조심-2025-서-3185 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.9.16. 설립되어 분자진단시약 개발, 제조 및 판매업을 영위하는 법인으로 , 청구법인의 진단시약제품의 개발은 ① 개발계획수립 및 투자심의, ② 제품개발, ③ 제품검증, ④ 인허가, ⑤ 제품판매시작의 단계를 거쳐 순차적으로 진행된다.

나. 청구법인은 2017사업연도까지는 제품개발 1단계 투자심의 과정을 거쳐 2단계 제품개발에 착수한 경우, 개발과정에 소요된 비용을 재무제표상 개발비(무형자산)로 계상하고 관련 제품의 판매시점부터 5년간 상각하였는데, 금융감독원은 2018.9.19. 제약·바이오 기업의 연구개발비 회계처리 관련 감독지침(이하 “2018년 감독지침”이라 한다)을 발표하여 개발비의 기술적 실현가능성에 따른 제품개발 유형 및 자산화 가능 단계를 안내하였다.

다. 이에 청구법인은 2018년 감독지침에 따라 2단계 제품개발에서 무형자산으로 인식한 개발비 OOO원(이하 “쟁점개발비”라 한다)을 감액(<표1> 참고)한 후, 2019.3.29. 및 2020.3.30. 처분청에게 2018년 감독지침에 따라 쟁점개발비를 감액하였으므로, 이는 지출한 사업연도의 당기 비용에 해당하는 것으로 보아 손금으로 산입해 달라는 경정청구를 제기하였다가, 2021.3.24. 취하하였다.

<표1> 쟁점개발비 감액 내역

(단위 : 백만원)

라. 금융감독원은 2022.9.22. 제약·바이오 산업 주요 회계처리에 대한 감독지침(이하 “2022년 감독지침”이라 한다)을 발표하여 2018년 감독지침과 달리 회사가 기술적 실현가능성을 객관적으로 제시하는 경우에는 3단계 제품검증 이전에도 자산화가 가능한 것으로 재안내하였고, 이에 청구법인은 2023.3.29. 쟁점개발비는 「법인세법 시행령」 제31조 제8항 에 따라 감가상각비로서 손비로 계상한 것으로 즉시상각의제 규정에 따라 2018∼2021사업연도에 상각하는 것으로 보아, 처분청에게 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나,

<표2> 경정청구 내역

(단위 : 원)

처분청은 청구법인의 경정청구를 검토한 결과, 쟁점개발비는 최초 인식시점에 개발비의 무형자산 인식요건 중 하나인 ‘기술적인 실현가능성’을 충족하지 못한 것으로 보아, 2025.4.24. 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.18. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

무형자산 계상 후 감액한 쟁점개발비에 대해 즉시상각의제 규정에 따라 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 금융감독원이 2018.9.19. 제약·바이오 기업의 연구개발비 회계처리와 관련하여 국제회계기준에서 규정한 개발비의 기술적 실현가능성 판단 요건을 구체화하여, 제품 개발 유형 및 개발 단계별 자산화 가능 시점을 제시하였고, 해당 지침에 따른 감독업무를 수행하되 제약·바이오 기업에 대한 감리 결과 연구개발비 자산화 판단 오류에 대해서는 계도 조치를 하며, 2018사업연도 3분기 또는 사업보고서상 재무제표에 오류수정을 반영하는 경우에는 별도의 조치를 하지 않겠다는 입장을 발표한 2018년 감독지침의 내용은 다음과 같다.

<2018년 감독지침>

(2) 청구법인은 2018.11.14. 2018년 감독지침에 따라 2018사업연도 3분기 보고서에서 기존에 자산으로 인식하였던 개발비 중 외부 제품검증 이전 단계에서 발생한 지출, 즉 쟁점개발비를 감액하는 내용으로 재무제표를 수정하였고 그 내용은 아래와 같다.

