조심-2025-전-4049 조세심판원 결정

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 「사립학교법」에 따라 설립된 학교법인으로 교육용 기본재산으로 보유하고 있던 OOO광역시 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 A 교비회계에 편입할 용도로 2021.3.1.∼2022.2.28. 기간의 사업연도(양도일 : 2022.2.23., 2월말 법인으로 해당 사업연도를 이하 “2022사업연도”라 한다)에 OOO원에 양도하여 OOO원 상당의 고정자산처분이익이 발생하였고, 이를 교비회계 계좌로 수령하고, 처분이익을 교비회계의 고정자산처분이익으로 계상하였다.

나. OOO지방국세청장은 법인세 신고 여부 등에 대한 검증을 실시한 결과, 청구법인이 쟁점부동산의 일부(16.27%)를 학생들의 교육 및 실습 공간으로 사용하고, 나머지(83.73%)를 외부에 무상임대한 사실을 확인하고, 쟁점부동산 처분이익 중 고유목적에 사용하지 않은 비율(83.73%)에 상당하는 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 2022사업연도 익금산입에 산입하여야 한다는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2025.6.18. 청구법인에게 2022사업연도 법인세 OOO원, 2023사업연도 법인세 OOO원 및 2024사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

<표1> 청구법인의 신고 및 처분청의 경정내역

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.5. 2022사업연도에 대한 심판청구(조심 2025소3861)를 제기하는 한편, 2025.7.17. 2023∼2024사업연도에 대한 경정청구를 제기하였고, 처분청이 2025.9.17. 이를 기각하자 2025.9.25. 심판청구(조심 2025전4049)를 제기하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 2023∼2024사업연도에 대한 심판청구가 적법한지 여부

② (주위적 청구) 처분청의 경정으로 소득금액이 증가하여 고유목적사업준비금의 손금산입 한도가 증가한 경우, 당해 사업연도에 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 지출한 금액은 고유목적사업준비금 한도 범위 내에서 손금에 산입할 수 있다는 청구주장의 당부

③ (예비적 청구) 쟁점부동산에 대한 감가상각비가 수익사업회계에 반영되지 않았으므로 처분이익에서 이를 차감하여 익금산입액을 재계산하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 법인세 신고내용 및 연도별 고목준비금 설정내용은 아래와 같다.

(가) <표2> 청구법인의 법인세 신고내역

○○○

(나) 2022사업연도와 2023사업연도에는 결손금으로 인해 신고조정으로 고목준비금을 적립하지 못하였고, 이자수익에 해당한 금액만을 고목준비금전입액으로 당기 비용에 계상(결산조정)하여 법인세를 신고하였다.

2024사업연도에는 이자수익에 해당한 금액만을 고목준비금전입액으로 당기 비용에 계상(결산조정)하고, 수익사업에서 소득이 발생하여 고목준비금 손금산입 한도내에서 세무조정계산서에 고목준비금을 손금산입하고 이익잉여금처분계산서에 준비금 적립(신고조정)을 하였다.

<표3> 연도별 고목준비금 한도 계산 내역

○○○

(다) 고목준비금 조정명세서상의 준비금 손금산입액 및 고유목적사업 지출액은<표4> 및 <표5>와 같다.

<표4> 고목준비금 손금산입액 및 고유목적사업 지출액

○○○

<표5> 고유목적사업 지출세부내역

○○○

(2) 청구법인은 교육용 기본재산으로 보유하고 있던 쟁점부동산을 A 교비회계에 편입(A 온라인 교육환경 개선 및 OOO 시설 환경 개선에 사용)할 용도로, 2022.2.16. 교육부로부터 교육용 기본재산 처분허가를 받고, 2022.2.23. 쟁점부동산을 OOO원에 양도하였으며, 이를 교비회계 계좌로 수령하고, 처분이익을 교비회계의 고정자산 처분이익으로 계상하였다.

청구법인이 제출한 금융거래내역에 따르면, 청구법인의 등록금회계 계좌OOO에 2021.12.6. 계약금 OOO원과 2022.2.23. 잔금 OOO원이 입금된 것으로 확인되며, 해당계좌의 2022.2.23.자 잔액은 OOO원으로 나타난다.

(3) 그 외 청구법인이 제출한 자료는 아래와 같다.

(가) 청구법인은 처분청의 2022사업연도 소득금액 경정으로 인해 고목준비금의 손금산입 한도가 아래 <표6>과 같이 증가하였다고 주장한다.

<표6> 연도별 고목준비금 한도 재계산 내역

○○○

(나) 청구법인이 각 사업연도별 고유목적 지출액으로 사용하였다고 주장하는 금액은 아래 <표7>과 같다.

