조심-2025-서-2350 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 의약품 및 의료기기 연구개발자문업을 주업종으로 하여 설립된 법인사업자로, 설립 당시부터 주주(지분율 62.5%)인 a이 대표이사로 재직 중이고, OOO 코스닥 시장에 상장되었다.

나. 청구법인은 2022.3.31. 보유 중이던 주식회사 b(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 34,821주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OOO원에 c, d에게 14,821주, 20,000주를 각 양도하는 계약을 체결하고, 같은 날 잔금 청산하였으나, 이후 위 계약을 합의해제 하고 대금은 2022.4.13. 반환(이하 “쟁점계약해제거래”라 한다)하였으며, 2022.3.31. 대표이사 a에게 1주당 OOO원에 양도하는 계약을 체결하고 2022.4.13. 잔금 청산(이하 “쟁점거래”라 한다)하였다.

다. OO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점법인에 대하여 주식변동조사를 실시한 결과, 2022.3.31. 비특수관계인들간에 쟁점법인의 발행주식 200주를 1주당 OOO원 및 200주를 1주당 OOO원에 각 거래한 내용(이하 “쟁점비교대상거래”라 한다)이 있음을 확인하여 그 평균액인 OOO원을 시가로 보아, 처분청에 과세자료를 통보하였다.

라. 처분청은 쟁점거래에 대해 청구법인이 특수관계인인 대표이사 a에게 쟁점주식을 저가양도 하였다고 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2025.2.20. 청구법인에게 2022사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.8. 심판청구를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점비교대상거래의 거래가액을 쟁점주식의 시가로 보아 청구법인에게 주식 저가양도에 따른 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분의 당부

② 계약해제된 매매계약의 거래가액을 쟁점주식의 시가로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 국세청 통합전산망에 의하면 2017∼2023년 동안의 청구법인의 주주는 a(청구법인의 대표자, 지분율 62.5%), ***(a의 자녀, 지분율 37.5%)으로 나타나고, 이후 변동내역은 없는 것으로 확인된다.

(나) 쟁점법인은 OOO 공모가격 주당 OOO원, 총 공모주식수 OOO주로 하여 코스닥 시장에 상장되었음이 나타난다.

(다) 쟁점법인 발행주식과 관련하여 쟁점거래, 쟁점비교대상거래, 쟁점계약해제거래의 거래내역은 아래 <표>와 같고, 처분청 제출자료에 의하면, 쟁점계약해제거래의 양수인인 d, c는 청구법인의 등기임원으로 재직했던 f과 남매사이인 것으로 나타난다.

<표> 쟁점법인 발행주식과 관련된 거래들 내역

(라) 처분청은 쟁점비교대상거래의 매매가액의 평균액(주당 OOO원)에 대해 중부지방국세청 평가심의위원회의 심의를 거친바, 평가심의위원회는 ‘평가대상 재산과 동일한 법인의 주식 소액거래로 상증법상 특수관계가 없는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 이루어진 거래이며, 거래대상자들이 경제적 이익을 추구하는 대등한 관계에 있어 보이는 등 거래의 관행상 정당한 사유가 있다고 판단됨’ 이라는 이유로 쟁점주식의 양도당시 시가로 보기에 적정하다고 판단한 것으로 나타난다.

(마) 청구법인은 쟁점법인의 상장 당시 공시된 투자설명서를 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점비교대상거래는 보호예수조건이 없는 주식의 거래이므로 그 거래가액을 보호예수조건이 있는 쟁점주식의 시가로 보아 주식 저가양도에 따른 부당행위계산부인규정을 적용하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분이 부당하다고 주장하나, 「상속세 및 증여세법」제63조에서는 보호예수 조건이 있다고 하여 증여재산을 달리 평가하도록 예외규정을 두고 있지 아니하고, 보호예수조건 등에 따라 일정기간 동안 처분 등이 제한되어있다 하더라도 증여가액의 산정은 평가기준일인 증여일 현재의 시가에 의하는 것인 점(조심 2011중3383, 2011.11.28., 조심2010서3777, 2010.12.29. 등, 같은 뜻임), 쟁점비교대상거래는 쟁점주식과 동일한 종목에 대해 동일날짜에 비특수관계인간에 거래된 거래이므로, 「법인세법 시행령」제89조에 따라 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 해당하여 시가로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점비교대상거래의 거래가액을 쟁점주식의 시가로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없어 보인다.