<2017사업연도 수정회계처리 내용>

(3) 청구법인은 2019.3.31. 법인세 신고 시 위 개발비 감액분에 대하여 무형자산 감소액을 익금산입(소득처분 : 기타)하고, 동시에 전기오류수정손실을 손금산입(소득처분 : 기타)하는 방식으로 세무조정을 하여 쟁점개발비는 과거 비용을 지출한 사업연도 및 감액이 이루어진 이후 사업연도 어느 사업연도의 손금으로도 처리되지 않는 것으로 나타난다.

(4) 청구법인은 이 건 심판청구 이전인 2019.3.29. 및 2020.3.30. 처분청에게 경정청구를 하였고, 처분청의 의견에 따라 2021.3.24. 취하하였다고 주장하는 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2019.3.29. 및 2020.3.30. 잠실세무서장에게, 2018년 감독지침에 따라 쟁점개발비를 감액하였으므로 해당 비용을 지출한 사업연도의 손금으로 처리하여 달라는 취지로 법인세 경정청구를 하였다.

(나) 최초 경정청구는 서울지방국세청으로 이송되었고, 상당 기간이 경과한 이후 서울지방국세청 성실납세지원국 법인세과 경정청구 검토 담당자는 청구법인에게 “쟁점개발비는 장래 회계연도에 상각범위액 내에서 손금산입하는 것이므로 경정청구를 취하하는 것이 타당하다”는 취지의 구두 의견을 제시하였다고 주장한다.

(5) 금융감독원은 2018년 감독지침 이후 제약·바이오 기업들이 회계감리에 따른 사후적 제재에 대한 우려로 거래의 고유한 특성을 충분히 반영하지 못하고 과도하게 보수적인 회계처리를 하는 경향이 나 타나고, 회계기준이 제약·바이오 산업의 거래 특성을 시의적절하게 반영 하지 못하여 회계처리의 불확실성이 지속적으로 제기된 점 등을 고려하여 2022.9.22. 제약·바이오 산업 주요 회계처리에 관한 감독지침(2022년 감독지침)을 다시 발표하였는데, 임상 1상 개시 승인 전 지출이더라도 기술적 실현 가능성이 인정되는 경우 개발비 자산으로 인식 할 수 있도록 하는 내용 등이 포함되어 있으며 그 내용은 아래와 같다.

<2022년 감독지침>

(6) 청구법인은 2023.3.29. 쟁점개발비는 「법인세법 시행령」 제31조 제8항 에 따라 감가상각비로 손금 계상이 가능한 것으로 보아 2018〜2021 사업연도에 손금산입하여 법인세 합계 OOO원 을 환급하여 줄 것을 경정청구한 것으로 나타나고, 그 판단의 근거로 2024.8.22. 국세청(국세청 법규과-2095, 2024.8.22.)으로부터 회신받은 질의회신문을 제출하였다.

<청구법인이 받은 질의회신문>

(7) 청구법인이 제출한 연구개발 자료에 따르면 2005∼2017년 연구과제 개발성공률은 86.8%이고, 쟁점개발비가 포함된 연구과제는 32건 중 28건이 개발 성공하였다.

<2005∼2017년 연구과제 개발성공 내역>

<쟁점개발비가 포함된 연구과제 성공 내역>

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법」 제23조 및 같은 법 시행령 제31조에 따르면 감가상각자산이 진부화, 물리적 손상 등에 따라 시장가치가 급격히 하락하여 법인이 기업회계기준에 따라 손상차손을 계상한 경우에는 해당 금액을 감가상각비로서 손금으로 계상한 것으로 보아 상각범위액의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손상차손으로 계상한 금액을 손금에 산입하는 것인바,

(중간 부분은 분량 때문에 줄였습니다)

