주지 않아 2020년 제1기 확정 부가가치세 신고 시 A으로부터 수취한 매입세금계산서 OOO원과 C에 발행한 매출세금계산서 OOO원을 포함하지 않고 신고하였다.

바) 대금은 최종 매출처인 C에서 지급받아 순차적으로 다음 단계로 지급하는 것으로 되어 있었으나, C가 대금을 지급하지 않아 대금수수 사실은 나타나지 아니한다.

2) D에 대한 조사청의 조사내용

1) D는 I로부터 CS-SW-P2000 품목 50개를 공급가액 OOO원에 매입한 후 같은 날(2020.4.29.) A에게 공급가액 OOO원에 공급한 것으로 하여 세금계산서를 발행하였으나, I은 위 품목 50개를 공급받은 내역이 없다.

2) D는 O로부터 데이터브릿지SW 100개를 공급가액 OOO원에 공급받아 같은 날(2020.4.29.) A에게 OOO원에 공급한 것으로 하여 세금계산서를 발행하였으나, O는 위 부품을 공급받은 내역이 없다.

3) D는 A에게 공급한 Unity 300H 2ro, DD6300 U120TB 1개, Net Worker 1개를 구입한 내역이 없다.

4) D가 A에게 공급한 부품 중 하드웨어의 경우 단종되어서 A/S가 불가능(보증기간이 만료되었을 뿐만 아니라 작동이 불가능)한 2009년 생산품이거나 2017년～2018년 생산품이며, 소프트웨어의 경우 해당 소프트웨어를 다운받을 수 있는 사이트 또는 프로그램이 없어 구동할 수 없는 하자 있는 부품이 공급되었지만, A은 D의 실질 대표자 M으로부터 6%의 유통마진을 보장받는 제안을 받고 견적서와 세금계산서만 수취하였기 때문에 이러한 하자 부품을 파악하지도 못했고, D에서 A과 청구법인을 거치지 않고 최종 매출처인 C로 직접 부품이 이동되어 A은 도관회사의 역할만 하였으므로 가공매입으로 확정하였다.

3) 청구법인에 대한 조사청의 조사내용

1) 청구법인은 2020.4.29. A으로부터 수취한 부품과 자체적으로 납품하기로 한 공급가액 OOO원을 추가해서 C에게 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발행하였으나 2020.6.30. 계약 해제를 원인으로 매출을 감소하는 부(-)의 수정세금계산서를 발행하였다.

2) D 실질 대표자 M과 최종 매출처인 C 대표이사 G이 공모하여 처음부터 실체가 없는 쟁점사업의 중간단계에 A과 청구법인을 끼워넣어 부품을 공급하였다.

(바) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.

1) 청구법인은 관련 재판의 기록 등을 통해 쟁점매입거래①과 쟁점매출거래가 ‘4자간 합의 조건’에 따라 순차적으로 진행된 명백한 실물 거래임이 확인된다고 주장하며, A이 D를 상대로 서울남부지방법원에 제기한 채무부존재확인소송의 판결문(서울남부지방법원 OOO) 및 소장, 준비서면 등 재판기록, A이 청구법인을 상대로 서울남부지방법원에 제기한 물품대금 사건의 판결문(서울남부지방법원 OOO)및 소장 등 재판기록을 제출하였고, 청구법인이 제출한 증빙의 주요내용과 입증취지를 정리하면 아래 <표4>와 같다.

<표4> 청구법인이 제출한 증빙의 주요내용과 입증취지

○○○

(다) 청구법인이 제출한 서울구로경찰서장의 불송치 통지서(2025.11.3.)에 의하면, 처분청은 2025.4.22. 쟁점거래에 대하여 청구법인을 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 서울구로경찰서장에게 고발하였고, 이에 서울구로경찰서장은 2025.11.3. “불송치(혐의없음)”로 수사결과를 통지(OOO)한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 비록 계약이 해제되어 대금을 지급받지 못하였으나, 실제 물품이 C에게 납품된 사실이 확인되고, 쟁점매입거래①과 쟁점매출거래와 관련하여 수정세금계산서를 발급 및 수취하였으며, 거래처의 사기와 기망에 의한 피해자인 점 등에 비추어 볼때, 쟁점세금계산서를 실제 재화나 용역의 공급 없이 가공거래에 따라 발행된 세금계산서로 보아 가산세(공급가액 3%)를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나,

조사청의 조사결과 쟁점물품의 거래는 I 및 D의 실질 대표자 M과 최종 매출처 C의 대표이사 G이 공모하여 실체가 없는 데이터센터사업을 계획하고 일정 수수료를 보장하는 조건으로 중간단계에 A과 청구법인 두 업체를 끼워 넣어 도관역할을 하도록 한 것으로 조사된 점, 쟁점물품의 거래는 D, A, 청구법인, C로 재화를 공급하는 것과 같은 외관을 취하고 있으나 중간 단계의 A과 청구법인과 관련한 거래는 형식에 불과한 ‘끼워넣기 거래’로서 세금계산서만 수수한 것으로 조사청 등의 조사 결과에 의하여 확인된 점, 청구법인이 A이나 B로부터 실제 재화나 용역을 공급받은 사실이 없음에도 세금계산서만 수취한 것으로 나타나고, 청구법인이 제시한 자료만으로는 청구법인이 자기책임 하에 A과 B로부터 재화나 용역을 공급받고 C에 공급한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 실제 재화나 용역의 공급 없이 발행된 세금계산서로 보아 가산세(공급가액 3%)를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 설령 쟁점거래를 가공거래로 보더라도, 매입거래① 거래 과정에서 공급자인 A의 사업자등록 및 그 명의 계좌를 확인하고 거래하였고, 부당하게 매입세액을 공제받거나 손금으로 계상한 사실도 없으며, 정상적인 계약해제가 있음에도 N이 고의적으로 수정세금계산서를 발행하지 않고 대금 편취를 목적으로 청구법인에게 소송을 제기한 점 등을 고려한다면, 청구법인을 선의의 거래당사자에 해당하는 것으로 보아야 한다고 주장하나,

부가가치세 과세대상에서 제외되는 선의의 거래대상자라 함은 세금계산서의 실물거래를 한 사실과 청구법인이 상대방을 신뢰할 수밖에 없을 정도가 제출증빙 등으로 확인되어, 청구법인의 잘못을 탓할 수 없을 때 인정되는 것이며, 세금계산서상의 공급자가 실제로 재화를 공급하는 자가 아니라는 사실을 알지 못하였고, 그 알지 못한 데에 과실이 없어야 하는바(조심 2010중2716, 2011.1.18., 같은 뜻임),

쟁점거래는 실제 재화나 용역의 공급이 없는 가공거래로 보이고, 청구법인이 거래 과정에서 거래 상대방의 기망 등으로 인하여 피해를 보았다는 사정만으로는 선의의 거래당사자로 인정하기 어려우며, 달리 청구법인이 선의의 거래당사자로서 정당한 주의의무를 다하였음이 청구법인 제시하는 자료에 의하여 객관적으로 입증되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.