(나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 계약해제된 쟁점계약해제거래의 거래가액을 쟁점주식의 시가로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점계약해제거래는 2025.3.31. 계약 체결되었다가 같은 날 해제되었고, 쟁점거래는 쟁점계약해제거래의 계약 체결일과 같은 날인 2025.3.31. 대표이사 a에게 양도하는 것으로 계약된 것으로 나타나는바, 정상적인 거래로 보기 어려운 점, 쟁점계약해제거래의 양수자들이 보호예수조건 등에 대해 알지 못한 상태에서 매수하였다가, 이를 뒤늦게 알고 해제한 후 새로운 매수자를 찾은 것이라는 청구주장은 거래 정황상 신빙성이 떨어지는 점, 쟁점계약해제거래의 양수자인 d, c는 청구법인의 등기임원으로 재직했던 f과 남매사이인 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 소득세법

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액( 「지적재조사에 관한 특별법」 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

(2) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부개정된 것)

제163조(양도자산의 필요경비) ⑨ 상속 또는 증여(법 제88조 제1호 각 목 외의 부분 후단에 따른 부담부증여의 채무액에 해당하는 부분도 포함하되, 「상속세 및 증여세법」 제34조 부터 제39조까지, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2부터 제41조의5까지, 제42조, 제42조의2 및 제42조의3에 따른 증여는 제외한다)받은 자산에 대하여 법 제97조 제1항 제1호 가목을 적용할 때에는 상속개시일 또는 증여일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액(같은 법 제76조에 따라 세무서장등이 결정ㆍ경정한 가액이 있는 경우 그 결정ㆍ경정한 가액으로 한다)을 취득당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부개정되기 전의 것)

제163조(양도자산의 필요경비) ⑨ 상속 또는 증여( 「상속세 및 증여세법」 제33조 부터 제39조까지, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2부터 제41조의5까지, 제42조, 제42조의2 및 제42조의3에 따른 증여는 제외한다)받은 자산에 대하여 법 제97조 제1항 제1호 가목을 적용할 때에는 상속개시일 또는 증여일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액을 취득당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

(4) 상속세 및 증여세법

제60조(평가의 원칙 등) ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 경우에 대해서는 각각 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 시가로 본다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

제61조(부동산 등의 평가) ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 토지

「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.

2. 건물

건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

(5) 상속세 및 증여세법 시행령

제49조(평가의 원칙등) ① 법 제60조 제2항에서 “수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것”이란 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서 “평가기간”이라 한다)이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서 “매매등”이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 않는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매등이 있거나 평가기간이 경과한 후부터 제78조 제1항에 따른 기한까지의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자(이하 이 조 및 제54조에서 “납세자”라 한다), 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.

1. 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우

2. 해당 재산(법 제63조 제1항 제1호에 따른 재산을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 기획재정부령으로 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 “감정기관”이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외하며, 해당 감정가액이 법 제61조ㆍ제62조ㆍ제64조 및 제65조에 따라 평가한 가액과 제4항에 따른 시가의 100분의 90에 해당하는 가액 중 적은 금액(이하 이 호에서 “기준금액”이라 한다)에 미달하는 경우(기준금액 이상인 경우에도 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 감정평가목적 등을 고려하여 해당 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하 “세무서장등”이라 한다)이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 납세자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그렇지 않다.

가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세 및 증여세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액

나. 평가기준일 현재 당해재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액