‘ 법인세법 기본통칙’(23-0…4), 국세청 예규(서면-2019-법령해석법인-1433, 2019.7.10.) 및 청구법인이 직접 국세청에 질의하여 회신받은 답변(법규과-2025, 2024.8.22.) 등에서도 기업회계기준에 따른 개발비를 감액하고 전기오류수정손실로 계상한 경우에는 「법인세법 시행령」 제31조 제8항 에 따라 감가상각비로서 손금으로 계상한 것으로 보아, 감가상각 규정을 적용하는 것으로 일관되게 해석하고 있어 청구법인 또한 이를 신뢰하여 종전 경정청구를 취하하고 이 건 경정청구를 제기하였으므로, 결과적으로 쟁점개발비가 어느 사업연도의 손금으로도 산입되지 않는 것은 위법 또는 부당해 보이는 점,

처분청이 제시하는 선결정례(조심 2020서712, 2021.5.11.)는 개발비를 회계오류로 수정한 제약회사들 모두에게 동일하게 적용되는 사례가 아니라, 당초부터 무형자산 요건을 갖추지 못한 ‘신약개발업’을 영위한 법인에게 적용된 개별적인 사례로서, ‘진단시약’을 제조하는 청구법인과는 제품의 성격이 다르고, 쟁점개발비가 당초부터 무형자산의 요건을 전혀 갖추지 못하였다는 처분청의 특별한 반증이 없는 이상 위 선결정례를 이 건에 동일하게 원용하기는 어려워 보이는 점,

청구법인이 제출한 쟁점개발비 세부내역 및 개발성공률 자료(2005∼2017년)에 따르면 91건의 연구개발 과제 중 79건이 개발에 성공하는 등 개발 성공률이 86.8%에 달하고, 특히 쟁점개발비가 포함된 연구과제 32건 중 28건이 개발에 성공(식품의약품안전처 등의 정식 인·허가)하는 등 쟁점개발비가 당초부터 무형자산 요건을 충족하지 못한 것으로 단정하기는 어려운 점,

청구법인이 쟁점개발비를 스스로 감액(오류수정)한 것은 2018년 감독지침에 따른 것으로, 위 감독지침상 자산화 가능 단계를 3단계인 제품검증 단계부터로 설정하였으므로 청구법인 입장에서는 사업상 불이익 등을 회피하기 위해 불가피하게 오류수정할 수밖에 없었던 것으로 보이고, 2022년 감독지침은 2018년 감독치침과 달리 임상 1상 개시 승인 전 지출이더라도 기술적 실현 가능성이 인정되는 경우 개발비 자산으로 인식할 수 있도록 기준이 완화되었으며, 매우 높은 확률의 임상 개시 승인 경험을 제시하는 경우에는 자산화 가능한 것으로 안내하고 있는바, 이러한 사정 등을 종합하면 쟁점개발비를 청구법인 스스로 오류수정하였다는 사정만으로 쟁점개발비가 당초부터 무형자산의 요건을 갖추지 못해 어느 사업연도의 손금으로도 산입될 수 없다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 일부개정된 것)

제23조(감가상각비의 손금불산입) ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제ㆍ감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항에 따른 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산으로 한다.

⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 감가상각비의 손금계상방법, 상각범위액을 초과하는 금액의 처리, 국제회계기준 적용 시기의 결정, 종전감가상각비 및 기준감가상각비의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제42조(자산·부채의 평가) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산은 제1항과 제2항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 방법에 따라 그 장부가액을 감액할 수 있다.

2. 고정자산으로서 천재지변ㆍ화재 등 대통령령으로 정하는 사유로 파손되거나 멸실된 것

제43조(기업회계기준과 관행의 적용) 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

(2) 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 일부개정된 것)

제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제3항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형고정자산

바. 개발비 : 상업적인 생산 또는 사용전에 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것(「산업기술연구조합 육성법」에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다)

제26조(상각범위액의 계산) ① 법 제23조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 개별 감가상각자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 "상각범위액"이라 한다)을 말한다.

6. 개발비 : 관련 제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점부터 20년의 범위에서 연단위로 신고한 내용연수에 따라 매 사업연도별 경과월수에 비례하여 상각하는 방법

④ 법인이 제3항에 따라 상각방법의 신고를 하지 아니한 경우 해당 감가상각자산에 대한 상각범위액은 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법에 의하여 계산한다.