<표7> 청구법인이 주장하는 고유목적사업 지출액

○○○

(다) 예비적 청구와 관련하여 처분청이 산정한 고정자산처분이익과 청구법인이 주장하는 고정자산처분이익은 아래 <표8>과 같다.

<표8> 고정자산처분이익 및 익금산입액

○○○

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 처분청은 2022사업연도 소득금액을 경정하였고, 그 결과 이월결손금의 변동으로 2023·2024사업연도 세액이 자동고지되었을 뿐, 해당 사업연도에 대한 별도의 처분을 한 바 없으므로 2023·2024사업연도에 대한 심판청구는 부적법하다라는 의견이나, 청구법인은 이월결손금의 적정 여부 자체가 아니라, 이월결손금 변동에 따라 고목준비금 한도가 증가하게 되었고, 이에 따라 당초 설정된 준비금을 초과하여 지출한 각 사업연도의 고유목적사업 지출액을 손금에 산입하여야 한다고 주장하고 있는 점, 청구법인은 처분청의 경정으로 인한 2023·2024사업연도 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한다며 처분청의 경정·고지를 받은 날로부터 3개월 이내에 「국세기본법」 제45조의2 제1항 에 따른 경정청구를 하였으며, 이에 대한 거부처분을 받고 이 건 심판청구를 제기한 점, 처분청이 인용하는 대법원 판결(대법원 2002.11.26. 선고 2001두2652 판결, 참조)은 2010.1.1. 이전 「법인세법」 제13조 체계하에서 결손금 감액경정이 항고소송의 대상이 되지 않는다고 본 사안으로, 개정 후의 법령 체계나 이 건 경정청구의 성격과는 차이가 있어 그대로 원용하기도 어려운 점 등에 비추어 이 건 심판청구는 적법한 심판청구에 해당한다고 판단된다.

(나) 다음으로 주위적 청구와 관련하여, 청구법인은 경정으로 소득금액이 증가하여 고목준비금의 손금산입 한도가 증가한 경우, 당초 한도로 인해 고목준비금과 상계할 수 없었던 당해 사업연도 고유목적 지출액을 증가한 한도 범위 내에서 손금에 산입하여야 한다고 주장하나, 준비금 규정이 비과세나 면세가 아닌 고목준비금을 손금에 계상한 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지의 고유목적사업 등에 지출이 어루어져야 한다는 과세이연인 점에 비추어 처분청의 경정으로 인해 증액된 소득에 대해 손금으로 추가 인정하게 된다면 정상적으로 신고납부하는 납세자와의 형평성을 유지하기 어려워 보이는 점(조심 2019부4287, 2021.6.14. 조심 2023부10085, 2024.11.18.), 청구법인이 당초 법인세 신고시 고유목적사업의 지출액으로 신고한 금액은 위 <표5>와 같고, 해당 자료에 따르면 당기 계상한 고목준비금 상당액으로 추가 손금산입이 가능한 지출액이 있다고 보기 어려운 점, 청구법인이 주장하는 <표7>의 당기 지출액은 수익사업회계의 예금을 비수익사업회계로 전출한 것에 불과한바, 청구법인은 전출 당시나 그 후에도 고목준비금을 설정한 사실이 없으므로 전출일부터 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 지출할 것임을 전제하여 과세를 이연해야 한다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 당해 사업연도 고유목적 지출액을 추가로 손금에 산입하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(다) 마지막으로 예비적 청구와 관련하여, 청구법인은 쟁점부동산에 대한 감가상각비가 수익사업회계에 반영되지 않았으므로 처분이익산정시 이를 차감하여 익금산입액을 재계산하여야 한다고 주장하나, 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우 자산·부채 및 손익을 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분경리하여야 하고, 청구법인은 쟁점부동산을 2012.9.5. 취득한 이후 구분경리를 통해 청구법인 스스로 매년 감가상각비를 교비회계 결산에 반영해 왔으므로, 수익사업회계 재무제표에서 감가상각비가 반영되지 않았다고 하여 감가상각이 이루어지지 않았다고 볼 수 없는 점, 당초 쟁점부동산을 공통자산으로 보아 수익사업회계에 감가상각비를 반영하였다 하더라도 그 감가상각비가 2022사업연도 귀속이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점부동산처분이익에서 감가상각비를 차감하여야 한다는 청구주장 역시 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본 법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다 .

<별지> 관련 법령

(1) 법인세법

제4조(과세소득의 범위) ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

제29조(비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조 제3항 제1호에 따른 기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

1. 다음 각 목의 금액

가. 「소득세법」제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

나. 「소득세법」제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 제1항을 적용할 때 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액 은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다 .

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」제13조제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

⑥ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 그 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입할 수 있다. 이 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 본다.

제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령

제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) ⑤ 법 제29조 제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서