4. 제1항 제6호의 자산 : 관련 제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점부터 5년동안 매년 균등액을 상각하는 방법

제31조(즉시상각의 의제) ⑧ 감가상각자산이 진부화, 물리적 손상 등에 따라 시장가치가 급격히 하락하여 법인이 기업회계기준에 따라 손상차손을 계상한 경우(법 제42조 제3항 제2호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 해당 금액을 감가상각비로서 손금으로 계상한 것으로 보아 법 제23조 제1항을 적용한다.

제79조(기업회계기준과 관행의 범위) 법 제43조에 따른 기업회계의 기준 또는 관행은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준(해당 회계기준에 배치되지 아니하는 것으로서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 관행을 포함한다)으로 한다.

1. 한국채택국제회계기준

1의2. 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제13조 제1항 제2호 및 같은 조 제4항에 따라 한국회계기준원이 정한 회계처리기준

(3) 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 일부개정된 것)

제20조(기업회계의 존중) 세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.

(4) 한국채택국제회계기준(K-IFRS) 제1038호(무형자산)

21 다음의 조건을 모두 충족하는 경우에만 무형자산을 인식한다.

⑴ 자산에서 발생하는 미래경제적효익이 기업에 유입될 가능성이 높다.

⑵ 자산의 원가를 신뢰성 있게 측정할 수 있다.

22 미래경제적효익이 기업에 유입될 가능성은 무형자산의 내용연수 동안의 경제적 상황에 대한 경영자의 최선의 추정치를 반영하는 합리적이고 객관적인 가정에 근거하여 평가하여야 한다.

23 자산의 사용에서 발생하는 미래경제적효익의 유입에 대한 확실성 정도에 대한 평가는 무형자산을 최초로 인식하는 시점에서 이용 가능한 증거에 근거하며, 외부 증거에 비중을 더 크게 둔다.

57 다음 사항을 모두 제시할 수 있는 경우에만 개발활동(또는 내부 프로젝트의 개발단계)에서 발생한 무형자산을 인식한다.

⑴ 무형자산을 사용하거나 판매하기 위해 그 자산을 완성할 수 있는 기술적 실현가능성

⑵ 무형자산을 완성하여 사용하거나 판매하려는 기업의 의도

⑶ 무형자산을 사용하거나 판매할 수 있는 기업의 능력

⑷ 무형자산이 미래경제적효익을 창출하는 방법. 그 중에서도 특히 무형자산의 산출물이나 무형자산 자체를 거래하는 시장이 존재함을 제시할 수 있거나 또는 무형자산을 내부적으로 사용할 것이라면 그 유용성을 제시할 수 있다.

⑸ 무형자산의 개발을 완료하고 그것을 판매하거나 사용하는 데 필요한 기술적, 재정적 자원 등의 입수가능성

⑹ 개발과정에서 발생한 무형자산 관련 지출을 신뢰성 있게 측정할 수 있는 기업의 능력

68 다음 중 하나에 해당하지 않는 무형항목 관련 지출은 발생시점에 비용으로 인식한다.

⑴ 인식기준을 충족하는 무형자산 원가의 일부가 되는 경우

※ 법인세법 기본통칙

23-0… 4【전기오류수정손으로 계상한 감가상각비의 처리】① 법인이 전기에 과소 계상한 고정자산의 감가상각비를 다음 예시의 경우와 같이 기업회계기준에 따라 이월이익잉여금을 감소시키는 전기오류수정손으로 계상한 경우 동 상각비는 법 제23조의 규정에 의하여 법인이 손금에 계상한 것으로 보아 감가상각비 시부인 계산한다.

23-26… 9【개발비의 상각범위액 계산】① 영 제26조 제1항 제6호 및 제4항 제4호의 규정은 법인이 무형고정자산인 개발비로 계상한 경우에 한하여 적용하는 것이므로, 법인이 해당 개발비로 계상하지 아니한 금액은 그 지급이 확정된 사업연도의 손금에 산입한다.